Muller Emmanuelle, Sackey Sammy.
2003. Variabilité du virus du Swollen shoot (CSSV): clonage et analyse de quatre nouvelles séquences entières.
In : 9ème Rencontres de virologie végétale, 2 au 6 février 2006, Aussois. Pierre Yot ; CNRS
Résumé : Un nouvel isolat Togolais (Nyongbo 2) et 3 isolats Ghanéens (N1A, New Juaben et Peki) du CSSV (famille des Caulimoviridae, genre Badnavirus) ont été clonés après amplification de la séquence totale par PCR. Les amplifiats d'environ 7 kb ont été obtenus avec la DNA polymerase Expand High Fidelity (Roche) et des amorces orientées en sens contraires et chevauchantes au site Pst1, site retrouvé de manière unique sur la seule séquence CSSV (Agoul) publiée. Ces produits d'amplification ont été clonés à l'aide du kit TOPO-XL PCR Cloning (Invitrogen). Un clone par isolat a été choisi pour le séquençage. La taille du génome total varie de 7024 ph pour l'isolat N1A à 7242 pb pour l'isolat Nyongbo 2. L'organisation des ORFs sur les génomes des 5 isolats diffère essentiellement par la disparition partielle ou totale de l'ORFX pour les 3 isolats Ghanéens. La taille des ORF1 et Y est conservée pour tous les isolats. La taille de l'ORF2 diffère entre l'isolat Agoul et les 4 nouveaux isolats séquencés. L'ORF3 a une taille variable selon les isolats. La portion intergénique de tous les isolats contient le site très conservé d'accrochage à l'ARN de transfert Methionine en position 1-12. Le motif de 12 nucléotides TGGTATCAGAGC est conservé pour tous les badnavirus séquencés jusqu'à présent mais on observe un changement de base dans ce motif pour NB2 et pour Peki à deux positions différentes. Les alignements des séquences nucléotidiques et protéiques des 4 ORFs communes à tous les isolats de CSSV permettent de séparer clairement les 5 isolats suivant leur origine géographique Togo ou Ghana plutôt que selon leur agressivité (N1A et Peki provoquent des symptômes atténués, sans gonflements). Le pourcentage d'identité minimum est de 73.3 pour les séquences nucléotidiques et 82.1 pour les séquences protéiques. (Texte intégral)
Mots-clés Agrovoc : Caulimovirus, virus des végétaux, Theobroma cacao, variation génétique, séquence nucléotidique
Mots-clés géographiques Agrovoc : Togo, Ghana
Mots-clés complémentaires : Cacao swollen shoot virus (CSSV)
Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
Auteurs et affiliations
- Muller Emmanuelle, CIRAD-AMIS-PROTECTION DES CULTURES (FRA)
- Sackey Sammy, University of Ghana (GHA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/513442/)
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