Diversité nucléotidique et évolution moléculaire de cinq gènes impliqués dans la voie de biosynthèse du saccharose au sein du genre Coffea

Bouchet Sophie. 2005. Diversité nucléotidique et évolution moléculaire de cinq gènes impliqués dans la voie de biosynthèse du saccharose au sein du genre Coffea. Rennes : Université de Rennes I, 64 p. Mémoire de master : Biologie. Spécialité Génétique, adaptation et productions végétales : Université de Rennes I

Titre anglais : Nucleotide diversity and molecular evolution of 5 genes involved in the sucrose biosynthesis pathway in the genus Coffea canephora

Résumé : La qualité est un enjeu majeur pour la filière Café, d'une part pour la stabilisation du revenu des planteurs mais aussi pour la satisfaction de l'industrie et du consommateur. La compréhension de son déterminisme génétique est primordiale en vue de la sélection de variétés présentant de meilleures propriétés organoleptiques. Pour le torréfacteur, la teneur du grain en saccharose est déterminante lors des réactions de Maillard, à l'origine du développement des arômes. Cette étude a pour objectif l'analyse de la diversité nucléotidique de cinq gènes impliqués dans la voie de biosynthèse du saccharose au sein de 5 des groupes de diversité de Coffea canephora et des espèces représentatives des 4 groupes du genre Coffea. Au sein de Coffea canephora, 106 polymorphismes ont été détectés sur les 9,5 Kb explorés. Le taux de polymorphisme non synonyme est très faible suggérant de fortes contraintes évolutives sur ces protéines. La structure de la diversité nucléotidique observée est comparable à celle de marqueurs neutres. Néanmoins, le promoteur de la saccharose synthasel présente un coefficient de différentiation génétique significativement supérieur aux autres, il pourrait s'agir d'un outlier éventuellement impliqué dans la variation d'un caractère adaptatif En outre, la Saccharose-Phosphate-Synthétase semble soumise à une sélection positive au moins dans une des populations. Les marqueurs microsatellites et SNP détectés permettront la cartographie des gènes et serviront de base pour des tests d'association avec la qualité organoleptique de Coffea canephora.

Résumé (autre langue) : Quality is relevant to improve producers'income, to satisfy industry and consumers. Comprehension of its genetic determinism is therefore important to identify good organoleptic quality cultivars by Marker Assisted Selection. Sucrose content in coffee beans is a major component for quality. It reacts with proteins during the Maillard reaction to produce flavours. The purpose of this study is to investigate the nucleotide diversity of 5 genes involved in the sucrose biosynthesis pathway within the 5 groups which are known in the C. canephora species and the 4 groups of the genius Coffea. Within C. canephora, 106 polymorphic sites have been detected in the 9,5 kb explored. Non synonymous polymorphism is very low, suggesting a strong evolutive constraint on these proteins. The structure of nucleotide diversity is quite the same that the one observed for neutral markers (isozymes and microstellites). Nevertheless, Sucrose Synthase 1 promoter presents a significatively higher coefficient of genetic differentiation. It could be an outlier involved in the variation of an adaptative trait. Furthermore, Sucrose-Phosphate-Synthase could be under positive selection, at least for one population. Microsatellite and SNP which have been detected inside the genes will permit to map them and to do association tests for Coffea canephora cup quality.

Mots-clés Agrovoc : Coffea, biosynthèse, saccharose, variation génétique, gène, polymorphisme génétique, marqueur génétique, microsatellite, nucléotide, distance génétique, Coffea canephora

Mots-clés complémentaires : Différenciation, Saccharose synthétase

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Bouchet Sophie, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/528164/)

Métriques

[ Page générée et mise en cache le 2024-01-28 ]