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Le contexte. Rencontres interdisciplinaires sur les systèmes complexes naturels et artificiels. Müller Jean Pierre. 2015. Paris : Chemins de tr@verses, 286 p. ISBN 978-2-313-00522-4

Approche par les communs : structure formelle des usages et quête de sens. Delay Etienne, Müller Jean Pierre. 2020. . IASC. s.l. : IASC, Résumé, 1 p. IASC 2020 Web Conference on African Commons, s.l., États-Unis, 13 Juillet 2020/27 Juillet 2020.

Représenter les disciplines dans les modèles. Müller Jean Pierre. 2014. . Megève : s.n., Diaporama, (39 vues) Journées de Rochebrune : Multi-trans-interdisciplinarité. 21, Megève, France, 19 Janvier 2014/25 Janvier 2014.

Modélisation intégrée et pluri-niveaux des stock-flux de matière et d'énergie dans les systèmes agricoles pour l'évaluation multicritère et l'accompagnement de transitions en élevage. Vayssières Jonathan. 2021. Montpellier : Université de Montpellier, 122 p. Habilitation à diriger des recherches : Université de Montpellier

Systèmes complexes de la biologie aux territoires. Arnaud Nicolas (ed.), Jouve Bernard (ed.), Müller Jean Pierre (ed.), Amsallem Isabelle (ed.), Crette Aurélie (ed.), Hubert Bernard (ed.). 2018. Montpellier : Agropolis International, 79 p. (Les dossiers d'Agropolis International, 23)