Analyse de la diversité et évaluation du déséquilibre de liaison chez quelques populations naturelles et cultivées de caféiers Coffea canephora

Cubry Philippe. 2005. Analyse de la diversité et évaluation du déséquilibre de liaison chez quelques populations naturelles et cultivées de caféiers Coffea canephora. Montpellier : ENSAM, 42 p. Mémoire DEA : Ressources génétiques et interactions biologiques : Ecole nationale supérieure agronomique de Montpellier

Titre anglais : Genetic diversity analyses and linkage disequilibrium evaluation in some natural and cultivated populations of Coffea canephora

Résumé : Le café Robusta, produit par Coffea canephora, représente environ 35% de la production mondiale de café. Dans le cadre de recherches visant à l'amélioration de la qualité à la tasse du café, la connaissance de la diversité génétique des populations naturelles et cultivées présente un intérêt important. Dans un premier temps, une étude de diversité a été réalisée à l'aide de 34 marqueurs SSR répartis sur l'ensemble du génome. Cette étude comprend des populations d'individus des grands groupes génétiques préalablement identifiés ainsi que des populations sauvages et cultivées d'Afrique de l'Est jamais analysées pour leur diversité. Les résultats obtenus confirment la structuration en groupes décrite précédemment et indiquent l'originalité des populations d'Afrique de dans l'espèce Coffea canephora. Ces populations pourraient constituer une variabilité génétique utilisable par les sélectionneurs. Une évaluation du déséquilibre de liaison pour des marqueurs entre lesquels la distance génétique est connue a ensuite été menée pour 25 marqueurs microsatellites sur les populations analysées en diversité. Les résultats de cette étude pourront être utilisés pour les programmes d'amélioration des populations en cours et serviront de base à la définition de populations utilisables pour de futures études d'association.

Résumé (autre langue) : Robusta coffee, produced by Coffea canephora, represents about 35% of the world coffee production. As part of studies aiming at the improvement of coffee cup quality, the knowledge of the genetic diversity of the wild and cultivated populations is an important task. First, a diversity study was undertaken with 34 SSR markers distributed on the whole genome. This study concerned several populations belonging to the main known coffee diversity groups, as well as wild and cultivated East African populations that were never analyzed for diversity. The results confirmed the groups structure previously described and stressed out the original features of the East African populations that seem to represent a new homogenous group. This new group could allow the breeders to broaden the genetic basis they use for coffee improvement. Second, an estimation of linkage disequilibrium for markers for which the genetic distance is known was made for 25 SSR markers on the same populations as in the diversity study. The results of this work will be useful to breeding programs and will be the basis for future association studies.

Mots-clés Agrovoc : Coffea canephora, variation génétique, marqueur génétique, microsatellite, organisme indigène, population végétale, amélioration des plantes, plante de culture, plante sauvage, génétique des populations, ressource génétique, liaison génétique

Mots-clés géographiques Agrovoc : Afrique orientale, Congo, Ouganda, Guinée

Mots-clés complémentaires : SSR, Linkage disequilibrium

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie

Auteurs et affiliations

• Cubry Philippe, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/527827/)

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