Chado Controller : Advanced annotation management with a community annotation system

Guignon Valentin, Droc Gaëtan, Alaux Michael, Baurens Franc-Christophe, Garsmeur Olivier, Poiron Claire, Carver Timothy L.W., Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie. 2012. Chado Controller : Advanced annotation management with a community annotation system. Bioinformatics, 28 (7) : 1054-1056.

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts046

Article de revue ; Article de revue à facteur d'impact

Version publiée - Anglais
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Quartile : Outlier, Sujet : MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY / Quartile : Q1, Sujet : BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS / Quartile : Q1, Sujet : BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY

Résumé : Summary: We developed a controller that is compliant with the Chado database schema, GBrowse and genome annotation-editing tools such as Artemis and Apollo. It enables the management of public and private data, monitors manual annotation (with controlled vocabularies, structural and functional annotation controls) and stores versions of annotation for all modified features. The Chado controller uses PostgreSQL and Perl. Availability: The Chado Controller package is available for download at http://www.gnpannot.org/content/chado-controller and runs on any Unix-like operating system, and documentation is available at http://www.gnpannot.org/content/chado-controller-doc The system can be tested using the GNPAnnot Sandbox at http:// www.gnpannot.org/content/gnpannot-sandbox-form.

Mots-clés Agrovoc : système d'information, banque de gènes, application des ordinateurs, génome

Mots-clés complémentaires : Séquencage

Classification Agris : U30 - Méthodes de recherche
F30 - Génétique et amélioration des plantes
C30 - Documentation et information

Champ stratégique Cirad : Hors axes (2005-2013)

Auteurs et affiliations