Determination of fruit origin by using 28S rDNA fingerprinting of fungi communities by PCR-DGGE: an application to Physalis fruits from Egypt, Uganda and Colombia

El Sheikha Aly, Montet Didier. 2011. Determination of fruit origin by using 28S rDNA fingerprinting of fungi communities by PCR-DGGE: an application to Physalis fruits from Egypt, Uganda and Colombia. Fruits, 66 (2) : 79-89.

Url - éditeur : https://revues.cirad.fr/index.php/fruits

Titre français : Détermination de l'origine géographique des fruits en utilisant les empreintes génétiques de l'ADNr 28S des communautés de moisissures / Titre espagnol : Determinación del origen geográfico de los frutos, gracias al uso de huellas genéticas del ADNr 28S de comunidades de moho, obtenidas mediante PCR-DGGE: aplicación en los frutos de Physalis procedentes de Egipto, de Uganda y de Colombia

Quartile : Q2, Sujet : HORTICULTURE

Résumé : Introduction. Consumption of Physalis fruits is quite recent and the products are poorly known among consumers. This plant has been known for a long time as an ornamental in Europe, for at least 200 years. Traceability is increasingly becoming important across the agri-food industry; however, at the present time, the traceability of this fruit is only documentary. In case of doubt or fraud, no standardized analysis can determine the geographical origin of the fruits. Materials and methods. In order to discover the relationship between the fungal communities of the fruit and their geographical origins, 28S rDNA-PCRDGGE was used to analyze the variation in fungal communities in three species of Physalis fruit (Physalis ixocarpa Brot., Physalis pruinosa L. and Physalis peruviana L.) from Egypt, Uganda and Colombia. Results. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) fingerprints of 28S ribosomal DNA (28S rDNA) analyzed by multivariate analysis could distinguish different fruit origins by their fungal communities. Conclusion. We propose the PCR-DGGE method as a new traceability tool which provides fruit in general, and Physalis in particular, with a unique barcode for each country by using 28S rDNA fingerprinting of fungi.

Résumé (autre langue) : La consommation des fruits de Physalis est tout à fait récente et ces produits sont mal connus par les consommateurs bien que cette plante soit utilisée comme plante ornementale en Europe depuis au moins 200 ans. La traçabilité devient de plus en plus importante dans l'industrie agro-alimentaire. Cependant, à l'heure actuelle, la traçabilité est seulement documentaire. En cas de doute ou de fraude, aucune analyse normalisée ne permet de déterminer l'origine géographique des fruits. Matériel et méthodes. Afin d'établir la relation entre les communautés de moisissures des fruits et leurs origines géographiques, les ADNr 28S ont été analysés par PCR-DGGE pour étudier la variation des communautés de moisissures sur trois espèces de fruits de Physalis (#Physalis ixocarpa# Brot., #Physalis pruinosa# L. et #Physalis peruviana# L.) provenant d'Égypte, d'Ouganda et de Colombie. Résultats. Les empreintes des ADN 28S ribosomiques obtenues par DGGE et interprétées par analyse multi-variée pourraient permettre de distinguer l'origine géographique des fruits par leur communauté de moisissures. Conclusion. Nous proposons cette méthode de PCR-DGGE comme un nouvel outil de traçabilité apte à fournir aux fruits en général, et aux Physalis en particulier, un code barre unique pour chaque pays.

Mots-clés Agrovoc : Physalis, fruits, provenance, empreinte ADN, flore microbienne, PCR, électrophorèse

Mots-clés géographiques Agrovoc : Colombie, Ouganda, Égypte

Mots-clés complémentaires : Réaction de polymérisation en chaîne

Classification Agris : U30 - Méthodes de recherche
E70 - Commerce, commercialisation et distribution
Q04 - Composition des produits alimentaires

Champ stratégique Cirad : Axe 3 (2005-2013) - Alimentation accessible et de qualité

Auteurs et affiliations

• El Sheikha Aly, CIRAD-PERSYST-UMR Qualisud (FRA)
• Montet Didier, CIRAD-PERSYST-UMR Qualisud (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/559401/)

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