Aspects statistiques de la cartographie des marqueurs moléculaires

Lorieux Mathias. 1994. Aspects statistiques de la cartographie des marqueurs moléculaires. Montpellier : CIRAD, 56 p. (Documents de travail de la mission biométrie, 1-94)

Autre titre : Statistic aspects of molecular markers mapping

Résumé : Ce document aborde un certain nombre de problèmes statistiques rencontrés en cartographie génétique. Plusieurs points sont discutés : les méthodes de détection et d'estimation de la liaison entre marqueurs; l'ordonnancement des marqueurs par analyse multipoint, avec présentation de quelques logiciels de cartographie; les fonctions de cartographie de Haldane et de Kosambi, qui ont pour but de transformer des fréquences de recombinaison en distances de carte additives; les intérêts particuliers de différents types de populations en ségrégation (backcross, F2, lignées recombinantes, haploïdes doublés) pour la cartographie; ces populations sont comparées en termes de précision d'estimation des fréquences de recombinaison entre marqueurs; l'influence de la taille des populations utilisées; l'estimation du nombre de marqueurs à utiliser pour que la carte soit saturée (i.e., qu'il n'y ait pas d'espace sans marqueur de plus de x centimorgans) avec une probabilité donnée; l'estimation de la taille du génome en centimorgans (méthode de Hubert et al., 1988)

Résumé (autre langue) : This paper touchs on several statisticals problems encountered in genetic mapping. Several points are discussed: - The methods of detection and estimation of linkage between markers (X2 tests, LOD score, maximum likelihood method). - The methods for ordering markers on linkage groups by multipoint analysis, with presentation of softwares based on different algorithms (Cprop, G-Mendel, Joinmap, Linkage, Liped, Mapmaker). - Mapping fonctions (Haldane - Kosambi), which translate recombination fractions into additive map distances. - The interests of different populations types (backcross, F2, recombinant inbred lines or RIL, doubled haploid or DH) for genetic mapping. These populations are compared for the precision of the estimation of the recombination frequencies between markers. For F2 populations, the influence of the type of the segregation (dominant - codominant) of the markers on the precision of the map is examined. An F2 is very informative for codominant markers, but a backcross is better for dominant markers. RILs are more informative than backcrosses for small distances (< 15 centimorgans), but become uninformative for greater distances. - The influence of population size. - The estimation of the number of markers to be used in order to obtain a saturated map (i.e., there is no "gap" of more than x centimorgans). - The estimation of the genome size (method of Hulbert et al., 1988).

Mots-clés Agrovoc : méthode statistique, marqueur génétique, carte génétique, génome

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
U10 - Informatique, mathématiques et statistiques

Auteurs et affiliations

• Lorieux Mathias

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/326546/)

Métriques

[ Page générée et mise en cache le 2024-01-27 ]