Epidemiology of peste des petits ruminants virus in Ethiopia and molecular studies on virulence

Gopilo Abraham. 2005. Epidemiology of peste des petits ruminants virus in Ethiopia and molecular studies on virulence. Toulouse : INPT, 173 p. Thèse de doctorat : Science vétérinaires : Institut national polytechnique de Toulouse

Thèse

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Encadrement : Picavet, P.D.

Résumé : La peste des petits ruminants (PPR) est une maladie infectieuse, contagieuse des petits ruminants domestiques ou sauvages. Elle se caractérise par une hyperthermie élevée (autour de 41°C), du jetage, des écoulements oculaires, une stomatite nécrosante, de la diarrhée profuse et généralement une forte mortalité. En Afrique, elle peut avoir différentes incidences cliniques sur les moutons ou les chèvres, depuis l'infection subclinique jusqu'à une infection aiguë létale. En Ethiopie, la PPR clinique est rarement décrite et l'étude de la circulation virale était jusqu'à présent peu développée. Dans ce travail, nous montrons la présence d'anticorps contre le virus de la PPR sur un grand nombre de moutons, chèvres, vaches et chameaux éthiopiens et nous confirmons la transmission naturelle du virus PPR chez ces animaux sans manifestation clinique détectable. Cette absence apparente de pathogénicité peut être liée à une résistance génétique particulière des races de petits ruminants présentes en Ethiopie ou à une variation de la virulence des souches de virus PPR. Afin d'étudier ce dernier point, nous avons entrepris des études in vitro sur des souches isolées en Ethiopie et dans différents pays en comparaison avec une souche vaccinale obtenue par atténuation par passages en série sur culture cellulaire et d'autres souches de morbillivirus. Dans un premier temps, nous avons testé la capacité du virus PPR à infecter différents systèmes cellulaires. Nous établissons que les cellules VERO (fibroblastes de rein de singe) et 293T (cellules épithéliales de rein humain) permettent la réplication du virus PPR comme celle du virus de la peste bovine. En revanche, les cellules B95a (cellules lymphoblastoïdes B de singe) ne multiplient que le virus de la peste bovine. La capacité d'une cellule à supporter la réplication du virus est de nature à influer son pouvoir pathogène et l'épidémiologie de la maladie. La différence de sensibilité des cellules au virus PPR peut être lié à l'affinité de la glycoprotéine d'enveloppe virale H pour son ou ses récepteurs cellulaires utilisés notamment par le virus de la peste bovine. Pour aborder cette question, nous avons entrepris des comparaisons de séquences au niveau de la protéine H du virus PPR, en lien avec ce qui a été déjà décrit sur d'autres morbillivirus. Pour compléter cette étude sur la virulence, nous avons séquencé les promoteurs de plusieurs souches de virus PPR et conduit une analyse des mutations pouvant jouer un rôle dans l'atténuation. En effet, les promoteurs viraux des morbillivirus déterminent la transcription des ARNm viraux et la réplication du génome viral : la modification de leur séquence peut donc affecter leur efficacité et influer sur la virulence de la souche concernée. Nous observons 7 mutations sur les promoteurs de la souche vaccinale du virus PPR en comparaison avec les autres souches virulentes. Certaines mutations sont retrouvées sur les autres morbillivirus, d'autres sont spécifiques du virus PPR. De cette approche moléculaire, nous déduisons également l'intérêt d'utiliser les séquences des promoteurs du virus, relativement très variables par rapport au reste du génome, pour mener des études de phylogéographie et de comparaison entre paramyxovirus. Le document de thèse a été organisé en 6 chapitres. Le premier concerne l'histoire naturelle de la PPR avec la description du virus, du génome, de l'épidémiologie, de la transmission, des symptômes, de la pathologie, de l'immunologie, du diagnostic, de la lutte contre la maladie et des aspects économiques en Afrique sub-saharienne. Le deuxième chapitre traite de la biologie comparative du virus PPR avec les autres morbillivirus. Le troisième chapitre concerne les travaux d'épidémiologie de la PPR effectués en Ethiopie. Le quatrième volet de ce travail reprend les études sur la spécificité cellulaire du virus PPR et la comparaison des séquences sur la protéine H. Le cinquième chapitre expose les analyses de séquence des promoteur

Mots-clés Agrovoc : peste des petits ruminants, virus peste petits ruminants, pouvoir pathogène, épidémiologie, transmission des maladies, morbillivirus, immunologie, vaccin, séquence nucléotidique, ruminant, petits ruminants