Diversité moléculaire du CSSV (Cocoa swollen shoot virus) et épidémiologie de la maladie du swollen shoot du cacaoyer (Theobroma cacao L.) en Côte d'Ivoire

Kouakou Koffie. 2014. Diversité moléculaire du CSSV (Cocoa swollen shoot virus) et épidémiologie de la maladie du swollen shoot du cacaoyer (Theobroma cacao L.) en Côte d'Ivoire. Abidjan : Université Félix Houphouët Boigny, 141 p. Thèse de doctorat : Phytovirologie : Université Félix Houphouët Boigny

Encadrement : Ake, Sévérin ; Kebe, Boubacar Ismaël ; Muller, Emmanuelle

Résumé : Cette étude a été effectuée dans le but de caractériser la diversité moléculaire du CSSV (Cacao swollen shoot disease) et les aspects épidémiologiques de la maladie du swollen shoot du cacaoyer en Côte d'Ivoire. L'approche méthodologique a consisté à collecter des échantillons de feuilles de cacaoyers infectés par le CSSV dans la cacaoyère ivoirienne. L'ADN total a été extrait des échantillons collectés et le CSSV y a été recherché par un diagnostic PCR avec des amorces spécifiques issues de l'ORF3 du génome du CSSV. L'ADN viral détecté a été séquencé et une analyse phylogénétique a été effectuée. En plus, seize essais épidémiologiques ont été installés dans des foyers de la maladie en milieu paysan et des données relatives aux symptômes, aux dégâts et à l'influence de la maladie sur la production et la qualité des fèves ont été collectées à intervalle régulier suivies d'une analyse statistique. Les résultats ont montré que la détection du CSSV par PCR a été améliorée avec les amorces ORF3A F/R ayant permis la détection du virus dans 90% des parcelles échantillonnées. Les analyses phylogénétiques ont mis en évidence quatre groupes majeurs d'isolats de CSSV (B, D, E et F) dont trois nouveaux (D, E, et F) distincts des groupes A, B et C déjà connus. Aucun isolat des groupes A et C n'a été identifié. Les groupes du CSSV ont été inégalement répartis dans les régions échantillonnées à part le groupe B qui a été le plus ubiquiste. Les manifestations de la maladie au champ ont différées d'une localité à l'autre et que seuls, les symptômes de bandes rouges sur les jeunes feuilles ont été les plus constants. Les pertes de production de cacao ont été estimées et une réduction de paramètres de production a été mise en évidence sur les cacaoyers proches du foyer. La situation du swollen shoot en Côte d'Ivoire nécessite des mesures transitoires de lutte en attendant la sélection de variétés de cacaoyers résistants.

Mots-clés Agrovoc : Theobroma cacao, virus des végétaux, virologie, épidémiologie, variation génétique, identification, PCR, évaluation du risque, évaluation de l'impact, fève de cacao, phylogénie, adn, distribution géographique, Caulimovirus

Mots-clés géographiques Agrovoc : Côte d'Ivoire, Togo, Ghana

Mots-clés complémentaires : Cacao swollen shoot virus (CSSV), Cabosse

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
F30 - Génétique et amélioration des plantes

Champ stratégique Cirad : Axe 4 (2014-2018) - Santé des animaux et des plantes

Auteurs et affiliations

• Kouakou Koffie, UFHB (CIV)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/574984/)

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