Détermination de l'origine géographique des poissons par l'obtention de l'empreinte génétique de leur communauté bactérienne par PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)

Le Nguyen Doan Duy. 2008. Détermination de l'origine géographique des poissons par l'obtention de l'empreinte génétique de leur communauté bactérienne par PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Montpellier : UM2, 460 p. Thèse de doctorat : Biotechnologie, Microbiologie : Université Montpellier 2

Thèse

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Encadrement : Montet, Didier

Résumé : La détermination de l'origine géographique est une des exigences de la traçabilité des produits alimentaires. Notre hypothèse était que l'environnement de l'aliment pouvait avoir une influence sur la diversité des flores bactériennes commensales des poissons. L'origine géographique des poissons a donc été approchée par la caractérisation de la flore microbienne spécifique de la ferme de production ou du lieu de transformation et de stockage. Une technique de biologie moléculaire couplée à une analyse d'images et à des méthodes statistiques a été développée afin de relier les profils bactériens obtenus par PCR-DGGE à l'origine géographique des fermes aquacoles. Dans la première partie, nous avons différencié par DGGE des poissons d'espèces différentes qui venaient de sites différents: les bars de France, les poissons-chats Pangasius du Vietnam et du Cambodge. Les profils DGGE microbiens des poissons et de l'eau d'un même étang sont étroitement similaires, confirmant notre hypothèse de départ. Le séquençage des bandes issues de la DGGE a permis d'identifier les souches bactériennes dominantes des poissons-chats au Vietnam. Dans la deuxième partie, nous avons confirmé la pérennité des profils microbiens au cours de la saison des pluies et de la saison sèche au Vietnam. Les poissons péchés en mer ont un profil bactérien variable alors que la même espèce élevée en aquarium obtient un profil similaire pour tous les poissons. Les traitements de transformation tels que le séchage et le marinage ont une forte influence sur la communauté bactérienne des poissons. La congélation ou la réfrigération ne modifient pas fortement les profils DGGE. La persistance des marqueurs bactériens au cours des traitements technologiques a été vérifiée au niveau industriel dans une usine de transformation en filets des poissons-chats Pangasius qui sont les principaux produits exportés du Vietnam. L'écologie bactérienne des poissons a été suivie par PCRDGGE à chaque étape de leur transformation montrant que le profil bactérien entre le produit initial et le produit fini est différent mais conserve suffisamment d'information pour discriminer l'origine. Dans la dernière partie, nous avons eu recours à la Rep-PCR pour étudier la diversité des souches de Pseudomonas qui ont montré une persistance aux procédures de transformation. Les Pseudomonas restent présents sur des filets finis ainsi que sur la surface des équipements après le nettoyage et la désinfection. 27 souches de Pseudomonas ont été classées dans 7 grandes groupes par rep-PCR et identifiées par séquençage.

Mots-clés Agrovoc : Pangasius, flore microbienne, Pseudomonas, marqueur génétique, provenance, analyse microbiologique, identification, PCR, électrophorèse, technique analytique

Mots-clés géographiques Agrovoc : France, Viet Nam, Cambodge

Classification Agris : Q04 - Composition des produits alimentaires
E70 - Commerce, commercialisation et distribution
Q03 - Contamination et toxicologie alimentaires

Champ stratégique Cirad : Axe 3 (2005-2013) - Alimentation accessible et de qualité

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