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Genom-wide analysis of Moniliophthora roreri facilitates the development of species-specific primers for biomonitoring frosty pod rot of cacao. Reis Sara Pereira Menezes, Diorato Vanessa Santana, dos Santos Júnior Almiro Neves, Barbosa Ceslaine Santos, Ciampi-Guillardi Maisa, de Andrade Edson Mario, Solis Karina Zoila, Manco Maria Julia Silva, França Franciely Santos, Vera Danilo, Catota Arturo Ivan Garzón, Niella Givaldo Rocha, Arévalo-Gardini Enrique, Bonilla José Luis Solís, Micheli Fabienne, Wong Julio Alfonso Chia, Gramacho Karina Peres. 2025. PhytoFrontiers, 11 p.

Whole-genome sequencing and comparative genomics reveal candidate genes associated with quality traits in Dioscorea alata. Zotta Mota Ana, Dossa Komivi, Lechaudel Mathieu, Cornet Denis, Mournet Pierre, Santoni Sylvain, Lopez David, Chaïr Hâna. 2024. BMC Genomics, 25:248, 17 p.

Phylogeny, ecology, and gene families covariation shaped the olfactory subgenome of rodents. Courcelle Maxime, Fabre Pierre-Henri, Douzery Emmanuel. 2023. Genome Biology and Evolution, 15 (11):evad197, 15 p.

Genomic signatures of domestication in Old World camels. Fitak Robert Rodgers, Mohandesan Elmira, Corander Jukka, Yadamsuren Adiya, Chuluunbat Battsetseg, Abdelhadi Omer M.A., Raziq Abdul, Nagy Peter, Walzer Chris, Faye Bernard, Burger Pamela A.. 2020. Communications Biology, 3 (1):316, 10 p.

Transcriptional regulation of sorghum stem composition: Key players identified through co-expression gene network and comparative genomics analyses. Hennet Lauriane, Berger Angélique, Trabanco Noemi, Ricciuti Emeline, Dufayard Jean François, Bocs Stéphanie, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Roques Sandrine, Rossini Laura, Luquet Delphine, Terrier Nancy, Pot David. 2020. Frontiers in Plant Science, 11:224, 29 p.

Improving transcriptome de novo assembly by using a reference genome of a related species: Translational genomics from oil palm to coconut. Armero Villanueva Alix Augusto, Baudouin Luc, Bocs Stéphanie, This Dominique. 2017. PloS One, 12 (3):e0173300, 22 p.

Post genomics era for orchid research. Tsai Wen-Chieh, Diévart Anne, Hsu Chia-Chi, Hsiao Yu-Yun, Chiou Shang-Yi, Huang Hsin, Chen Hong-Hwa. 2017. Botanical Studies, 58:e61, 22 p.

A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives. Sarah Gautier, Homa Félix, Pointet Stéphanie, Contreras Sandy, Sabot François, Nabholz Benoit, Santoni Sylvain, Sauné Laure, Ardisson Morgane, Chantret Nathalie, Sauvage Christopher, Tregear James, Jourda Cyril, Pot David, Vigouroux Yves, Chaïr Hâna, Scarcelli Nora, Billot Claire, Yahiaoui Nabila, Bacilieri Roberto, Khadari Bouchaib, Boccara Michel, Barnaud Adeline, Péros Jean-Pierre, Labouisse Jean-Pierre, Pham Jean Louis, David Jacques, Glemin Sylvain, Ruiz Manuel. 2017. Molecular Ecology Resources, 17 (3) : 565-580.

Comparative genomics of a cannabis pathogen reveals insight into the evolution of pathogenicity in Xanthomonas. Jacobs Jonathan M., Pesce Céline, Lefeuvre Pierre, Koebnik Ralf. 2015. Frontiers in Plant Science, 6 (431), 13 p.

Exploring the Vanilla planifolia genome using bioinformatics tools such as the Vanilla Genome Hub. Droc Gaëtan, Piet Quentin, Sarah Gautier, Bocs Stéphanie. 2024. In : Book of abstracts, 5th International Vanilla Congress, 4-7 June 2024, Reunion Island, France. CIRAD, Université de la Réunion. Saint-Pierre : CIRAD-Université de la Réunion, Résumé, p. 27. International Vanilla Congress (IVC 2024). 5, Saint-Pierre, Réunion, 4 Juin 2024/7 Juin 2024.

Application du système GenFam à la réponse au stress des plantes : intégration de l'identification d'éléments cis spécifiques. Lorenzo Jonathan, Larivière Delphine, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, This Dominique, Bocs Stéphanie. 2015. In : Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques. Leroy Philippe (ed.), Peyret Pierre (ed.). Université d'Auvergne. Clermont-Ferrand : Université d’Auvergne-INRA, Résumé, 95. ISBN 2-7380-1377-5 JOBIM 2015. 16, Clermont-Ferrand, France, 6 Juillet 2015/9 Juillet 2015.

Novel pipelines for assembling and annotation of genomes for plant pathogenic fungi. Application on two major banana pathogens [P4.3-024]. Ravel Sébastien, Bache Simon, Durand Théo, Mostert Diane, Viljoen Altus, Carlier Jean, Wicker Emmanuel. 2023. In : 12th International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023): One health for all plants, crops and trees. Book of abstracts. ISPP, SFP. Lyon : ISP, Résumé, p. 334. International Conference on Plant Pathology (ICPP 2023). 12, Lyon, France, 20 Août 2023/25 Août 2023.

Improving transcriptome de novo assembly by using a reference genome of a related species: translational genomics from oil palm to coconut. Armero Villanueva Alix Augusto, Bocs Stéphanie, Baudouin Luc, This Dominique. 2015. In : Plant Genome Evolution 2015. Elsevier. Amsterdam : Elsevier, 1 p. Plant Genome Evolution, Amsterdam, Pays-Bas, 6 Septembre 2015/8 Septembre 2015.

Understanding sorghum cell wall deposition using comparative genomics and gene coexpression network. Hennet Lauriane, Richaud Frédérique, Rios Maelle, Calatayud Caroline, Berger Angélique, Godwin Ian, Dufayard Jean François, Pot David, Luquet Delphine, Terrier Nancy. 2019. . RFP. Roscoff : RFP, Résumé, 1 p. Journées du Réseau français des parois (JRFP 2019). 12, Roscoff, France, 14 Mai 2019/16 Mai 2019.

Méthodes bioinformatiques d'analyse de l'histoire évolutive des familles de gènes : intégration de données, indices évolutifs, et analyses fonctionnelles appliquées aux familles de gènes impliquées dans la réponse des plantes aux stress environnementaux. Larivière Delphine. 2016. Montpellier : Montpellier SupAgro, 324 p. Thèse de doctorat : Biologie intégrative des plantes : Montpellier SupAgro