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First Vanilla planifolia high-density genetic linkage map provides quantitative trait loci for resistance to Fusarium oxysporum. Favre Félicien, Jourda Cyril, Grisoni Michel, Chiroleu Frédéric, Dijoux Jean-Bernard, Jade Katia, Rivallan Ronan, Besse Pascale, Charron Carine. 2023. Plant Disease, 107 (10) : 2997-3006.

A chromosome-level, haplotype-phased genome assembly for Vanilla planifolia highlights that partial endoreplication challenges accurate whole genome assembly. Piet Quentin, Droc Gaëtan, Marande William, Sarah Gautier, Bocs Stéphanie, Klopp Christophe, Bourge Mickael, Siljak-Yakovlev Sonja, Bouchez Olivier, Lopez-Roques Céline, Lepers-Andrzejewski Sandra, Bourgois Laurent, Zucca Joseph, Dron Michel, Besse Pascale, Grisoni Michel, Jourda Cyril, Charron Carine. 2022. Plant Communications, 3:100330, 15 p.

A genome-wide assessment of the genetic diversity, evolution and relationships with allied species of the clonally propagated crop Vanilla planifolia Jacks. ex Andrews. Favre Félicien, Jourda Cyril, Grisoni Michel, Piet Quentin, Rivallan Ronan, Dijoux Jean-Bernard, Hascoat Jérémy, Lepers-Andrzejewski Sandra, Besse Pascale, Charron Carine. 2022. Genetic Resources and Crop Evolution, 69 : 2125-2139.

Conservation of horticultural genetic resources in France. Roux-Cuvelier Michel, Grisoni Michel, Bellec Arnaud, Bloquel Emmanuel, Charron Carine, Delalande Magalie, Delmas Marine, Didier Audrey, Durel Charles Eric, Duval Charles-Henry, Esnault Florence, Feugey Laurence, Geoffriau Emmanuel, Khadari Bouchaib, Lepers-Andrzejewski Sandra, Luro François, Marchal Cécile, Pernet Alix, Salinier Jérémy, Seguin Marc, Stevens Rebecca, van Issum-Groyer Bernice, Kahane Rémi. 2021. Chronica Horticulturae, 61 (2) : 21-36.

Three founding ancestral genomes involved in the origin of sugarcane. Pompidor Nicolas, Charron Carine, Hervouet Catherine, Bocs Stéphanie, Droc Gaëtan, Rivallan Ronan, Manez Aurore, Mitros Therese, Swaminathan Kankshita, Glaszmann Jean-Christophe, Garsmeur Olivier, D'Hont Angélique. 2021. Annals of Botany, 127 (6) : 827-840.

Characterization of Colletotrichum orchidophilum, the agent of black spot disease of vanilla. Charron Carine, Hubert Jacqueline, Minatchy Janice, Wilson Véronique, Chrysot Fabiola, Gerville Scholastie, Loos Renaud, Jeandel Céline, Grisoni Michel. 2018. Journal of Phytopathology, 166 (7-8) : 525-531.

A mosaic monoploid reference sequence for the highly complex genome of sugarcane. Garsmeur Olivier, Droc Gaëtan, Antonise Rudie, Grimwood Jane, Potier Bernard, Aitken Karen S., Jenkins Jerry, Martin Guillaume, Charron Carine, Hervouet Catherine, Costet Laurent, Yahiaoui Nabila, Healey Adam, Sims David, Cherukuri Yesesri, Sreedasyam Avinash, Kilian Andrzej, Chan Agnes P., Van Sluys Marie-Anne, Swaminathan Kankshita, Town Christopher, Berges Hélène, Simmons Blake, Glaszmann Jean-Christophe, Van der Vossen Edwin, Henry Robert, Schmutz Jeremy, D'Hont Angélique. 2018. Nature Communications, 9:2638, 10 p.

Evolution of plant eukaryotic initiation factor 4E (eIF4E) and potyvirus genome-linked protein (VPg): A game of mirrors impacting resistance spectrum and durability. Moury Benoit, Charron Carine, Janzac Bérenger, Simon V., Gallois Jean-Luc, Palloix Alain, Caranta Carole. 2014. Infection, Genetics and Evolution, 27 : 472-480.

High homologous gene conservation despite extreme autopolyploid redundancy in sugarcane. Garsmeur Olivier, Charron Carine, Bocs Stéphanie, Jouffe Vincent, Samain Sylvie, Couloux Arnaud, Droc Gaëtan, Zini Cyrille, Glaszmann Jean-Christophe, Van Sluys Marie-Anne, D'Hont Angélique. 2011. New Phytologist, 189 (2) : 629-642.

Single amino acid changes in the turnip mosaic virus viral genome-linked protein (VPg) confer virulence towards Arabidopsis thaliana mutants knocked out for eukaryotic initiation factors eIF(iso)4E and eIF(iso)4G. Gallois Jean-Luc, Charron Carine, Sánchez Flora, Pagny Gaëlle, Houvenaghel Marie-Christine, Moretti André, Ponz Fernando, Revers Frédéric, Caranta Carole, German-Retana Sylvie. 2010. Journal of General Virology, 91 (1) : 288-293.

Natural variation anf functional analyses provide evidence for co-evolution between plant eIF4E and potyviral VPg. Charron Carine, Nicolaï Maryse, Gallois Jean-Luc, Robaglia Christophe, Moury Benoit, Palloix Alain, Caranta Carole. 2008. Plant Journal, 54 (1) : 56-68.

Genotyping-by-sequencing technology in plant taxonomy and phylogeny. Favre Félicien, Jourda Cyril, Besse Pascale, Charron Carine. 2021. In : Molecular plant taxonomy: method and protocols. Besse Pascale (ed.). New York : Humana Press, 167-178. (Methods in Molecular Biology, 2222) ISBN 978-1-0716-0996-5

Toward a reference sequence of the gene-rich part of the highly polypoid sugarcane genome. Garsmeur Olivier, Potier Bernard, Aitken Karen S., Droc Gaëtan, Berkman Paul, Charron Carine, Martin Guillaume, Harrison Bandie, Van der Vossen Edwin, Henry Robert, D'Hont Angélique. 2014. In : 5th IAPSIT International Sugar Conference (IS-2014) onThe Green Technologies for Sustainable growth of Sugar Industry in Developing Countries, November 25-28, 2014, Nanning, China. Yang-Rui Li, G.P. Rao, S. Solomon, Li-Tao Yang, Zhong Liu, Wei-Zhong He,. Naming : IAPSIT, Résumé, 15. IAPSIT International Sugar Conference IS-2014. 5, Nanning, Chine, 25 Novembre 2014/28 Novembre 2014.

Evolutionary dynamics of hom(oe)ologous chromosome segments within the highly polyploid sugarcane genome. D'Hont Angélique, Charron Carine, Garsmeur Olivier, Vilela Marianne, Hervouet Catherine, Vincentz Michel. 2012. In : 58° Congresso Brasileiro de Genética "Genética e Sustentabilidade", 11 a 14 de setembro 2012, Foz do Iguaçu, Brasil. Sociedade Brasileira de Genética. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Congresso Brasileiro de Genética. 58, Foz do Iguaçu, Brésil, 9 Septembre 2012/11 Septembre 2012.

Vanilla: a challenging genus with regards to the development of genomic resources. Besse Pascale, Jourda Cyril, Charron Carine, Grisoni Michel, Andrzejewski Sandra, Bourge Mickael, Dron Michel. 2018. In : Proceedings of the 18th European Orchid Council Conference and Exhibition - What future for orchids?. Prat Daniel (ed.). SFO. Paris : SFO, Résumé, 101. (Cahiers de La société française d’orchidophilie, 9) European Orchid Council Conference and Exhibition. 18, Paris, France, 24 Mars 2018/25 Mars 2018.

The discovery of new viral and fungal diseases of Vanilla planifolia calls for reviewing prophylaxis in Reunion Island. Grisoni Michel, Charron Carine. 2018. In : Proceedings of the 22nd World Orchid Conference. Guayaquil : s.n., 218-225. World Orchid Conference. 22, Guayaquil, Équateur, 8 Novembre 2017/11 Novembre 2017.

A Reference Sequence of the Monoploid Genome of Sugarcane. [W889]. Garsmeur Olivier, Aitken Karen S., Potier Bernard, Grimwood Jane, Charron Carine, Droc Gaëtan, Berkman Paul, Martin Guillaume, Berges Hélène, Van der Vossen Edwin, Simmons Blake, Schmutz Jeremy, Henry Robert, D'Hont Angélique. 2017. In : Proceedings Plant and Animal Genome XXV Conference. San Diego : PAG, 1 p. Plant and Animal Genome Conference. 25, San Diego, États-Unis, 14 Janvier 2017/18 Janvier 2017.

Toward a reference sequence of the sugarcane genome. [MO04]. Garsmeur Olivier, Charron Carine, Potier Bernard, Aitken Karen S., Berkman Paul, Droc Gaëtan, Martin Guillaume, Van der Vossen Edwin, Henry Robert, D'Hont Angélique. 2015. In : Pushing the frontiers of sugarcane improvement. ISSCT. Saint-Gilles : ISSCT, Résumé, 42. Germplasm and Breeding ISSCT Workshop. 11, Saint-Gilles, Réunion, 1 Juin 2015/5 Juin 2015.

Identification and annotation of resistance gene analogs in Vanilla planifolia: the complex Leurin Rich Repeat (LRR)-containing receptor family. Favre Félicien, Da Silva Quentin, Morin Manon, Piet Quentin, Jourda Cyril, Grisoni Michel, Besse Pascale, Charron Carine. 2022. . Global Engage. The Hague : Global Engage, 1 p. Plant Genomics and Gene Editing Congress: Europe. 9, The Hague, Pays-Bas, 11 Avril 2022/12 Avril 2022.

Partial endoreplication challenges whole genome assembly: the case of Vanilla planifolia (Orchidaceae). Piet Quentin, Droc Gaëtan, Marande William, Sarah Gautier, Bocs Stéphanie, Klopp Christophe, Bourge Mickael, Siljak-Yakovlev Sonja, Bouchez Olivier, Lopez-Roques Céline, Lepers-Andrzejewski Sandra, Bourgois Laurent, Zucca Joseph, Dron Michel, Besse Pascale, Grisoni Michel, Jourda Cyril, Charron Carine. 2022. In : Exploring the latest developments in omic technologies, breeding techniques and the application of ai in bioinformatics and phenotyping. The Hague : s.n., 1 poster Plant Genomics and Gene Editing Congress: Europe. 9, The Hague, Pays-Bas, 11 Avril 2022/12 Avril 2022.

Genome-wide assessment of the genetic diversity in Vanilla. Favre Félicien, Jourda Cyril, Grisoni Michel, Jade Katia, Dijoux Jean-Bernard, Hascoat Jérémy, Lepers Sandra, Besse Pascale, Charron Carine. 2021. . Botanic Gardens Conservation International. Taichung : Botanic Gardens Conservation International, 1 p. World Orchid Conference. 23, Taichung, Taïwan / (République de Chine (Taïwan)), 23 Avril 2021/26 Avril 2021.

BAC sequencing analyses in the hexaploid Spartina maritima (Poaceae): Homoeolog divergence and microsynteny in the grass family. Charron Carine, Rousseau-Gueutin Mathieu, Ferreira de Carvalho Julie, Chelaifa Houda, Boutte Julien, Droc Gaëtan, Fourment Joëlle, Bellec Arnaud, Berges Hélène, Poulain Julie, Couloux Arnaud, Mangenot Sophie, Wincker Patrick, Salmon Armel, D'Hont Angélique, Ainouche Malika Lily. 2014. In : International Conference on Invasive Spartina (ICI-Spartina 2014), July 7-10, 2014, Rennes, France. s.l. : s.n., 1 p. International Conference on Invasive Spartina. 4, Rennes, France, 7 Juillet 2014/10 Juillet 2014.

Advancements in breeding Fusarium resistant vanilla varieties using Next Generation Sequencing. Favre Félicien, Jourda Cyril, Grisoni Michel, Besse Pascale, Charron Carine. 2019. . Moshi : s.n., Résumé, 1 p. Bi-Annual Symposium on Vanilla and Vanillin (Vanilla 2019). 11, Moshi, Tanzanie, 3 Novembre 2019/10 Novembre 2019.

A reference sequence of the monoploid genome of sugarcane. [W950]. Garsmeur Olivier, Droc Gaëtan, Grimwood Jane, Potier Bernard, Aitken Karen S., Jenkins Jerry, Charron Carine, Martin Guillaume, Van der Vossen Edwin, Kilian Andrzej, Berges Hélène, Simmons Blake, Schmutz Jeremy, D'Hont Angélique. 2018. In : Proceedings Plant and Animal Genome XXVI Conference. PAG. San Diego : PAG, Résumé, 1 p. Plant and Animal Genomes Conference. 26, San Diego, États-Unis, 13 Janvier 2018/17 Janvier 2018.

Toward a reference sequence of the gene-rich part of the highly polyploid sugarcane genome. [W714]. Garsmeur Olivier, Potier Bernard, Aitken Karen S., Berkman Paul, Droc Gaëtan, Charron Carine, Martin Guillaume, Harrison Bandie, Van der Vossen Edwin, Henry Robert, D'Hont Angélique. 2015. In : Plant and Animal Genomes Conference XXIII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 10-14, 2015. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 23, San Diego, États-Unis, 10 Janvier 2015/14 Janvier 2015.

BAC sequencing analyses in the hexaploid Spartina maritima (Poaceae): Homoeolog divergence and microsynteny in the grass family. Charron Carine, Rousseau-Gueutin Mathieu, Ferreira de Carvalho Julie, Chelaifa Houda, Boutte Julien, Droc Gaëtan, Fourment Joëlle, Bellec Arnaud, Berges Hélène, Poulain Julie, Couloux Arnaud, Mangenot Sophie, Wincker Patrick, Salmon Armel, D'Hont Angélique, Ainouche Malika Lily. 2014. In : Réunion annuelle du Groupe polyploïdie-cytogénétique, Clermont-Ferrand, France, 22-23 mai 2014. s.l. : s.n., Diaporama, (23 vues) Réunion annuelle du groupe polyploïdie-cytogénétique, Clermont-Ferrand, France, 22 Mai 2014/23 Mai 2014.

Recurrent polyploidy in the salt marsh Genus spartina: lessons and challenges : [W630]. Ainouche Malika Lily, Ferreira de Carvalho Julie, Boutte Julien, Bellot Sidonie, Rousseau-Gueutin Mathieu, Ainouche Abdelkader, Charron Carine, D'Hont Angélique, Leitch Andrew, Kovarik Ales, Salmon Armel. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Whole genome profiling to generate a core physical map of the gene rich part of the sugarcane genome : [W778]. Garsmeur Olivier, Droc Gaëtan, Woltinge Dennis, Van-Oeveren Jan, Martin Guillaume, Harrison Bandie, Charron Carine, Van der Vossen Edwin, D'Hont Angélique. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Comparison of hom(oe)ologous chromosome segments in the highly polyploid interspecific genome of sugarcane. Charron Carine, Garsmeur Olivier, Hervouet Catherine, Droc Gaëtan, Sidibé-Bocs Stéphanie, D'Hont Angélique. 2013. In : Polyploïde et cytogénétique, Rennes, France, 16-17 mai 2013. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Polyploïdie et cytogénétique, Rennes, France, 16 Mai 2013/17 Mai 2013.

GNPAnnot: a community annotation system applied to sugarcane sequences : W745. Garsmeur Olivier, Droc Gaëtan, Guignon Valentin, Charron Carine, D'Hont Angélique, Ruiz Manuel, Bocs Stéphanie. 2013. In : Plant and Animal Genome XXI conference, San Diego, USA, January 12-16 2013,. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Plant and Animal Genome conference. 21, San Diego, États-Unis, 12 Janvier 2013/16 Janvier 2013.

Detailed analyses of 12 hom(oe)ologous chromosome segments in the highly polyploid sugarcane genome. Charron Carine, Hervouet Catherine, Garsmeur Olivier, Droc Gaëtan, Bocs Stéphanie, D'Hont Angélique. 2012. In : International Conference on Polyploidy, Hybridization, and Biodiversity ICPHB 2012, Prague, Czech Republic, 7-10 May 2012. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity, Prague, République tchèque, 7 Mai 2012/10 Mai 2012.

Evolutionary dynamics of hom(oe)ologous chromosome segments within the highly polyploid sugarcane genome. D'Hont Angélique, Charron Carine, Garsmeur Olivier, Hervouet Catherine, Droc Gaëtan, Bocs Stéphanie. 2012. In : International Symposium of New Paradigms of Sugarcane Research, Coimbatore, Inde October 15-18, 2012. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Symposium on New Paradigms in Sugarcane Research, Coimbatore, Inde, 15 Octobre 2012/18 Octobre 2012.

GNPAnnot community annotation system applied to sugarcane bac clone sequences (W572). Guignon Valentin, Droc Gaëtan, Garsmeur Olivier, Charron Carine, D'Hont Angélique, Bocs Stéphanie. 2011. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XIXth Conference, San Diego, CA (USA), January 15-19, 2011. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 19, San Diego, États-Unis, 15 Janvier 2011/19 Janvier 2011.

High homologous gene conservation despite extreme autopolyploid redundancy in sugarcane. Charron Carine, Garsmeur Olivier, Bocs Stéphanie, Droc Gaëtan, Van Sluys Marie-Anne, D'Hont Angélique. 2011. In : 9th Plant Genomics European Meetings (Plant GEM), May 04-07, 2011, Istanbul, Turkey. Sabanci University. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Plant Genomics European Meetings. 9, Istanbul, Turquie, 4 Mai 2011/7 Mai 2011.

High homologous gene conservation despite extreme autopolyploid redundancy in sugarcane (W315). D'Hont Angélique, Garsmeur Olivier (collab.), Charron Carine (collab.), Zini Cyrille (collab.), Bocs Stéphanie (collab.), Jouffe Vincent (collab.), Samain Sylvie (collab.). 2011. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XIXth Conference, San Diego, CA (USA), January 15-19, 2011. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 19, San Diego, États-Unis, 15 Janvier 2011/19 Janvier 2011.

Comparison of seven homoeologous haplotypes (BAC) within the high polyploid sugarcane genome : [Abstract W604]. Charron Carine, Garsmeur Olivier, Jouffe Vincent, Bocs Stéphanie, Samain Sylvie, Couloux Arnaud, Droc Gaëtan, Glaszmann Jean-Christophe, Van Sluys Marie-Anne, D'Hont Angélique. 2010. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XVIIIth Conference, San Diego, CA (USA), January 09-13, 2010. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 18, San Diego, États-Unis, 9 Janvier 2010/13 Janvier 2010.

Musatract: Sequencing of the banana (Musa acuminata) whole genome : [Abstract W075]. Charron Carine. 2010. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XVIIIth Conference, San Diego, CA (USA), January 09-13, 2010. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 18, San Diego, États-Unis, 9 Janvier 2010/13 Janvier 2010.

Evolutionary dynamics of hom(oe)ologous haplotypes (bacs) within the highly polyploid sugarcane genome. Garsmeur Olivier, Charron Carine, Jouffe Vincent, Samain Sylvie, Hervouet Catherine, Van Sluys Marie-Anne, Sidibé-Bocs Stéphanie, D'Hont Angélique. 2009. In : International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity, May 17 - 20, 2009, Saint-Malo, France, program and abstracts. Université de Rennes 1. Rennes : Université de Rennes 1, Résumé, 54. International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity, Saint-Malo, France, 17 Mai 2009/20 Mai 2009.

Caractérisation fonctionnelle et évolution moléculaire des gènes codant pour les facteurs d'initiation de la traduction eIF4E : des facteurs clés dans la résistance des plantes aux Potyvirus. Charron Carine. 2007. Aix-en-Provence : Université d'Aix-Marseille II, 249 p. Thèse de doctorat : Microbiologie molécuaire, biologie végétale et biotechnologies : Université d'Aix-Marseille II

Conservation ex situ des ressources végétales. 15/09/2023. Charron Carine. 2023. Saint-Denis : CIRAD, 1 diaporama (89 vues)

Réglementation juridique des échanges de ressources génétiques. Charron Carine. 2023. Saint-Denis : CIRAD, 1 diaporama (83 vues)

Génomique comparative. Charron Carine. 2016. Montpellier : CIRAD-BIOS-UMR AGAP, diaporama (149 vues)