Exploration, conservation et valorisation de la diversité chez trois pérennes tropicales : caféier, cocotier et arbre à pain

Labouisse Jean-Pierre. 2023. Exploration, conservation et valorisation de la diversité chez trois pérennes tropicales : caféier, cocotier et arbre à pain. Montpellier : Institut Agro Montpellier, 2 vol (244, 189 p.). Thèse de doctorat : Biologie et amélioration des plantes : Institut Agro Montpellier

Encadrement : Leclerc, Christian

Résumé : Ce mémoire, rédigé pour l'obtention d'un doctorat en Biologie et Amélioration des plantes par validation des acquis de l'expérience, retrace mon parcours professionnel qui s'est entièrement déroulé au sein du CIRAD de 1983 à 2022. Ingénieur agronome de formation, j'ai consacré en grande partie ma carrière à la conservation, à la caractérisation et à l'exploitation de la diversité de trois plantes pérennes tropicales : le caféier (robusta Coffea canephora et arabica C. arabica), le cocotier (Cocos nucifera) et, dans une moindre mesure, l'arbre à pain (Artocarpus altilis). Au-delà de la description phénotypique et génétique, j'ai eu à coeur de comprendre comment la diversité actuelle a pu se constituer sous l'action de facteurs aussi divers que la biologie de l'espèce, l'environnement, l'histoire et l'organisation des sociétés qui cultivent, sélectionnent et diffusent des variétés adaptées à leurs usages et besoins.Après une description chronologique de mon parcours, je détaille mes travaux portant sur : • Le caféier robusta en Afrique de l'Ouest avec i) la mise en place d'un programme de recherche en Guinée comprenant l'établissement de collections, d'essais agronomiques,d'essais comparatifs clonaux et la création d'un laboratoire pour l'expertise commerciale et l'évaluation de la qualité du café ; ii) une étude de la structure et de la répartition géographique de la diversité des C. canephora d'Afrique de l'Ouest en exploitant les ressources biologiques d'herbiers anciens grâce à un génotypage par microsatellites ; iii) l'étude génétique de caféiers C. canephora nouvellement collectés en Guinée. •Le cocotier et l'arbre à pain dans le Pacifique avec i) des travaux d'amélioration génétique du cocotier, menés sur station de recherche dans l'archipel du Vanuatu et qui ont abouti à la sélection d'un Grand local amélioré et d'un hybride tolérant à la maladie virale du dépérissement foliaire du cocotier ; ii) à l'échelle de l'archipel, des enquêtes participatives auprès des populations rurales sur la diversité du cocotier et de l'arbre à pain, qui ont révélé une riche nomenclature et une grande diversité d'usages ; iii) plusieurs projets et expertises menés dans la région Pacifique, sur la création et la production d'hybrides de cocotier, et au sein du réseau international des ressources génétiques du cocotier COGENT. • Diverses opérations de gestion de ressources génétiques avec l'organisation de collectes,la conservation en collections vivantes et la gestion de données pour plusieurs espèces dont le caféier arabica en Éthiopie. Une synthèse générale de mes activités de recherche, une auto-analyse de compétences et mes principales publications complètent ce mémoire.

Résumé (autre langue) : This dissertation, written to obtain a doctorate in Biology and Plant breeding by 'validation of acquired experience', reports on my professional career , which took place at CIRAD from 1983 to 2022. An agricultural engineer by training, I have devoted most of my career to the conservation, characterization, and use of the diversity of three tropical perennial plants: coffee (robusta Coffea canephora et arabica C. arabica), coconut (Cocos nucifera) and to a lesser extent the breadfruit tree (Artocarpus altilis). Beyond the phenotypic and genetic description, I was keen to understand how the current diversity could have been shaped by factors as diverse as the biology of the species, the environment, the history and the organization of societies that cultivate, select and diffuse varieties adapted to their uses and needs.After a chronological description of my career, I detail my work on: •The robusta coffee in West Africa with i) the establishment of a research program in Guinea: setting up gene banks, agronomic trials, comparative clonal trials and the creation of a laboratory for coffee commercial expertise and quality assessment; ii) a study of the structure and geographical distribution of C. canephora diversity in West Africa by exploiting the biological resources of old herbaria through microsatellite genotyping; iii) a the genetic study of coffee plants of C. canephora newly collected in Guinea. •The coconut and the breadfruit tree in the Pacific with: i) genetic improvement works on coconut, carried out at a research station in the Vanuatu archipelago, and which led to the selection of an improved local Tall and a hybrid tolerant to a viral disease, the coconut foliar decay; ii) at archipelago scale, participatory surveys among rural populations on the diversity of the coconut and the breadfruit tree, which revealed a rich nomenclature and a great diversity of uses; iii) several projects and expertise carried out in the Pacific region, on the creation and production of coconut hybrids, and within the international coconut genetic resources network COGENT. •Various works on genetic resources management with the organization of collecting operations, the conservation in ex situ gene banks and data management for several species including the arabica coffee in Ethiopia. A general summary of my research activities, an auto-analysis of competences, and my main publications complete this thesis.

Mots-clés Agrovoc : plante pérenne, Coffea canephora, Artocarpus altilis, Coffea arabica, Cocos nucifera, biodiversité, diversité génétique (comme ressource), variation génétique, amélioration des plantes, ressource génétique, amélioration génétique, conservation des ressources génétiques

Mots-clés géographiques Agrovoc : Guinée, Côte d'Ivoire, Vanuatu

Mots-clés libres : Pacifique, Vanuatu, Guinée, Côte d'Ivoire, Ressources génétiques, Amélioration génétique, Diversité génétique, Caféier C. canephora, Caféier C. arabica, Cocotier, Arbre à pain

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
F60 - Physiologie et biochimie végétale

Auteurs et affiliations

• Labouisse Jean-Pierre, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0002-5592-6789

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/604326/)

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