Development of genomic microsatellite markers in Coffea canephora and their transferability to other coffee species

Poncet Valérie, Dufour Magali, Hamon Perla, Hamon Serge, De Kochko Alexandre, Leroy Thierry. 2007. Development of genomic microsatellite markers in Coffea canephora and their transferability to other coffee species. Genome (Ottawa), 50 (12) : 1156-1161.

https://doi.org/10.1139/G07-073

Article de revue ; Article de revue à facteur d'impact

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Thème(s) HCERES des revues (en SHS) : Psychologie-éthologie-ergonomie

Résumé : Soixante-dix pour cent des 103 espèces de Coffea actuellement identifiées sont menacées d'extinction, mais peu d'entre elles sont étudiées. Un jeu de 40 marqueurs microsatellites polymorphes a été développé en utilisant une banque génomique de Coffea canephora enrichie en GA/GT. L'amplification de ces marqueurs a été testée sur des accessions de C. heterocalyx (une espèce déclarée " Gravement Menacée ") et C. pseudozanguebariae (une espèce déclarée " Vulnérable "), appartenant à différents clades géographiques Africains. Tous les microsatellites sont polymorphes chez C. canephora, avec un nombre moyen d'allèles par locus de plus de 3 (sur un minimum de 9 génotypes testés). Les hétérozygoties observées et attendues, calculées pour les espèces C. canephora et C. pseudozanguebariae varient respectivement entre 0,10 et 0,91; et entre 0,20 et 0,77. Au total, 95 % des paires d'amorces ont permis une amplification chez C. heterocalyx et C. pseudozanguebariae, indiquant un fort taux de transfert au sein du genre Coffea. Ce large jeu de marqueurs sera utile pour des études génétiques approfondies des espèces menacées de Coffea.

Mots-clés Agrovoc : Coffea canephora, Coffea, microsatellite, marqueur génétique, transcription

Mots-clés complémentaires : Coffea heterocalyx, Coffea pseudozanguebariae

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2005-2013) - Intensification écologique

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