Structure et dynamique de la diversité génétique de l'amandier cultivé au Liban : facteurs biologiques et anthropiques

Hamadeh Bariaa. 2018. Structure et dynamique de la diversité génétique de l'amandier cultivé au Liban : facteurs biologiques et anthropiques. Montpellier : Université de Montpellier, 192 p. Thèse de doctorat : Ecologie et biodiversité : Université de Montpellier

Encadrement : Joly, Hélène ; Chalak, Lamis

Résumé : Cette thèse est une contribution à la compréhension de l'influence de l'Homme sur la dynamique de la diversité génétique de l'amandier Prunus dulcis au Liban, centre de diversification de l'espèce. Cette espèce auto-incompatible a longtemps été propagée par semis, puis par greffage. La démarche interdisciplinaire suivie fait appel à la biologie des populations et à l'anthropologie. Cette étude comprend trois parties: dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification de l'amandier cultivé en se basant sur des évidences archéologiques puis historiques et sur les connaissances sur la biologie évolutive de l'amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nos résultats permettent de distinguer l'impact de différentes périodes d'introduction d'amandiers au Liban sur la structure de la diversité génétique des vergers actuels. La deuxième partie, a permis d'évaluer l'importance culturelle de l'amandier cultivé au Liban, et d'identifier sa diversité intra-spécifique telle qu'elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui nous a permis de mettre en évidence une taxonomie locale flexible. Nous avons identifié deux variétés phares. Dans la troisième partie, nous avons évalué l'effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et la dynamique de la diversité génétique. Nos résultats montrent que la diversité génétique du cultivar traditionnel " Khachabi ", propagé par semis, est structurée géographiquement. Par contre, la diversité du second cultivar, " Halwani " introduit anciennement, est structurée en deux pools génétiques en lien avec les pratiques mixtes de multiplication qui incluent semis et greffage. Cette thèse montre comment l'évolution des pratiques interagit avec la biologie de l'amandier pour en façonner la diversité. L'amandier a longtemps été propagé par voie sexuée. L'introduction du mode de propagation par greffage a été adoptée graduellement. Les agriculteurs ont ainsi maintenu une certaine diversité génétique par la multiplication sexuée occasionnelle des cultivars introduits. Les introductions tardives après l'adoption du greffage ont réduit la diversité. Nous illustrons ainsi comment les connaissances, les pratiques et les prises de décisions de l'Homme à différents échelles spatiales et temporelles influence la structure et la dynamique de la diversité des plantes cultivées.

Résumé (autre langue) : This thesis is a contribution to the understanding of the influence of Human on the dynamics of the genetic diversity of the almond tree Prunus dulcis in Lebanon, center of diversification of the species. This self-incompatible species has long been propagated by seed and then through grafting. The interdisciplinary approach followed uses population biology and anthropology. This study consists of three parts: In the first part, we sought to understand the processes of diversification of the cultivated almond tree based on archaeological and historical evidences and on the evolutionary biology of the almond tree in the Mediterranean Basin. Our results make it possible to distinguish the impact of the different periods of introduction of almond tree in Lebanon on the structure of the genetic diversity of young orchards. The second part assessed the cultural importance of the almond tree grown in Lebanon, and identified its intraspecific diversity as perceived by the informants. Our results show heterogeneity of informants' knowledge that allowed us to highlight a flexible local taxonomy. We have identified two flagship varieties. In the third part, we assessed the effect of the change in propagation practices on the structuring and dynamics of genetic diversity for these flagship varieties. Our results show that the genetic diversity of the traditional cultivar "Khachabi", propagated by seed, is geographically structured. On the other hand, the diversity of the second cultivar, "Halwani" introduced recently, is structured in two genetic pools in connection with the mixed practices of multiplication which includes sowing and grafting. This thesis shows how the evolution of practices interacts with the biology of the almond tree to shape its diversity. The almond tree has long been propagated sexually. The introduction of the graft propagation mode has been adopted gradually. Farmers thus maintained a certain genetic diversity through the occasional sexual multiplication of introduced cultivars. Late introductions, after grafting adoption, have reduced diversity in recent orchards. We illustrate how human knowledge, practices and decision-making at different spatial and temporal scales influence the structure and dynamics of plant diversity.

Mots-clés Agrovoc : Prunus dulcis, variation génétique, facteur anthropogène, facteur du milieu, pratique culturale, greffage, variété

Mots-clés géographiques Agrovoc : Liban

Mots-clés complémentaires : Cultivar

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
B50 - Histoire
F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2014-2018) - Agriculture écologiquement intensive

Auteurs et affiliations

• Hamadeh Bariaa, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/593106/)

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