Résultats pour Auteur : "Tranchant-Dubreuil, Christine"

Glutaredoxin regulation of primary root growth is associated with early drought stress tolerance in pearl millet. de la Fuente Carla, Grondin Alexandre, Sine Bassirou, Debieu Maryline, Belin Christophe, Hajjarpoor Amir, Atkinson Jonathan, Passot Sixtine, Salson Marine, Orjuela Julie, Tranchant-Dubreuil Christine, Brossier Jean-Rémy, Steffen Maxime, Morgado Charlotte, Dinh Hang Ngan, Pandey Bipin K., Darmau Julie, Champion Anthony, Petitot Anne-Sophie, Barrachina Célia, Pratlong Marine, Mounier Thibault, Nakombo-Gbassault Princia, Gantet Pascal, Gangashetty Prakash, Guédon Yann, Vadez Vincent, Reichheld Jean-Philippe, Bennett Malcolm J., Kane Ndjido Ardo, Guyomarc'h Soazig, Wells Darren, Vigouroux Yves, Laplaze Laurent. 2023. eLife, 12:RP86169, 21 p.

Redox-related gene expression and sugar accumulation patterns are altered in the edible inflorescence produced by the cultivated form of pacaya palm (Chamaedorea tepejilote). Hosni Hanene, Diallo Abdoulaye, Morcillo Fabienne, Vaissayre Virginie, Collin Myriam, Tranchant-Dubreuil Christine, Dussert Stéphane, Joët Thierry, Castaño Felipe, Marquínez Xavier, Stauffer Fred W., Hodel Donald R., Castillo Mont Juan Jose, Adam Hélène, Jouannic Stefan, Tregear James. 2021. Annals of Botany, 128 (2) : 231-240.

MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education. Atindehou Ménonvè Mègnissè, Adeoti Adéola Zouri-Kifouli, Loko Yeyinou Laura Estelle, Beulé Thierry, Paradis Emmanuel, Djedatin Gustave, Tranchant-Dubreuil Christine, Sabot François, Lagnika Latifou, Jaligot Estelle. 2019. PLoS Biology, 17 (6):e3000312, 11 p.

The South Green portal: A comprehensive resource for tropical and Mediterranean crop genomics. Guignon Valentin, Hueber Yann, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Hamelin Chantal, Larivière Delphine, Martin Guillaume, Ortega Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ruiz Manuel, Gautier Sarah, Summo Marilyne, This Dominique, Ravel Sébastien, Larmande Pierre, Monat Cécile, Sabot François, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine, Sempere Guilhem, Dereeper Alexis. 2016. Current Plant Biology, 7-8 : 6-9.

TOGGLE: toolbox for generic NGS analyses. Monat Cécile, Tranchant-Dubreuil Christine, Kougbeadjo Ayite, Farcy Cédric, Ortega-Abboud Enrique, Amanzougarene Souhila, Ravel Sébastien, Agbessi Mawussé, Orjuela-Bouniol Julie, Summo Marilyne, Sabot François. 2015. BMC Bioinformatics, 16 (374) : 1-8.

The coffee genome hub: a resource for coffee genomes. Dereeper Alexis, Bocs Stéphanie, Rouard Mathieu, Guignon Valentin, Ravel Sébastien, Tranchant-Dubreuil Christine, Poncet Valérie, Garsmeur Olivier, Lashermes Philippe, Droc Gaëtan. 2015. Nucleic Acids Research, 43 (D1), D1028-D1035

The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis. Denoeud France, Carretero-Paulet Lorenzo, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Guyot Romain, Pietrella Marco, Chunfang Zheng, Alberti Adriana, Anthony François, Aprea Giuseppe, Aury Jean-Marc, Bento Pascal, Bernard Maria, Bocs Stéphanie, Campa Claudine, Cenci Alberto, Combes Marie-Christine, Crouzillat Dominique, Da Silva Corinne, Daddiego Loretta, De Bellis Fabien, Dussert Stéphane, Garsmeur Olivier, Gayraud Thomas, Guignon Valentin, Jahn Katharina, Jamilloux Véronique, Joët Thierry, Labadie Karine, Tianying Lan, Leclercq Julie, Lepelley Maud, Leroy Thierry, Lei-Ting Li, Librado Pablo, Lopez Loredana, Muñoz Adriana, Noël Benjamin, Pallavicini Alberto, Perrotta Gaetano, Poncet Valérie, Pot David, Priyono, Rigoreau Michel, Rouard Mathieu, Rozas Julio, Tranchant-Dubreuil Christine, VanBuren Robert, Qiong Zhang, Andrade Alan A., Argout Xavier, Bertrand Benoît, De Kochko Alexandre, Graziosi Giorgio, Henry Robert, Jayarama, Ming Ray, Nagai Chifumi, Rounsley Steve, Sankoff David, Giuliano Giovanni, Albert Victor A., Wincker Patrick, Lashermes Philippe. 2014. Science, 345 (6201) : 1181-1184.

BAC-end sequences analysis provides first insights into coffee (Coffea canephora P.) genome composition and evolution. Dereeper Alexis, Guyot Romain, Tranchant-Dubreuil Christine, Anthony François, Argout Xavier, De Bellis Fabien, Combes Marie-Christine, Gavory Fréderick, De Kochko Alexandre, Kudrna Dave, Leroy Thierry, Poulain Julie, Rondeau Myriam, Song Xiang, Wing Rod A., Lashermes Philippe. 2013. Plant Molecular Biology, 83 (3) : 177-189.

Ancestral synteny shared between distantly-related plant species from the asterid (Coffea canephora and Solanum Sp.) and rosid (Vitis vinifera) clades. Guyot Romain, Lefebvre-Pautigny Florent, Tranchant-Dubreuil Christine, Rigoreau Michel, Hamon Perla, Leroy Thierry, Hamon Serge, Poncet Julie, Crouzillat Dominique, De Kochko Alexandre. 2012. BMC Genomics, 13 (103), 14 p.

MoccaDB. An integrative database for functional, comparative and diversity studies in the Rubiaceae family. Plechakova Olga, Tranchant-Dubreuil Christine, Bénédet Fabrice, Couderc Marie, Tinaut Alexandra, Viader Véronique, De Block Petra, Hamon Perla, Campa Claudine, De Kochko Alexandre, Hamon Serge, Poncet Valérie. 2009. BMC Plant Biology, 9 (123), 11 p.

Transcriptome analysis during somatic embryogenesis of the tropical monocot Elaeis guineensis: Evidence for conserved gene functions in early development. Lin Hsiang-Chun, Morcillo Fabienne, Dussert Stéphane, Tranchant-Dubreuil Christine, Tregear James, Tranbarger Timothy John. 2009. Plant Molecular Biology, 70 (1-2) : 173-192. Congress of the Federation of European Societies of Plant Biology. 15, Lyon, France, 17 Juillet 2006/21 Juillet 2006.

The South Green Bioinformatics platform, a comprehensive resource for crop genomics. Ruiz Manuel, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Sarah Gautier, Tranchant-Dubreuil Christine, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, De Lamotte Frédéric, Larmande Pierre, Sabot François, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Pitollat Bertrand, This Dominique, Bocs Stéphanie, Hueber Yann, El Hassouni Nordine, Martin Guillaume, Gkanogiannis Anestis, Ravel Sébastien, Monat Cécile, Tando Ndomassi, Rouard Mathieu. 2017. In : Proceedings X-Meeting 2017. s.l. : s.n., 1 p. International Conference of the AB3. 13, São Pedro, Brésil, 4 Octobre 2017/6 Octobre 2017.

South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud. Ravel Sébastien, Bocs Stéphanie, Brousseau Louise, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, 418-420. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 Juillet 2018/6 Juillet 2018.

TOGGLE-3: A Framework to Build Quickly Pipelines and to Perform Large-Scale NGS Analysis. [P0469]. Tranchant-Dubreuil Christine, Ravel Sébastien, Monat Cécile, Helou Laura, Diallo Abdoulaye, Sarah Gautier, Orjuela-Bouniol Julie, Sabot François. 2017. In : Proceedings Plant and Animal Genome XXV Conference. San Diego : PAG, 1 p. Plant and Animal Genome Conference. 25, San Diego, États-Unis, 14 Janvier 2017/18 Janvier 2017.

South Green bioinformatics platform: Update 2015. Armero A., Baurens Franc-Christophe, Bocs Stéphanie, Breil A., De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Garsmeur Olivier, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Kougbeadjo Ayite, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Lorenzo Jonathan, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ndomassi T., Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ranwez Vincent, Rouard Mathieu, Ruiz E., Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, This Dominique, Tranchant-Dubreuil Christine, Vallier Félix. 2015. In : Plant Genomics Congress. Global Engage. Londres : Global Engage, 51. Plant Genomics Congress. 3, Londres, Royaume-Uni, 11 Mai 2015/12 Mai 2015.

MoccaDB. An integrative database for functional, comparative and diversity studies in the Rubiaceae family. Poncet Valérie, Plechakova Olga, Bénédet Fabrice, Guyot Romain, Couderc Marie, De Block Petra, Hamon Perla, Campa Claudine, De Kochko Alexandre, Hamon Serge, Tranchant-Dubreuil Christine. 2011. In : Proceedings of the 23rd International Conference on Coffee Science; Bali, Indonesia, October 3-8, 2010 = Actes du 23ème Colloque scientifique international sur le café, Bali, Indonésie, 3-8 octobre 2010. ASIC. Paris : ASIC, 389-396. ISBN 978-2-900212-22-6 International Conference on Coffee Science. 23, Bali, Indonésie, 3 Octobre 2010/8 Octobre 2010.

The South Green Genome Hubs. Droc Gaëtan, Argout Xavier, Bocs Stéphanie, Comte Aurore, Dereeper Alexis, Dufayard Jean François, Garsmeur Olivier, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Lopez David, Oubda Nicolas, Martin Guillaume, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Summo Marilyne, Thomas Coline, Tranchant-Dubreuil Christine, Rouard Mathieu. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020), Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

South Green bioinformatic resources for tropical and Mediterranean crops. Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Breton Catherine, Comte Aurore, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Lopez David, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020). 20, Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

Resources to manage Rice Big Genomics Data. Agret Clément, Gottin Celine, Dereeper Alexis, Tranchant-Dubreuil Christine, Chateau Annie, Diévart Anne, Sarah Gautier, Mancheron Alban, Ruiz Manuel, Droc Gaëtan. 2019. . Taipei : ISFRG, 1 p. International Symposium of Rice Functional Genomics. 17, Taipei, Taïwan / (République de Chine (Taïwan)), 4 Novembre 2019/6 Novembre 2019.

South Green bioinformatics platform : Plateforme collaborative de bioinformatique verte héraultaise. Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ravel Sébastien, Rouard Mathieu, This Patrice, Tranchant-Dubreuil Christine. 2017. . Montpellier : CIRAD, 1 poster Amphithéâtre "Patrimoine Numérique Scientifique", Montpellier, France, 20 Février 2017/20 Février 2017.

South Green resources to manage Rice Big Genomics Data [W682]. Agret Clément, Gottin Celine, Dereeper Alexis, Tranchant-Dubreuil Christine, Chateau Annie, Diévart Anne, Sarah Gautier, Mancheron Alban, Sempere Guilhem, Ruiz Manuel, Droc Gaëtan. 2020. In : Abstracts workshops of the PAG XXVIII. San Diego : PAG, Résumé, 302. Plant and Animal Genome. 28, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2020/15 Janvier 2020.

The south green rice genome hub. Droc Gaëtan, Dereeper Alexis, Ruiz Manuel, Antoine Chloé, Barca Maïra, Tranchant-Dubreuil Christine. 2019. . San Diego : s.n., Résumé, 1 p. Plant and Animal Genome. 17, San Diego, États-Unis, 12 Janvier 2019/16 Janvier 2019.

TOGGLe (Toolbox for Generic NGS Analyses) A framework to quickly build pipelines and to perform large-scale HTS analysis. Orjuela Castellanos Julie, Ravel Sébastien, Dereeper Alexis, Tando Ndomassi, Sabot François, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, Résumé, 330-331. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 Juillet 2018/6 Juillet 2018.

Dihaploid Coffea arabica genome sequencing and assembly [W180]. De Kochko Alexandre, Crouzillat Dominique, Rigoreau Michel, Lepelley Maud, Bellanger Laurence, Merot l'Anthoene Virginie, Vandecasteele Céline, Guyot Romain, Poncet Valérie, Tranchant-Dubreuil Christine, Hamon Perla, Hamon Serge, Couturon Emmanuel, Descombes Patrick, Moine Deborah, Mueller Lukas, Strickler Susan R., Andrade Alan A., Protasio Pereira Luiz Filipe, Marraccini Pierre, Giuliano Giovanni, Fiore Alessia, Pietrella Marco, Aprea Giuseppe, Ming Ray, Wai Jennifer, Domingues Douglas S., Paschoal Alexandre, Kuhn Gerrit, Korlach Jonas, Chin Jason, Sankoff David, Zheng Chunfang, Albert Victor A.. 2015. In : Plant and Animal Genomes Conference XXIII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 10-14, 2015. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 23, San Diego, États-Unis, 10 Janvier 2015/14 Janvier 2015.

African rices genome projects : GLASS and irigin : [P129]. Monat Cécile, Tranchant-Dubreuil Christine, Lorieux Mathias, Ghesquière Alain, Ruiz Manuel, Sabot François. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Monitoring the genomic stability of oil palm embryogenic suspensions through retrotransposon-derived markers. Debladis Emilie, Beulé Thierry, Ilbert Pascal, Santoni Sylvain, Tranchant-Dubreuil Christine, Guyot Romain, Jaligot Estelle, Rival Alain. 2013. . IGH. Montpellier : IGH, Résumé, p. 24. Congrès national sur les éléments transposables (CNET2013). 18, Montpellier, France, 1 Juillet 2013/3 Juillet 2013.

A retrotransposon-based-strategy for the assessment of genetic and epigenetic stability of oil palm embryogenic suspensions. Beulé Thierry, Ilbert Pascal, Santoni Sylvain, Guyot Romain, Tranchant-Dubreuil Christine, Richaud Frédérique, Jaligot Estelle, Rival Alain. 2012. In : 7ème Congrès des Jeunes Chercheurs de la Société Française de Biologie "La biologie végétale aux sommets", Grenoble, France, 04-06 Juillet 2012. Société Française de Biologie Végétale. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Congrès des Jeunes Chercheurs de la Société Française de Biologie. 7, Grenoble, France, 4 Juillet 2012/6 Juillet 2012.