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Characterization of six ampeloviruses infecting pineapple in Reunion Island using a combination of high-throughput sequencing approaches. Massé Delphine, Candresse Thierry, Filloux Denis, Massart Michel, Cassam Nathalie, Hostachy Bruno, Marais Armelle, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe, Verdin Eric, Teycheney Pierre-Yves, Lett Jean-Michel, Lefeuvre Pierre. 2024. Viruses, 16 (7):1146, 17 p.

Old foe, New host: Epidemiology, genetic diversity, and pathogenic characterization of maize streak virus in rice fields from Burkina Faso. Magdy Ibrahim Fouad Noun, Barro Mariam, Bangratz Martine, Sérémé Drissa, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Saïbou Nignan, Kassankogno Abalo Itolou, Guigma Abdoul Kader, Roumagnac Philippe, Wonni Issa, Tollenaere Charlotte, Poulicard Nils. 2024. Phytobiomes Journal, 13 p

Virome release of an invasive exotic plant species in southern France. Moubset Oumaima, Filloux Denis, Fontes Hugo, Julian Charlotte, Fernandez Emmanuel, Galzi Serge, Blondin Laurence, Ben Chehida Sélim, Lett Jean-Michel, Mesleard François, Kraberger Simona, Custer Joy M., Salywon Andrew M., Makings Elizabeth, Marais Armelle, Chiroleu Frédéric, Lefeuvre Pierre, Martin Darren Patrick, Candresse Thierry, Varsani Arvind, Ravigné Virginie, Roumagnac Philippe. 2024. Virus Evolution, 10 (1):veae025, 16 p.

African army ants at the forefront of virome surveillance in a remote tropical forest. Fritz Matthieu, Reggiardo Bérénice, Filloux Denis, Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Mahe Frédéric, Kraberger Simona, Custer Joy M., Becquart Pierre, Mebaley Telsta Ndong, Kombila Linda Bohou, Lenguiya Léadisaelle H., Boundenga Larson, Mombo Illich M., Maganga Gaël Darren, Niama Fabien R., Koumba Jean-Sylvain, Ogliastro Mylène, Yvon Michel, Martin Darren Patrick, Blanc Stéphane, Varsani Arvind, Leroy Eric M., Roumagnac Philippe. 2023. Peer Community Journal, 3:e24, 21 p.

Genetic diversity, evolution, and diagnosis of sugarcane yellow leaf virus from 19 sugarcane-producing locations worldwide. Rott Philippe, Grinstead Samuel, Dallot Sylvie, Foster Zachary S. L., Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Kaye Claudia, Hendrickson Leticia, Hu Xiaojun, Adhikari Bishwo, Malapi Martha, Grunwald Niklaus J., Roumagnac Philippe, Mollov Dimitre S.. 2023. Plant Disease, 10711 : 3437-3447.

Immunological, molecular, and pathogenic characterization of sugarcane streak mosaic virus isolates from six asian countries. Rott Philippe, Chatenet Michèle, Mazarin Candy, Fernandez Emmanuel, Gargani Daniel, Royer Monique, Rao Govind P., Lockhart Benham E.L., Girard Jean-Claude. 2023. Sugar Tech, 25 : 1134-1143.

Impact of genetic diversity on diagnosis of sugarcane yellow leaf virus. Rott Philippe, Grinstead Samuel, Dallot Sylvie, Foster Zachary S. L., Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Kaye Claudia, Hendrickson Leticia, Hu Xiaojun, Adhikari Bishwo, Malapi Martha, Grunwald Niklaus J., Roumagnac Philippe, Mollov Dimitre S.. 2023. In : 19e Rencontres de virologie végétale (RVV2023). Résumés. SFV, SFP, RIVOC, IRD, INRAE, CNRS, CIRAD, Agropolis. Aussois : SFV, Résumé, p. 121. Rencontres de Virologie Végétale (RVV2023). 19, Aussois, France, 15 Janvier 2023/19 Janvier 2023.

Once upon a time, the VANA story based on the review "virion-associated nucleic acid-based metagenomics : a decade of advances in molecular characterization of plant viruses". Moubset Oumaima, François Sarah, Maclot François, Palanga Essowé, Julian Charlotte, Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Rott Philippe, Daugrois Jean-Heinrich, Antoine-Lorquin Aymeric, Bernardo Pauline, Blouin Arnaud G., Temple Coline, Kraberger Simona, Fontenele Rafaela S, Harkins Gordon William, Ma Yuxin, Marais Armelle, Candresse Thierry, Ben Chehida Sélim, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel, Varsani Arvind, Massart Sébastien, Ogliastro Mylène, Martin Darren Patrick, Filloux Denis, Roumagnac Philippe. 2023. In : 19e Rencontres de virologie végétale (RVV2023). Résumés. SFV, SFP, RIVOC, IRD, INRAE, CNRS, CIRAD, Agropolis. Aussois : SFV, Résumé, p. 91. Rencontres de virologie végétale (RVV2023). 19, Aussois, France, 15 Janvier 2023/19 Janvier 2023.

Sugarcane mild mosaic virus recognized as a new ampelovirus species infecting sugarcane. Mollov Dimitre S., Filloux Denis, Grinstead Samuel, Bolus Stephen, Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Candresse Thierry, Lockhart Benham E.L., Roumagnac Philippe, Rott Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2023. In : 19e Rencontres de virologie végétale (RVV2023). Résumés. SFV, SFP, RIVOC, IRD, INRAE, CNRS, CIRAD, Agropolis. Aussois : SFV, Résumé, p. 104. Rencontres de virologie végétale (RVV2023). 19, Aussois, France, 15 Janvier 2023/19 Janvier 2023.

Sugarcane mild mosaic virus: The rediscovery of an identified but unrecognized virus. Mollov Dimitre S., Filloux Denis, Grinstead Samuel, Bolus Stephen, Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Candresse Thierry, Lockhart Benham E.L., Roumagnac Philippe, Rott Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2023. Plant Pathology, 72 (2) : 312-321.

Virome release of an invasive exotic plant species in Southern France. Moubset Oumaima, Filloux Denis, Fontes Hugo, Julian Charlotte, Fernandez Emmanuel, Claude Lisa, Galzi Serge, Chiroleu Frédéric, Mesleard François, Kraberger Simona, Custer Joy M., Salywon Andrew M., Makings Elizabeth, Martin Patrick Darren, Varsani Arvind, Ravigne Virginie, Roumagnac Philippe. 2023. In : 12th International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023): One health for all plants, crops and trees. Book of abstracts. ISPP, SFP. Lyon : ISPP, Résumé, 1081-1082. International Conference on Plant Pathology (ICPP 2023). 12, Lyon, France, 20 Août 2023/25 Août 2023.

from boots on the ground to nucleotides in the sequencer: Advances in the study of plant virus ecology using plant virus metagenomics. Fritz Matthieu, Reggiardo Bérénice, Filloux Denis, Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Mahe Frédéric, Kraberger Simona, Custer Joy M., Becquart Pierre, Ndong Mebaley Telstar, Bohou Kombila Linda, Lenguiya Léadisaelle H., Boundenga Larson, Mombo Illich M., Maganda Gael D., Niama Fabien R., Koumba Jean-Sylvain, Ogliastro Mylène, Yvon Michel, Martin Darren Patrick, Blanc Stéphane, Varsani Arvind, Leroy Eric M., Roumagnac Philippe. 2023. In : 12th International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023): One health for all plants, crops and trees. Book of abstracts. ISPP, SFP. Lyon : ISPP, Résumé, p. 1081 International Conference on Plant Pathology (ICPP 2023). 12, Lyon, France, 20 Août 2023/25 Août 2023.

The genome of a bunyavirus cannot be defined at the level of the viral particle but only at the scale of the viral population. Yvon Michel, German Thomas L., Ullman Diane E., Dasgupta Ranjit, Parker Maxwell H., Ben-Mahmoud Sulley, Verdin Eric, Gognalons Patrick, Ancelin Aurélie, Laï Kee Him Joséphine, Girard Justine, Vernerey Marie-Stéphanie, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Roumagnac Philippe, Bron Patrick, Michalakis Yannis, Blanc Stéphane. 2023. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120 (48):e2309412120, 10 p.

Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island. Massé Delphine, Filloux Denis, Candresse Thierry, Massart Sébastien, Marals Armelle, Verdin Eric, Cassam Nathalie, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe, Teycheney Pierre-Yves, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel. 2022. Archives of Virology, 167 : 2355-2357.

Towards a microbiota-based understanding of sugarcane health. Sanguin Hervé, Sood Sushma, Tournier Estelle, Julian Charlotte, Fernandez Emmanuel, Mahe Frédéric, Filloux Denis, Daugrois Jean-Heinrich, Roumagnac Philippe, Rott Philippe. 2022. Sugar Journal (June), Résumé : 28-29. ASSCT 2022 Annual Meeting, Bonita Springs, États-Unis, 21 Juin 2022/23 Juin 2022.

Virion-associated nucleic acid-based metagenomics: A decade of advances in molecular characterization of plant viruses. Moubset Oumaima, François Sarah, Maclot François, Palanga Essowé, Julian Charlotte, Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Rott Philippe, Daugrois Jean-Heinrich, Antoine-Lorquin Aymeric, Bernardo Pauline, Blouin Arnaud G., Temple Coline, Kraberger Simona, Fontenele Rafaela S, Harkins Gordon William, Ma Yuxin, Marais Armelle, Candresse Thierry, Ben Chehida Sélim, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel, Varsani Arvind, Massart Sébastien, Ogliastro Mylène, Martin Darren Patrick, Filloux Denis, Roumagnac Philippe. 2022. Phytopathology, 112 (11) : 2253-2272.

Characterisation of the viral community associated with the Alfalfa Weevil (Hypera postica) and its host plant, Alfalfa (Medicago sativa). François Sarah, Antoine-Lorquin Aymeric, Kulikowski Maximilien, Frayssinet Marie, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe, Froissart Rémy, Ogliastro Mylène. 2021. Viruses, 13 (5):791, 17 p.

Comparison of the virome of quarantined sugarcane varieties and the virome of grasses growing near the quarantine station. Daugrois Jean-Heinrich, Filloux Denis, Julian Charlotte, Claude Lisa, Ferdinand Romain, Fernandez Emmanuel, Fontes Hugo, Rott Philippe, Roumagnac Philippe. 2021. Viruses, 13 (5):922, 17 p.

Genome characterization and diversity of trifolium virus 1: identification of a novel legume-infecting capulavirus. Ma Yuxin, Svanella‑Dumas Laurence, Julian Charlotte, Galzi Serge, Fernandez Emmanuel, Yvon Michel, Pirolles Elodie, Lefebvre Marie, Filloux Denis, Roumagnac Philippe, Candresse Thierry. 2021. Archives of Virology, 166 : 2573-2578.

Nanopore sequencing is a credible alternative to recover complete genomes of geminiviruses. Ben Chehida Sélim, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Moubset Oumaima, Hoareau Murielle, Julian Charlotte, Blondin Laurence, Lett Jean-Michel, Roumagnac Philippe, Lefeuvre Pierre. 2021. Microorganisms, 9:903, 15 p.

Improvements in virus detection at CIRAD's sugarcane quarantine using both viral metagenomics and PCR-Based approaches. Fernandez Emmanuel, Ferdinand Romain, Filloux Denis, Guinet Isabelle, Julian Charlotte, Rott Philippe, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2020. Sugar Tech, 22 : 498-503.

Molecular detection of sugarcane striate virus and sugarcane white streak virus and their prevalence in the Miami World Collection of sugarcane and related grasses. Boukari Wardatou, Filloux Denis, Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Mollov Dimitre S., Kaye Claudia, Hincapie Martha, Sanchez Alexander, Wang Jianping, Roumagnac Philippe, Rott Philippe. 2020. Plant Pathology, 69 (6) : 1060-1069.

Diversity and composition of arthropod pests' viral communities, and insights about pest viruses distribution in arthropod communities. [P.08]. François Sarah, Kulikowski Maximilien, Frayssinet Marie, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe, Froissart Rémi, Ogliastro Mylène. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 67. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

Emergence of southern rice black-streaked dwarf virus in the centuries-old Chinese Yuanyang agrosystem of rice landraces. Alonso Pascal, Gladieux Pierre, Moubset Oumaima, Shih Pei-Jung, Mournet Pierre, Frouin Julien, Blondin Laurence, Ferdinand Romain, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Filloux Denis, Adreit Henri, Fournier Elisabeth, Ducasse Aurélie, Grosbois Vladimir, Morel Jean-Benoit, Huang Huichuan, Jin Baihui, He Xiahong, Martin Darren Patrick, Vernière Christian, Roumagnac Philippe. 2019. Viruses, 11 (11):985, 13 p.

Exploring within-host diversity of plant viruses in rice agrosystems using two high-throughput sequencing strategies. Poulicard Nils, Dereeper Alexis, Pinel-Galzi Agnès, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Hubert Judith, Filloux Denis, Fargette Denis, Roumagnac Philippe, Hebrard Eugénie. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 34. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

High‑throughput sequencing of complete genomes of ipomoviruses associated with an epidemic of cassava brown streak disease in the Comoros Archipelago. Scussel Sarah, Candresse Thierry, Marais Armelle, Claverie Sohini, Hoareau Murielle, Azali Hamza Abdou, Verdin Eric, Tepfer Mark, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe, Robene Isabelle, Lefeuvre Pierre, Jourda Cyril, Roux-Cuvelier Michel, Lett Jean-Michel. 2019. Archives of Virology, 164 (8) : 2193-2196.

Improvements in virus detection at CIRAD's sugarcane quarantine using both viral metagenomics and PCR-based approaches. Fernandez Emmanuel, Ferdinand Romain, Filloux Denis, Guinet Isabelle, Julian Charlotte, Rott Philippe, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2019. In : Proceedings of the XXX International Society of Sugar Cane Technologists Congress. ISSCT. Tucuman : ISSCT, 345-351. ISBN 978-616-92761-0-4 ISSCT Congress. 30, Tucuman, Argentine, 2 Septembre 2019/5 Septembre 2019.

Nanopore-based detection and characterization of plant viruses. [P.14]. Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 73. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

Nanopore-based detection and characterization of yam viruses. Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Loire Etienne, Claude Lisa, Galzi Serge, Candresse Thierry, Winter Stephan, Jeeva M.L., Makeshkumar T., Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 53. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

PCR-mediated sugarcane bacilliform virus detection for quarantine purpose. [P.39]. Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 98. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

Reverse transcriptase template switching: a method for without a priori amplification of full-length genome of positive-sense single-strand polyadenylated RNA plant viruses. [P.51]. Claude Lisa, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe, Filloux Denis. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. INRA, CIRAD, CNRS, SFP, SFV. Aussois : INRA, Résumé, 110. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, Aussois, France, 27 Janvier 2019/31 Janvier 2019.

A new prevalent densovirus discovered in Acari. Insight from metagenomics in viral communities associated with two-spotted mite (Tetranychus urticae) populations. François Sarah, Mutuel Doriane, Duncan Alison B., Rodrigues Leonor R., Danzelle Celya, Lefevre Sophie, Santos Inês, Frayssinet Marie, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Roumagnac Philippe, Froissart Rémy, Ogliastro Mylène. 2019. Viruses, 11 (3):233, 24 p.

Comparison of loop-mediated isothermal amplification, polymerase chain reaction, and selective isolation assays for detection of Xanthomonas albilineans from sugarcane. Duarte Dias Vanessa, Fernandez Emmanuel, Cunha Marcos G., Pieretti Isabelle, Hincapie Martha, Roumagnac Philippe, Comstock Jack C., Rott Philippe. 2018. Tropical Plant Pathology, 43 (4) : 351-359.

Exploring within-host diversity of plant viruses in rice agrosystems using two high-throughput sequencing strategies. Poulicard Nils, Dereeper Alexis, Pinel-Galzi Agnès, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Hubert Judith, Filloux Denis, Fargette Denis, Roumagnac Philippe, Hebrard Eugénie. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. International Phytobiomes Alliance, INRA, IRD. Montpellier : International Phytobiomes Alliance-INRA, 68. International phytobiomes conference. 2, Montpellier, France, 4 Décembre 2018/6 Décembre 2018.

Genomic characterization of sugarcane mild mosaic virus. Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Mollov Dimitre S., Julian Charlotte, Rott Philippe, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2018. In : Book of Abstracts XII ISSCT Pathology Workshop. Coimbatore : ISSCT, 26-27. ISSCT Pathology Workshop. 12, Coimbatore, Inde, 3 Septembre 2018/7 Septembre 2018.

Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale. Bernardo Pauline, Charles-Dominique Tristan, Barakat Mohamed, Ortet Philippe, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Hartnady Penelope, Rebelo Tony A., Cousins Stephen, Mesleard François, Cohez Damien, Yaverkovski Nicole, Varsani Arvind, Harkins Gordon William, Peterschmitt Michel, Malmstrom Carolyn, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2018. ISME Journal, 12 : 174-184.

Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale. O13. Bernardo Pauline, Charles-Dominique Tristan, Barakat Mohamed, Ortet Philippe, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Hartnady Penelope, Rebelo Tony A., Cousins Stephen, Mesleard François, Cohez Damien, Yaverkovski Nicole, Varsani Arvind, Harkins Gordon William, Peterschmitt Michel, Malmstrom Carolyn, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. INRA. Ajaccio : INRA, Résumé, 25-26. Pathobiome, Ajaccio, France, 18 Mars 2018/20 Mars 2018.

Identification of two SCYLV recombinants between different genotypes in the germplasm collection of Guadeloupe. Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Julian Charlotte, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2018. In : Book of Abstracts XII ISSCT Pathology Workshop. Coimbatore : ISSCT, 28. ISSCT Pathology Workshop. 12, Coimbatore, Inde, 3 Septembre 2018/7 Septembre 2018.

Nanopore-based detection and characterization of yam viruses. Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Loire Etienne, Claude Lisa, Galzi Serge, Candresse Thierry, Winter Stephan, Jeeva M.L., Makeshkumar T., Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2018. Scientific Reports, 8:17879, 11 p.

Relationship between rice genetic diversity and microbiota composition in traditional Yuanyang rice terraces of China. P1. Filloux Denis, Ferdinand Romain, Fernandez Emmanuel, Huang Huichuan, Jin Baihui, He Xiahong, Ali S., Vernière Christian, Roumagnac Philippe. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. INRA. Ajaccio : INRA, Résumé, 32. Pathobiome, Ajaccio, France, 18 Mars 2018/20 Mars 2018.

Rice genetic diversity and microbiome characterization of a centuries-old Chinese rice agro-system. Alonso Pascal, Filloux Denis, Blondin Laurence, Mahé Frédéric, Fournier Elisabeth, Gladieux Pierre, Ducasse Aurélie, Morel Jean-Benoit, Mournet Pierre, Huang Huichuan, Jin Baihui, He Xiahong, Ferdinand Romain, Fernandez Emmanuel, Vernière Christian, Roumagnac Philippe. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. International Phytobiomes Alliance, INRA, IRD. Montpellier : International Phytobiomes Alliance-INRA, 48. International phytobiomes conference. 2, Montpellier, France, 4 Décembre 2018/6 Décembre 2018.

Viral metagenomic-based screening of sugarcane from florida reveals occurrence of six sugarcane-infecting viruses and high prevalence of Sugarcane yellow leaf virus. Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Comstock Jack C., Mollov Dimitre S., Roumagnac Philippe, Rott Philippe. 2018. Plant Disease, 102 (11) : 2317-2323.

Viral metagenomics approaches for high-resolution screening of multiplexed arthropod and plant viral communities. François Sarah, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Ogliastro Mylène, Roumagnac Philippe. 2018. In : Viral metagenomics: methods and protocols. Pantaleo Vitantonio (ed.), Chiumenti Michela (ed.). New York : Humana Press, 77-95. (Methods in Molecular Biology, 1746, 1746) ISBN 978-1-4939-7682-9

Visacane sugarcane quarantine and its partner networks. Fernandez Emmanuel, Thong-Chane Audrey, Barau Laurent, Filloux Denis, Guinet-Brial Isabelle, Mollow Dimitre, Julian Charlotte, Ferdinand Romain, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2018. In : Sugar crops improvement, biotechnology, Bio-refinery and diversification: Impacts on bio-based economy: 6th IAPSIT International Sugar Conference. Souvenir de presentation IS-2018. Rao G.P. (ed;), Solomon S. (ed.), Li Yang-Rui (ed.), Swapna M. (ed.), Sinh Priyanka (ed.), Tiwari Ajay (ed.), Vanichsriratana Wirat (ed.), Uraichuen Sopon (ed.). TSSCT, Kasetsart University, IAPSIT. Udon Thani : TSSCT-IAPSIT, Résumé, 52. IAPSIT International Sugar Conference. 6, Udon Thani, Thaïlande, 6 Mars 2018/9 Mars 2018.

Étude de la diversité des virus des plantes conservés dans les herbiers. Delattre Robert, Julian Charlotte, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Roumagnac Philippe. 2018. In : Actes de conférences : Le printemps de Baillarguet. CIRAD. Montpellier : CIRAD, Résumé, 12. Le printemps de Baillarguet 2018. 10, Montpellier, 28 Mai 2018/29 Mai 2018.

Metagenomics-based discovery and molecular characterization of a novel sugarcane mastrevirus. [P13]. Fernandez Emmanuel, Boukari Wardatou, Alcala-Briseño Ricardo I., Kraberger Simona, Filloux Denis, Lett Jean-Michel, Lefeuvre Pierre, Comstock Jack C., Daugrois Jean-Heinrich, Varsani Arvind, Polston Jane E., Rott Philippe, Roumagnac Philippe. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. CIRAD, CNRS, INRA, IRD, SFP. Aussois : CIRAD-CNRS, 74. Rencontres de virologie végétale, Aussois, France, 15 Janvier 2017/19 Janvier 2017.

Metagenomics-based discovery and molecular characterization of novel geminiviruses from two Mediterranean-climate biodiversity hotspots. [P57]. Galzi Serge, Bernardo Pauline, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Ferdinand Romain, Harkins Gordon William, Peterschmitt Michel, Martin Darren Patrick, Filloux Denis, Roumagnac Philippe. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. CIRAD, CNRS, INRA, IRD, SFP. Aussois : CIRAD-CNRS, 118. Rencontres de virologie végétale, Aussois, France, 15 Janvier 2017/19 Janvier 2017.

Occurrence of a novel mastrevirus in sugarcane germplasm collections in Florida, Guadeloupe and Réunion. Boukari Wardatou, Alcala-Briseño Ricardo I., Kraberger Simona, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Daugrois Jean-Heinrich, Comstock Jack C., Lett Jean-Michel, Martin Darren Patrick, Varsani Arvind, Roumagnac Philippe, Polston Jane E., Rott Philippe. 2017. Virology Journal, 14:146, 8 p.

Spatial metagenomics illuminate the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale. Roumagnac Philippe, Bernardo Pauline, Charles-Dominique Tristan, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Ortet Philippe, Barakat Mohamed, Rebelo Tony A., Cousins Stephen, Mesleard François, Cohez Damien, Yaverkovski Nicole, Varsani Arvind, Harkins Gordon William, Peterschmitt Michel, Malmstrom Carolyn M., Martin Darren Patrick. 2017. . Paris : INRA, 93. International Conference on Holobionts, Paris, France, 19 Avril 2017/21 Avril 2017.

Sugarcane mild mosaic virus: towards the full characterization of this sugarcane Ampelovirus re-discovered using metagenomics-based approaches. [P03]. Daugrois Jean-Heinrich, Candresse Thierry, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Julian Charlotte, Teycheney Pierre-Yves, Mollov Dimitre S., Roumagnac Philippe. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. CIRAD, CNRS, INRA, IRD, SFP. Aussois : CIRAD-CNRS, 64. Rencontres de virologie végétale, Aussois, France, 15 Janvier 2017/19 Janvier 2017.

Using preserved herbarium specimens to analyse past viral diversity: preliminary methodological results. [P53]. Julian Charlotte, Fernandez Emmanuel, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel, Bernardo Pauline, Malmstrom Carolyn M., Martin Darren Patrick, Filloux Denis, Roumagnac Philippe. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. CIRAD, CNRS, INRA, IRD, SFP. Aussois : CIRAD-CNRS, 114. Rencontres de virologie végétale, Aussois, France, 15 Janvier 2017/19 Janvier 2017.

Viral metagenomics-based approach to uncover mastreviruses diversity within Reunion Island's agroecological interfaces. [P50]. Claverie Sohini, Ouattara Alassane, Hoareau Murielle, Hascoat Jérémy, Lebreton Gérard, Grondin Martial, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Roumagnac Philippe, Lett Jean-Michel, Lefeuvre Pierre. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. CIRAD, CNRS, INRA, IRD, SFP. Aussois : CIRAD-CNRS, 111. Rencontres de virologie végétale, Aussois, France, 15 Janvier 2017/19 Janvier 2017.

Deciphering plant-associated viruses at the agroecosystem scale using geometagenomics. Charles-Dominique Tristan, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Ortet Philippe, Barakat Mohamed, Rebelo Tony A., Varsani Arvind, Malmstrom Carolyn M., Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2016. . University of Helsinki. Helsinki : University of Helsinki, Résumé, 1 p. International Meeting on Wild Plant Pathosystems. 2, Helsinki, Finlande, 29 Août 2016/31 Août 2016.

Identification of a new Mastrevirus of Saccharum barberi, Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum in Florida. Boukari Wardatou, Alcala-Briseño Ricardo I., Kraberger Simona, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Comstock Jack C., Varsani Arvind, Roumagnac Philippe, Polston Jane E., Rott Philippe. 2016. . Tampa : s.n., Résumé, 1-2. APS annual meeting, Tampa, États-Unis, 30 Juillet 2016/3 Août 2016.

Metagenomic-based screening and molecular characterization of cowpea-infecting viruses in Burkina Faso. Palanga Essowé, Filloux Denis, Martin Darren Patrick, Fernandez Emmanuel, Gargani Daniel, Ferdinand Romain, Zabré Jean, Bouda Zakaria, Neya Bouma, Sawadogo Mahamadou, Traoré Oumar, Peterschmitt Michel, Roumagnac Philippe. 2016. PloS One, 11 (10):e0165188, 21 p.

Metagenomics-based exploration of the genetic diversity of SCYLV in the sugarcane collection of Guadeloupe. Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Julian Charlotte, Lubin Adjanoh Nadia, Teycheney Pierre-Yves, Candresse Thierry, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich. 2016. In : Building bridges between disciplines for sustainable management of plant virus diseases. INRA, Université d'Avignon. Avignon : INRA, Résumé, p. 83. International Plant Virus Epidemiology Symposium. 13, Avignon, France, 6 Juin 2016/10 Juin 2016.

Molecular characterization and prevalence of two capulaviruses: Alfalfa leaf curl virus from France and Euphorbia caput-medusae latent virus from South Africa. Bernardo Pauline, Muhire Brejnev, François Sarah, Deshoux Maëlle, Hartnady Penelope, Farkas Kata, Kraberger Simona, Filloux Denis, Fernandez Emmanuel, Galzi Serge, Ferdinand Romain, Granier Martine, Marais Armelle, Monge Blasco Pablo, Candresse Thierry, Escriu Fernando, Varsani Arvind, Harkins Gordon William, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2016. Virology, 493 : 142-153.

Prevalence of Sugarcane yellow leaf virus in sugarcane producing regions in Kenya revealed by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method. Amata Ruth Lodenyi, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Martin Darren Patrick, Rott Philippe, Roumagnac Philippe. 2016. Plant Disease, 100 (2) : 260-268.

Visacane, an overview of the distribution of disease-free sugarcane varieties for the last 10 years. Guinet-Brial Isabelle, Bousquet Jean-François, Darroussat Marie-Josée, Fernandez Emmanuel, Daugrois Jean-Heinrich. 2016. In : Proceedings of the 29th Congress of the International Society of Sugar Cane Technologists. Chiang Mai : ISSCT, 58-62. ISSCT Congress. 29, Chiang Mai, Thaïlande, 5 Décembre 2016/8 Décembre 2016.

Alfalfa leaf curl virus: an aphid-transmitted geminivirus. Roumagnac Philippe, Granier Martine, Bernardo Pauline, Deshoux Maëlle, Ferdinand Romain, Galzi Serge, Fernandez Emmanuel, Julian Charlotte, Abt Isabelle, Filloux Denis, Mesleard François, Varsani Arvind, Blanc Stéphane, Martin Darren Patrick, Peterschmitt Michel. 2015. Journal of Virology, 89 (18) : 9683-9688.

Detection of Xanthomonas albilineans in sugarcane stalks using lamp PCR and selective isolation assays. Duarte Dias Vanessa, Fernandez Emmanuel, Da Cunha M.G., Roumagnac Philippe, Comstock Jack C., Rott Philippe. 2015. In : Book of abstracts. XI Pathology and IX Entomology ISSCT joint Workshop. FIADE. Guayaquil : FIADE, Résumé, 26. ISSCT Pathology Workshop. 11, Guayaquil, Équateur, 14 Septembre 2015/18 Septembre 2015.

Impact of NGS-based diagnosis on sugarcane quarantine processes. Daugrois Jean-Heinrich, Darroussat Marie-Josée, Fenouillet Catherine, Ferdinand Romain, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Galzi Serge, Guinet-Brial Isabelle, Julian Charlotte, Lubin Nadia, Roques Danièle, Roumagnac Philippe. 2015. In : Book of abstracts. XI Pathology and IX Entomology ISSCT joint Workshop. FIADE. Guayaquil : FIADE, Résumé, 17. ISSCT Pathology Workshop. 11, Guayaquil, Équateur, 14 Septembre 2015/18 Septembre 2015.

Looking for the vector of the latest discovered geminivirus genus, Capulavirus. [P.48]. Bernardo Pauline, Deshoux Maëlle, Granier Martine, Ferdinand Romain, Galzi Serge, Fernandez Emmanuel, Blanc Stéphane, Filloux Denis, Peterschmitt Michel, Roumagnac Philippe. 2015. In : 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. CIRAD ; IRD. s.l. : s.n., Résumé, 106. Rencontres de virologie végétale. 15, Aussois, France, 18 Janvier 2015/22 Janvier 2015.

Metagenomic analysis of the sugarcane virome in Florida reveals prevalent and potential novel viruses. Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Comstock Jack C., Roumagnac Philippe, Rott Philippe. 2015. Phytopathology, 105 (11S), Résumé : S4.43. 2015 APS Annual Meeting, Pasadena, États-Unis, 1 Août 2015/5 Août 2015.

Metagenomic discovery, worldwide distribution and genetic diversity of novel macluraviruses infecting yams (Dioscorea spp.). [P.28]. Filloux Denis, Bonheur Lydiane, Umber Marie, Pavis Claudie, Fernandez Emmanuel, Galzi Serge, Julian Charlotte, Daugrois Jean-Heinrich, Sukal Amit, Winter Stephan, Teycheney Pierre-Yves, Candresse Thierry, Roumagnac Philippe. 2015. In : 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. CIRAD ; IRD. s.l. : s.n., Résumé, 86. Rencontres de virologie végétale. 15, Aussois, France, 18 Janvier 2015/22 Janvier 2015.

Metagenomic screening of the sugarcane virome in Florida. [P.36]. Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Comstock Jack C., ElSayed Abdelaleim, Roumagnac Philippe, Rott Philippe. 2015. In : 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. CIRAD ; IRD. s.l. : s.n., Résumé, 94. Rencontres de virologie végétale. 15, Aussois, France, 18 Janvier 2015/22 Janvier 2015.

Metagenomics-based detection of viruses infecting cowpea in Burkina-Faso. [P.30]. Palanga Essowè, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Ferdinand Romain, Bouma Neya James, Sawadogo Mahamadou, Traoré Oumar, Peterschmitt Michel, Roumagnac Philippe. 2015. In : 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. CIRAD ; IRD. s.l. : s.n., Résumé, 88. Rencontres de virologie végétale. 15, Aussois, France, 18 Janvier 2015/22 Janvier 2015.

Viral treasure hunt in European outermost territories: how metagenomics boosts the discovery of novel viral species in tropical and sub-tropical crops germplasm. [O.18]. Teycheney Pierre-Yves, Bandou Eric, Gomez Rose-Marie, Lange David, Pavis Claudie, Umber Marie, Acina Manbole Isabelle Nina, Bonheur Lydiane, Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Julian Charlotte, Roumagnac Philippe, Grisoni Michel, Pierret Alycia, Rubington Margot, Candresse Thierry, Contreras Sandy, Faure Chantal, Marais Armelle, Theil Sébastien, Da Câmara Machado Artur, Mendonça Duarte, Pinheiro de Carvalho Miguel A.A., Silva Emanuel. 2015. In : 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. CIRAD ; IRD. s.l. : s.n., Résumé, 30. Rencontres de virologie végétale. 15, Aussois, France, 18 Janvier 2015/22 Janvier 2015.

Visacane, an up to date Cirad quarantine tool for exchanging disease-free sugarcane varieties in compliance with property rights. [BO24]. Guinet-Brial Isabelle, Daugrois Jean-Heinrich, Bousquet Jean-François, Darroussat Marie-Josée, Fernandez Emmanuel, Ferdinand Romain. 2015. In : Pushing the frontiers of sugarcane improvement. ISSCT. Saint-Gilles : ISSCT, Résumé, 28. Germplasm and Breeding ISSCT Workshop. 11, Saint-Gilles, Réunion, 1 Juin 2015/5 Juin 2015.

Visacane: An innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm. Guinet-Brial Isabelle, Girard Jean-Claude, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Rott Philippe. 2015. International Sugar Journal : 890-896.

Appearances can be deceptive: Revealing a hidden viral infection with deep sequencing in a plant quarantine Context. Candresse Thierry, Filloux Denis, Muhire Brejnev, Julian Charlotte, Galzi Serge, Fort Guillaume, Bernardo Pauline, Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Martin Darren Patrick, Varsani Arvind, Roumagnac Philippe. 2014. PloS One, 9 (7):e102945, 13 p.

Visacane, the Cirad quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm. Guinet-Brial Isabelle, Girard Jean-Claude, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Rott Philippe. 2014. In : 5th IAPSIT International Sugar Conference (IS-2014) onThe Green Technologies for Sustainable growth of Sugar Industry in Developing Countries, November 25-28, 2014, Nanning, China. Yang-Rui Li, G.P. Rao, S. Solomon, Li-Tao Yang, Zhong Liu, Wei-Zhong He,. Naming : IAPSIT, Résumé, 363. IAPSIT International Sugar Conference IS-2014. 5, Nanning, Chine, 25 Novembre 2014/28 Novembre 2014.

Characterization of novel, highly divergent geminiviruses and insights into the evolutionary history of geminiviruses. Bernardo Pauline, Ortet Philippe, Barakat Mohamed, Rebelo Anthony, Cousins Stephen, Fernandez Emmanuel, Mesleard François, Peterschmitt Michel, Filloux Denis, Varsani Arvind, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2013. In : 7th International Geminvirus Symposium and 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, Hangzhou, China, November 3-9, 2013. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Geminvirus Symposium. 7, Hangzhou, Chine, 3 Novembre 2013/9 Novembre 2013.

Detection of Sugarcane yellow leaf virus by a novel reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method from three sugarcane production regions in Kenya. Fernandez Emmanuel, Amata Ruth Lodenyi, Roumagnac Philippe. 2013. In : 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). SFP, INRA. Paris : SFP, 71. Rencontres de Virologie Végétale. 14, Aussois, France, 13 Janvier 2013/17 Janvier 2013.

Development of the loop mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of Cauliflower mosaic virus. Fernandez Emmanuel, Ouvray Cédric, Roumagnac Philippe, Froissart Rémi. 2013. In : 1st International Conference Wild Plant Pathosystems (WPP 2013), Olomouc, République Tchèque, 2-5 July 2013. s.l. : s.n., 1 p. International Conference Wild Plant Pathosystems, Olomouc, République tchèque, 2 Juillet 2013/5 Juillet 2013.

Diverse circular single-stranded DNA viruses discovered from research greenhouses and agro-ecosystems. Fort Guillaume, Bernardo Pauline, Fernandez Emmanuel, Galzi Serge, Filloux Denis, Roumagnac Philippe. 2013. In : 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). SFP, INRA. Paris : SFP, Résumé, 66. Rencontres de Virologie Végétale. 14, Aussois, France, 13 Janvier 2013/17 Janvier 2013.

Geo-metagenomics: deciphering the spatial biodiversity of plant viruses associated with the unique fynbos ecosystem of Southern Africa and its neighbouring agro-ecosystem. Bernardo Pauline, Ortet Philippe, Barakat Mohamed, Rebelo Anthony, Cousins Stephen, Fernandez Emmanuel, Peterschmitt Michel, Filloux Denis, Varsani Arvind, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2013. In : EMBO Workshop Green Viruses, from Gene to Landscape, 7-11 September 2013, Hyères-les-Palmiers, France : programme and abstracts book. CNRS, UMR BGPI. s.l. : s.n., Résumé, 43. EMBO Workshop Green Viruses, from Gene to Landscape, Hyères-les-Palmier, France, 7 Septembre 2013/11 Septembre 2013.

Geo-metagenomics: deciphering the spatial biodiversity of ssDNA viruses associated with Western Cape and Camargue agroecosystems. Bernardo Pauline, Ortet Philippe, Barakat Mohamed, Rebelo Anthony, Cousins Stephen, Fernandez Emmanuel, Mesleard François, Peterschmitt Michel, Filloux Denis, Varsani Arvind, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2013. In : 7th International Geminvirus Symposium and 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, Hangzhou, China, November 3-9, 2013. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Geminvirus Symposium. 7, Hangzhou, Chine, 3 Novembre 2013/9 Novembre 2013.

Identification and characterisation of a highly divergent geminivirus: Evolutionary and taxonomic implications. Bernardo Pauline, Golden Michael, Akram Mohammad, Naimuddin, Nadarajan Nagaswamy, Fernandez Emmanuel, Granier Martine, Rebelo Anthony, Peterschmitt Michel, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2013. Virus Research, 177 (1) : 35-45.

Improvement of three nucleic acid isolation protocols for an overall diagnosis of viruses on six vegetative propagated plants. Julian Charlotte, Bernardo Pauline, Fernandez Emmanuel, Galzi Serge, Grisoni Michel, Da Silva Mendoça D.M., Pavis Claudie, Roumagnac Philippe, Filloux Denis. 2013. In : 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). SFP, INRA. Paris : SFP, Résumé, 75. Rencontres de Virologie Végétale. 14, Aussois, France, 13 Janvier 2013/17 Janvier 2013.

Molecular characterization of Euphorbia caput-medusae stunt virus: Evidence for the existence of a new genus within the family Geminiviridae. Bernardo Pauline, Fernandez Emmanuel, Granier Martine, Golden Michael, Rebelo Tony A., Peterschmitt Michel, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2013. In : 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). SFP, INRA. Paris : SFP, Résumé, 9. Rencontres de Virologie Végétale. 14, Aussois, France, 13 Janvier 2013/17 Janvier 2013.

New insights into the evolutionary history of geminiviruses derived through the discovery of divergent viruses isolated from wild plants. Bernardo Pauline, Golden Michael, Mohd A., Fernandez Emmanuel, Granier Martine, Rebelo A.G., Peterschmitt Michel, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2013. In : 1st International Conference Wild Plant Pathosystems (WPP 2013), Olomouc, République Tchèque, 2-5 July 2013. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Conference Wild Plant Pathosystems, Olomouc, République tchèque, 2 Juillet 2013/5 Juillet 2013.

Pathology and viral metagenomics, a recent history. Bernardo Pauline, Fernandez Emmanuel, Filloux Denis, Albina Emmanuel, Eloit Marc, Roumagnac Philippe. 2013. In : 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). SFP, INRA. Paris : SFP, Résumé, 20. Rencontres de Virologie Végétale. 14, Aussois, France, 13 Janvier 2013/17 Janvier 2013.

Visacane: an innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm. Guinet-Brial Isabelle, Girard Jean-Claude, Roumagnac Philippe, Daugrois Jean-Heinrich, Fernandez Emmanuel, Rott Philippe. 2013. In : Proceedings of the XXVIII ISSCT (International Society of Sugar Cane Technologists) Congress, São Paulo, Brazil 2013 june 24-27. Brazilian Society of Sugar and Ethanol Technologists (STAB) ; XXVIIIth ISSCT Organising Committee. s.l. : D.M. HOGARTH, Résumé, 190. ISBN 978-0-949678-27-0 ISSCT Congress. 28, São Paulo, Brésil, 24 Juin 2013/27 Juin 2013.

Development of the loop mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of Sugarcane yellow leaf virus. Fernandez Emmanuel, Amata Ruth Lodenyi, Rott Philippe, Roumagnac Philippe. 2012. In : 10th Pathology Workshop. Understanding sugar cane diseases for their efficient management, 07-11 May 2012, Nanning, China. s.l. : s.n., Résumé, 60. ISSCT Pathology Workshop. 10, Nanning, Chine, 7 Mai 2012/11 Mai 2012.

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Biotic and abiotic factors altogether affect the spread of the vectored emerging disease, Yellow leaf of sugarcane, in Guadeloupe. Daugrois Jean-Heinrich, Edon-Jock Carine, Fernandez Emmanuel. 2011. In : 4th Plant Virus Ecology Network Workshop (PVEN), Montpellier, France, May 30 to June 1, 2011. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Plant Virus Ecology Network Workshop. 4, Montpellier, France, 30 Mai 2011/1 Juin 2011.

Exploration sans a priori de la biodiversité phytovirale de l'igname (Dioscorea spp.) en serre de quarantaine. Filloux Denis, Galzi Serge, Fernandez Emmanuel, Roumagnac Philippe. 2011. In : 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. SFP. s.l. : s.n., 1 p. Rencontres de virologie végétale. 13, Aussois, France, 16 Janvier 2011/20 Janvier 2011.

Géo-métagénomique. Déchiffrer la biodiversité spatiale des phytovirus associés à des agro-écosystèmes tropicaux et méditerranéens. Fernandez Emmanuel, Galzi Serge, Filloux Denis, Girard Jean-Claude, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2011. In : 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. SFP. s.l. : s.n., 1 p. Rencontres de virologie végétale. 13, Aussois, France, 16 Janvier 2011/20 Janvier 2011.

Visacane, an innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm. Girard Jean-Claude, Guinet Isabelle, Roumagnac Philippe, Fernandez Emmanuel, Rott Philippe. 2011. In : 10th Germplasm and Breeding, and 7th Molecular Biology Workshop, Maceió, Brazil, 15-20 May 2011 : Breaking breeding and biotechnology paradigms - towards a complementary approach in sugar cane research. Abstract. ISSCT, STAB. Réduit : ISSCT, Résumé, 27. ISSCT Germplasm and Breeding Workshop. 10, Maceio, Brésil, 15 Mai 2011/20 Mai 2011.

A new genus-level geminivirus lineage isolated from the South African fynbos. Bernardo Pauline, Fernandez Emmanuel, Granier Martine, Urbino Cica, Peterschmitt Michel, Martin Darren Patrick, Roumagnac Philippe. 2011. In : 4th Plant Virus Ecology Network Workshop (PVEN), Montpellier, France, May 30 to June 1, 2011. s.l. : s.n., 1 p. Plant Virus Ecology Network Workshop. 4, Montpellier, France, 30 Mai 2011/1 Juin 2011.

Genetic diverstiy of Sugarcane yellow leaf virus in a sugarcane selection plot in Guadeloupe (FWI). Girard Jean-Claude, Fernandez Emmanuel, Daugrois Jean-Heinrich, Roques Danièle, Roumagnac Philippe, Rott Philippe. 2010. In : ISSCT 2010: 27th Congress of the International Society of Sugar Cane Technologists Congres, Veracruz, Mexique, 7-11 mars 2010. ISSCT. s.l. : s.n., 9 p. ISSCT Congress. 27, Veracruz, Mexique, 7 Mars 2010/11 Mars 2010.

Metagenomics and quarantine: searching for the unknown. Roumagnac Philippe, Fernandez Emmanuel. 2010. In : 3rd Plant Virus Ecology Network (PVEN) Workshop, Ithaca, USA, June 20-24, 2010. s.l. : s.n., 1 p. Plant Virus Ecology Network Workshop. 3, Ithaca, États-Unis, 20 Juin 2010/24 Juin 2010.

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Metagenomics and quarantine: searching for the unknown. Roumagnac Philippe, Fernandez Emmanuel. 2009. In : Understanding emergence of infectious diseases: focus on New Experimental and Theoretical Approaches to Virus Evolution = Maladies infectieuses émergentes : focus sur les nouvelles approches expérimentales et théoriques de l'évolution virale. Jacques Monod. s.l. : s.n., 1 p. Jacques Monod Conférences, Roscoff, France, 26 Septembre 2009/30 Septembre 2009.

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Le programme de recherche sur les mouches des fruits dans l'Océan indien. Quilici Serge, Vayssières Jean-François, Hurtrel Béatrice, Brévault Thierry, Barbet A., Fernandez Emmanuel, Franck Antoine, Simiand Christophe. 1997. Magazine CIRAD Réunion (6) : 2-3.