Etude de la diversité génétique existant au sein d'une collection de souches de Xanthomonas sp. pathogènes de l'oignon par AFLP et PFLP

Roumagnac Philippe, Gagnevin Lionel, Sellos S., Brin Christelle, Manceau Charles, Pruvost Olivier. 2002. Etude de la diversité génétique existant au sein d'une collection de souches de Xanthomonas sp. pathogènes de l'oignon par AFLP et PFLP. In : Rencontres de bactériologie, Aussois, France, 13-17 janvier 2002. s.l. : s.n., 1 p. Rencontres de bactériologie. 5, Aussois, France, 13 Janvier 2002/17 Janvier 2002.

Résumé : Le dépérissement bactérien de l'oignon est une maladie causée par une bactérie appartenant au genre Xanthomonas. Des épidémies ont émergé ces dernières années dans de nombreuses régions de production d'oignon (Venezuela, Japon, Afrique du Sud, États-Unis). La littérature scientifique concernant ce pathosystème étant très limitée, les caractéristiques de la maladie et de l'agent pathogène sont à ce jour méconnues. La diversité génétique de 150 souches de Xanthomonas sp., pathogène de l'oignon a été étudiée par RFLP et par AFLP. La technique RFLP a été utilisée à l'aide de deux sondes :un groupe de gènes hrp et une portion de l'opéron rrn (rADN 16S+ITS1+rADN 23S). Pour chaque sonde six haplotypes ont été mis en évidence, mais il n'y a pas correspondance entre les ribotypes et les groupes hrp. Dans les deux cas, un haplotype est prédominant et réparti dans la majorité des zones de production. La technique AFLP, consistant en la digestion de l'ADN total par le couple d'enzymes EcoR I / Msp I et l'amplification spécifique à l'aide d'un couple d'amorces contenant un total de 2 bases spécifiques (EcoRI / MspI-TG) a généré 92 fragments d'ADN dont 70 sont polymorphes (35 haplotypes différents). La diversité est importante au sein de la collection mondiale, elle se traduit par des groupes bien marqués, très différents les uns des autres et de nombreux individus isolés, très éloignés du reste des souches. À un niveau de similarité de 90 % plusieurs groupes peuvent être différenciés, en corrélation avec l'origine géographique des souches (Groupes Mascareignes, Groupe Hawaii, Groupe Cuba-Ail, Groupe Barbade, Groupe Brésil). Dans l'archipel des Mascareignes, il existe deux groupes de souches clairement différenciés corrélés avec les caractéristiques phénotypiques des souches. Les groupes obtenus par les trois approches, ribotypage, hrp-RFLP et AFLP, sont différents, la présence de 6 ribotypes et une similarité de l'ordre de 50 % entre les souches les plus éloignées de la collection (technique AFLP) est comparable aux résultats obtenus sur Xanthomonas axonopodis pv. manihotis. La mise en évidence de 6 haplotypes différents avec la sonde hrp se démarque des résultats actuellement connus sur les maladies causées par des Xanthomonas où il n'a pas été observé de polymorphisme au sein d'un pathovar. (Texte intégral)

Mots-clés Agrovoc : Allium cepa, Xanthomonas, ressource génétique, RFLP, collection, agent pathogène, maladie des plantes, maladie bactérienne, épidémiologie

Mots-clés complémentaires : AFLP

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Roumagnac Philippe, CIRAD-FLHOR-PRH (REU) ORCID: 0000-0001-5002-6039
• Gagnevin Lionel, CIRAD-AMIS-PROTECTION DES CULTURES (REU)
• Sellos S.
• Brin Christelle, INRA (FRA)
• Manceau Charles, INRA (FRA)
• Pruvost Olivier, CIRAD-FLHOR-ARF (REU)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/486558/)

Métriques

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