Attard Agnès, Kühn Marie-Line, Cattolico Laurence, Meyer Michel, Balesdent Marie-Hélène, Rouxel Thierry.
2002. Environnement génomique du gène d'avirulence AvrLm1 chez Leptosphaeria maculans.
In : Journées Jean Chevaugeon : IVe rencontres de phytopathologie - mycologie du 13 au 17 mars 2002. [Résumés]. CIRAD-MIDEC, INRA, CNRS, SFP
Résumé : Une carte génétique de Leptosphaeria maculans a été construite sur un croisement mettant en ségrégation le gène d'avirulence AvrLm1. Cette carte est à la base de la marche chromosomique actuellement en cours pour le clonage d'AvrLm1. Sept marqueurs étroitement lies à AvrLm1 ont ainsi été identifiés. Parmi ceux-ci, trois marqueurs SCARs ne montrent aucun vénement de recombinaison avec AvrLm1 dans 5 croisements sommant 312 descendants. L'utilisation de tels marqueurs pour le criblage d'une banque BAC représentant 7 equivalents-génome nous a permis de sélectionner et d'organiser en contig cinq clones, couvrant 184010 pb de la région contenant potentiellement AvrLm1. Le séquençage intégral de la région montre que les marqueurs co-ségrégeants correspondent à une région d'environ 121 kb. La séquence montre par ailleurs la propriété d'être extrêmement riche en A+T (63%), à l'exception d'un îlot de 30-kb, équilibré en G+C et riche en ORFs putatives. La plupart des ces ORFs montrent d'ailleurs de fortes similarités avec des gènes identifiés chez les levures ou d'autres filamenteux. 73% de la séquence correspondent à de grands fragments de séquences montrant des homologies avec des éléments répétés divers, composites et/ou fortement dégénérés. Ainsi sont identifiés dans la séquence, (i) 5 variants de LMR1, un élément répété endogène de L. maculans, (ii) des séquences identiques à des rétrotransposons dégénérés ou non (Maggy, Grasshopper, etc.) dispersées le long du contig ou (iii) organisées en deux répétitions inversées de 25-kb. L'annotation de la séquence (et l'identification d'AvrLm1) est actuellement enrichie d'une approche de cDNA-AFLP entre souches quasi-isogéniques, visant à identifier des ORF non détectées par les logiciels de prédiction de séquences codantes. (Texte intégral)
Mots-clés Agrovoc : Leptosphaeria maculans, pouvoir pathogène, gène, séquence d'acides aminés
Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
Auteurs et affiliations
- Attard Agnès, INRA (FRA)
- Kühn Marie-Line, INRA (FRA)
- Cattolico Laurence, Centre national de séquençage (FRA)
- Meyer Michel, INRA (FRA)
- Balesdent Marie-Hélène, INRA (FRA)
- Rouxel Thierry, INRA (FRA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/490749/)
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