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Genome-wide association studies and genomic selection assays made in a large sample of cacao (Theobroma cacao L.) germplasm reveal significant marker-trait associations and good predictive value for improving yield potential. Bekele Frances L., Bidaisee Gillian, Allegre Mathilde, Argout Xavier, Fouet Olivier, Boccara Michel, Saravanakumar Duraisamy, Bekele Isaac, Lanaud Claire. 2022. PloS One, 17 (10):e0260907, 35 p.

Discovery and mapping of a new expressed sequence tag-single nucleotide polymorphism and simple sequence repeat panel for large-scale genetic studies and breeding of Theobroma cacao L. Allègre Mathilde, Argout Xavier, Boccara Michel, Fouet Olivier, Roguet Yolande, Bérard Aurélie, Thévenin Jean-Marc, Chauveau Aurélie, Rivallan Ronan, Clément Didier, Courtois Brigitte, Gramacho Karina Peres, Boland-Auge Anne, Tahi Mathias Gnion, Umaharan Pathmanathan, Brunel Dominique, Lanaud Claire. 2012. DNA Research, 19 (1) : 23-35.

Structural characterization and mapping of functional EST-SSR markers in Theobroma cacao. Fouet Olivier, Allègre Mathilde, Argout Xavier, Jeanneau Mélanie, Lemainque Arnaud, Pavek Sylvana, Boland Anne, Risterucci Ange-Marie, Loor Rey Gaston, Tahi G.Mathias, Sabau Xavier, Courtois Brigitte, Lanaud Claire. 2011. Tree Genetics and Genomes, 7 (4) : 799-817.

The genome of Theobroma cacao. Argout Xavier, Salse Jérôme, Aury Jean-Marc, Guiltinan Mark J., Droc Gaëtan, Gouzy Jérôme, Allègre Mathilde, Chaparro Christian, Legavre Thierry, Maximova Siela N., Abrouk Michael, Murat Florent, Fouet Olivier, Poulain Julie, Ruiz Manuel, Roguet Yolande, Rodier-Goud Marguerite, Barbosa-Neto Jose Fernandes, Sabot François, Kudrna Dave, Ammiraju Jetty Siva S., Schuster Stephan C., Carlson John E., Sallet Erika, Schiex Thomas, Dievart Anne, Kramer Melissa, Gelley Laura, Shi Zi, Bérard Aurélie, Viot Christopher, Boccara Michel, Risterucci Ange-Marie, Guignon Valentin, Sabau Xavier, Axtell Michael J., Ma Zhaorong, Zhang Yufan, Brown Spencer, Bourge Mickael, Golser Wolfgang, Song Xiang, Clément Didier, Rivallan Ronan, Tahi G.Mathias, Akaza Joseph Moroh, Pitollat Bertrand, Gramacho Karina Peres, D'Hont Angélique, Brunel Dominique, Infante Diogenes, Kébé Ismael S., Costet Pierre, Wing Rod A., Mc Combie William Richard, Guiderdoni Emmanuel, Quetier Francis, Panaud Olivier, Wincker Patrick, Bocs Stéphanie, Lanaud Claire. 2011. Nature Genetics, 43 (2) : 101-108.

Characterization of the model system rice Magnaporthe for the study of nonhost resistance in cereals. Faivre-Rampant Odile, Thomas Justine, Allègre Mathilde, Morel Jean-Benoit, Tharreau Didier, Nottéghem Jean-Loup, Lebrun Marc-Henri, Schaffrath Ulrich, Piffanelli Pietro. 2008. New Phytologist, 180 (4) : 899-910.

Towards the understanding of the cocoa transcriptome: Production and analysis of an exhaustive dataset of ESTs of Theobroma cacao L. generated from various tissues and under various conditions. Argout Xavier, Fouet Olivier, Wincker Patrick, Gramacho Karina Peres, Legavre Thierry, Sabau Xavier, Risterucci Ange-Marie, Da Silva Corinne, Cascardo Julio Cezar M., Allègre Mathilde, Kuhn David N., Verica Joseph, Courtois Brigitte, Loor Rey Gaston, Babin Régis, Sounigo Olivier, Ducamp Michel, Guiltinan Mark J., Ruiz Manuel, Alemanno Laurence, Machado Regina, Phillips Wilbert, Schnell Raymond J., Gilmour Martin, Rosenquist Eric, Butler David R., Maximova Siela N., Lanaud Claire. 2008. BMC Genomics, 9 (512), 19 p.

Mapping a new set of gene-based markers to identify candidate genes controlling useful traits in T. cacao. Fouet Olivier, Argout Xavier, Allègre Mathilde, Risterucci Ange-Marie, Courtois Brigitte, Sabau Xavier, Tahi G.Mathias, Pavek Sylvana, Lemainque Arnaud, Boland-Auge Anne, Lanaud Claire. 2010. In : 16th International Cocoa Research Conference. Proceedings : towards rational cocoa production and efficient use ofr a sustainable world cocoa economy = 16e Conférence internationale sur la recherche cacaoyère.Actes ; 16 Conferencia Internacional de Pesquisas em Cacau. Actas ; 16 Conferencia Internacional de investigacion en cacao. Actas : vers une économie cacaoyère durable : quelles stratégies d'approche ? ; para uma produção racional de cacau e o seu uso eficiente para uma economia mundial sustentada do cacau ; hacia una produccion racional y un uso eficiente del cacao para la sustentabilitd. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, 173-178. ISBN 978-065-959-5 Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 16, Bali, Indonésie, 16 Novembre 2009/21 Novembre 2009.

Sequencing the Cocoa criollo genome : An international initiative of the ICGS (International Cocoa Genome Sequencing) consortium (P050). Argout Xavier, Salse Jérôme, Aury Jean-Marc, Guiltinan Mark J., Droc Gaëtan, Gouzy Jérôme, Allègre Mathilde, Chaparro Christian, Legavre Thierry, Maximova Siela N., Abrouk Michael, Murat Florent, Fouet Olivier, Poulain Julie, Ruiz Manuel, Roguet Yolande, Rodier-Goud Marguerite, Barbosa-Neto Jose Fernandes, Sabot François, Kudrna Dave, Ammiraju Jetty Siva S., Schuster Stephan C., Carlson John E., Sallet Erika, Schiex Thomas, Dievart Anne, Kramer Melissa, Gelley Laura, Shi Zi, Bérard Aurélie, Viot Christopher, Boccara Michel, Mournet Pierre, Risterucci Ange-Marie, Guignon Valentin, Sabau Xavier, Axtell Michael J., Ma Zhaorong, Zhang Yufan, Brown Spencer, Bourge Mickael, Golser Wolfgang, Song Xiang, Clément Didier, Rivallan Ronan, Tahi G.Mathias, Akaza Joseph Moroh, Pittolat Bertrand, Gramacho Karina Peres, D'Hont Angélique, Brunel Dominique, Infante Diogenes, Kébé Ismael S., Costet Pierre, Wing Rod A., Mc Combie William Richard, Guiderdoni Emmanuel, Quetier Francis, Panaud Olivier, Wincker Patrick, Bocs Stéphanie, Lanaud Claire. 2011. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XIXth Conference, San Diego, CA (USA), January 15-19, 2011. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 19, San Diego, États-Unis, 15 Janvier 2011/19 Janvier 2011.

Identification de gènes de Theobroma cacao exprimés de façon différentielle pendant une infection par Phytophthora. Legravre Thierry, Ducamp Michel, Sabau Xavier, Argout Xavier, Allègre Mathilde, Lanaud Claire. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère : Résumés = 17th International Cocoa Research Conference ; 17th Conferencia Internacional De Investigaçao Sobre 0 Cacau ; 17th Conferencia International de Investigacion en Cacao. Lagos : Alliance des Pays Producteurs de Cacao, Résumé, 28. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

A new insight in the nuclear and cytoplasmic diversity of T.Cacao: Consequences for the T. Cacao classification. Boccara Michel, Fouet Olivier, Argout Xavier, Allègre Mathilde, Pot David, Motilal Lambert A., Lachenaud Philippe, Thévenin Jean-Marc, Zhang Dapeng, Umaharan Pathmanathan, Loor Solorzano Rey Gaston, Lanaud Claire. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère, Yaounde, Cameroun, 15 - 20 Octobre 2012. COPAL. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, Yaoundé, Cameroun, 15 Octobre 2012/20 Octobre 2012.

Deciphering the genome structure of Theobroma cacao (W107). Argout Xavier, Salse Jérôme, Aury Jean-Marc, Guiltinan Mark J., Droc Gaëtan, Gouzy Jérôme, Allègre Mathilde, Chaparro Christian, Legavre Thierry, Maximova Siela N., Abrouk Michael, Murat Florent, Fouet Olivier, Poulain Julie, Ruiz Manuel, Roguet Yolande, Rodier-Goud Marguerite, Barbosa-Neto Jose Fernandes, Sabot François, Kudrna Dave, Ammiraju Jetty Siva S., Schuster Stephan C., Carlson John E., Sallet Erika, Schiex Thomas, Dievart Anne, Kramer Melissa, Gelley Laura, Shi Zi, Bérard Aurélie, Viot Christopher, Boccara Michel, Risterucci Ange-Marie, Guignon Valentin, Sabau Xavier, Axtell Michael J., Ma Zhaorong, Zhang Yufan, Brown Spencer, Bourge Mickael, Golser Wolfgang, Song Xiang, Clément Didier, Rivallan Ronan, Tahi G.Mathias, Akaza Joseph Moroh, Pittolat Bertrand, Gramacho Karina Peres, D'Hont Angélique, Brunel Dominique, Infante Diogenes, Kébé Ismael S., Costet Pierre, Wing Rod A., Mc Combie William Richard, Guiderdoni Emmanuel, Quetier Francis, Panaud Olivier, Wincker Patrick, Bocs Stéphanie, Lanaud Claire. 2011. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XIXth Conference, San Diego, CA (USA), January 15-19, 2011. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genomes Conference. 19, San Diego, États-Unis, 15 Janvier 2011/19 Janvier 2011.

QTL detection and marker assisted selection for the resistance to Phytophthora palmivora using a F2 Theobroma cacao L. progeny. Ferreira Santos Rogério Mercês, Lisboa dos Santos Elisa Susilene, Martins Newman Luz Edna Dora, Allègre Mathilde, Argout Xavier, Fouet Olivier, Gramacho Karina Peres, Santana Dayse, Mello Ribeiro João Marcos, Primo Da Costa Edaci, Lanaud Claire, Clément Didier. 2011. In : 15th Quantitative Trait Locus and Marker Assisted Selection Workshop : Book of abstracts, May 19-20, 2011, Rennes, France. INRA , AgroCampus Ouest. s.l. : s.n., Résumé, 42. Quantitative Trait Locus and Marker Assited Selection Workshop. 15, Rennes, France, 19 Mai 2011/20 Mai 2011.

Expression des gènes intervenant dans la voie biosynthétique terpénoïde pendant le développement et la fermentation des semences de cacao. Sabau Xavier, Loor Rey Gaston, Boccara Michel, Fouet Olivier, Allègre Mathilde, Argout Xavier, Legavre Thierry, Risterucci Ange-Marie, Boulanger Renaud, Lanaud Claire. 2009. In : Towards rational cocoa production and efficient use for a sustainable word coca economy : 16th International Cocoa Resarch Conference = 16ème Conférence internationale sur la recherche cacaoyère, Bali, Indonésie, 16-21 novembre 2009. s.l. : s.n., Résumé, 26. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 16, Bali, Indonésie, 16 Novembre 2009/21 Novembre 2009.

The International Cocoa Genome Sequencing Consortium (ICGS): a coordinated strategy to sequence and analyse Theobroma cacao genome [Draft]. Lanaud Claire, Argout Xavier, Fouet Olivier, Allègre Mathilde, Sidibé-Bocs Stéphanie, Ruiz Manuel, Kudrna Dave, Ssa Jetty, Wing Rod A., Clément Didier, Gramacho Karina Peres, Tahi G.Mathias, Brunel Dominique, Bérard Aurélie, Boccara Michel, Udall Joshua, Guiltinan Mark J., Infante D., Costet Pierre, Zang D., Risterucci Ange-Marie, Legavre Thierry, Sabau Xavier, Wincker Patrick. 2008. In : Seventh Plant Genomics European Meetings (Plant GEM), 24-27 September 2008, Albena, Bulgaria. s.l. : s.n., 1-16. Plant Genomics European Meetings. 7, Albena, Bulgarie, 24 Septembre 2008/27 Septembre 2008.

Oryza sativa Magnaporthe grisea : a model system for non-host interaction in cereals. Faivre-Rampant Odile, Thomas J., Bily A., Allègre Mathilde, Tharreau Didier, Morel Jean-Benoit, Nottéghem Jean-Loup, Lebrun Marc-Henri, Guiderdoni Emmanuel, Piffanelli Pietro. 2006. In : Journées Jean Chevaugeon : VIe rencontres de phytopathologie - mycologie de la Societé française de phytopathologie du 15 au 19 janvier 2006 [Résumés]. Fernandez Diana (ed.), Carlier Jean (ed.), Tharreau Didier (ed.). CIRAD, INRA, IRD, Bayer cropscience, SFP. Montpellier : CIRAD, Résumé, 55. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de phytopathologie-mycologie. 6, Aussois, France, 15 Janvier 2006/19 Janvier 2006.

New insight of genetic diversity and genotype identification using SNP-gene based markers. Boccara Michel, Allègre Mathilde, Fouet Olivier, Thévenin Jean-Marc, Brunel Dominique, Bérard Aurélie, Zhang Dapeng, Butler David R., Lanaud Claire. 2010. In : Cocoa Research Unit. Annual report 2009. UWI-CRU. St Augustine : UWI, 50-59.