Estrutura e diversidade genética de uma população de Coffea canephora conilon utilizando marcadores SNPs identificados por nextRAD

De Araújo Carneiro Fernanda, Silva Rêgo Erica Cristina, De Aquino Oliveira Sinara, Santos Costa Tatiana, Araújo de Lima Edriana, Cruz Rocha Omar, Costa Rodrigues Gustavo, Alves de Figueiredo Carvalho Milene, Marraccini Pierre, Ferreira Bartholo Gabriel, Guerra Antonio Fernando, Bonfim da Silva Orzenil, Grattapaglia Dario, Carvalho Andrade Alan. 2015. Estrutura e diversidade genética de uma população de Coffea canephora conilon utilizando marcadores SNPs identificados por nextRAD. In : Anais do IX Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Consórcio Pesquisa Café. Curitiba : Consórcio Pesquisa Café, 5 p. Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 9, Curitiba, Brésil, 24 Juin 2015/26 Juin 2015.

Titre anglais : Genetic structure of the population Coffea canephora conilon usting SNPs markers identified by nextRAD

Résumé : Dentre as diferentes atividades ligadas ao negócio agrícola em nível mundial, o agronegócio cafeeiro está entre as de maior importância econômica e social, sendo o principal meio de subsistência para mais de 125 milhões de pessoas e produzido em mais de 60 países. A produção cafeeira comercial baseia-se principalmente em duas espécies: Coffea arabica e Coffea canephora. A grande variabilidade genética do C. canephora devido sua alogamia, é um fator de grande importância para os programas de melhoramento do cafeeiro, pois fornece uma fonte de novos genes. O estudo molecular da diversidade genética vem se demonstrando cada vez mais eficiente, necessário e refinado, uma vez que as técnicas moleculares estão evoluindo e os descritores morfológicos estão se tornando insuficientes para a descrição de um indivíduo. Uma ferramenta muito importante no estudo da diversidade genética é o uso dos marcadores moleculares SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), estes consistem na variação de sequência de DNA e podem ser identificados em praticamente todos os genes. No caso de C. canephora, estudos de diversidade podem facilitar a orientação dos programas de melhoramento na escolha de genitores para cruzamentos ou de genótipos para composição de variedades clonais. Este trabalho objetivou (i) avaliar e caracterizar, por meio da técnica de genotipagem nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), a diversidade e a estrutura genética de indivíduos de C. canephora Conilon, pertencentes a uma população localizada em campo experimental da Embrapa Cerrados.

Résumé (autre langue) : Of all the different activities related to agricultural industry worldwide, coffee agribusiness is among the most important ones, both economically and socially, being the main livelihood for more than 125 million people in more than 60 countries. Commercial coffee production is mostly based on two species, Coffea arabica and C. canephora. The high genetic variability of C. canephora, due to its level of allogamy, is of great importance for breeding programs of coffee as a source of novel alleles and co-evolved genetic combinations. The molecular analysis of genetic diversity has become increasingly efficient, necessary and refined, as molecular techniques have evolved and morphological traits do not supply sufficient information to fully describe an individual. An important tool in the study of genetic diversity is the use of molecular markers SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), these consist of DNA sequence variation and can be identified in almost all the genes. In the case of C. canephora, diversity studies can facilitate orientation of breeding programs in selecting parents for crosses or genotypes for composition of clonal varieties. This study aimed to (i) evaluate and characterize, by genotyping technique nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), the diversity and the genetic structure of C. canephora Conilon individuals belonging to a population located in the experimental field of Embrapa Cerrados.

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• De Araújo Carneiro Fernanda, CAPES [Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior] (BRA)
• Silva Rêgo Erica Cristina, UNESP (BRA)
• De Aquino Oliveira Sinara, CAPES [Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior] (BRA)
• Santos Costa Tatiana, CAPES [Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior] (BRA)
• Araújo de Lima Edriana, CNPq (BRA)
• Cruz Rocha Omar, EMBRAPA (BRA)
• Costa Rodrigues Gustavo, EMBRAPA (BRA)
• Alves de Figueiredo Carvalho Milene, EMBRAPA (BRA)
• Marraccini Pierre, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (BRA) ORCID: 0000-0001-7637-6811
• Ferreira Bartholo Gabriel, EMBRAPA (BRA)
• Guerra Antonio Fernando, EMBRAPA (BRA)
• Bonfim da Silva Orzenil, EMBRAPA (BRA)
• Grattapaglia Dario, EMBRAPA (BRA)
• Carvalho Andrade Alan, EMBRAPA (BRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/576594/)

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