Parcourir par Auteur Cirad

Evolution of the rice blast pathogen on spatially structured rice landraces maintains multiple generalist fungal lineages. Ali Sajid, Gladieux Pierre, Ravel Sébastien, Adreit Henri, Meusnier Isabelle, Milazzo Joëlle, Cros-Arteil Sandrine, Bonnot François, Jin Baihui, Dumartinet Thomas, Charriat Florian, Lassagne Alexandre, He Xiahong, Tharreau Didier, Huang Huichuan, Morel Jean-Benoit, Fournier Elisabeth. 2023. Molecular Ecology, 32 (10), n.spéc. Evolutionary ecology of human associated microbes : 2519-2533.

Whole-genome sequences of Bipolaris bicolor, Curvularia hawaiiensis, Curvularia spicifera, and Exserohilum rostratum isolated from rice in Burkina Faso, France, Mali, and Pakistan. Kaboré Kouka Hilaire, Kassankogno Abalo Itolou, Adreit Henri, Ravel Sébastien, Charriat Florian, Diagne Diariatou, Lebrun Marc-Henri, Tharreau Didier. 2023. Mycology, 12 (11), 4 p.

Complex adaptive architecture of quantitative resistance erosion in a plant fungal pathogen. Dumartinet Thomas, Ravel Sébastien, Roussel Véronique, Perez-Vicente Luis, Aguayo Jaime, Abadie Catherine, Carlier Jean. 2022. Molecular Ecology, 31 (4) : 1160-1179.

CulebrONT: A streamlined long reads multi-assembler pipeline for prokaryotic and eukaryotic genomes. Orjuela Castellanos Julie, Comte Aurore, Ravel Sébastien, Charriat Florian, Vi Tram, Sabot François, Cunnac Sébastien. 2022. Peer Community Journal, 2:e46, 9 p.

EggLib 3: A python package for population genetics and genomics. Siol Mathieu, Coudoux Thomas, Ravel Sébastien, De Mita Stéphane. 2022. Molecular Ecology Resources, 22 (8) : 3176-3187.

Gene copy number variations at the within-host population level modulate gene expression in a multipartite virus. Gallet Romain, Di Mattia Jeremy, Ravel Sébastien, Zeddam Jean-Louis, Vitalis Renaud, Michalakis Yannis, Blanc Stéphane. 2022. Virus Evolution, 8 (2):veac058 : 1-11.

Genetic diversity and structure of Bipolaris oryzae and Exserohilum rostratum populations causing brown spot of rice in Burkina Faso based on genotyping-by-sequencing. Kabore Kouka Hilaire, Kassankogno Abalo Itolou, Adreit Henri, Milazzo Joëlle, Guillou Sonia, Blondin Laurence, Chopin Laurie, Ravel Sébastien, Charriat Florian, Barro Mariam, Tollenaere Charlotte, Lebrun Marc-Henri, Tharreau Didier. 2022. Frontiers in Plant Science, 13:1022348, 15 p.

Maintenance of divergent lineages of the Rice Blast Fungus Pyricularia oryzae through niche separation, loss of sex and post-mating genetic incompatibilities. Thierry Maud, Charriat Florian, Milazzo Joëlle, Adreit Henri, Ravel Sébastien, Cros-Arteil Sandrine, Borron Sonia, Sella Violaine, Kroj Thomas, Loos Renaud, Fournier Elisabeth, Tharreau Didier, Gladieux Pierre. 2022. PLoS Pathogens, 18 (7):e1010687, 33 p.

Convergent adaptation to quantitative host resistance in a major plant pathogen. Carlier Jean, Bonnot François, Roussel Véronique, Ravel Sébastien, Martinez Reina Teresa, Perez-Vicente Luis, Abadie Catherine, Wright Stephen. 2021. Mbio, 12 (1):e03129-20, 18 p.

Infective endogenous viral elements are tightly controlled by RNA silencing pathways in banana. Duroy Pierre-Olivier, Seguin Jonathan, Ravel Sébastien, Rajeswaran Rajendran, Laboureau Nathalie, Salmon Frédéric, Delos Jean-Marie Eric, Pooggin Mikhail, Iskra Caruana Marie-Line, Chabannes Matthieu. 2021. In : Epigenetic mechanisms of crop adaptation to climate change - Poster abstract book. COST. Florence : COST, p. 13. EpiCATCH COST Action Conference on "Epigenetic Mechanisms of Crop Adaptation to Climate Change". 1, Florence, Italie, 12 Juillet 2021/14 Juillet 2021.

Structure of African populations of Pyricularia oryzae from rice. Odjo Théophile, Diagne Diariatou, Adreit Henri, Milazzo Joëlle, Raveloson Harinjaka, Andriantsimialona Dodelys, Kassankogno Abalo Itolou, Ravel Sébastien, Dieudonné Gumedzoé Yawovi Mawuéna, Ouedraogo Ibrahima, Koita Ousmane, Silué Drissa, Tharreau Didier. 2021. Phytopathology, 111 (8) : 1428-1437.

Tracing the origin and evolutionary history of Pyricularia oryzae infecting maize and barnyard grass. Pordel Adel, Ravel Sébastien, Charriat FLorian, Gladieux Pierre, Cros-Arteil Sandrine, Milazzo Joëlle, Adreit Henri, Javan-Nikkhah Mohammad, Mirzadi Gohari Amir, Moumeni Ali, Tharreau Didier. 2021. Phytopathology, 111 (1), n.spéc. : 128-136.

The South Green Genome Hubs. Droc Gaëtan, Argout Xavier, Bocs Stéphanie, Comte Aurore, Dereeper Alexis, Dufayard Jean François, Garsmeur Olivier, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Lopez David, Oubda Nicolas, Martin Guillaume, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Summo Marilyne, Thomas Coline, Tranchant-Dubreuil Christine, Rouard Mathieu. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020), Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

South Green bioinformatic resources for tropical and Mediterranean crops. Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Breton Catherine, Comte Aurore, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Lopez David, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020). 20, Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

Epidemiosurveillance in the French West Indies of genotypes involved in the adaptation to varietal resistances in the fungus Pseudocercospora fijiensis causing the black leaf streak disease of banana. Dumartinet Thomas, Ravel Sébastien, Bonnot François, Roussel Véronique, Lubin Nadia, Chilin-Charles Yolande, Trouspance Yohan Emmanuel, Aguayo Jaime, Abadie Catherine, Carlier Jean. 2019. In : Abstract book of the 30th Fungal Genetics Conference. Genetics society of America. Pacific Grove : Genetics society of America, Résumé, 182. Fungal Genetics Conference. 30, Pacific Grove, CA, États-Unis, 12 Mars 2019/17 Mars 2019.

First scientific report of Pyricularia oryzae causing gray leaf spot disease on perennial ryegrass (Lolium perenne) in France. Milazzo Joëlle, Pordel Adel, Ravel Sébastien, Tharreau Didier. 2019. Plant Disease, 103 (5) : 1024.

Gene copy number variation impacts on gene expression in a multipartite virus. Gallet Romain, Di Mattia Jeremy, Ravel Sébastien, Vitalis Renaud, Michalakis Yannis, Blanc Stéphane. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. University of California. Davis : University of California, Résumé, 86. International Geminivirus Symposium. 9, Davis, États-Unis, 9 Novembre 2019/13 Novembre 2019.

Coexistence of multiple endemic and pandemic lineages of the rice blast pathogen. Gladieux Pierre, Ravel Sébastien, Rieux Adrien, Cros-Arteil Sandrine, Adreit Henri, Milazzo Joëlle, Thierry Maud, Fournier Elisabeth, Terauchi Ryohei, Tharreau Didier. 2018. Mbio, 9 (2):e01806, 17 p.

Epidemiosurveillance in the French West Indies of genotypes involved in the adaptation to varietal resistances in the fungus Pseudocercospora fijiensis causing the black leaf streak disease of banana. Dumartinet Thomas, Picard Léa, Ravel Sébastien, Bonnot François, Zapater Marie-Françoise, Bieysse Daniel, Roussel Véronique, Habas Rémy, Lubin Nadia, Chilin-Charles Yolande, Trouspance Yohan Emmanuel, Aguayo Jaime, Abadie Catherine, Carlier Jean. 2018. . Aussois : Société française de phytopathologie, 1 poster Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de phytopathologie-mycologie. 12, Aussois, France, 15 Janvier 2018/19 Janvier 2018.

Epidémiosurveillance dans les Antilles de génotypes impliqués dans l'adaptation à des résistances variétales chez le champignon Pseudocercospora fijiensis causant la maladie des raies noires du bananier. Dumartinet Thomas, Picard Léa, Ravel Sébastien, Bonnot François, Zapater Marie-Françoise, Bieysse Daniel, Rousse Véronique, Habas Rémy, Abadie Catherine, Aguayo Jaime, Carlier Jean. 2018. In : Actes de conférences : Le printemps de Baillarguet. CIRAD. Montpellier : CIRAD, Résumé, 29. Le printemps de Baillarguet 2018. 10, Montpellier, 28 Mai 2018/29 Mai 2018.

Gene flow between divergent cereal- and grass-specific lineages of the rice blast fungus Magnaporthe oryzae. Gladieux Pierre, Condon Bradford, Ravel Sébastien, Soanes Darren M., Maciel João Leodato Nunes, NhaniJúnior Antonio, Chen Li, Terauchi Ryohei, Lebrun Marc-Henri, Tharreau Didier, Mitchell Thomas K., Pedley Kerry F., Valent Barbara, Talbot Nicholas J., Farman Mark, Fournier Elisabeth. 2018. Mbio, 9 (1):e01219, 17 p.

Histoire des populations et adaptation à l'hôte dans les caraïbes chez le champignon Mycosphaerella fijiensis parasite du bananier. Carlier Jean, Zapater Marie-Françoise, Bieysse Daniel, Montero Yanetsy, Roussel Véronique, Habas Rémy, Ravel Sébastien, Rodriguez Rosalba, Martínez T., Perez-Vicente Luis, Abadie Catherine, Wright Stephen. 2018. . Aussois : INRA, Résumé, 1 p. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de Phytopathologie-Mycologie. 12, Aussois, France, 15 Janvier 2018/19 Janvier 2018.

Next generation sequencing elucidates cacao badnavirus diversity and reveals the existence of more than ten viral species. Muller Emmanuelle, Ravel Sébastien, Agret Clément, Abrokwah Francis, Dzahini-Obiatey Henry, Galyuon I., Kouakou K., Jeyaseelan E.C., Allainguillaume Joel, Wetten Andrew. 2018. Virus Research, 244 : 235-251.

South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud. Ravel Sébastien, Bocs Stéphanie, Brousseau Louise, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, 418-420. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 Juillet 2018/6 Juillet 2018.

TOGGLe (Toolbox for Generic NGS Analyses) A framework to quickly build pipelines and to perform large-scale HTS analysis. Orjuela Castellanos Julie, Ravel Sébastien, Dereeper Alexis, Tando Ndomassi, Sabot François, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, Résumé, 330-331. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 Juillet 2018/6 Juillet 2018.

The South Green Bioinformatics platform, a comprehensive resource for crop genomics. Ruiz Manuel, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Sarah Gautier, Tranchant-Dubreuil Christine, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, De Lamotte Frédéric, Larmande Pierre, Sabot François, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Pitollat Bertrand, This Dominique, Bocs Stéphanie, Hueber Yann, El Hassouni Nordine, Martin Guillaume, Gkanogiannis Anestis, Ravel Sébastien, Monat Cécile, Tando Ndomassi, Rouard Mathieu. 2017. In : Proceedings X-Meeting 2017. s.l. : s.n., 1 p. International Conference of the AB3. 13, São Pedro, Brésil, 4 Octobre 2017/6 Octobre 2017.

South Green bioinformatics platform : Plateforme collaborative de bioinformatique verte héraultaise. Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ravel Sébastien, Rouard Mathieu, This Patrice, Tranchant-Dubreuil Christine. 2017. . Montpellier : CIRAD, 1 poster Amphithéâtre "Patrimoine Numérique Scientifique", Montpellier, France, 20 Février 2017/20 Février 2017.

TOGGLE-3: A Framework to Build Quickly Pipelines and to Perform Large-Scale NGS Analysis. [P0469]. Tranchant-Dubreuil Christine, Ravel Sébastien, Monat Cécile, Helou Laura, Diallo Abdoulaye, Sarah Gautier, Orjuela-Bouniol Julie, Sabot François. 2017. In : Proceedings Plant and Animal Genome XXV Conference. San Diego : PAG, 1 p. Plant and Animal Genome Conference. 25, San Diego, États-Unis, 14 Janvier 2017/18 Janvier 2017.

Analyse du transcriptome du champignon Magnaporthe oryzae et d'une bactérie du genre Burkholderia mis en confrontation in vitro. Mohamed Abdillah, Fournier Elisabeth, Cros-Arteil Sandrine, Ravel Sébastien. 2016. In : Actes du Printemps de Baillarguet. 8ème édition. Berthelot Edwige (ed.), Diagne Christophe (ed.), Hammami Pachka (ed.), Lesieur Vincent (ed.), Lies Adrien (ed.), Rombaut Antoine (ed.). INRA, EBCL, Ecole Doctorale GAIA, CeMEB, CIRAD, IRD, Montpellier SupAgro. Montferrier : INRA-CIRAD, Résumé, 58. Printemps de Baillarguet. 8, Montferrier-sur-Lez, France, 2 Juin 2016/3 Juin 2016.

Association genetics to identify genes involved in aggressiveness traits in the plant pathogenic fungus Mycosphaerella fijiensis. Picard Léa, Carlier Jean, Ravel Sébastien. 2016. In : Actes du Printemps de Baillarguet. 8ème édition. Berthelot Edwige (ed.), Diagne Christophe (ed.), Hammami Pachka (ed.), Lesieur Vincent (ed.), Lies Adrien (ed.), Rombaut Antoine (ed.). INRA, EBCL, Ecole Doctorale GAIA, CeMEB, CIRAD, IRD, Montpellier SupAgro. Montferrier : INRA-CIRAD, Résumé, 52. Printemps de Baillarguet. 8, Montferrier-sur-Lez, France, 2 Juin 2016/3 Juin 2016.

Emergence of wheat blast in Bangladesh was caused by a South American lineage of Magnaporthe oryzae. Islam M. Totazzal, Croll Daniel, Gladieux Pierre, Soanes Darren M., Persoons Antoine, Bhattacharjee Pallab, Hossain Md. Shaid, Gupta Dipali Rani, Rahman Md Mahbubur, Mahboob M. Golam, Cook Nicola, Salam Moin U., Surovy Musrat Zahan, Sancho Vanessa Bueno, Maciel João Leodato Nunes, NhaniJúnior Antonio, Castroagudín Vanina Lilián, de Assis Reges Juliana T., Ceresini Paulo Cezar, Ravel Sébastien, Kellner Ronny, Fournier Elisabeth, Tharreau Didier, Lebrun Marc-Henri, McDonald Bruce A., Stitt Timothy, Swan Daniel, Talbot Nicholas J., Saunders Diane G.O., Win Joe, Kamoun Sophien. 2016. BMC Biology, 14 (84), 11 p.

The South Green portal: A comprehensive resource for tropical and Mediterranean crop genomics. Guignon Valentin, Hueber Yann, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Hamelin Chantal, Larivière Delphine, Martin Guillaume, Ortega Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ruiz Manuel, Gautier Sarah, Summo Marilyne, This Dominique, Ravel Sébastien, Larmande Pierre, Monat Cécile, Sabot François, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine, Sempere Guilhem, Dereeper Alexis. 2016. Current Plant Biology, 7-8 : 6-9.

Incipient speciation in the rice blast fungus. Thierry Maud, Ravel Sébastien, Cros-Arteil Sandrine, Adreit Henri, Milazzo Joëlle, Fournier Elisabeth, Loos Renaud, Gladieux Pierre, Tharreau Didier. 2015. In : Book of abstract of the 28th Fungal Genetics Conference. Genetics society of America. Pacific Grove : Genetics society of America, Résumé, 184-185. Fungal Genetics Conference. 28, Pacific Grove, États-Unis, 17 Mars 2015/22 Mars 2015.

Molecular evolution of MAX effectors in the rice blast fungus Pyricularia oryzae. Charriat Florian, Ravel Sébastien, Gracy Jérôme, Cros-Arteil Sandrine, Fournier Elisabeth, Kroj Thomas, Gladieux Pierre. 2015. In : Book of abstract of the 28th Fungal Genetics Conference. Genetics society of America. Pacific Grove : Genetics society of America, Résumé, 110. Fungal Genetics Conference. 28, Pacific Grove, États-Unis, 17 Mars 2015/22 Mars 2015.

South Green bioinformatics platform: Update 2015. Armero A., Baurens Franc-Christophe, Bocs Stéphanie, Breil A., De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Garsmeur Olivier, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Kougbeadjo Ayite, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Lorenzo Jonathan, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ndomassi T., Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ranwez Vincent, Rouard Mathieu, Ruiz E., Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, This Dominique, Tranchant-Dubreuil Christine, Vallier Félix. 2015. In : Plant Genomics Congress. Global Engage. Londres : Global Engage, 51. Plant Genomics Congress. 3, Londres, Royaume-Uni, 11 Mai 2015/12 Mai 2015.

TOGGLE: toolbox for generic NGS analyses. Monat Cécile, Tranchant-Dubreuil Christine, Kougbeadjo Ayite, Farcy Cédric, Ortega-Abboud Enrique, Amanzougarene Souhila, Ravel Sébastien, Agbessi Mawussé, Orjuela-Bouniol Julie, Summo Marilyne, Sabot François. 2015. BMC Bioinformatics, 16 (374) : 1-8.

The coffee genome hub: a resource for coffee genomes. Dereeper Alexis, Bocs Stéphanie, Rouard Mathieu, Guignon Valentin, Ravel Sébastien, Tranchant-Dubreuil Christine, Poncet Valérie, Garsmeur Olivier, Lashermes Philippe, Droc Gaëtan. 2015. Nucleic Acids Research, 43 (D1), D1028-D1035

The Coffee Genome Hub : [W185]. Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Bocs Stéphanie, Ravel Sébastien, Guignon Valentin, This Dominique, Cotta Michelle G., Lashermes Philippe. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Population genomics of eusocial insects: the costs of a vertebrate-like effective population size. Romiguier Jonathan, Lourenco Joao M., Gayral Philippe, Faivre Nicolas, Weinert Lucy Anne, Ravel Sébastien, Ballenghien Marion, Cahais Vincent, Bernard Aurélien, Loire Etienne, Keller Laurent, Galtier Nicolas. 2014. Journal of Evolutionary Biology, 27 (3) : 593-603.

Population genetics of Glossina palpalis palpalis from central African sleeping sickness foci. Melachio Trésor T., Simo Gustave, Ravel Sébastien, De Meeus Thierry, Causse Sandrine, Solano Philippe, Lutumba Pascal, Asonganyi Tazoacha, Njiokou Flobert. 2011. Parasites and Vectors, 4:140, 8 p.