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A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives. Sarah Gautier, Homa Félix, Pointet Stéphanie, Contreras Sandy, Sabot François, Nabholz Benoit, Santoni Sylvain, Sauné Laure, Ardisson Morgane, Chantret Nathalie, Sauvage Christopher, Tregear James, Jourda Cyril, Pot David, Vigouroux Yves, Chaïr Hâna, Scarcelli Nora, Billot Claire, Yahiaoui Nabila, Bacilieri Roberto, Khadari Bouchaib, Boccara Michel, Barnaud Adeline, Péros Jean-Pierre, Labouisse Jean-Pierre, Pham Jean Louis, David Jacques, Glemin Sylvain, Ruiz Manuel. 2017. Molecular Ecology Resources, 17 (3) : 565-580.

Association mapping of seed and disease resistance traits in Theobroma cacao L. Motilal Lambert A., Zhang Dapeng, Mischke Sue, Meinhardt Lyndel W., Boccara Michel, Fouet Olivier, Lanaud Claire, Umaharan Pathmanathan. 2016. Planta, 244 (6) : 1265-1276.

Genetic diversity and parentage in farmer varieties of cacao (Theobroma cacao L.) from Honduras and Nicaragua as revealed by single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Ji Kun, Zhang Dapeng, Motilal Lambert A., Boccara Michel, Lachenaud Philippe, Meinhardt Lyndel W.. 2013. Genetic Resources and Crop Evolution, 60 (2) : 441-453.

Discovery and mapping of a new expressed sequence tag-single nucleotide polymorphism and simple sequence repeat panel for large-scale genetic studies and breeding of Theobroma cacao L. Allègre Mathilde, Argout Xavier, Boccara Michel, Fouet Olivier, Roguet Yolande, Bérard Aurélie, Thévenin Jean-Marc, Chauveau Aurélie, Rivallan Ronan, Clément Didier, Courtois Brigitte, Gramacho Karina Peres, Boland-Auge Anne, Tahi Mathias Gnion, Umaharan Pathmanathan, Brunel Dominique, Lanaud Claire. 2012. DNA Research, 19 (1) : 23-35.

Elucidation of genetic identity and population structure of cacao germplasm within an international cacao genebank. Motilal Lambert A., Zhang Dapeng, Umaharan Pathmanathan, Boccara Michel, Mischke Sue, Sankar Antoinette, Meinhardt Lyndel W.. 2012. Plant Genetic Resources, 10 (3) : 232-241.

Insight into the wild origin, migration and domestication history of the fine flavour nacional Theobroma cacao L. variety from Ecuador. Loor Solorzano Rey Gaston, Fouet Olivier, Lemainque Arnaud, Pavek Sylvana, Boccara Michel, Argout Xavier, Amores Fredy, Courtois Brigitte, Risterucci Ange-Marie, Lanaud Claire. 2012. PloS One, 7 (11):e48438, 11 p.

Sequencing the Cocoa criollo genome : An international initiative of the ICGS (International Cocoa Genome Sequencing) consortium (P050). Argout Xavier, Salse Jérôme, Aury Jean-Marc, Guiltinan Mark J., Droc Gaëtan, Gouzy Jérôme, Allègre Mathilde, Chaparro Christian, Legavre Thierry, Maximova Siela N., Abrouk Michael, Murat Florent, Fouet Olivier, Poulain Julie, Ruiz Manuel, Roguet Yolande, Rodier-Goud Marguerite, Barbosa-Neto Jose Fernandes, Sabot François, Kudrna Dave, Ammiraju Jetty Siva S., Schuster Stephan C., Carlson John E., Sallet Erika, Schiex Thomas, Dievart Anne, Kramer Melissa, Gelley Laura, Shi Zi, Bérard Aurélie, Viot Christopher, Boccara Michel, Mournet Pierre, Risterucci Ange-Marie, Guignon Valentin, Sabau Xavier, Axtell Michael J., Ma Zhaorong, Zhang Yufan, Brown Spencer, Bourge Mickael, Golser Wolfgang, Song Xiang, Clément Didier, Rivallan Ronan, Tahi G.Mathias, Akaza Joseph Moroh, Pittolat Bertrand, Gramacho Karina Peres, D'Hont Angélique, Brunel Dominique, Infante Diogenes, Kébé Ismael S., Costet Pierre, Wing Rod A., Mc Combie William Richard, Guiderdoni Emmanuel, Quetier Francis, Panaud Olivier, Wincker Patrick, Bocs Stéphanie, Lanaud Claire. 2011. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XIXth Conference, San Diego, CA (USA), January 15-19, 2011. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 19, San Diego, États-Unis, 15 Janvier 2011/19 Janvier 2011.

Dernières avancées dans le séquençage du génome de Theobroma Cacao Criollo : nouvel assemblage, annotations et outils. Argout Xavier, Aury Jean-Marc, Guiltinan Marc, Droc Gaëtan, Gouzy Jérôme, Maximova Siela N., Fouet Olivier, Schuster Stephan C., Boccara Michel, Clément Didier, Tahi G.Mathias, Gramacho Karina Peres, Lanaud Claire. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère : Résumés = 17th International Cocoa Research Conference ; 17th Conferencia Internacional De Investigaçao Sobre 0 Cacau ; 17th Conferencia International de Investigacion en Cacao. Lagos : Alliance des Pays Producteurs de Cacao, Résumé, 25. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

Mise au point d'une méthode simple pour la conservation et le transfert du pollen de cacaoyer. Boccara Michel, De Freitas Ali, Eskes Albertus. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère : Résumés = 17th International Cocoa Research Conference ; 17th Conferencia Internacional De Investigaçao Sobre 0 Cacau ; 17th Conferencia International de Investigacion en Cacao. Lagos : Alliance des Pays Producteurs de Cacao, 187. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

Molecular markers for cacao traits. Motilal Lambert A., Zhang Dapeng, Umaharan Pathmanathan, Boccara Michel, Meinhardt Lyndel W., Lanaud Claire. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère, Yaounde, Cameroun, 15 - 20 Octobre 2012. COPAL. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

Nouveaux éclairages sur l'origine sauvage et les évènements de domestication de la variété du cacao fin nacional Theobroma Cacao L. d'équateur et l'expédition de collecte de nouvelles ressources génétiques. Loor Rey Gaston, Fouet Olivier, Lemainque Arnaud, Pavek Sylvana, Jeanneau Mélanie, Argout Xavier, Risterucci Ange-Marie, Boccara Michel, Lachenaud Philippe, Alter Pascaline, Rosenquist Eric, Courtois Brigitte, Cros Emile, Boulanger Renaud, Amores Fredy, Vasco Alfonso, Medina M., Lanaud Claire. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère : Résumés = 17th International Cocoa Research Conference ; 17th Conferencia Internacional De Investigaçao Sobre 0 Cacau ; 17th Conferencia International de Investigacion en Cacao. Lagos : Alliance des Pays Producteurs de Cacao, Résumé, 141. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

Origin and domestication of the Nacional cacao variety from Ecuador and collecting expedition of new related genetic resources. W121. Loor Rey Gaston, Fouet Olivier, Lemainque Arnaud, Pavek Sylvana, Risterucci Ange-Marie, Courtois Brigitte, Boccara Michel, Argout Xavier, Lachenaud Philippe, Rosenquist Eric, Cros Emile, Boulanger Renaud, Amores Fredy, Vasco Alfonso, Lanaud Claire. 2012. In : Plant and Animal Genome XX conference, San Diego, USA, January 14-18 2012,. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Plant and Animal Genome conference. 20, San Diego, États-Unis, 14 Janvier 2012/18 Janvier 2012.

A new insight in the nuclear and cytoplasmic diversity of T.Cacao: Consequences for the T. Cacao classification. Boccara Michel, Fouet Olivier, Argout Xavier, Allègre Mathilde, Pot David, Motilal Lambert A., Lachenaud Philippe, Thévenin Jean-Marc, Zhang Dapeng, Umaharan Pathmanathan, Loor Solorzano Rey Gaston, Lanaud Claire. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère, Yaounde, Cameroun, 15 - 20 Octobre 2012. COPAL. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

Deciphering the genome structure of Theobroma cacao (W107). Argout Xavier, Salse Jérôme, Aury Jean-Marc, Guiltinan Mark J., Droc Gaëtan, Gouzy Jérôme, Allègre Mathilde, Chaparro Christian, Legavre Thierry, Maximova Siela N., Abrouk Michael, Murat Florent, Fouet Olivier, Poulain Julie, Ruiz Manuel, Roguet Yolande, Rodier-Goud Marguerite, Barbosa-Neto Jose Fernandes, Sabot François, Kudrna Dave, Ammiraju Jetty Siva S., Schuster Stephan C., Carlson John E., Sallet Erika, Schiex Thomas, Dievart Anne, Kramer Melissa, Gelley Laura, Shi Zi, Bérard Aurélie, Viot Christopher, Boccara Michel, Risterucci Ange-Marie, Guignon Valentin, Sabau Xavier, Axtell Michael J., Ma Zhaorong, Zhang Yufan, Brown Spencer, Bourge Mickael, Golser Wolfgang, Song Xiang, Clément Didier, Rivallan Ronan, Tahi G.Mathias, Akaza Joseph Moroh, Pittolat Bertrand, Gramacho Karina Peres, D'Hont Angélique, Brunel Dominique, Infante Diogenes, Kébé Ismael S., Costet Pierre, Wing Rod A., Mc Combie William Richard, Guiderdoni Emmanuel, Quetier Francis, Panaud Olivier, Wincker Patrick, Bocs Stéphanie, Lanaud Claire. 2011. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XIXth Conference, San Diego, CA (USA), January 15-19, 2011. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 19, San Diego, États-Unis, 15 Janvier 2011/19 Janvier 2011.

Appui à la revalorisation des filières agricoles café et cacao dans le département de la Grande Anse. 22 au 30 Mai 2015. Quénéhervé Patrick, Boccara Michel, Descroix Frédéric. 2015. Saint-Pierre : CIRAD-PERSYST-IRD, 38 p.