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Cytogenomic characterization of transposable elements and satellite DNA in Passiflora L. Species. Santos Silva Gonçalo, Magalhães Souza Margarete, de Carvalho Cayres Pamponét Vanessa, Micheli Fabienne, Ferreira de Melo Cláusio Antônio, Gomes de Oliveira Sarah, Almeida Costa Eduardo. 2024. Genes, 15 (4):418, 15 p.

DNA transposons favor de novo transcript emergence through enrichment of transcription factor binding motifs. Lebherz Marie Kristin, Fouks Bertrand, Schmidt Julian, Bornberg-Bauer Erich, Grandchamp Anna. 2024. Genome Biology and Evolution, 16 (7), 16 p.

Identification of Puccinia kuehnii, the causal agent of orange rust of sugarcane, in Gabon. Dijoux Jordan, Blondin Laurence, Assoung Salah Minko Harvey, Raïvire Eric, Daugrois Jean-Heinrich, Girard Jean-Claude, Hoarau Jean-Yves, Rott Philippe. 2024. Sugar Tech, 4 p.

Evaluation of 96‐well high‐throughput DNA extraction methods for 16S rRNA gene metabarcoding. Chapuis Marie-Pierre, Benoit Laure, Galan Maxime. 2023. Molecular Ecology Resources, 23 (7) : 1509-1525.

Evaluation of identification methods for cryptic Bactrocera dorsalis (Diptera: Tephritidae) specimens: Combining morphological and molecular techniques. Charbonnel Emeline, Chapuis Marie-Pierre, Taddei Andrea, Schutze Mark K., Starkie Melissa L., Benoit Laure, Mouttet Raphëlle, Ouvrard David. 2023. Journal of Economic Entomology, 116 (6) : 2193-2200.

Exploring the effects of rearing densities on epigenetic modifications in the zebrafish gonads. Valdivieso Alejandro, Caballero Huertas Marta, Moraleda-Prados Javier, Piferrer Francesc, Ribas Laia. 2023. International Journal of Molecular Sciences, 24 (21):16002, 18 p.

Genome assembly of Musa beccarii shows extensive chromosomal rearrangements and genome expansion during evolution of Musaceae genomes. Wang Zheng-Feng, Rouard Mathieu, Droc Gaëtan, Heslop Harrison Pat, Ge Xue-Jun. 2023. GigaScience, 12, 20 p.

Herbarium specimen sequencing allows precise dating of Xanthomonas citri pv. citri diversification history. Campos Paola, Pruvost Olivier, Boyer Karine, Chiroleu Frédéric, Cao Thuy Trang, Gaudeul Myriam, Baider Claudia, Utteridge Timothy M. A., Becker Nathalie, Rieux Adrien, Gagnevin Lionel. 2023. Nature Communications, 14:4306, 13 p.

Molecular detection of Loxodontofilaria spp. in Asian elephants (Elephas maximus) from elephant training camps in Thailand. Saengsawang Phirabhat, Desquesnes Marc, Yangtara Sarawut, Chalermwong Piangjai, Thongtip Nikorn, Jittapalapong Sathaporn, Inpankaew Tawin. 2023. Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases, 92:101910, 8 p.

Phylostems: A new graphical tool to investigate temporal signal of heterochronous sequences datasets. Doizy Anna, Prin Amaury, Cornu Guillaume, Chiroleu Frédéric, Rieux Adrien. 2023. Bioinformatics Advances, 3 (1):vbad026, 5 p.

Targeted high-throughput sequencing enables the detection of single nucleotide variations in CRISPR/Cas9 gene-edited organisms. Fraiture Marie-Alice, D’aes Jolien, Guiderdoni Emmanuel, Meunier Anne Cecile, Delcourt Thomas, Hoffman Stefan, Vandermassen Els, De Keersmaecker Sigrid C. J., Vanneste Kevin, Roosens Nancy. 2023. Foods, 12 (3) : 1-14.

CROWN ROOTLESS1 binds DNA with a relaxed specificity and activates OsROP and OsbHLH044 genes involved in crown root formation in rice. Gonin Mathieu, Jeong Kwanho, Coudert Yoan, Lavarenne Jeremy, Hoang Giang Thi, Bes Martine, To Huong Thi Mai, Thiaw Marie-Rose Ndella, Do Toan Van, Moukouanga Daniel, Guyomarc'h Soazig, Bellande Kevin, Brossier Jean-Rémy, Parizot Boris, Nguyen Hieu Trang, Beeckman Tom, Bergougnoux Véronique, Rouster Jacques, Sallaud Christophe, Laplaze Laurent, Champion Anthony, Gantet Pascal. 2022. Plant Journal, 111 (2) : 546-566.

A chromosome-level reference genome of Ensete glaucum gives insight into diversity and chromosomal and repetitive sequence evolution in the Musaceae. Wang Ziwei, Rouard Mathieu, Biswas Manosh Kumar, Droc Gaëtan, Cui Dongli, Roux Nicolas, Baurens Franc-Christophe, Ge Xue-Jun, Schwarzacher Trude, Heslop-Harrison Pat, Liu Qing. 2022. GigaScience, 11:giac027, 21 p.

The highly repeat-diverse (Peri) centromeres of white lupin (Lupinus albus L.). Marques André, Hufnagel Maciel Bárbara, Soriano Alexandre, Péret Benjamin. 2022. Frontiers in Plant Science, 13:862079, 10 p.

A rapid and simple method for DNA preparation of Magnaporthe oryzae from single rice blast lesions for PCR-based molecular analysis. Dong Liying, Liu Shuguang, Li Jing, Tharreau Didier, Liu Pei, Tao Dayun, Yang Qinzhong. 2022. Plant Pathology Journal, 38 (6) : 679-684.

Apport de l'ADN ancien dans l'étude de l'émergence et de l'évolution d'agents pathogènes de cultures. Campos Paola. 2021. Paris : MNHN, 224 p. Thèse de doctorat : Biologie des organismes. Phylogénétique, épidémiologie moléculaire, phytopathologie : Muséum national d'histoire naturelle

DNA barcoding for bio-surveillance of emerging pests and species identification in Afrotropical Prioninae (Coleoptera, Cerambycidae). Javal Marion, Terblanche John S., Conlong Desmond, Delahaye Norbert, Grobbelaar Elizabeth, Benoit Laure, Lopez-Vaamonde Carlos, Haran Julien. 2021. Biodiversity Data Journal, 9:e64499, 16 p.

Discriminating lineages of Batrachochytrium dendrobatidis using quantitative PCR. Ghosh Pria, Verster Ruhan, Sewell Thomas R., O'Hanlon Simon J., Brookes Lola M., Rieux Adrien, Garner Trenton W. J., Weldon Ché, Fisher Matthew C.. 2021. Molecular Ecology Resources, 21 (5) : 1452-1459.

Extrachromosomal viral DNA produced by transcriptionally active endogenous viral elements in non-infected banana hybrids impedes quantitative PCR diagnostics of banana streak virus infections in banana hybrids. Ricciuti Emeline, Laboureau Nathalie, Noumbissié Guy, Chabannes Matthieu, Sukhikh Natalia, Pooggin Mikhail, Iskra Caruana Marie-Line. 2021. Journal of General Virology, 102 (11), 14 p.

Molecular detection and quantification of Xanthomonas albilineans in juice from symptomless sugarcane stalks using a real-time quantitative PCR assay. Shi Yang, Zhao Jian-Ying, Zhou Jing-Ru, Ntambo Mbuya Sylvain, Xu Peng-Yuan, Rott Philippe, Cao San-Ji. 2021. Plant Disease, 105 (11) : 3451-3458.

Novel circular DNA virus identified in Opuntia discolor (Cactaceae) that codes for proteins with similarity to those of geminiviruses. Fontenele Rafaela S, Köhler Matias, Majure Lucas C., Avalos‐Callero Jesús A., Argüello‐Astorga Gerardo R., Font Fabián, Vidal Andreza H., Roumagnac Philippe, Kraberger Simona, Martin Darren Patrick, Lefeuvre Pierre, Varsani Arvind. 2021. Journal of General Virology, 102 (11), 7 p.

Periodontitis associates with species-specific gene expression of the oral microbiota. Belstrom Daniel, Constancias Florentin, Drautz-Moses Daniela I., Schuster Stephan C., Veleba Mark, Mahé Frédéric, Givskov Michael. 2021. npj Biofilms and Microbiomes, 7:76, 10 p.

Taxonomy update for the family Alphasatellitidae: New subfamily, genera, and species. Varsani Arvind, Martin Darren Patrick, Randles John W., Vetten H. Josef, Thomas John, Fiallo-Olivé Elvira, Navas-Castillo Jesús, Lett Jean-Michel, Zerbini F. Murilo, Roumagnac Philippe, Gronenborn Bruno. 2021. Archives of Virology, 166 : 3503-3511.

Temporal recovery of soil biological activity and diversity after 915-MHz microwave treatments. Maynaud Géraldine, Baudoin Ezékiel, Mahé Frédéric, Villenave Cécile, Cleyet-Marel Jean-Claude, Brunel Béatrice. 2021. Biology and Fertility of Soils, 57 (5) : 603-616.

The Windblown: Possible explanations for dinophyte DNA in forest soils. Gottschling Marc, Czech Lucas, Mahé Frédéric, Adl Sina, Dunthorn Micah. 2021. Journal of Eukaryotic Microbiology, 68 (1):e12833, 6 p.

Construction and characterization of a knock-down RNA interference line of OsNRPD1 in rice (Oryza sativa ssp japonica cv Nipponbare). Debladis Emilie, Lee Tzuu-Fen, Huang Yan-Jiun, Lu Jui-Hsien, Mathioni Sandra M., Carpentier Marie-Christine, Llauro Christel, Pierron Davy, Mieulet Delphine, Guiderdoni Emmanuel, Chen Pao-Yang, Meyers Blake C., Panaud Olivier, Lasserre Eric. 2020. Philosophical Transactions B. Biological Sciences, 375 (1795):20190338, 10 p.

La petite histoire des OGM. Montet Didier. 2020. Toulouse : EchoSciences Occitanie, 3 p.

Rapid plant DNA and RNA extraction protocol using a bench drill. Ferreira Claudia Fortes, Gutierrez Dina, Kreuze Jan, Iskra Caruana Marie-Line, Chabannes Matthieu, Barbosa A.C.O., Santos T.A., Silva A.G.S., Santos R.M.F., Amorim Edson Perito, de Oliveira S.A.S., Jesus O.N.. 2019. Genetics and Molecular Research, 18 (3):gmr18394, 8 p.

Discontinuities in quinoa biodiversity in the dry Andes: An 18-century perspective based on allelic genotyping. Winkel Thierry, Aguirre María Gabriela, Arizio Carla Marcela, Aschero Carlos Alberto, Babot María del Pilar, Benoit Laure, Burgarella Concetta, Costa-Tártara Sabrina, Dubois Marie-Pierre, Gay Laurène, Hocsman Salomón, Jullien Margaux, López-Campeny Sara María Luisa, Manifesto María Marcela, Navascués Miguel, Oliszewski Nurit, Pintar Elizabeth, Zenboudji Saliha, Bertero Hector Daniel, Joffre Richard. 2018. PloS One, 13 (12), e0207519, 13 p.

Nanovirus‐alphasatellite complex identi ed in Vicia cracca in the Rhône delta region of France. Gallet Romain, Kraberger Simona, Filloux Denis, Galzi Serge, Fontes Hugo, Martin Darren Patrick, Varsani Arvind, Roumagnac Philippe. 2018. Archives of Virology, 163 (3) : 695-700.

Validação de protocolo de extração de dna sem uso de nitrogênio líquido. Araújo Santos Taís, Oliveira Barbosa Ana Cláudia, Kreuze Jan, Iskra Caruana Marie-Line, Alves Santos de Oliveira Saulo, Fortes Ferreira Claudia. 2018. Revista Recursos Genéticos News, 4 (3), « n.spéc. » Anais do V Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos - Fortaleza 06 a 09 de novembro de 2018., Résumé : 590. Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos. 5, Fortaleza, Brésil, 6 Novembre 2018/9 Novembre 2018.

Worldwide occurrence and activity of the reef-building coral symbiont Symbiodinium in the open ocean. Decelle Johan, Carradec Quentin, Pochon Xavier, Henry Nicolas, Romac Sarah, Mahé Frédéric, Dunthorn Micah, Kourlaiev Artem, Voolstra Christian R., Wincker Patrick, de Vargas Colomban. 2018. Current Biology, 28 (22):e3 : 3625-3633.

The contrasting response to drought and waterlogging is underpinned by divergent DNA methylation programs associated with transcript accumulation in sesame. Dossa Komivi, Mmadi Marie Ali, Zhou Rong, Zhou Qi, Yang Mei, Cissé Ndiaga, Diouf Diaga, Wang Linhai, Zhang Xiurong. 2018. Plant Science, 277 : 207-217.

Assessment of gene flow between Gossypium hirsutum and Gossypium herbaceum: Evidence of unreduced gametes in the diploid progenitor. Montes Emilie, Coriton Olivier, Eber F., Huteau Virginie, Lacape Jean-Marc, Reinhardt C., Marais Diana, Hofs Jean-Luc, Chèvre Anne-Marie, Pannetier Catherine. 2017. G3 - Genes Genomes Genetics, 7 (7) : 2185-2193.

Detection of molecular changes induced by antibiotics in Escherichia coli using vibrational spectroscopy. Nguyen Ngoc Thanh Xuan, Sarter Samira, Nguyen N. Hai, Daniel Philippe. 2017. Spectrochimica Acta. Part A, Molecular and Biomolecular Spectroscopy, 183 : 395-401.

Efficient high-throughput molecular method to detect Ehrlichia ruminantium in ticks. Cangi Nidia, Pinarello Valérie, Bournez Laure, Lefrançois Thierry, Albina Emmanuel, Neves Luis, Vachiéry Nathalie. 2017. Parasites and Vectors, 10:566, 10 p.

Functional genes of microorganisms, comprehending the dynamics of agricultural ecosystems. Reali Catiusca, Pilz Júnior Harry Luiz, Meile Jean-Christophe, Shorr Galindo Sabine, Fiuza Lidia Mariana. 2017. Brazilian Archives of Biology and Technology, 60:e17160370, 18 p.

Genetic diversity of Southeastern Nigerien date palms reveals a secondary structure within Western populations. Zango Oumarou, Chérif Emira, Chabrillange Nathalie, Zehdi-Azouzi Salwa, Gros-Balthazard Muriel, Naqvi Summar Abbas, Lemansour Alain, Rey Hervé, Bakasso Yacoubou, Aberlenc Frédérique. 2017. Tree Genetics and Genomes, 13 (4):75, 11 p.

Giant tortoises spread to western Indian Ocean islands by sea drift in pre-Holocene times, not by later human agency - response to Wilmé et al. (2016a). Cheke Anthony S., Pedrono Miguel, Bour Roger, Anderson Atholl, Griffiths Christine, Iverson John B., Hume Julian P., Walsh Martin. 2017. Journal of Biogeography, 44 (6) : 1426-1429.

Las biotecnologías como impulsadoras de la producción de aceite de palma sostenible. Rival Alain. 2017. Palmas, 37, n.spéc. Tomo 1 : 175-182.

Tipdatingbeast: An r package to assist the implementation of phylogenetic tip-dating tests using beast. Rieux Adrien, Khatchikian Camilo E.. 2017. Molecular Ecology Resources, 17 (4) : 608-613.

The complex case of Ceratitis cosyra (Diptera, Tephritidae) and relatives. A DNA barcoding perspective. Virgilio Massimiliano, Manrakhan Aruna, Delatte Hélène, Daneel J.H., Mwatawala Maulid W., Meganck Kenny, Barr N., De Meyer Marc. 2017. Journal of Applied Entomology, 141 (10), n.spéc. Biology and management of tephritid fruit flies in Europe, Africa and the Middle East : 788-797.

A first higher-level time-calibrated phylogeny of antlions (Neuroptera: Myrmeleontidae). Michel Bruno, Clamens Anne-Laure, Béthoux Olivier, Kergoat Gael J., Condamine Fabien L.. 2017. Molecular Phylogenetics and Evolution, 107 : 103-116.

The genome draft of coconut (Cocos nucifera). Xiao Yong, Xu Pengwei, Fan Haikuo, Baudouin Luc, Xia Wei, Bocs Stéphanie, Xu Junyang, Li Qiong, Guo Anping, Zhou Lixia, Li Jing, Wu Yi, Ma Zilong, Armero Villanueva Alix Augusto, Issali Auguste Emmanuel, Liu Na, Peng Ming, Yang Yaodong. 2017. GigaScience, 6 (11), 11 p.

The trouble with MEAM2: Implications of pseudogenes on species delimitation in the globally invasive Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) cryptic species complex. Tay Wee Tek, Elfekih S., Court L.N., Gordon Karl H.J., Delatte Hélène, De Barro Paul. 2017. Genome Biology and Evolution, 9 (10) : 2732-2738.

Ancient and modern DNA reveal dynamics of domestication and cross-continental dispersal of the dromedary. Almathen Faisal, Charruau Pauline, Mohandesan Elmira, Mwacharo Joram M., Orozco-terWengel Pablo, Pitt Daniel, Abdussamad Abdussamad M., Uerpmann Margarethe, Uerpmann Hans-Peter, De Cupere Bea, Magee Peter, Alnaqeeb Majed A., Salim Bashir, Raziq Abdul, Dessie Tadelle, Abdelhadi Omer M.A., Banabazi Mohammad H., Al-Eknah Marzouk, Walzer Chris, Faye Bernard, Hofreiter Michael, Peters Joris, Hanotte Olivier, Burger Pamela A.. 2016. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 113 (24) : 6707-6712.

Applications of metagenomics to fermented foods. Bigot Céline, Meile Jean-Christophe, Remize Fabienne, Strub Caroline. 2016. In : Fermented foods. Part I: biochemistry and biotechnology. Montet Didier (ed.), Ray Ramesh C. (ed.). Boca Raton : CRC Press, 333-346. (Food Biology Series) ISBN 978-1-4987-4079-1

Cacao Swollen Shoot Virus (CSSV): History, Biology, and Genome. Muller Emmanuelle. 2016. In : Cacao diseases. A history of old enemies and new encounters. Bryan A. Bailey (ed.), Lyndel W. Meinhardt (ed.). Cham : Springer International Publishing, 337-358. ISBN 978-3-319-24787-8

Characterization of microsatellites identified by next-generation sequencing in the neotropical tree Handroanthus billbergii (Bignoniaceae). Morillo Velastegui Luis Eduardo, Buitron Johanna, Limongi Ricardo, Vignes Hélène, Argout Xavier. 2016. Applications in Plant Sciences, 4 (5):1500135, 4 p.

DNA barcoding and surveillance sampling strategies for Culicoides biting midges (Diptera: Ceratopogonidae) in southern India. Harrup Lara E., Laban Swathi, Purse Bethan V., Krishnamohan Reddy Yarabolu, Narasimha Reddy Yella, Munivenkatappa Byregowda Sonnahallipura, Kumar Naveen, Muniramaiah Purushotham Kondappa, Kowalli Shrikant, Prasad Minakshi, Prasad Gaya, Bettis Alison A., de Keyser Rien, Garros Claire, Gopurenko David, Bellis Glenn A., Labuschagne Karien, Mathieu Bruno, Carpenter Simon. 2016. Parasites and Vectors, 9 (461), 20 p.

Expression profiles, characterization and function of HbTCTP in rubber tree (Hevea brasiliensis). Deng Zhi, Chen Jiangshu, Leclercq Julie, Zhou Zhuangzhi, Liu Changren, Liu Hui, Yang Hong, Montoro Pascal, Xia Zhihui, Li Dejun. 2016. Frontiers in Plant Science, 7 (789), 10 p.

Improvement of the banana Musa acuminata reference sequence using NGS data and semi-automated bioinformatics methods. Martin Guillaume, Baurens Franc-Christophe, Droc Gaëtan, Rouard Mathieu, Cenci Alberto, Kilian Andrzej, Hastie Alex, Dolezelova M., Aury Jean-Marc, Alberti Adriana, Carreel Françoise, D'Hont Angélique. 2016. BMC Genomics, 17 (243), 12 p.

Reappraisal of Hydatigera taeniaeformis (Batsch, 1786) (Cestoda: Taeniidae) sensu lato with description of Hydatigera kamiyai n. sp. Lavikainen Antti, Iwaki Takashi, Haukisalmi Voitto, Konyaev Sergey V., Casiraghi Maurizio, Dokuchaev Nikolai E., Galimberti Andrea, Halajian Ali, Henttonen Heikki, Ichikawa-Seki Madoka, Itagaki Tadashi, Krivopalov Anton V., Meri Seppo, Morand Serge, Näreaho Anu, Olsson Gert E., Ribas Alexis, Terefe Yitagele, Nakao Minoru. 2016. International Journal for Parasitology, 46 (5-6) : 361-374.

Applying Epigenetics in Plant Breeding: Balancing Genome Stability and Phenotypic Plasticity. Jaligot Estelle, Rival Alain. 2015. In : Advances in Plant Breeding Strategies: Breeding, Biotechnology and Molecular Tools. Al-Khayri Jameel M. (ed.), Jain Shri Mohan (ed.), Johnson Dennis V.(ed.). Cham : Springer International Publishing, 159-192. ISBN 978-3-319-22520-3

Assessment of genetic and epigenetic changes during cell culture ageing and relations with somaclonal variation in Coffea arabica. Bobadilla Landey Roberto, Cenci Alberto, Guyot Romain, Bertrand Benoît, Georget Frederic, Dechamp Eveline, Herrera Juan Carlos, Aribi Jamel, Lashermes Philippe, Etienne Hervé. 2015. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 122 (3) : 517-531.

Barcoding, biobanking, e-banking: from ecological to ethical and legal aspects. Insights from the PathoDivSEA project. Lajaunie Claire, Morand Serge. 2015. In : Socio-ecological dimensions of infectious diseases in Southeast Asia. Morand Serge (ed.), Dujardin Jean-Pierre (ed.), Lefait-Robin Régine (ed.), Apiwathnasorn Chamnarn (ed.). Singapour : Springer, 217-228. ISBN 978-981-287-526-6

Characterization of aphyllophorales causing brown and white rot in woods: Analysis of its restriction polymorphism (PCR/RFLP). Zaremski Alba, Ducousso Marc, Prin Yves. 2015. Pro Ligno, 11 (1) : 3-11.

Draft genome sequence of an alphaproteobacterium associated with the Mediterranean sponge Oscarella lobularis. Jourda Cyril, Santini Sébastien, Rocher Caroline, Le Bivic André, Claverie Jean-Michel. 2015. Genome Announcements, 3 (5):e00977-15, 2 p.

Evaluation de la capacité du Tomato yellow leaf curl virus à maintenir des ADNs satellites. Conflon Déborah. 2015. Montpellier : Montpellier SupAgro, 214 p. Thèse : Biologie des interactions : Montpellier SupAgro Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques

Extending DNA fibers and Fiber-FISH. Ozouf-Costaz Catherine, Coutanceau Jean-Pierre, D'Hont Angélique, Chassoux D., Lecointre G.. 2015. In : Fish cytogenetic techniques : Ray-fin fishes and chondrichthyans. Ozouf-Coastaz Catherine (ed.), Pisano Eva (ed.), Fausto Foresti (ed.), Foresti de Almeida Toledo Lurdes (ed.). New-York : CRC Press, 166-174. ISBN 978-1-4822-1199-3

Identification of novel Bromus- and Trifolium-associated circular DNA viruses. Kraberger Simona, Farkas Kata, Bernardo Pauline, Booker Cameron, Argüello-Astorga Gerardo, Mesleard François, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe, Varsani Arvind. 2015. Archives of Virology, 160 (5) : 1303-1311.

L'amélioration génétique des arbres forestiers. Louppe Dominique. 2015. In : Mémento du forestier tropical. Mille Gilles (ed.), Louppe Dominique (ed.). Versailles : Ed. Quae, 563-584. ISBN 978-2-7592-2340-4

Modification of a commercial DNA extraction kit for safe and rapid recovery of DNA and RNA simultaneously from soil, without the use of harmful solvents. Tournier E., Amenc Laurie, Pablo Anne-laure, Legname Elvire, Blanchart Eric, Plassard Claude, Robin Agnès, Bernard Laetitia. 2015. MethodsX, 2 : 182-191.

Molecular characterization and classification of Trypanosoma spp. Venezuelan isolates based on microsatellite markers and kinetoplast maxicircle genes. Sanchez E., Perrone Trina, Recchimuzzi G., Cardozo I., Biteau Nicolas, Aso Pedro Maria, Mijares Alfrédo, Baltz Théo, Berthier David, Balzano-Nogueira L., Gonzatti Marisa. 2015. Parasites and Vectors, 8 (536), 11 p.

Ploidy and domestication are associated with genome size variation in palms. Gunn Bee, Baudouin Luc, Beulé Thierry, Ilbert Pascal, Duperray Christophe, Crisp Michael, Issali Auguste Emmanuel, Konan Jean-Louis, Rival Alain. 2015. American Journal of Botany, 102 (10) : 1625-1633.

Rapid accumulation and low degradation: Key parameters of Tomato yellow leaf curl virus persistence in its insect vector Bemisia tabaci. Becker Nathalie, Rimbaud Loup, Chiroleu Frédéric, Reynaud Bernard, Thébaud Gaël, Lett Jean-Michel. 2015. Scientific Reports, 5 (17696), 10 p.

Tomato chlorotic mottle Guyane virus: A novel tomato-infecting bipartite begomovirus from French Guiana. Lett Jean-Michel, De Bruyn Alexandre, Hoareau Murielle, Ouattara Alassane, Claverie Sohini, Dalmon Anne, Laplace Damien, Lefeuvre Pierre, Hostachy Bruno. 2015. Archives of Virology, 160 (11) : 2887-2890.

A cautionary note on fecal sampling and molecular epidemiology in predatory wild great apes. De Nys Hélène, Madinda Nadège Freda, Merkel Kevin, Robbins Marha M., Boesch Christophe, Leendertz Fabian Hubertus, Calvignac-Spencer Sébastien. 2015. American Journal of Primatology, 77 (8) : 833-840.

The genomes of many yam species contain transcriptionally active endogenous geminiviral sequences that may be functionally expressed. Filloux Denis, Murrell Sasha, Koohapitagtam M., Golden Michael, Julian Charlotte, Galzi Serge, Uzest Marilyne, Rodier-Goud Marguerite, D'Hont Angélique, Vernerey Marie-Stéphanie, Wilkin P., Peterschmitt Michel, Winter Stephan, Murrell Ben, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2015. Virus Evolution, 1 (1), 17 p.

Comparative and collaborative studies for the validation of a nested PCR for the detection of Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae from Anthurium samples. Chabirand Aude, Jouen Emmanuel, Pruvost Olivier, Chiroleu Frédéric, Hostachy Bruno, Bergsma-Vlami Maria, Bianchi G., Cozzolino L., Elphinstone J., Holeva Maria C., Manole F., Martini P., Matouskova H., Minatchy Janice, Op de Beeck G., Poliakoff Françoise, Sigillo L., Siverio de la Rosa F., Van Vaerenbergh J., Laurentie M., Robène-Soustrade Isabelle. 2014. Plant Pathology, 63 (1) : 20-30.

DNA methylation and expression of the EgDEF1 gene and neighboring retrotransposons in mantled somaclonal variants of oil palm. Jaligot Estelle, Wei Yeng Hooi, Debladis Emilie, Richaud Frédérique, Beulé Thierry, Collin Myriam, Agbessi Mawussé D.T., Sabot François, Garsmeur Olivier, D'Hont Angélique, Syed Alwee Sharifah Shahrul Rabiah, Rival Alain. 2014. PloS One, 9 (2):e91896, 14 p.

Diversité moléculaire du CSSV (Cocoa swollen shoot virus) et épidémiologie de la maladie du swollen shoot du cacaoyer (Theobroma cacao L.) en Côte d'Ivoire. Kouakou Koffie. 2014. Abidjan : Université Félix Houphouët Boigny, 141 p. Thèse de doctorat : Phytovirologie : Université Félix Houphouët Boigny

First Report of 'Candidatus Liberibacter asiaticus' associated with Huanglongbing on Citrus latifolia in Martinique and Guadeloupe,French West Indies. Cellier Gilles, Moreau A., Cassam Nathalie, Hostachy Bruno, Ryckewaert Philippe, Aurela L., Picard R., Lombion Ketty, Rioualec Anne-Laure. 2014. Plant Disease, 98 (5) : p. 683.

Genetic diversity and population structure in a collection of roselle (Hibiscus sabdariffa L.) from Niger. Bakasso Yacoubou, Zaman-Allah Mainassara, Mariac Cédric, Billot Claire, Vigouroux Yves, Zongo Jean-Didier, Saadou Mahamane. 2014. Plant Genetic Resources, 12 (2) : 207-214.

Moko disease-causing strains of #Ralstonia solanacearum" from Brazil extend known diversity in paraphyletic phylotype II. Albuquerque Greecy M.R., Santos Liliana A., Felix Kátia C.S., Rollemberg Christtianno L., Silva Adriano M.F., Souza Elineide B., Cellier Gilles, Prior Philippe, Mariano Rosa L.R.. 2014. Phytopathology, 104 (11) : 1175-1182.

Phylogenetic reconstruction methods: An overview. De Bruyn Alexandre, Martin Darren Patrick, Lefeuvre Pierre. 2014. In : Molecular Plant Taxonomy. by Pascale Besse (ed.). New York : Humana Press, 257-277. (Mehtods in Molecular Biology, 1115) ISBN 978-1-62703-766-2

Phylogenetic relationships and population structure of Ralstonia solanacearum isolated from diverse origins in Taiwan. Lin C.H., Tsai K.C., Prior Philippe, Wang Jaw-Fen. 2014. Plant Pathology, 63 (6) : 1395-1403.

Resolving the polyphyletic nature of Pyricularia (Pyriculariaceae). Klaubauf S., Tharreau Didier, Fournier Elisabeth, Crous Pedro W., De Vries Ronald P., Lebrun Marc-Henri. 2014. Studies in Mycology, 79 : 85-120.

The common evolutionary history of badnaviruses and banana. Iskra Caruana Marie-Line, Duroy Pierre-Olivier, Chabannes Matthieu, Muller Emmanuelle. 2014. Infection, Genetics and Evolution, 21 : 83-89.

The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Umber Marie, Filloux Denis, Muller Emmanuelle, Laboureau Nathalie, Galzi Serge, Roumagnac Philippe, Iskra Caruana Marie-Line, Pavis Claudie, Teycheney Pierre-Yves, Seal Susan. 2014. Molecular Plant Pathology, 15 (8) : 790-801.

The streamlined genome of Phytomonas spp. relative to human pathogenic kinetoplastids reveals a parasite tailored for plants. Porcel Betina M., Denoeud France, Opperdoes Fred, Noël Benjamin, Madoui Mohammed-Amine, Hammarton Tansy, Field Mark, Da Silva Corinne, Couloux Arnaud, Poulain Julie, Katinka Michael, Jabbari Kamel, Aury Jean-Marc, Campbell David A., Cintron Roxana, Dickens Nicolas, Docampo Roberto, Sturm Nancy R., Koumandou Lila, Fabre Sandrine, Flegontov Pavel, Lukes Julius, Michaeli Shula, Mottram Jeremy, Szoor Balazs, Zilberstein Dan, Bringaud Frédéric, Wincker Patrick, Dollet Michel. 2014. PLoS Genetics, 10 (2):e1004007, 24 p.

Development of a cost-effective method for capripoxvirus genotyping using snapback primer and dsDNA intercalating dye. Gelaye Esayas, Lamien Charles Euloge, Silber Roland, Tuppurainen Eeva, Grabherr Reingard, Diallo Adama. 2013. PloS One, 8 (10):e75971, 10 p.

First report of sequence type 1, pathotype A Xanthomonas citri pv. citri from lime and lemon fruit originating from Bangladesh. Vernière Christian, Vital Karine, Boyer Claudine, Pruvost Olivier, Carter B.A.. 2013. Plant Disease, 97 (6) : 836.

Genetic and phenetic approaches to Anopheles systematics. Garros Claire, Dujardin Jean Pierre. 2013. In : Anopheles mosquitoes - New insights into malaria vectors. Sylvie Manguin (ed.). Rijeka : InTech, 81-105. ISBN 978-953-51-1188-7

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Determination of coffee origin by using 28S rDNA fingerprinting of fungal communities by PCR-DGGE: Application to the Cameroonian coffee. Nganou Donkeng Nadège, Durand Noël, Tatsadjieu Ngoune Léopold, Meile Jean-Christophe, El Sheikha Aly, Montet Didier, Mbufung C.M.. 2012. International Journal of Biosciences, 2 (5) : 18-30.

Determination of fish origin by using 16S rDNA fingerprinting of microbial communities by PCR-DGGE : an application on fish from different tropical origins. Montet Didier, Le N'Guyen Doan Duy, Kouakou Amenan Clémentine. 2012. In : Aquaculture. Muchlisin Zainal Abidin (ed.). Rijeka : InTech, 93-108. ISBN 978-953-307-974-5

Differentially expressed genes and proteins upon drought acclimation in tolerant and sensitive genotypes of Coffea canephora. Marraccini Pierre, Vinecky Felipe, Alves Gabriel Sergio Costa, Ramos Humberto J.O., Elbelt Sonia, Vieira Natalia Gomes, Carneiro Fernanda A, Sujii Patricia. S, Alekcevetch Jean Carlos, Silva Vânia Aparecida, Damatta Fabio M., Ferrão Maria Amélia G., Leroy Thierry, Pot David, Vieira Luiz Gonzaga Esteves, Da Silva Felipe, Andrade Alan Carvalho. 2012. Journal of Experimental Botany, 63 (11) : 4191-4212.

Influence of technological treatments on bacterial communities in tilapia (Oreochromis niloticus) as determined by 16S rDNA fingerprinting using polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE). Maïworé Justine, Tatsadjieu Ngoune Léopold, Goli Thierry, Montet Didier, Mbofung C.M.F.. 2012. African Journal of Biotechnology, 11 (34) : 8586-8593.

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The half-size ABC transporters STR1 and STR2 are indispensable for mycorrhizal arbuscule formation in rice. Gutjahr Caroline, Radovanovic Dragica, Geoffroy Jessika, Zhang Quan, Siegler Heike, Chiapello Marco, Casieri Leonardo, An Kyungsook, An Gynheung, Guiderdoni Emmanuel, Kumar Chellian Santhosh, Sundaresan Venkatesan, Harrison Maria J., Paszkowski Uta. 2012. Plant Journal, 69 (5) : 906-920.

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Etudes des interactions trophiques entre phytophages et impact sur la structure du réseau trophique des agroécosystèmes de type bananeraie en Martinique via l'approche code barre ADN. Guenifi Safia. 2011. Paris : MNHN, 47 p. Mémoire de master 2 : Evolution, patrimoine naturel et sociétés. Unité et diversité du vivant : Muséum national d'histoire naturelle

Genetic characterization of two traditional leafy vegetables (Sesamum radiatum Thonn. ex Hornem and Ceratotheca sesamoides Endl.) of Benin, using flow cytometry and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Adéoti K., Rival Alain, Dansi Alexandre, Santoni Sylvain, Brown Spencer, Beulé Thierry, Nato Aimé, Henry Yves, Vodouhe R.S., Loko L.Y., Sanni Ambaliou. 2011. African Journal of Biotechnology, 10 (65) : 14264-14275.

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Specific primers for PCR amplification of the ITS1 (ribosomal DNA) of Trypanosoma lewisi. Desquesnes Marc, Kamyingkird Ketsarin, Yangtara Sarawut, Milocco Cristina, Ravel Sophie, Ming-Hui Wang, Zhao-Rong Lun, Morand Serge, Jittapalapong Sathaporn. 2011. Infection, Genetics and Evolution, 11 (6) : 1361-1367.

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Intertwining threshold settings, biological data and database knowledge to optimize the selection of differentially expressed genes from microarray. Chuchana Paul, Holzmuller Philippe, Vezilier Frédéric, Berthier David, Chantal Isabelle, Severac Dany, Lemesre Jean-Loup, Cuny Gérard, Nirdé Philippe, Bucheton Bruno. 2010. PloS One, 5 (10):e13518, 12 p.

Molecular diversity of cotton leaf curl Gezira virus isolates and their satellite DNAs associated with okra leaf curl disease in Burkina Faso. Tiendrebeogo Fidèle, Lefeuvre Pierre, Hoareau Murielle, Villemot Julie, Konaté Gnissa, Traoré Alfred S., Barro Nicolas, Traore Valentin S.E., Reynaud Bernard, Traoré Oumar, Lett Jean-Michel. 2010. Virology Journal, 7, 10 p.

A combined analysis of morphological traits, chloroplast and nuclear DNA sequences within Santiria trimear (Burseraceae) suggests several species following the Biological Species Concept. Koffi K. Guillaume, Heuretz Myriam, Doumenge Charles, Onana Jean-Michel, Gavory Fréderick, Hardy Olivier J.. 2010. Plant Ecology and Evolution, 143 (2) : 160-169.

A large est resource for Theobroma cacao including cDNAS isolated from various organs and under various biotic and abiotic stresses. Lanaud Claire, Fouet Olivier, Gramacho Karina Peres, Argout Xavier, Legavre Thierry, Sabau Xavier, Risterucci Ange-Marie, Wincker Patrick, Da Silva Corinne, Loor Rey Gaston, Lopes Uilson Vanderlei, Cascardo Julio Cezar M., Courtois Brigitte, Kuhn David N., Schnell Raymond J., Bailey Bryan, Babin Régis, Sounigo Olivier, Ducamp Michel, Paulin Didier, Deberdt Peninna, Verica Joseph, Guiltinan Mark J., Alemanno Laurence, Machado Regina, Phillips Wilbert, Micheli Fabienne, Da Silva Gesteira Abelmon, Clément Didier, Maximova Siela N., Boccara Michel, Butler David R., Rosenquist Eric, Gilmour Martin, Glaszmann Jean-Christophe. 2010. In : 15th International Cocoa Research Conference : cocoa productivity, quality, profitability, human health and the environment = 15e Conférence internationale sur la recherche cacaoyère : Productivité, qualité, rentabilité du cacao, santé humaine et environnement ; 15 Conferencia Internacional de Pesquisas em Cacau. Cacau : produtividade, qualidade, rentabilidade, saude humanna e amb. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, 185-191. Conférence internationale sur la recherche cacaoyère. 15, San José, Costa Rica, 9 Octobre 2006/14 Octobre 2006.

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Oryza Tag Line, a phenotypic mutant database for the genoplante rice insertion line library. Larmande Pierre, Gay Céline, Lorieux Mathias, Perin Christophe, Bouniol Matthieu, Droc Gaëtan, Sallaud Christophe, Perez Pascual, Barnola Isabelle, Biderre-Petit Corinne, Martin Jérôme, Morel Jean-Benoit, Johnson Alexander A.T., Bourgis Fabienne, Ghesquière Alain, Ruiz Manuel, Courtois Brigitte, Guiderdoni Emmanuel. 2008. Nucleic Acids Research, 36 : 1022-1027.

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Utilisation de l'interférence ARN pour l'activation post-transcriptionnelle de gènes viraux et le contrôle de la réplication de deux virus animaux in vitro : morbillivirus (ARN) et peste porcine africaine (ADN). Keita Djénéba. 2008. Montpellier : UM2, 256 p. Thèse de doctorat : Biologie cellulaire. Virologie : Université Montpellier 2

A protocol for the rapid isolation of full geminivirus genomes from dried plant tissue. Shepherd Dionne Natalie, Martin Darren Patrick, Lefeuvre Pierre, Monjane Adérito Luis, Owor Betty E., Rybicki Edward P., Varsani Arvind. 2008. Journal of Virological Methods, 149 (1) : 97-102.

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Comparative analysis of expressed genes from cacao meristems infected by Moniliophthora perniciosa. Gesteira Abelmon, Micheli Fabienne, Carels Nicolas, Da Silva Aline Clara, Gramacho Karina Peres, Schuster Ivan, Macêdo Joci Neuby Alves, Pereira Gonçalo Amarante Guimarães, Cascardo Julio Cezar M.. 2007. Annals of Botany, 100 (1) : 129-140.

Etude des déterminants génétiques et moléculaires de la variabilité des compositions en carotenoïdes au sein du genre Citrus. Fanciullino Anne Laure. 2007. Corte : Université de Corse, 189 p. Thèse de doctorat : Biochimie et biologie moléculaires : Université de Corse

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Large-scale characterization of Tos17 insertion sites in a rice T-DNA mutant library. Piffanelli Pietro, Droc Gaëtan, Mieulet Delphine, Lanau Nadège, Bes Martine, Bourgeois Emmanuelle, Rouvière Claire, Gavory Fréderick, Cruaud Corinne, Ghesquière Alain, Guiderdoni Emmanuel. 2007. Plant Molecular Biology, 65 (5) : 587-601.

Mass production and quality control of teak clones for tropical plantations : the Yayasan Sabah Group and CIRAD joint project as a case study. Goh Doreen Kim Soh, Chaix Gilles, Baillères Henri, Monteuuis Olivier. 2007. Bois et Forêts des Tropiques (293) : 65-77.

Molecular characterization of an ethylene receptor gene (CcETR1) in coffee trees, its relationship with fruit development and caffeine content. Bustamante-Porras José, Campa Claudine, Poncet Valérie, Noirot Michel, Leroy Thierry, Hamon Serge, De Kochko Alexandre. 2007. Molecular Genetics and Genomics, 277 : 701-712.

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Possible roles of endogenous plant viral sequences and transgenes containing viral sequences in both virus resistance and virus emergence. Teycheney Pierre-Yves, Tepfer Mark. 2007. Environmental Biosafety Research, 6 (4) : 219-221.

Rational sub-division of plant trypanosomes (Phytomonas spp.) based on minicircle conserved region analysis. Sturm Nancy R., Dollet Michel, Lukes Julius, Campbell David A.. 2007. Infection, Genetics and Evolution, 7 (5) : 570-576.

A class I KNOX gene from the palm species Elaeis guineensis (Arecaceae) in associated with meristem function and a distinct mode of leaf dissection. Jouannic Stefan, Collin Myriam, Vidal Benjamin, Verdeil Jean-Luc, Tregear James. 2007. New Phytologist, 174 (3) : 551-568.

A large EST resource for theobroma cacao L. Lanaud Claire, Fouet Olivier, Gramacho Karina Peres, Argout Xavier, Legavre Thierry, Sabau Xavier, Risterucci Ange-Marie, Wincker Patrick, Da Silva Corinne, Loor Solorzano Rey Gaston, Cascardo Julio Cezar M., Courtois Brigitte, Kuhn David N., Schnell Rey J., Babin Régis, Sounigo Olivier, Ducamp Michel, Deberdt Peninna, Verica Joseph, Guiltinan Mark J., Alemanno Laurence, Machado Regina, Philips Wilbert, Maximova Siela N., Rosenquist Eric, Gilmour Martin, Glaszmann Jean-Christophe. 2007. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XVth Conference, San Diego, CA (USA), January 13-17, 2007. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 15, San Diego, États-Unis, 13 Janvier 2007/17 Janvier 2007.

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Caractérisation de gènes appartenant à la famille MADS box chez le palmier à huile et étude de leur rôle dans la mise en place de la structure florale. Adam Hélène. 2004. Montpellier : UM2, 168 p. Thèse de doctorat : Physiologie végétale : Université Montpellier 2

Construction of a sugarcane BAC contig the target resistance gene Bru1 through exploitation of synteny with sorghum and rice [Workshop : ICSB. W120]. Le Cunff Loïc, Garsmeur Olivier, Raboin Louis-Marie, Grivet Laurent, Glaszmann Jean-Christophe, D'Hont Angélique. 2004. . s.l. : s.n. Plant and Animal Genomes Conference. 12, San Diego, États-Unis, 10 Janvier 2004/14 Janvier 2004.

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Création d'un code barre biologique pour assurer la traçabilité des produits aquatiques applications à la traçabilité des poissons : mise au point d'une analyse des ADN de la flore commensale de tilapia par PCR-DGGE. Projet phylogène. Gemrot François. 2004. Montpellier : UM2, 39 p. Mémoire DEA : Sciences des aliments : Université Montpellier 2

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High throughput T-DNA insertion mutagenesis in rice : A first step towards in silico reverse genetics. Sallaud Christophe, Gay Céline, Larmande Pierre, Bes Martine, Piffanelli Pietro, Piegu Benoît, Droc Gaëtan, Regad Farid, Bourgeois Emmanuelle, Meynard Donaldo, Perin Christophe, Sabau Xavier, Ghesquière Alain, Glaszmann Jean-Christophe, Delseny Michel, Guiderdoni Emmanuel. 2004. Plant Journal, 39 (3) : 450-464.

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Polyphasic characterization of xanthomonads isolated from onion, garlic and Welsh onion (Allium spp.) and their relatedness to different Xanthomonas species. Roumagnac Philippe, Gagnevin Lionel, Gardan Louis, Sutra L., Manceau Charles, Dickstein E.R., Jones Jeffrey B., Rott Philippe, Pruvost Olivier. 2004. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 54 : 15-24.

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Identification and characterisation of sugarcane intergeneric hybrids, Saccharum officinarum x Erianthus arundinaceus, with molecular markers and DNA in situ hybridisation. D'Hont Angélique, Rao P.S., Feldmann Philippe, Grivet Laurent, Islam Faridi N., Taylor P., Glaszmann Jean-Christophe. 1995. Theoretical and Applied Genetics, 91 (2) : 320-326.

Identification d'un groupement de gènes impliqués dans la production d'albicidine par Xanthomonas albilineans grâce à la caractérisation de mutants d'insertion Tn5-gusA. Costet Laurent. 1995. Orsay : Université de Paris-Sud, 30 p. Mémoire DEA : Fin d'Etudes en Phytopathologie : Université de Paris-Sud

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Variability in the phloem restricted plant trypanosomes associated with wilts of cultivated crops (isoenzyme analysis, kDNA, RAPD). Muller Emmanuelle, Ahomadegbe J.C., Coulaud D., Stevens J., Gargani Daniel, Tibayrenc Michel, Sanchez Moreno Manuel, Dollet Michel. 1995. In : Third Phytomonas workshop. Abstracts. CIRAD-CP. Montpellier : CIRAD-CP, 12. Phytomonas workshop. 3, Montpellier, France, 15 Mai 1995/17 Mai 1995.

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