Résultats pour Auteur : "Dufayard, Jean François"

Genomicus in 2022: Comparative tools for thousands of genomes and reconstructed ancestors. Nguyen Nga Thi Thuy, Vincens Pierre, Dufayard Jean François, Roest Crollius Hugues, Louis Alexandra. 2022. Nucleic Acids Research, 50 (1) : 1025-1031.

Badnaviruses and banana genomes: A long association sheds light on Musa phylogeny and origin. Chabannes Matthieu, Gabriel Marc, Aksa Abderrahmane, Galzi Serge, Dufayard Jean François, Iskra Caruana Marie-Line, Muller Emmanuelle. 2021. Molecular Plant Pathology, 22 (2) : 216-230.

GreenPhylDB v5: A comparative pangenomic database for plant genomes. Guignon Valentin, Toure Abdel, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Conte Matthieu, Rouard Mathieu. 2021. Nucleic Acids Research, 49 (D1) : D1464-D1471.

RapGreen, an interactive software and web package to explore and analyze phylogenetic trees. Dufayard Jean François, Bocs Stéphanie, Guignon Valentin, Larivière Delphine, Louis Alexandra, Oubda Nicolas, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, De Lamotte Frédéric. 2021. NAR Genomics and Bioinformatics, 3 (3):lqab088, 6 p.

Post-transcriptional regulation of several biological processes involved in latex production in Hevea brasiliensis. Leclercq Julie, Wu Shuangyang, Farinas Benoît, Pointet Stéphanie, Favreau Bénédicte, Vignes Hélène, Kuswanhadi Kuswanhadi, Ortega-Abboud Enrique, Dufayard Jean François, Gao Shenghan, Droc Gaëtan, Hu Songnian, Tang Chaorong, Montoro Pascal. 2020. PeerJ, 8, e8932, 27 p.

Transcriptional regulation of sorghum stem composition: Key players identified through co-expression gene network and comparative genomics analyses. Hennet Lauriane, Berger Angélique, Trabanco Noemi, Ricciuti Emeline, Dufayard Jean François, Bocs Stéphanie, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Roques Sandrine, Rossini Laura, Luquet Delphine, Terrier Nancy, Pot David. 2020. Frontiers in Plant Science, 11:224, 29 p.

Comprehensive classification of the plant non-specific lipid transfer protein superfamily towards its sequence–structure–function analysis. Fleury Cécile, Gracy Jérôme, Gautier Marie-Françoise, Pons Jean-Luc, Dufayard Jean François, Labesse Gilles, Ruiz Manuel, De Lamotte Frédéric. 2019. PeerJ, 7:e7504, 34 p.

New insights on leucine-rich repeats receptor-like kinase orthologous relationships in angiosperms. Dufayard Jean François, Bettembourg Mathilde, Fischer Iris, Droc Gaëtan, Guiderdoni Emmanuel, Périn Christophe, Chantret Nathalie, Diévart Anne. 2017. Frontiers in Plant Science, 8:381, 18 p.

Evolutionary dynamics of the Leucine-Rich Repeats Receptor-Like Kinase (LRR-RLK) subfamily in angiosperms. Fischer Iris, Diévart Anne, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Chantret Nathalie. 2016. Plant Physiology, 170 (3) : 1595-1610.

The South Green portal: A comprehensive resource for tropical and Mediterranean crop genomics. Guignon Valentin, Hueber Yann, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Hamelin Chantal, Larivière Delphine, Martin Guillaume, Ortega Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ruiz Manuel, Gautier Sarah, Summo Marilyne, This Dominique, Ravel Sébastien, Larmande Pierre, Monat Cécile, Sabot François, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine, Sempere Guilhem, Dereeper Alexis. 2016. Current Plant Biology, 7-8 : 6-9.

Pedigree-based linkage map in two genetic groups of oil palm. Cochard Benoît, Carasco-Lacombe Catherine, Pomies Virginie, Dufayard Jean François, Suryana Edyana, Omoré Alphonse, Durand-Gasselin Tristan, Tisne Sébastien. 2015. Tree Genetics and Genomes, 11 (4):68, 12 p.

SNiPlay3: A web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations. Dereeper Alexis, Homa Félix, Andres Gwendoline, Sempere Guilhem, Sarah Gautier, Hueber Yann, Dufayard Jean François, Ruiz Manuel. 2015. Nucleic Acids Research, 43 (W1) : W295-W300.

The South Green Bioinformatics platform, a comprehensive resource for crop genomics. Ruiz Manuel, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Sarah Gautier, Tranchant-Dubreuil Christine, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, De Lamotte Frédéric, Larmande Pierre, Sabot François, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Pitollat Bertrand, This Dominique, Bocs Stéphanie, Hueber Yann, El Hassouni Nordine, Martin Guillaume, Gkanogiannis Anestis, Ravel Sébastien, Monat Cécile, Tando Ndomassi, Rouard Mathieu. 2017. In : Proceedings X-Meeting 2017. s.l. : s.n., 1 p. International Conference of the AB3. 13, São Pedro, Brésil, 4 Octobre 2017/6 Octobre 2017.

South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud. Ravel Sébastien, Bocs Stéphanie, Brousseau Louise, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, 418-420. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 Juillet 2018/6 Juillet 2018.

The first step of ABA perception and signal transduction in coffee: evolutionary and expression of PYR/PYL/RCARs, PP2Cs and SNRK2s genes in C. canephora under drought. Cotta Michelle G., Rego Erica C.S., Bocs Stéphanie, Costa Tatiana S., Dufayard Jean François, This Dominique, Marraccini Pierre, Andrade Alan A.. 2016. In : The 26th International Conference on Coffee Science (ASIC): Kunming 2016. ASIC. Kunming : ASIC, Résumé, 187. International Conference on Coffee Science. 26, Kunming, Chine, 13 Novembre 2016/19 Novembre 2016.

Application du système GenFam à la réponse au stress des plantes : intégration de l'identification d'éléments cis spécifiques. Lorenzo Jonathan, Larivière Delphine, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, This Dominique, Bocs Stéphanie. 2015. In : Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques. Leroy Philippe (ed.), Peyret Pierre (ed.). Université d'Auvergne. Clermont-Ferrand : Université d’Auvergne-INRA, Résumé, 95. ISBN 2-7380-1377-5 JOBIM 2015. 16, Clermont-Ferrand, France, 6 Juillet 2015/9 Juillet 2015.

Genfam: integrative system for gene family analysis, including a method of evolutionary event identification and evidences for an involvement in environmental stress response. Larivière Delphine, Lorenzo Jonathan, Sidibé-Bocs Stéphanie, Dufayard Jean François, This Dominique. 2015. In : Recent progress in drought tolerance: from genetics to modelling conference handbook. Tardieu F. (ed.), Draye X. (ed.), Charcosset A. (ed.), Hammer G. (ed.), Usadel B. (ed.), Tuberosa R. (ed.), Welker C. (ed.), Boerner A. (ed.), Simic D.(ed.), Boller B. (ed.). Eucarpia, INRA. Montpellier : INRA-Transfert, 146. EUCARPIA Conference "Recent progress in drought tolerance: from genetics to modelling", Montpellier, France, 8 Juin 2015/9 Juin 2015.

Molecular mechanisms in the first step of ABA-mediated response to drought in Coffea canephora clones. Cotta Michelle G., Marraccini Pierre, This Dominique, Leroy Thierry, Bocs Stéphanie, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Dereeper Alexis, Lashermes Philippe, Andrade Alan Carvalho. 2015. In : Proceedings of the 25th International Conference on Coffee Science. ASIC. Paris : ASIC, 42-50. ISBN 978-2-900212-24-0 International Conference on Coffee Science. 25, Armenia, Colombie, 8 Septembre 2014/13 Septembre 2014.

South Green bioinformatics platform: Update 2015. Armero A., Baurens Franc-Christophe, Bocs Stéphanie, Breil A., De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Garsmeur Olivier, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Kougbeadjo Ayite, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Lorenzo Jonathan, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ndomassi T., Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ranwez Vincent, Rouard Mathieu, Ruiz E., Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, This Dominique, Tranchant-Dubreuil Christine, Vallier Félix. 2015. In : Plant Genomics Congress. Global Engage. Londres : Global Engage, 51. Plant Genomics Congress. 3, Londres, Royaume-Uni, 11 Mai 2015/12 Mai 2015.

The South Green Genome Hubs. Droc Gaëtan, Argout Xavier, Bocs Stéphanie, Comte Aurore, Dereeper Alexis, Dufayard Jean François, Garsmeur Olivier, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Lopez David, Oubda Nicolas, Martin Guillaume, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Summo Marilyne, Thomas Coline, Tranchant-Dubreuil Christine, Rouard Mathieu. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020), Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

South Green bioinformatic resources for tropical and Mediterranean crops. Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Breton Catherine, Comte Aurore, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Lopez David, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020). 20, Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

Secondary cell wall molecular determinism in sorghum is not a simple copy paste of arabidopsis story. Hennet Lauriane, Berger Angélique, Trabanco Noemi, Ricciuti Emeline, Dufayard Jean François, Sidibé-Bocs Stéphanie, Rossini Laura, Luquet Delphine, Terrier Nancy, Pot David. 2019. . CAP Partner. Cambridge : CAP Partner, 1 p. International Plant Cell Wall Meeting. 15, Cambridge, Royaume-Uni, 7 Juillet 2019/12 Juillet 2019.

South Green bioinformatics platform : Plateforme collaborative de bioinformatique verte héraultaise. Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ravel Sébastien, Rouard Mathieu, This Patrice, Tranchant-Dubreuil Christine. 2017. . Montpellier : CIRAD, 1 poster Amphithéâtre "Patrimoine Numérique Scientifique", Montpellier, France, 20 Février 2017/20 Février 2017.

SNP identification to breed for biomass production in sorghum: An alternative to non-renewable resources in tropical and temperate regions. Vilmus Ingrid, Berger Angélique, Trouche Gilles, Maleyrat Julien, Vaksmann Michel, Bastianelli Denis, Clerget Benoît, Chantereau Jacques, Rivallan Ronan, Bonnal Laurent, Mournet Pierre, Couvin David, Dufayard Jean François, Barrière Yves, Höfte Herman, Rami Jean-François, Pot David. 2015. In : Genomics and Phenomics for Model-based Maize and Sorghum Breeding. Montpellier : EUCARPIA, 1 poster EUCARPIA Maize and Sorghum Conference. 23, Montpellier, France, 10 Juin 2015/11 Juin 2015.

Nouvelle structuration autour des données, codes, logiciels, algorithmes scientifiques au Cirad. Biard Yannick, Auzoux Sandrine, Bazan Samantha, Dufayard Jean François. 2024. . Montpellier : Cirad, 1 p. Love Data Week 2024, 26 Février 2024/1 Mars 2024.

Understanding sorghum cell wall deposition using comparative genomics and gene coexpression network. Hennet Lauriane, Richaud Frédérique, Rios Maelle, Calatayud Caroline, Berger Angélique, Godwin Ian, Dufayard Jean François, Pot David, Luquet Delphine, Terrier Nancy. 2019. . RFP. Roscoff : RFP, Résumé, 1 p. Journées du Réseau français des parois (JRFP 2019). 12, Roscoff, France, 14 Mai 2019/16 Mai 2019.

From the territories to the genes: Developing sustainable multi-purpose sorghum value chains. Pot David, Rossini Laura, Luquet Delphine, Le Moigne Nicolas, Gazull Laurent, Trouche Gilles, Vilmus Ingrid, Roques Sandrine, Berger Angélique, Ricciuti Emeline, Desaint Henri, Clément Anne, Soutiras Armelle, Jaffuel Sylvie, Verdeil Jean-Luc, Vaksmann Michel, Rami Jean-François, Gatineau Frédéric, Dufayard Jean François, De Bellis Fabien, Trabanco Noemi, Soccalingame Lata, Corn Stephane, Carrere Hélène, Thomas Hélène Laurence, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Jeanson P., Devaud Quentin, Alcouffe Joël, Fabre Françoise, Navard Patrick, Vo Loan T.T., Chupin Lucie, Thera Korothimi, Témé Niaba, Kouressy Mamoutou, Sartre Pascal, Courty Pierre-Emmanuel, Reymond Matthieu, Höfte Herman. 2017. . Dakar : s.n., 2 p. Conférence Intensification Durable 2017 : Biodiversité et ingénierie écologique pour une intensification durable de l'agriculture, Dakar, Sénégal, 24 Avril 2017/26 Avril 2017.

Comparative genomics of gene families in relation with metabolic pathway for gene candidates highlighting. This Dominique (ed.), Dufayard Jean François (ed.), Bocs Stéphanie (ed.), Larivière Delphine, Couvin David. 2016. , Résumé, 1 p. Séminaire du Groupe de Travail en Génomique Comparative. 9, Lyon, France, 1 Juillet 2016/1 Juillet 2016.

Combining genetic analysis and breeding for multipurpose sorghum: From the development of a “biomass phenotyping tool kit” to the development of dedicated breeding tools and schemes. Pot David, Trouche Gilles, Le Moigne Nicolas, Carrere Hélène, Luquet Delphine, Soccalingame Lata, Vilmus Ingrid, Roques Sandrine, Berger Angélique, Clement Anne, Soutiras Armelle, Jaffuel Sylvie, Verdeil Jean-Luc, Gatineau Frédéric, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Vaksmann Michel, Rami Jean-François, Jeanson Patrice, Clamens Serge, Ventelon Debout Marjolaine, Alcouffe Joël, Chapus Marion, Fabre Françoise, Navard Patrick, Vo Loan T.T., Chupin Lucie, Thera Korothimi, Témé Niaba, Dufayard Jean François, Barrière Yves, Höfte Herman. 2015. In : Genomics and Phenomics for Model-based Maize and Sorghum Breeding. Montpellier : EUCARPIA, 2 p. EUCARPIA Maize and Sorghum Conference. 23, Montpellier, France, 10 Juin 2015/11 Juin 2015.