Diffusion d'un virus et évolution de son génome dans les ruminants domestiques : Application à l'épidémiosurveillance de la "Peste des petits ruminants"

Salami Habib. 2015. Diffusion d'un virus et évolution de son génome dans les ruminants domestiques : Application à l'épidémiosurveillance de la "Peste des petits ruminants". Montpellier : UM2, 125 p. Thèse de doctorat : Systèmes intégrés en biologie, agronomie, géosciences, hydrosciences et environnement (SIBAGHE). Microbiologie parasitologie : Université Montpellier 2

Encadrement : Albina, Emmanuel ; Alambedji, Rianatou B.

Résumé : La peste des petits ruminants (PPR), causée par un Morbillivirus, est l'infection virale la plus grave des caprins et ovins. Elle est largement répandue en Asie, au Moyen Orient et en Afrique. En Afrique elle est en émergence au nord et au sud du continent et représente un facteur majeur d'insécurité alimentaire pour la population agricole (70% des populations pauvres des régions considérées). La PPR est un modèle d'étude des maladies transfrontalières car sa diffusion est très liée aux mouvements régionaux d'animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, quarantaine, contrôle aux frontières etc.). A notre connaissance, aucune étude n'a été entreprise pour connaître l'ampleur de la diversité génétique du virus de la PPR (PPRV) au cours d'infections naturelles de petits ruminants et l'accumulation des mutations virales dans un circuit de diffusion. Or dans les pays d'élevages extensifs tropicaux l'identification et la traçabilité animale sont inexistantes, ce qui rend difficile la reconstruction des circuits de diffusion des animaux et du virus. Dans ces conditions, la diversité génétique du virus peut être utilisée comme marqueur de diffusion épidémiologique. L'objectif de cette thèse est d'utiliser la variabilité génétique du PPRV pour caractériser les lignées virales circulantes et retracer les processus de transmission du virus à travers un large territoire centré sur le Sénégal. En analysant 2 gènes de PPR nous avons estimé la vitesse d'évolution du virus sur une période de 4 années comprise en 2010 et 2014. Les résultats montrent que les premières souches de la lignée II de PPRV ont été introduites en 2005 au Sénégal et dans les pays voisins. L'horloge moléculaire et l'arbre phylogéographique rapportés ici indiquent clairement que la lignée II maintenant enzootique en Afrique de l'ouest prend son origine au Nigéria. Les mouvements trans-africains à l'origine du déplacement Est-Ouest de la lignée II trouvent leur origine dans le commerce de bétail à la croisée des frontières, une évidence économique et culturelle en Afrique de l'Ouest.

Mots-clés Agrovoc : peste des petits ruminants, maladie des animaux, transmission des maladies, virus, génome, dynamique des populations, épidémiologie, surveillance épidémiologique, bétail, pastoralisme, distribution géographique

Mots-clés géographiques Agrovoc : Afrique occidentale, Sénégal

Classification Agris : L73 - Maladies des animaux
L01 - Élevage - Considérations générales

Champ stratégique Cirad : Axe 4 (2014-2018) - Santé des animaux et des plantes

Auteurs et affiliations

• Salami Habib, CIRAD-BIOS-UMR CMAEE (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/575436/)

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