Exploration de la diversité génétique de Ralstonia solanacearum, agent du flétrissement bactérien. Détection et dynamique des populations dans les réservoirs d'inoculum

Poussier Stéphane. 2000. Exploration de la diversité génétique de Ralstonia solanacearum, agent du flétrissement bactérien. Détection et dynamique des populations dans les réservoirs d'inoculum. Rennes : Université de Rennes I, 362 p. Thèse de doctorat : Biologie : Université de Rennes I

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Encadrement : Luisetti, Jacques

Résumé : Le flétrissement bactérien, dont l'agent causal est R. solanacearum, est responsable de dégâts considérables sur un grand nombre de cultures, en particulier les Solanacées maraîchères et les bananiers, en zones tropicales et subtropicales. Seule une prophylaxie adaptée en complément de l'utilisation de variétés résistantes peut réduire l'incidence de la maladie. L'optimisation de la lutte implique une meilleure connaissance de la diversité génétique de l'agent pathogène mais aussi des réservoirs d'inoculurn. La diversité génétique de l'espèce R. solanacearum a été évaluée à l'aide de divers outils moléculaires et l'exploration de plusieurs régions du génome. Ces études ont permis de confirmer les divisions 1 ("Asiaticum") et 2 ("Americanum") au sein de l'espèce mais surtout d'identifier une nouvelle subdivision constituée uniquement de souches africaines. Par ailleurs, l'AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) s'est révélée une technique de choix pour l'étude de la structure d'une population naturelle de R. solanacearum. L'exploration des gènes hrp a été un choix pertinent pour l'obtention d'un outil moléculaire, N-PCR-RFLP (Nested-Polyrnerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), capable de discriminer les biovars ou des groupes de biovars de R. solanacearum mais aussi d'assurer la détection efficace de la bactérie dans ses différents réservoirs. La maîtrise d'un tel outil pour la détection dans le sol constitue un résultat majeur de ce travail. Nous avons clarifié et approfondi certains aspects de la biologie et de l'épidémiologie de la bactérie. Nous avons confirmé que l'eau est un milieu dans lequel la bactérie peut se conserver et qui est susceptible d'assurer efficacement sa dissémination. De même, la semence peut être désormais considérée comme une voie potentielle de transmission de la maladie. Enfin, il apparaît que la durée de survie de R. solanacearum est limitée dans un sol nu et que le type de sol est un facteur influencant la conservation de la bactérie mais aussi l'expression de la maladie.

Mots-clés Agrovoc : Ralstonia solanacearum, flétrissement, Bacteria, dynamique des populations, ressource génétique, PCR, gène, structure de la population, identification, épidémiologie, survie, eau, semence, transmission des maladies, sol