Guillemaut Cécile, Edel Véronique, Camporota Pierre, Alabouvette Claude, Richard-Molard Marc, Steinberg Christian.
2002. Identification des groupes d'anatomoses 1 à 12 et BI de Rhizoctonia solani par analyse RFLP des régions ITS de l'ADN ribosomique.
In : Journées Jean Chevaugeon : IVe rencontres de phytopathologie - mycologie du 13 au 17 mars 2002. [Résumés]. CIRAD-MIDEC, INRA, CNRS, SFP
Résumé : Rhizoctonia solani est un champignon tellurique qui provoque d'importants dégâts sur plus de 142 espèces végétales différentes. Cette espèce est subdivisée en groupes d'anastomose ou AG sur la base de la compatibilité végétative. La seule méthode d'identification est l'observation microscopique du type de fusion observé entre un isolat et un testeur de chacun des 13 AGs décrits. Une méthode d'identification plus rapide et plus fiable a donc été développée afin de pouvoir identifier un grand nombre d'isolats en routine. Les alignements de 119 séquences différentes d'ADN ribosomique publiées et l'établissement de cartes de restriction ont permis de proposer une méthode de type PCR-RFLP basée sur le polymorphisme des régions ITS1-5,8S-ITS2. Une partie de la région ITS des souches de Rhizoctonia est amplifiée par le couple d'amorces spécifiques RS1/RS4 avant d'être digérée par 4 endonucléases. (Une cinquième enzyme doit être ajoutée dans le cas de souches symbiotiques d'orchidées). La combinaison des profils obtenus avec ces différentes enzymes de restriction permet de définir des types-RFLP. Un ou plusieurs types-RFLP différents caractérisent, au sein de l'espèce R. solani, tous les AGs 1 à 12 et BI, ainsi que toutes les subdivisions des AGs 1; 2 et 4. Validée sur une collection de 34 souches de références, cette méthode a ensuite été appliquée à une collection de 307 isolats originaires de sols betteraviers ou isolés de betteraves provenant des principales régions betteravières françaises. Ces isolats ont été en parallèle caractérisés par une méthode traditionnelle de confrontation. Cette méthode, la première couplant une PCR spécifique avec une méthode d'identification, permet d'obtenir un niveau de discrimination supérieur à la technique de confrontation et compatible avec des analyses de diversité.
Mots-clés Agrovoc : génétique des populations, Rhizoctonia solani, identification, taxonomie, RFLP, adn, ribosome, champignon du sol
Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
Auteurs et affiliations
- Guillemaut Cécile, INRA (FRA)
- Edel Véronique, INRA (FRA)
- Camporota Pierre, INRA (FRA)
- Alabouvette Claude, INRA (FRA)
- Richard-Molard Marc, ITB (FRA)
- Steinberg Christian, INRA (FRA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/490326/)
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