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Herbarium specimen sequencing allows precise dating of Xanthomonas citri pv. citri diversification history. Campos Paola, Pruvost Olivier, Boyer Karine, Chiroleu Frédéric, Cao Thuy Trang, Gaudeul Myriam, Baider Claudia, Utteridge Timothy M. A., Becker Nathalie, Rieux Adrien, Gagnevin Lionel. 2023. Nature Communications, 14:4306, 13 p.

Fruit fly phylogeny imprints bacterial gut microbiota. Ravigné Virginie, Becker Nathalie, Massol François, Guichoux Erwan, Boury Christophe, Mahe Frédéric, Facon Benoît. 2022. Evolutionary Applications, 15 (10), n.spéc. Evolution in Agricultural Systems : 1621-1638.

Synergy between an emerging monopartite begomovirus and a DNA-B component. Ouattara Alassane, Tiendrebeogo Fidèle, Becker Nathalie, Urbino Cica, Thébaud Gaël, Hoareau Murielle, Allibert Agathe, Chiroleu Frédéric, Vernerey Marie-Stéphanie, Traoré Edgar Valentin, Barro Nicolas, Traoré Oumar, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel. 2022. Scientific Reports, 12:695, 11 p.

First historical genome of a crop bacterial pathogen from herbarium specimen: Insights into citrus canker emergence. Campos Paola, Groot Crego Clara, Boyer Karine, Gaudeul Myriam, Baider Claudia, Richard Damien, Pruvost Olivier, Roumagnac Philippe, Szurek Boris, Becker Nathalie, Gagnevin Lionel, Rieux Adrien. 2021. PLoS Pathogens, 17 (7):e1009714, 25 p.

Agroecological crop protection for sustainable agriculture. Deguine Jean-Philippe, Aubertot Jean-Noël, Bellon Stéphane, Côte François-Xavier, Lauri Pierre-Eric, Lescourret Françoise, Ratnadass Alain, Scopel Eric, Andrieu Nadine, Barberi Paolo, Becker Nathalie, Bouyer Jérémy, Brévault Thierry, Cerdan Claire, Cortesero Anne-Marie, Dangles Olivier, Delatte Hélène, Yen Dinh Phuong Thi, Dreyer Hans, Duru Michel, Flor Rica Joy, Gardarin Antoine, Husson Olivier, Jacquot Maxime, Javelle Aurélie, Justes Eric, Xuan Lam Mai Thi, Launay Marie, Van Le Vang, Longis Sandrine, Martin José, Munier-Jolain Nicolas, Thu Nguyen Nga Thi, Ngoc Nguyen Truc Thi, Penvern Servane, Petit Sandrine, Poisot Anne-Sophie, Robin Marie-Hélène, Rolland Bernard, Rusch Adrien, Sabourin Eric, Sanguin Hervé, Sarthou Jean-Pierre, Sester Mathilde, Simon Sylvaine, Sourisseau Jean-Michel, Steinberg Christian, Tchamitchian Marc, Thoumazeau Alexis, Tibi Anaïs, Tivet Florent, Tixier Philippe, Trinh Xuan Thi, Vialatte Aude, Wyckhuys Kris, Lamichhane Jay Ram. 2023. In : Advances in Agronomy: Volume 178. Sparks Donald L. (ed.). Amsterdam : Elsevier, 1-59. (Advances in Agronomy, 178) ISBN 978-0-443-19260-9

Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project. Dubart Maxime, Alonso Pascal, Barroso-Bergada Didac, Becker Nathalie, Bethune Kevin, Bohan David A., Boury Christophe, Cambon Marine, Canard Elsa, Chancerel Emilie, Chiquet Julien, David Patrice, De Manincor Natasha, Donnet Sophie, Duputié Anne, Facon Benoît, Guichoux Erwan, Le Minh Tâm, Ortiz-Martínez Sebastián, Piouceau Lucie, Sacco-Martret de Préville Ambre, Plantegenest Manuel, Poux Céline, Ravigné Virginie, Robin Stéphane, Trillat Marine, Vacher Corinne, Vernière Christian, Massol François. 2021. In : The future of agricultural landscape, Part III. Bohan David A. (ed.), Dumbrell Alex J. (ed.), Vanbergen Adam J. (ed.). Cambridge : Academic Press, 367-430. (Advances in Ecological Research, 65) ISBN 978-0-323-91503-8

Herbaria in natural history collections illuminate the evolutionary history and emergence of Citrus bacterial canker. Gagnevin Lionel, Campos Paola E, Pruvost Olivier, Boyer Karine, Becker Nathalie, Rieux Adrien. 2023. In : 16th Plant Bacteria Meeting. Abstract Booklet. INRAE. Aussois : INRAE, Résumé, 83. Rencontres plantes-bactéries. 16, Aussois, France, 20 Mars 2023/24 Mars 2023.

Stronger together: Synergy between an emerging monopartite begomovirus and a DNA-B component. Ouattara Alassane, Tiendrebeogo Fidèle, Becker Nathalie, Urbino Cica, Thébaud Gaël, Hoareau Murielle, Allibert Agathe, Chiroleu Frédéric, Vernerey Marie-Stéphanie, Traoré Edgar Valentin, Barro Nicolas, Traoré Oumar, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel. 2023. In : 19e Rencontres de virologie végétale (RVV2023). Résumés. SFV, SFP, RIVOC, IRD, INRAE, CNRS, CIRAD, Agropolis. Aussois : SFV, Résumé, p. 57. Rencontres de virologie végétale (RVV2023). 19, Aussois, France, 15 Janvier 2023/19 Janvier 2023.

Herbaria in natural history collections illuminate the evolutionary history and emergence of Citrus bacterial canker [F2.3-2]. Gagnevin Lionel, Campos Paola, Pruvost Olivier, Boyer Karine, Becker Nathalie, Rieux Adrien. 2023. In : 12th International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023): One health for all plants, crops and trees. Book of abstracts. ISPP, SFP. Lyon : ISPP, Résumé, p. 817. International Conference on Plant Pathology (ICPP 2023). 12, Lyon, France, 20 Août 2023/25 Août 2023.

Another night at the museum: searching for traces of plant viruses using the virion-associated nucleic acid metagenomics approach. [P.21]. Julian Charlotte, Filloux Denis, Rieux Adrien, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel, Becker Nathalie, Gagnevin Lionel, Trinder-Smith Terry H., Hartnady Penelope, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 80. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

Evaluation of the main epidemiological parameters associated with the emergence of PepYVMLV in Burkina Faso. Ouattara Alassane, Tiendrebeogo Fidèle, Becker Nathalie, Hoareau Marie Murielle, Allibert Agathe, Chiroleu Frédéric, Barro Nicolas, Thébaud Gaël, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 25. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

Night at the museum: Contribution of small RNA from historical herbarium specimens in the reconstruction of evolutionary histories of geminiviruses. Lett Jean-Michel, Scussel Sarah, Campos Paola, Filloux Denis, Roumagnac Philippe, Harkins Gordon William, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe, Martin Darren Patrick, Lefeuvre Pierre, Rieux Adrien, Becker Nathalie. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 52. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

Night at the museum: Contribution of small RNA from historical herbarium specimens in the reconstruction of evolutionary histories of geminiviruses. Rieux Adrien, Campos Paola, Scussel Sarah, Duvermy Arnaud, Filloux Denis, Roumagnac Philippe, Martin Darren Patrick, Becker Nathalie, Lett Jean-Michel. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. University of California. Davis : University of California, Résumé, 36. International Geminivirus Symposium. 9, Davis, États-Unis, 9 Novembre 2019/13 Novembre 2019.