Determination of citrus fruit origin by using 16S rDNA fingerprinting of bacterial communities by PCR- DGGE : application à la clémentine du Maroc et de l'Espagne

Le N'Guyen Doan Duy, Gemrot Elodie, Loiseau Gérard, Montet Didier. 2008. Determination of citrus fruit origin by using 16S rDNA fingerprinting of bacterial communities by PCR- DGGE : application à la clémentine du Maroc et de l'Espagne. Fruits, 63 (2) : 75-84.

https://doi.org/10.1051/fruits:2007049

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Titre français : Détermination de l¿origine de fruits d'agrumes par utilisation de l'empreinte de l¿ADNr 16S des communautés bactériennes par PCR-DGGE : application à la clémentine du Maroc et de l'Espagne / Titre espagnol : Determinación del origen de frutos cítricos mediante el empleo de la imprenta del ADNr 16S de las comunidades bacterianas por PCR-DGGE : aplicación en las clementinas de Marruecos y de España

Résumé : introduction. La consommation des agrumes et de leur jus s'est fortement développée pendant ces dernières décennies. Cependant, à l'heure actuelle, la traçabilité de cette filière est uniquement documentaire. En cas de doute ou de fraude, aucune analyse normalisée ne permet de discriminer ou de déterminer l'origine géographique de la culture du fruit. Matériel et méthodes. Une méthode d'écologie bactérienne, la PCR-DGGE, a été utilisée pour caractériser la flore bactérienne des clémentines importées en France d'Espagne et du Maroc afin de montrer qu'il existe une relation entre les communautés bactériennes des fruits et leurs origines géographiques. Le principe repose sur la détermination de marqueurs biologiques spécifiques d'une localisation donnée. Les protocoles d'extraction et d'amplification des ADN microbiens ont été optimisés. Résultats. Le profil de DGGE étudié par une analyse multivariée a permis de déterminer les profils microbiens spécifiques des différentes régions étudiées. Conclusion. Nous proposons d'utiliser la méthode de la PCR-DGGE comme un nouvel outil de traçabilité qui fournirait un code barres unique aux produits issus d'agrumes et permettrait de relier les agrumes à leur zone de culture originale.

Mots-clés Agrovoc : jus de fruits, clémentine, provenance, identification, flore microbienne, technique analytique, PCR, électrophorèse, empreinte ADN, adn, étude de cas