Analyse du transcriptome des variétés aromatiques équatoriennes de cacaoyer pour leur caractère de qualité

Morillo Velastegui Luis Eduardo, Garzon I., Argout Xavier. 2016. Analyse du transcriptome des variétés aromatiques équatoriennes de cacaoyer pour leur caractère de qualité. In : Actes du Printemps de Baillarguet. 8ème édition. Berthelot Edwige (ed.), Diagne Christophe (ed.), Hammami Pachka (ed.), Lesieur Vincent (ed.), Lies Adrien (ed.), Rombaut Antoine (ed.). INRA, EBCL, Ecole Doctorale GAIA, CeMEB, CIRAD, IRD, Montpellier SupAgro. Montferrier : INRA-CIRAD, Résumé, 15-16. Printemps de Baillarguet. 8, Montferrier-sur-Lez, France, 2 Juin 2016/3 Juin 2016.

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Résumé : Dans le marché mondial des cacaos fins, la production de l'Equateur avec la variété appelée "Nacional" est la plus importante. Cette variété native du pays est réputée par son gout et arome floral dénommé "Arriba". Cette étude vise à caractériser les gènes exprimés dans les fèves de 5 clones commerciaux équatoriens hybrides Nacional et ayant des propriétés aromatiques variables. Pour cela, des analyses RNAseq ont été engagées à partir d'un pool de fèves récoltées après 18, 20 et 22 semaines après fécondation et 24H et 48H après fermentation. Les banques d'ADNc ont été séquencées sur séquenceur Hiseq ILLUMINA et les analyses bioinformatiques ont été conduites sur le génome de référence Criollo B9761/B2 1. Les analyses d'expression ont permis d'identifier un ensemble des gènes exprimés dans chacune des conditions et de quantifier l'expression de gènes impliqués dans les voies de biosynthèse des terpenoides et des composés phénoliques, composés biochimiques importants dans la qualité des fèves (Sabau, com.pers 2). L'analyse a également permis de préciser l'expression de gènes précédemment analysés par macroarray (Sabau, com. pers 2). Par ailleurs, les analyses d'expression différentielle réalisée avec des logiciels telles que Cufflinks et EdgeR, n'ont pas permis d'atteindre une résolution suffisamment importante pour identifier des différentiels d'expression associés à ces voies de biosynthèse, suggérant la nécessité de complémenter l'étude en incluant d'autres variétés contrastantes et des répliques biologiques.

Mots-clés libres : Cacaoyer, Variété Nacional, RNA-seq, Expression différentielle

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
Q04 - Composition des produits alimentaires
F60 - Physiologie et biochimie végétale

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