Development of an optimal antimicrobial resistance surveillance system in Viet Nam

Vu Tien Viet Dung. 2020. Development of an optimal antimicrobial resistance surveillance system in Viet Nam. Montpellier : Université de Montpellier, 224 p. Thèse de doctorat : Sciences de l'évolution et de la biodiversité : Université de Montpellier

Titre français : Développement d'un système optimal de surveillance de la résistance aux antimicrobiens au Viet Nam

Encadrement : Peyre, Marisa

Résumé : Antimicrobial resistance (AMR) is a major global public health concern. The Viet Nam National Action Plan on AMR recognised surveillance as one of critical components for control. However, the current AMR surveillance system (AMRSS) in Viet Nam is likely to be over-representing severe and hospital acquired infections (HAI), potentially resulting in an overestimation of resistance among community acquired infection (CAI). This thesis aims to evaluate the AMRSS in Viet Nam and to make suggestions to optimize the AMRSS effectiveness in providing accurate and representative AMR data for CAI patients in this setting.A systematic litterature review was conducted to generate an overview of the AMRSSs that have been implemented globally and any evaluations of such systems. There is no standardized framework or guidelines for conducting evaluation of AMRSS. Less than 10% of the systems reported some system evaluation, focusing on few attributes such as representativeness, timeliness, bias, cost, coverage, and sensitivity. This review highlighted the need for systematic evaluation to assess AMRSS performance and for developing specific methods, building on current evaluation guidelines, with additional attributes specific for AMR surveillance.An evaluation of the hospital-based VINARES (Viet Nam Resistance) AMRSS in Viet Nam in two time periods, 2012-2013 and 2016-2017, was carried out. The sensitivity of the AMRSS was in the 2-5% range and remained similar between the two periods. There was a delay in data submission from the hospitals, which affected surveillance timeliness. No evaluation of the surveillance system was carried out to identify problems and implement prompt resolutions. Data from these two periods showed increasing trends of resistance among key pathogen – antimicrobial combinations, and a lack of discrimination in resistance results between CAI and HAI patients.Optimization through modelling of the hospital based AMRSS was then carried out focusing on carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae using baseline data from VINARES and employing model-based methodologies examining key attributes including accuracy, sensitivity, coverage, and representativeness with two assumptions: (1) hospitals of a same type (national, specialized and provincial) were similar; (2) resistant proportions were similar by type of hospitals for CAI while they varied for HAI. Overall, the results showed that the accuracy of AMR data is enhanced when the number of hospitals increases (0.6% decrease in mean squared error for one additional hospital (CI 0.6% - 0.7%)). For a given amount of budget, the optimal numbers of hospitals by type can be determined using this modelling approach to identify a system with the best values for each performance attribute.The results indicate that the current AMRSS can increase the proportions of specialized and provincial hospitals to increase accuracy of data and system representativeness. The models were based on VINARES data, therefore the results are likely to be valid for an AMRSS with similar organizational structures and data collection protocols. The amount of budget that the government and foreign development partners are willing to spend on AMR surveillance is also an important factor in identifying the optimal hospital combination for the AMRSS.

Résumé (autre langue) : La résistance aux antimicrobiens (AMR) est une préoccupation majeure de santé publique mondiale. Le Plan d'Action National du Viet Nam sur la résistance aux antimicrobiens a reconnu la surveillance comme l'un des éléments essentiels du contrôle. Cependant, le système actuel de surveillance de l'AMR (AMRSS) au Vietnam est susceptible de sur-représenter les infections graves et les infections nosocomiales (HAI), ce qui pourrait entraîner une surestimation de la résistance des infections acquises dans la communauté (CAI). Cette thèse vise à évaluer l'AMRSS au Viet Nam et à faire des suggestions pour optimiser l'efficacité de l'AMRSS en fournissant des données AMR précises et représentatives pour les patients CAI dans ce contexte.Une revue systématique de la littérature a été menée pour produire un aperçu des AMRSS qui ont été mis en oeuvre à l'échelle mondiale et des évaluations de ces systèmes. Il n'y a pas de cadre normalisé ni de lignes directrices pour mener une évaluation de l'AMRSS. Moins de 10% des systèmes ont signalé une évaluation du système, en se concentrant sur quelques attributs tels que la représentativité, l'opportunité, le biais, le coût, la couverture et la sensibilité. Cet examen a mis en évidence la nécessité d'une évaluation systématique pour évaluer les performances de l'AMRSS et de l'élaboration de méthodes spécifiques, s'appuyant sur les directives d'évaluation actuelles, avec des attributs supplémentaires spécifiques pour la surveillance de l'AMR.Une évaluation du système de surveillance VINARES (résistance du Viet Nam) en milieu hospitalier au Viet Nam sur deux périodes, 2012-2013 et 2016-2017, a été réalisée. La sensibilité de l'AMRSS était de l'ordre de 2 à 5% et est restée similaire entre les deux périodes. Il y a eu un retard dans la soumission des données des hôpitaux, ce qui a affecté la rapidité de la surveillance. Aucune évaluation du système de surveillance n'a été effectuée pour identifier les problèmes et mettre en oeuvre des solutions rapides. Les données de ces deux périodes ont montré des tendances croissantes de résistance parmi les combinaisons pathogènes-antimicrobiens clés, et un manque de discrimination dans les résultats de résistance entre les patients CAI et HAI.Une optimisation par modélisation de l'AMRSS en milieu hospitalier a ensuite été réalisée en se concentrant sur Klebsiella pneumoniae résistant aux carbapénèmes en utilisant les données de base de VINARES et en utilisant des méthodologies basées sur des modèles examinant les attributs clés, notamment la précision, la sensibilité, la couverture et la représentativité avec deux hypothèses: (1) les hôpitaux de un même type (national, spécialisé et provincial) était similaire; (2) les proportions de résistants étaient similaires selon le type d'hôpitaux pour le CAI alors qu'elles variaient pour le HAI. Dans l'ensemble, les résultats ont montré que la précision des données sur l'AMR est améliorée lorsque le nombre d'hôpitaux augmente (diminution de 0,6% de l'erreur quadratique moyenne pour un hôpital). Pour un budget donné, le nombre optimal d'hôpitaux par type peut être déterminé en utilisant cette approche de modélisation pour identifier un système avec les meilleures valeurs pour chaque attribut de performance.Les résultats indiquent que l'AMRSS actuel peut augmenter les proportions d'hôpitaux spécialisés et provinciaux pour accroître la précision des données et la représentativité du système. Les résultats sont valables pour un AMRSS avec des structures organisationnelles et des protocoles de collecte de données similaires de VINARES. Le budget que le gouvernement et les partenaires de développement étrangers sont prêts à consacrer à la surveillance de l'AMR est également un facteur important pour identifier la combinaison optimale des hôpitaux pour l'AMRSS.

Mots-clés Agrovoc : population humaine, politique sanitaire, surveillance épidémiologique, système de surveillance, pathologie humaine

Mots-clés géographiques Agrovoc : Viet Nam

Classification Agris : S50 - Santé humaine

Auteurs et affiliations

• Vu Tien Viet Dung, CIRAD-BIOS-UMR ASTRE (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/596699/)

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