Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l'océan indien

Rasoamanana Hasina. 2022. Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l'océan indien. Saint-Denis : Université de la Réunion, 242 p. Thèse de doctorat : Biologie des populations et écologie : Université de la Réunion

Encadrement : Poussier, Stéphane

Résumé : Le flétrissement bactérien, causé par les bactéries du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), est considéré comme l'une des maladies les plus dévastatrices sur les cultures de solanacées à Madagascar et dans les petites îles du Sud-Ouest de l'Océan Indien (SOOI) (Réunion, Maurice, Rodrigues, Seychelles, Comores, Mayotte). Afin de lutter contre cette maladie et pour gérer les épidémies rencontrées dans la zone, une mise en lumière et la compréhension de la situation épidémiologique du ceRs à Madagascar et dans les petites îles du Sud-ouest de l'océan indien (SOOI) s'avèrent nécessaires. Notre première démarche a alors été de mettre au point un schéma de génotypage spécifique aux souches du phylotype I. Ensuite, nous avons analysé la diversité et la structure génétique du ceRs malgache. La situation épidémiologique observée à Madagascar est contrastée par rapport à celle observée dans les petites îles du SOOI où l'on rencontre une forte prévalence du phylotype I sequevar 31. En effet, seules deux souches du sequevar I-31 y ont été identifiées tandis que le phylotype I sequevar 18 représente la grande majorité des échantillons malgaches typés. Ce résultat surprenant nous a conduit à explorer en particulier le rôle de molécules antimicrobiennes, les bactériocines, dans la prévalence des deux lignées génétiques à Madagascar, dans les petites îles du SOOI et en général à étudier la capacité de production de bactériocines des souches du ceRs. Nos résultats ont montré que les sequevars I-18 et I-31 produisent des bactériocines actives contre un large spectre de souches rencontrées à Madagascar et dans les petites îles du SOOI. De plus, les souches I-18 malgaches produisent des bactériocines très actives contre les souches du sequevar I-31. Néanmoins, les résultats obtenus ne permettent pas d'expliquer entièrement les situations épidémiologiques observées dans la région et d'autres pistes devront encore être explorées. Un autre résultat majeur de cette thèse a été l'identification de deux souches appartenant à la lignée génétique IIA-36 qui produisent des bactériocines fortement actives contre la très grande majorité de souches testées du ceRs. Vu l'importance économique des pertes causées par le flétrissement bactérien qui est considéré comme étant responsable de la deuxième phytobactériose la plus nuisible au monde et le manque de moyen de lutte efficace contre cette bactérie, une stratégie de biocontrôle via les bactériocines va maintenant être explorée.

Résumé (autre langue) : Bacterial wilt (BW), caused by the bacteria Ralstonia solanacearum species complex (RSSC), is considered as one of the most devastating diseases on solanaceous crops in Madagascar and the small islands of the South-West Indian Ocean (SOOI) (Réunion, Mauritius, Rodrigues, Seychelles, Comoros, and Mayotte). To manage BW, it is essential to analyze the epidemiological pattern of RSSC in this region. Firstly, we developed a genotyping scheme specific to phylotype I strains. Then, we analyzed the diversity and genetic structure of the Malagasy strains. The epidemiological pattern of RSSC in Madagascar is contrasted compared to that observed in the small islands of the SWIO (high prevalence of phylotype I sequevar 31). Indeed, only two strains of the sequevar I-31 have been identified while phylotype I sequevar 18 represented the vast majority of the Malagasy isolates. This surprising result prompted us to explore the influence of antimicrobial molecules, the bacteriocins, in the prevalence of the genetic lineages I-18 in Madagascar and I-31 in the small islands of the SWIO. We also studied the bacteriocin activity of various RSSC strains. Sequevars I-18 and I-31 produce bacteriocins active against a broad spectrum of strains encountered in Madagascar and the small islands of the SWIO. In addition, I-18 Malagasy strains produce bacteriocins highly active against sequevar I-31. Nevertheless, the results obtained do not fully explain the epidemiology of RSSC in the region and other mechanisms and factors should be explored. Another major result of this PhD thesis was the identification of two strains belonging to IIA-36 that produce bacteriocins highly active against the vast majority of RSSC strains tested. Clearly, in view of the need to control this devastating plant pathogen which is considered as the second most damaging phytobacteria in the world and the lack of effective control methods, a biocontrol strategy based on bacteriocins will now be explored.

Mots-clés Agrovoc : flétrissement, bactérie du sol, Ralstonia solanacearum, maladie bactérienne, épidémiologie, bactériocine

Mots-clés géographiques Agrovoc : Madagascar, La Réunion, Maurice, Seychelles, Mayotte, Comores, France

Mots-clés géographiques complémentaires : Rodrigues

Mots-clés libres : Ralstonia solanacearum, Biologie des populations, Madagascar

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
H50 - Troubles divers des plantes

Auteurs et affiliations

• Rasoamanana Hasina, Université de la Réunion (REU)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/602107/)

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