Desenvolvimento e validação de uma plataforma de genotipagem em larga escala para Coffea canephora

De Araújo Carneiro Fernanda, De Aquino Sinara Oliveira, Gomes Mattos Nathália, Coelho Valeriano Jéssica, de Jesus Carneiro Wendel William, Marraccini Pierre, Bonfim da Silva Júnior Orzenil, Grattapaglia Dario, Carvalho Andrade Alan. 2019. Desenvolvimento e validação de uma plataforma de genotipagem em larga escala para Coffea canephora. In : X Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Consórcio Pesquisa Café. Vitória : EMBRAPA, 4 p. (Anais do Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 10) Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 10, Vitória, Brésil, 8 Octobre 2019/11 Octobre 2019.

Titre anglais : Development and validation of a large scale genotyping platform for Coffea canephora

Résumé : O cultivo de espécies de café como Coffea canephora e C. arabica, são muito importantes em regiões tropicais de todo o mundo e possuem grande valor econômico e cultural. As plataformas de genotipagem de SNPs oferecem ensaios altamente multiplexados a um custo relativamente baixo e podem ser uma ferramenta válida para a identificação dos marcadores associados a características de interesse. Neste trabalho é proposto o desenvolvimento e a validação de uma plataforma de genotipagem Affymetrix Axiom (®) para C. canephora (Coffee Axiom chip – 26K) com SNPs identificados a partir de dados de resequenciamento de pools de C. canephora, cobrindo a maior parte da diversidade genética conhecida para a espécie, e distribuídos ao longo de todo o genoma. Mais de 1.500 indivíduos de C. canephora foram genotipados com o chip para se avaliar a eficácia do mesmo. A grande maioria dos SNPs (20.920 ou 82%) pertence à classe de polimorfismos de alta resolução. O chip Coffee Axiom - 26K- se constitui uma ferramenta de referência para a pesquisa de genética molecular e genética de populações em espécies de café.

Résumé (autre langue) : Coffee species such as Coffea canephora and C. arabica are important crops in tropical regions around the world, and has great economic and cultural value. Single nucleotide polymorphism arrays offer highly multiplexed assays at a relatively low cost per data point and can be a valid tool for the identification of the markers associated with traits of interest. Here, we describe the development and validation of a Affymetrix Axiom(®) genotyping array for C. canephora (Coffee Axiom chip – 26K) whose genome – wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. More than 1,500 C. canephora individuals have been genotyped with the chip to assess the effectiveness of the array. A large majority of SNPs (20,920 or 82%) fell in the stringent class of poly high resolution polymorphisms. The Coffee Axiom chip – 26K will likely be a reference tool for molecular breeding and population genetics investigation within coffee species.

Auteurs et affiliations

• De Araújo Carneiro Fernanda, UFLA (BRA)
• De Aquino Sinara Oliveira, UFLA (BRA)
• Gomes Mattos Nathália, UFLA (BRA)
• Coelho Valeriano Jéssica, UFLA (BRA)
• de Jesus Carneiro Wendel William
• Marraccini Pierre, CIRAD-BIOS-UMR IPME (VNM) ORCID: 0000-0001-7637-6811
• Bonfim da Silva Júnior Orzenil, EMBRAPA (BRA)
• Grattapaglia Dario, EMBRAPA (BRA)
• Carvalho Andrade Alan, EMBRAPA (BRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/593840/)

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