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Tree effects on coffee leaf rust at field and landscape scales. Avelino Jacques, Gagliardi Stephanie, Perfecto Ivette, Isaac Marney E., Liebig Theresa, Vandermeer John, Merle Isabelle, Hajian-Forooshani Zachary, Motisi Natacha. 2023. Plant Disease, 107 (2) : 247-261.

Improved forecasting of coffee leaf rust by qualitative modeling: Design and expert validation of the ExpeRoya model. Motisi Natacha, Bommel Pierre, Leclerc Grégoire, Robin Marie-Hélène, Aubertot Jean-Noël, Arias Butron Andrea, Merle Isabelle, Treminio Edwin, Avelino Jacques. 2022. Agricultural Systems, 197:103352, 26 p.

Microclimate estimation under different coffee-based agroforestry systems using full-sun weather data and shade tree characteristics. Merle Isabelle, Villarreyna Acuna Rogelio Antonio, Ribeyre Fabienne, Roupsard Olivier, Cilas Christian, Avelino Jacques. 2022. European Journal of Agronomy, 132:126396, 13 p.

Forecast models of coffee leaf rust symptoms and signs based on identified microclimatic combinations in coffee-based agroforestry systems in Costa Rica. Merle Isabelle, Tixier Philippe, de Melo Virginio Filho Elias, Cilas Christian, Avelino Jacques. 2020. Crop Protection, 130, 105046, 15 p.

Unraveling the complexity of coffee leaf rust behavior and development in different Coffea arabica agro-ecosystems. Merle Isabelle, Pico Jimmy, Granados Eduardo, Boudrot Audrey, Tixier Philippe, de Melo Virginio Filho Elias, Cilas Christian, Avelino Jacques. 2020. Phytopathology, 110 (2) : 418-427.

Variation in physiological host range in three strains of two species of the entomopathogenic fungus Beauveria. Rohrlich Clara, Merle Isabelle, Issa Mze Hassani, Verger Manon, Zuin Michel, Besse Samantha, Robene Isabelle, Nibouche Samuel, Costet Laurent. 2018. PloS One, 13 (7):e0199199, 15 p.

Shade effects on the dispersal of airborne Hemileia vastatrix uredospores. Boudrot Audrey, Pico Jimmy, Merle Isabelle, Granados Eduardo, Vilchez Sergio, Tixier Philippe, Virginio Filho Elias de Melo, Casanoves Fernando, Tapia Ana, Allinne Clémentine, Rice Robert A., Avelino Jacques. 2016. Phytopathology, 106 : 572-580.

Régulation des bioagresseurs du caféier par le couvert arboré au Costa Rica. Allinne Clémentine, Boudrot Audrey, De Melo Elias, Granados Eduardo, Merle Isabelle, Pico Jimmy, Vonthron Simon, Avelino Jacques. 2019. In : Agroforesterie et services écosystémiques en zone tropicale : Recherche de compromis entre services d'approvisionnement et autres services. Seghieri Josiane (ed.), Harmand Jean-Michel (ed.). Versailles : Ed. Quae, 53-61. (Update sciences et technologies) ISBN 978-2-7592-3059-4

Efectos de la sombra sobre la roya anaranjada del cafeto (Hemileia vastatrix). Avelino Jacques, Badaroux Julia, Boudrot Audrey, Brenes Loaiza Marvin Alejandro, Granados Eduardo, Henrion Maxime, Lopez Donal, Merle Isabelle, Pico Jimmy, Segura Beatriz, Smith Mark. 2017. . San Pedro Sula : PROMECAFE-IHCAFE, 2 p. Simposio Latinoamericano de Caficultura, Innovando en la Caficultura para Lograr Sostenibilidad y Resiliencia Frente al Cambio Climático. 23, San Pedro Sula, Honduras, 23 Août 2017/26 Août 2017.

From simulation game to early warning system: An interactive agent-based model to fight coffee rust in Central America. Bommel Pierre, Leclerc Grégoire, Avelino Jacques, Merle Isabelle, Motisi Natacha. 2021. In : 28th Conference of Association for the Science and Information on Coffee - Books of abstracts. ASIC. Montpellier : ASIC, Résumé, p. 133. Conference of Association for the Science and Information on Coffee (ASIC 2021). 28, Montpellier, France, 28 Juin 2021/1 Juillet 2021.

Estimating microclimate in agroforestry systems based on nearby full sun measures to forecast coffee rust development. Merle Isabelle, Villarreyna Acuna Rogelio Antonio, Tixier Philippe, Ribeyre Fabienne, Cilas Christian, Avelino Jacques. 2019. In : 4th World Congress on Agroforestry. Book of abstracts. Dupraz Christian (ed.), Gosme Marie (ed.), Lawson Gerry (ed.). CIRAD, INRA, World Agroforestry, Agropolis International, MUSE. Montpellier : CIRAD-INRA, Résumé, p. 787. World Congress on Agroforestry. 4, Montpellier, France, 20 Mai 2019/22 Mai 2019.

Pronóstico del riesgo de crecimiento de la roya anaranjada del café Arabica a escala territorial: IPSIM Roya general. Motisi Natacha, Leclerc Grégoire, Bommel Pierre, Merle Isabelle, Avelino Jacques. 2019. In : XXIV Simposio Latinoamericano de Caficultura - La investigación, un pilar por una caficultura rentable, innovadora, competitiva y socialmente sostenible enn cada eslabón de la cadena del café. PROMECAFE, Anacafé. Guatemala : PROMECAFE, Résumé, p. 355. Simposio Latinoamericano de Caficultura. 24, Guatemala, Guatemala, 4 Septembre 2019/7 Septembre 2019.

Shade effects on coffee rust (Hemileia vastatrix). Avelino Jacques, Badaroux Julia, Boudrot Audrey, Brenes Loaiza Marvin Alejandro, Granados Eduardo, Henrion Maxime, Lopez Donal, Merle Isabelle, Pico Rosado Jimmy Trinidad, Segura Beatriz, Vilchez Mendoza Sergio José, Smith Mark, De Melo Elias. 2019. In : 4th World Congress on Agroforestry. Book of abstracts. Dupraz Christian (ed.), Gosme Marie (ed.), Lawson Gerry (ed.). CIRAD, INRA, World Agroforestry, Agropolis International, MUSE. Montpellier : CIRAD-INRA, Résumé, p. 789. World Congress on Agroforestry. 4, Montpellier, France, 20 Mai 2019/22 Mai 2019.

ExpeRoya, a comprehensive model to forecast the risk of coffee leaf rust on Coffea arabica in Central America. Motisi Natacha, Bommel Pierre, Leclerc Grégoire, Merle Isabelle, Avelino Jacques. 2021. In : 28th Conference of Association for the Science and Information on Coffee - Books of abstracts. ASIC. Montpellier : ASIC, p. 41. Conference of Association for the Science and Information on Coffee (ASIC 2021). 28, Montpellier, France, 28 Juin 2021/1 Juillet 2021.

MiRoya, un jeu de simulation pour lutter contre la rouille du café en Amérique Centrale. Bommel Pierre, Leclerc Grégoire, Motisi Natacha, Avelino Jacques, Merle Isabelle, Allinne Clémentine. 2019. . Marseille : s.n., Résumé, 1 p. Colloque Jeux et enjeux. Jeux et simulations pour l’apprentissage individuel, collectif et organisationnel, Marseille, France, 13 Mai 2019/14 Mai 2019.

Identification des variables microclimatiques déterminant l'apparition des symptômes d'une maladie foliaire: cas de la rouille orangée du caféier. Merle Isabelle, Tixier Philippe, Cilas Christian, Avelino Jacques. 2018. In : Book of abstracts of the Journées Jean Chevaugeon 2018. SFP, INRA. Aussois : SFP-INRA, Résumé, 31. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de phytopathologie-mycologie. 12, Aussois, France, 15 Janvier 2018/19 Janvier 2018.

Identification of microclimatic variables determining the appearance of the symptoms of a leaf disease: case of the coffee leaf rust. Merle Isabelle, Tixier Philippe, Cilas Christian, Avelino Jacques. 2018. . San José : IICA, Résumé, 16-17. AgMIP Global Workshop. 7, San José, Costa Rica, 24 Avril 2018/26 Avril 2018.

Toward a regional early warning system network for coffee leaf rust and associated socio-economic crises. Avelino Jacques, Allinne Belloc Clémentine, Bommel Pierre, Cofré Hipólito, De Melo Elias, Casanoves Fernando, Gamboa Harold, Gutiérrez Isabel, Leclerc Grégoire, Merle Isabelle, Motisi Natacha, Ribeyre Fabienne, Sibelet Nicole, Tixier Philippe, Treminio Edwin. 2018. . San José : IICA, Résumé, 14-15. AgMIP Global Workshop. 7, San José, Costa Rica, 24 Avril 2018/26 Avril 2018.

Effets du microclimat sur le développement de l'épidémie de rouille orangée du caféier Arabica (Hemileia vastatrix - Coffea arabica) dans une gamme de situations de production. Merle Isabelle. 2019. Montpellier : Université de Montpellier, 186 p. Thèse de doctorat : Biologie des interactions : Université de Montpellier

Efecto de la sombra y del microclima sobre la dispersión de las uredosporas de Hemileia vastatrix en sistemas agroforestales de café (Coffea arabica var. Caturra) en Turrialba, Costa Rica. Merle Isabelle. 2014. Vandoeuvre-lès-Nancy : ENSAIA, 17 p. Mémoire de césure : Ecole nationale supérieure d'agronomie et des industries alimentaires