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Glutaredoxin regulation of primary root growth is associated with early drought stress tolerance in pearl millet. de la Fuente Carla, Grondin Alexandre, Sine Bassirou, Debieu Maryline, Belin Christophe, Hajjarpoor Amir, Atkinson Jonathan, Passot Sixtine, Salson Marine, Orjuela Julie, Tranchant-Dubreuil Christine, Brossier Jean-Rémy, Steffen Maxime, Morgado Charlotte, Dinh Hang Ngan, Pandey Bipin K., Darmau Julie, Champion Anthony, Petitot Anne-Sophie, Barrachina Célia, Pratlong Marine, Mounier Thibault, Nakombo-Gbassault Princia, Gantet Pascal, Gangashetty Prakash, Guédon Yann, Vadez Vincent, Reichheld Jean-Philippe, Bennett Malcolm J., Kane Ndjido Ardo, Guyomarc'h Soazig, Wells Darren, Vigouroux Yves, Laplaze Laurent. 2023. eLife, 12:RP86169, 21 p.

Spatio-temporal analysis of strawberry architecture: insights into the control of branching and inflorescence complexity. Labadie Marc, Guy Karine, Demené Marie-Noëlle, Caraglio Yves, Heidsieck Gaëtan, Gaston Amelia, Rothan Christophe, Guédon Yann, Pradal Christophe, Denoyes Béatrice. 2023. Journal of Experimental Botany, 74 (12) : 3595-3612.

Modelling the bearing and branching behaviors of 1-year-old shoots in apricot genotypes. Mészáros M., Guédon Yann, Krska B., Costes Evelyne. 2020. PloS One, 15 (7):e023534 : 1-16.

V-Mango: A functional-structural model of mango tree growth, development and fruit production. Boudon Frédéric, Persello Séverine, Jestin Alexandra, Briand Anne-Sarah, Grechi Isabelle, Fernique Pierre, Guédon Yann, Lechaudel Mathieu, Lauri Pierre-Eric, Normand Frédéric. 2020. Annals of Botany, 126 (4), n.spéc. Functional-Structural Plant Growth Modelling : 745-763.

Identifying phenological phases in strawberry using multiple change-point models. Labadie Marc, Denoyes Béatrice, Guédon Yann. 2019. Journal of Experimental Botany, 70 (20) : 5687-5701.

Lateral roots: Random diversity in adversity. Muller Bertrand, Guédon Yann, Passot Sixtine, Lobet Guillaume, Nacry Philippe, Pagès Loïc, Wissuwa Matthias, Draye Xavier. 2019. Trends in Plant Science, 24 (9) : 810-825.

Long proleptic and sylleptic shoots in peach (Prunus persica L. Batsch) trees have similar, predetermined, maximum numbers of nodes and bud fate patterns. Prats-Llinàs Maria Teresa, López Gerardo, Fyhrie Katherine, Pallas Benoît, Guédon Yann, Costes Evelyne, Dejong Thedore M.. 2019. Annals of Botany, 123 (6) : 933-1004.

Are compound leaves more complex than simple ones? A multi-scale analysis. Koch Garance, Rolland Gaëlle, Dauzat Myriam, Bédiée Alexis, Baldazzi Valentina, Bertin Nadia, Guédon Yann, Granier Christine. 2018. Annals of Botany, 122 (7) : 1173-1185.

Deciphering the balance between sexual and asexual plant reproduction in an herbaceous perennial, the strawberry. [Poster-D268]. Gaston Amèlia, Potier A., Tenreira T., Labadie Marc, Petit Aurélie, Bres Cécile, Perrotte Justine, Demené Marie-Noëlle, Guédon Yann, Rothan Christophe, Hernould Michel, Delmas Frédéric. 2018. In : Abstracts of 12th IPMB2018. Agropolis Fondation, MUSE, l'INRA, le CNRS, Montpellier SupAgro, l'Université de Montpellier, l'IRD, CIRAD, la SFBV, le Labex Tulip, la SPS, Molecular Plant, The Plant Cell, Communications Biology, la Région Occitanie - Pyrénées/Méditerranée. Montpellier : IPMB, Résumé, 184. Congress of the International Plant Molecular Biology ( IPMB2018). 12, Montpellier, France, 5 Août 2018/10 Août 2018.

Identifying developmental patterns in plant phenotyping data. Guédon Yann. 2018. . European Mathematical Society (EMS) and ESMTB. Lisbonne : European Mathematical Society (EMS)-ESMTB, 1 p. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology. Minisymposium Plant Models (A): Plant Development.. 11, Lisbonne, Portugal, 23 Juillet 2018/27 Juillet 2018.

Modeling of growth and phyllotaxic pattern in Eucalyptus grandis. Sabatier Sylvie-Annabel, Guédon Yann, Caraglio Yves, Arnaud Charlène, Brancheriau Loïc, Heinz Christine, Rowe Nicholas. 2018. In : Eucalyptus 2018: Managing Eucalyptus plantation under global changes. Abstracts book. CIRAD, IUFRO, MUSE. Montpellier : CIRAD, p. 165. ISBN 978-2-87614-743-0 Eucalyptus 2018, Montpellier, France, 17 Septembre 2018/21 Septembre 2018.

Modulation of the yerba-mate metamer production phenology by the cultivation system and the climatic factors. Guédon Yann, Costes Evelyne, Rakocevic Miroslava. 2018. Ecological Modelling, 384 : 188-197.

Modèles probabilistes et méthodes d'inférence statistique : identification de patterns de développement dans les données de phénotypage de plantes. Guédon Yann. 2018. In : Systèmes complexes de la biologie aux territoires = Complex systems from biology to landscapes. Arnaud Nicolas (ed.), Jouve Bertrand (ed.), Müller Jean-Pierre (ed.). Agropolis. Montpellier : Agropolis International, 30. (Les dossiers d'Agropolis International, 23)

A new phenotyping pipeline reveals three types of lateral roots and a random branching pattern in two cereals. Passot Sixtine, Moreno-Ortega Beatriz, Moukouanga Daniel, Balsera Crispulo, Guyomarc'h Soazig, Lucas Mikaël, Lobet Guillaume, Laplaze Laurent, Muller Bertrand, Guédon Yann. 2018. Plant Physiology, 177 : 896-910.

The role of hydraulics FSPMs in the context of root breeding : a case study on Pearl Millet. Ndour Adama, Pradal Christophe, Vadez Vincent, Passot Sixtine, Guédon Yann, Laplaze Laurent, Lucas Mikaël. 2018. In : European Geosciences Union General Assembly 2018- volume 20. EGU. Vienne : European Geosciences Union, 1 p. EGU2018 - European Geophysical Union General Assembly 2018, Vienne, Autriche, 8 Avril 2018/13 Avril 2018.

Analysis of bearing and branching behavior of two apricot cultivars. Mészáros M., Guédon Yann, Krska B., Costes Evelyne. 2017. In : Proceedings of the X International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. Costes Evelyne (ed.). ISHS. Louvain : ISHS, 135-140. (Acta Horticulturae, 1160) ISBN 978-94-6261-1566 International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 10, Montpellier, France, 2 Juin 2015/5 Juin 2015.

Identifying developmental zones in maize lateral root cell length profiles using multiple change-point models. Moreno-Ortega Beatriz, Fort Guillaume, Muller Bertrand Lionel, Guédon Yann. 2017. Frontiers in Plant Science, 8:1750, 19 p.

Impact of three lateral root types identified in pearl millet on water uptake. Passot Sixtine, Meunier Félicien, Couvreur Valentin, Muller Bertrand Lionel, Javaux Mathieu, Draye Xavier, Guédon Yann, Laplaze Laurent. 2017. . Hyderabad : ICRISAT, 1 poster InterDrought. 5, Hyderabad, Inde, 21 Février 2017/25 Février 2017.

Integrative models for joint analysis of shoot growth and branching patterns. Peyhardi Jean, Caraglio Yves, Costes Evelyne, Lauri Pierre-Eric, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2017. New Phytologist, 126 (4) : 1291-1304.

Modeling developmental growth stages in mango on the basis of absolute vs. relative growth rates. Dambreville Anaëlle, Normand Frédéric, Lauri Pierre-Eric, Guédon Yann. 2017. In : Proceedings of the X International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. Costes Evelyne (ed.). ISHS. Louvain : ISHS, 69-74. (Acta Horticulturae, 1160) ISBN 978-94-6261-1566 International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 10, Montpellier, France, 2 Juin 2015/5 Juin 2015.

The role of structural and temporal factors in the architectural development of the mango tree: evidences from simulation. Boudon Frédéric, Jestin Alexandra, Briand Anne-Sarah, Fernique Pierre, Lauri Pierre-Eric, Dambreville Anaëlle, Guédon Yann, Grechi Isabelle, Normand Frédéric. 2017. In : Proceedings of the X International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. Costes Evelyne (ed.). Louvain : ISHS, 82-90. (Acta Horticulturae, 1160) ISBN 978-94-6261-1566 International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 10, Montpellier, France, 2 Juin 2015/5 Juin 2015.

Characterization of mango tree patchiness using a tree-segmentation/clustering approach. Fernique Pierre, Dambreville Anaëlle, Durand Jean-Baptiste, Pradal Christophe, Lauri Pierre-Eric, Normand Frédéric, Guédon Yann. 2016. In : 2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA). IEEE, FSPMA. Qingdao : IEEE, 68-74. ISBN 978-1-5090-1659-4 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Qingdao, Chine, 7 Novembre 2016/11 Novembre 2016.

Characterization of pearl millet root architecture and anatomy reveals three types of lateral roots. Passot Sixtine, Gnacko Fatoumata, Moukouanga Daniel, Lucas Mikaël, Guyomarc'h Soazig, Ortega Beatriz Moreno, Atkinson Jonathan, Belko Marème N., Bennett Malcolm J., Gantet Pascal, Wells Darren, Guédon Yann, Vigouroux Yves, Verdeil Jean-Luc, Muller Bertrand, Laplaze Laurent. 2016. Frontiers in Plant Science, 7 (829), 11 p.

An FSPM approach for modeling fruit yield and quality in mango trees. Boudon Frédéric, Persello Séverine, Jestin Alexandra, Briand Anne-Sarah, Fernique Pierre, Guédon Yann, Lechaudel Mathieu, Grechi Isabelle, Normand Frédéric. 2016. In : Book of abstracts poster: 2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016). FSPM, PMA. Qingdao : FSPMA, 81. IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Qingdao, Chine, 7 Novembre 2016/11 Novembre 2016.

Historical phenological responses in apple tree to contrasting warming contexts may clarify future crucial responses in Europe. Legave Jean Michel, Guédon Yann, Malagi Gustavo, El Yaacoubi Adnane, Bonhomme Marc, Farrera Isabelle. 2016. . Magny-le-Hongre : INRA, 1 poster Séminaire « Recherche et adaptation au changement climatique », Magny-le-Hongre, France, 10 Mars 2016/11 Mars 2016.

Identification of developmental zones in maize lateral roots on the basis of longitudinal epidermis cell length profiles. Guédon Yann, Moreno Ortega Beatriz, Muller Bertrand. 2016. In : 2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016): Book of abstract oral. IEEE, FSPMA. Qingdao : IEEE, Résumé, 42. IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Qingdao, Chine, 7 Novembre 2016/11 Novembre 2016.

Identification of flowering patterns specific to strawberry varieties using longitudinal data analysis. Labadie Marc, Denoyes Béatrice, Guédon Yann. 2016. In : 2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016): Book of abstract poster. IEEE, FSPMA. Qingdao : IEEE, Résumé, 26. IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Qingdao, Chine, 7 Novembre 2016/11 Novembre 2016.

Identification of successive flowering phases highlights a new genetic control of the flowering pattern in strawberry. Perrotte Justine, Guédon Yann, Gaston Amèlia, Denoyes Béatrice. 2016. Journal of Experimental Botany, 67 (19) : 5643-5655.

Identifying developmental phases in the Arabidopsis thaliana rosette using integrative segmentation models. Lievre Maryline, Granier Christine, Guédon Yann. 2016. New Phytologist, 210 (4) : 1466-1478.

Localizing the latent structure canonical uncertainty: entropy profiles for hidden Markov models. Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2016. Statistics and Computing, 26 (1) : 549-567.

Modelling the influence of dimerisation sequence dissimilarities on the auxin signalling network. Legrand Jonathan, Léger Jean-Benoist, Robin Stéphane, Vernoux Teva, Guédon Yann. 2016. BMC Systems Biology, 10 (22), 17 p.

Partitioned conditional generalized linear models for categorical responses. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2016. Statistical Modelling, 16 (4) : 297-321.

Using genome-wide predictions in a functional-structural plant model to simulate the genetic variation of 1-year-old apple tree development under contrasted soil water conditions. Migault Vincent, Pallas Benoît, Legave Jean Michel, Guédon Yann, Costes Evelyne. 2016. In : 2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016): Book of abstract poster. IEEE, FSPMA. Qingdao : IEEE, Résumé, 96. IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Qingdao, Chine, 7 Novembre 2016/11 Novembre 2016.

Analysing growth and development of plants jointly using developmental growth stages. Dambreville Anaëlle, Lauri Pierre-Eric, Normand Frédéric, Guédon Yann. 2015. Annals of Botany, 115 (1) : 93-105.

Characterizing the respective importance of ontogeny and environmental constraints in forest tree development using growth phase duration distributions. Taugourdeau Olivier, Caraglio Yves, Sabatier Sylvie-Annabel, Guédon Yann. 2015. Ecological Modelling, 300 : 61-72.

Combined genetic, genomic and physiological approaches to characterize flowering in Fragaria [W324]. Gaston Amèlia, Perrotte Justine, Tenreira T., Demené Marie-Noëlle, Potier A., Petit Aurélie, Guédon Yann, Godin Christophe, Rothan Christophe, Denoyes Béatrice. 2015. In : Plant and Animal Genomes Conference XXIII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 10-14, 2015. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 23, San Diego, États-Unis, 10 Janvier 2015/14 Janvier 2015.

Differentiated responses of apple tree floral phenology to global warming in contrasting climatic regions. Legave Jean Michel, Guédon Yann, Malagi Gustavo, El Yaacoubi Adnane, Bonhomme Marc. 2015. Frontiers in Plant Science, 6 (1054), 13 p.

Détection de motifs disruptifs au sein de plantes : une approche de quotientement/classification d'arborescences. Fernique Pierre, Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2015. . Lille : SFdS, 6 p. Journées de Statistique de la SFdS. 47, Lille, France, 1 Juin 2015/5 Juin 2015.

Exploring root development and architecture in one of the most heat and drought tolerant cereals, pearl millet. Passot Sixtine, Gnacko Fatoumata, Atkinson Jonathan, Atkinson Brian, Lucas Mikaël, Guyomarc'h Soazig, Boudon Frédéric, Couderc Marie, Zekraoui Leïla, Sturrock Craig, Kane Ndjido Ardo, Hash Charles Tom, Gantet Pascal, Bennett Malcolm J., Wells Darren, Vigouroux Yves, Guédon Yann, Laplaze Laurent. 2015. . Barcelona : EPPN-IPPN, Résumé, 1 p. Plant Phenotyping Symposium, Barcelone, Espagne, 11 Novembre 2015/12 Novembre 2015.

Heuristique de pente pour les modèles de détection de ruptures multiples. Guédon Yann. 2015. . Lille : SFdS, 6 p. Journées de Statistique de la SFdS. 47, Lille, France, 1 Juin 2015/5 Juin 2015.

How different pruning severities alter shoot structure: A modelling approach in young 'Nonpareil' almond trees. Negron Claudia, Contador Loreto, Lampinen Bruce D., Metcalf Samuel G., Guédon Yann, Costes Evelyne, Dejong Thedore M.. 2015. Functional Plant Biology, 42 (3) : 325-335.

Lateral root growth: a framework to analyse the variability among elongation patterns and the impact of auxin and sugar signals. Moreno Ortega Beatriz, Muller Bertrand, Guédon Yann. 2015. In : Recent progress in drought tolerance: from genetics to modelling conference handbook. Tardieu F. (ed.), Draye X. (ed.), Charcosset A. (ed.), Hammer G. (ed.), Usadel B. (ed.), Tuberosa R. (ed.), Welker C. (ed.), Boerner A. (ed.), Simic D.(ed.), Boller B. (ed.). Eucarpia, INRA. Montpellier : INRA-Transfert, Résumé, 40. EUCARPIA Conference "Recent progress in drought tolerance: from genetics to modelling", Montpellier, France, 8 Juin 2015/9 Juin 2015.

Segmentation uncertainty in multiple change-point models. Guédon Yann. 2015. Statistics and Computing, 25 (2) : 303-320.

Slope heuristics for multiple change-point models. Guédon Yann. 2015. In : Proceedings of the 30th International Workshop on Statistical Modelling. Friedl Herwig (ed.), Wagner Helga (ed.). Linz : Statistical Modelling Society, 103-106. International Workshop on Statistical Modelling. 30, Linz, Autriche, 6 Juillet 2015/10 Juillet 2015.

Using hidden semi-markov chains to compare the shoot structure of three different almond cultivars. Negron Claudia, Contador Loreto, Lampinen Bruce D., Metcalf Samuel G., Guédon Yann, Costes Evelyne, Dejong Thedore M.. 2015. In : Proceedings of the ninth International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. Bourgeois G. (éd.). ISHS. Saint-Jean-sur-Richelieu : G. Bourgeois, 67-76. (Acta Horticulturae : ISHS, 1068) ISBN 978-94-62610-58-3 International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 9, Saint-Jean-sur-Richelieu, Canada, 19 Juin 2011/23 Juin 2011.

A multi-scale pipeline for reproducible analyses of tomato leaf expansion and its plasticity in response to drought. Koch Garance, Dambreville Anaëlle, Rolland Gaëlle, Dauzat Myriam, Chevalier Christian, Frangne Nathalie, Guédon Yann, Bertin Nadia, Baldazzi Valentina, Granier Christine. 2015. . Montpellier : ISHS, 1 poster International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 10, Montpellier, France, 2 Juin 2015/5 Juin 2015.

A new specification of generalized linear models for categorical responses. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2015. Biometrika, 102 (4) : 889-906.

Applications of hidden hybrid Markov/semi-Markov models: from stopover duration to breeding success dynamics. Choquet Rémi, Béchet Arnaud, Guédon Yann. 2014. Ecology and Evolution, 4 (6) : 817-826.

Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis. Besnard Fabrice, Refahi Yassin, Morin Valérie, Marteaux Benjamin, Brunoud Géraldine, Chambrier Pierre, Rozier Frédérique, Mirabet Vincent, Legrand Jonathan, Lainé Stéphanie, Thévenon Emmanuel, Farcot Etienne, Cellier Coralie, Das Pradeep, Bishopp Anthony, Dumas Renaud, Parcy François, Helariutta Ykä, Boudaoud Arezki, Godin Christophe, Traas Jan, Guédon Yann, Vernoux Teva. 2014. Nature, 505n.7483 : 417-421.

Differences in proleptic and epicormic shoot structures in relation to water deficit and growth rate in almond trees (Prunus dulcis). Negron Claudia, Contador Loreto, Lampinen Bruce D., Metcalf Samuel G., Guédon Yann, Costes Evelyne, Dejong Thedore M.. 2014. Annals of Botany, 113 (3) : 545-554.

Estimation of discrete partially directed acyclic graphical models in multitype branching processes. Fernique Pierre, Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2014. In : Proceedings of COMPSTAT 2014, August 19-22, 2014, Geneva, Switzerland. Manfred Gilli, Gil Gonzalez-Rodriguez, Alicia Nieto-Reyes (eds.) - Genève : Université de Genève, 2014. s.l. : s.n., 561-568. ISBN 978-2-8399-1347-8 International Conference on Computational Statistics. 21, Genève, Suisse, 19 Août 2014/22 Août 2014.

Exploring bud dormancy completion with a combined architectural and phenological analysis: The case of apple trees in contrasting winter temperature conditions. Dutra Schmitz Juliano, Guédon Yann, Herter Flavio Gilberto, Berenhauser Leite Gabriel, Lauri Pierre-Eric. 2014. American Journal of Botany, 101 (3) : 398-407.

How plant water status affects the structure of proleptic shoots of almond trees. Negron Claudia, Contador Loreto, Lampinen Bruce D., Metcalf Samuel G., Guédon Yann, Costes Evelyne, Dejong Thedore M.. 2014. In : Proceedings of the sixth International Symposium on Almonds and Pistachios, 27-31 May 2013, Murcia, Spain. Eds. F. Dicenta,, P. Martínez-Gómez, E. Ortega. Leuven : ISHS, 95-98. (Acta horticulturae, 1028) ISBN 978-94-62610-13-2 International Symposium on Almonds and Pistachios. 6, Murcia, Espagne, 27 Mai 2013/31 Mai 2013.

Modelés références de régression multinomiale. Propriétés et applications en classification supervisée. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2014. In : 46ème Journées de statistique, Rennes, France, du 2 au 6 juin 2014. Société française de statistique. s.l. : s.n., 6 p. Journées de statistique. 46, Rennes, France, 2 Juin 2014/6 Juin 2014.

Modèles graphiques paramétriques pour la modélisation des lois de génération dans des processus de branchement multitypes. Fernique Pierre, Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2014. In : 46ème Journées de statistique, Rennes, France, du 2 au 6 juin 2014. Société française de statistique. s.l. : s.n., 6 p. Journées de statistique. 46, Rennes, France, 2 Juin 2014/6 Juin 2014.

Partitioned conditional generalized linear models for categorical data. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2014. In : Proceedings of the 29th International Workshop on Statistical Modelling, Volume 1, July 14-18, 2013, Göttingen, Germany. Eds. Thomas Kneib, Fabian Sobotka, Jan Fahrenholz, Henriette Irmer. Göttingen : Centre for Statistics, 269-272. International Workshop on Statistical Modelling. 29, Göttingen, Allemagne, 14 Juillet 2014/18 Juillet 2014.

Phenotyping root development in pearl millet, an orphan cereal from arid regions. Passot Sixtine, Atkinson Jonathan, Moreno Ortega Beatriz, Moukouanga Daniel, Lucas Mikaël, Guyomarc'h Soizic, Kane Ndjido Ardo, Hash Charles Thomas, Bennett Malcolm J., Muller Bertrand Lionel, Sturock Craig, Wells Darren, Vigouroux Yves, Guédon Yann, Laplaze Laurent. 2014. In : SEB Manchester 2014 Plant Biology Sessions: Mechanisms of Plant-Insect Interactions, Manchester, United Kingdom, 3rd - 4th July 2014. Rob Hancock, Saskia Hogenhout, Christine H. Foyer. s.l. : s.n., 1 p. SEB Manchester 2014 Plant Biology Sessions: Mechanisms of Plant-Insect Interactions, Manchester, Royaume-Uni, 3 Juillet 2014/4 Juillet 2014.

Quantification de l'incertitude sur la structure latente dans les modèles de Markow cachés. Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2014. In : 46ème Journées de statistique, Rennes, France, du 2 au 6 juin 2014. Société française de statistique. s.l. : s.n., 6 p. Journées de statistique. 46, Rennes, France, 2 Juin 2014/6 Juin 2014.

Quantifying and localizing state uncertainty in hidden Markov models using conditional entropy profiles. Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2014. In : Proceedings of COMPSTAT 2014, August 19-22, 2014, Geneva, Switzerland. Manfred Gilli, Gil Gonzalez-Rodriguez, Alicia Nieto-Reyes (eds.) - Genève : Université de Genève, 2014. s.l. : s.n., 213-221. ISBN 978-2-8399-1347-8 International Conference on Computational Statistics. 21, Genève, Suisse, 19 Août 2014/22 Août 2014.

Why is lateral root growth so variable? A framework to analyze growth variability among lateral roots and the possible roles of auxin and carbon. Moreno-Ortega Beatriz, Chandezon Emilie, Fort Guillaume, Guédon Yann, Muller Bertrand Lionel. 2014. In : 7th International Symposium on Root Development: Adventitious, lateral and primary roots - at the crossroads of genome, environment and technology, 15-19 September 2014, Weimar, Germany. s.l. : s.n., 1 p. International Symposium on Root Development. 7, Weimar, Allemagne, 15 Septembre 2014/19 Septembre 2014.

A new specification of generalized linear models for categorical data. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2014. s.l. : s.n., 32 p.

Characterizing the balance between ontogeny and environmental constraints in forest tree development using growth phase duration distributions. Guédon Yann, Taugourdeau Olivier, Caraglio Yves, Sabatier Sylvie-Annabel. 2013. In : Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2013), Saariselkä, Finland, 9-14 June 2013. Eds. Risto Sievänen, Eero Nikinmaa, Christophe Godin, Anna Lintunen, Pekka Nygren. Vantaa : Finnish Society of Forest Science, 237-239. ISBN 978-951-651-408-9 International Conference on Functional-Structural Plant Models. 7, Saariselkä, Finlande, 9 Juin 2013/14 Juin 2013.

Deciphering mango tree asynchronisms using Markov tree and probabilistic graphical models. Dambreville Anaëlle, Fernique Pierre, Pradal Christophe, Lauri Pierre-Eric, Normand Frédéric, Guédon Yann, Durand Jean-Baptiste. 2013. In : Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2013), Saariselkä, Finland, 9-14 June 2013. Eds. Risto Sievänen, Eero Nikinmaa, Christophe Godin, Anna Lintunen, Pekka Nygren. Vantaa : Finnish Society of Forest Science, 210-212. ISBN 978-951-651-408-9 International Conference on Functional-Structural Plant Models. 7, Saariselkä, Finlande, 9 Juin 2013/14 Juin 2013.

Deciphering structural and temporal interplays during the architectural development of mango trees. Dambreville Anaëlle, Lauri Pierre-Eric, Trottier Catherine, Guédon Yann, Normand Frédéric. 2013. Journal of Experimental Botany, 64 (8) : 2467-2480.

Estimating stop over duration in the presence of trap-effects. Choquet Rémi, Guédon Yann, Besnard Aurélien, Guillermain M., Pradel Roger. 2013. Ecological Modelling, 250 : 111-118.

Estimating the genetic value of F1 apple progenies for irregular bearing during first years of production. Durand Jean-Baptiste, Guitton Baptiste, Peyhardi Jean, Holtz Yan, Guédon Yann, Trottier Catherine, Costes Evelyne. 2013. In : Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2013), Saariselkä, Finland, 9-14 June 2013. Eds. Risto Sievänen, Eero Nikinmaa, Christophe Godin, Anna Lintunen, Pekka Nygren. Vantaa : Finnish Society of Forest Science, Résumé, 13-15. ISBN 978-951-651-408-9 International Conference on Functional-Structural Plant Models. 7, Saariselkä, Finlande, 9 Juin 2013/14 Juin 2013.

Exploring the latent segmentation space for the assessment of multiple change-point models. Guédon Yann. 2013. Computational Statistics, 28 (6) : 2641-2678.

Integrative models for analyzing jointly shoot growth and branching patterns. Peyhardi Jean, Costes Evelyne, Caraglio Yves, Lauri Pierre-Eric, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2013. In : Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2013), Saariselkä, Finland, 9-14 June 2013. Eds. Risto Sievänen, Eero Nikinmaa, Christophe Godin, Anna Lintunen, Pekka Nygren. Vantaa : Finnish Society of Forest Science, 207-209. ISBN 978-951-651-408-9 International Conference on Functional-Structural Plant Models. 7, Saariselkä, Finlande, 9 Juin 2013/14 Juin 2013.

New insights for estimating the genetic value of segregating apple progenies for irregular bearing during the first years of tree production. Durand Jean-Baptiste, Guitton Baptiste, Peyhardi Jean, Holtz Yan, Guédon Yann, Trottier Catherine, Costes Evelyne. 2013. Journal of Experimental Botany, 64 (16) : 5099-5113.

Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis. Guédon Yann, Refahi Yassin, Besnard Fabrice, Farcot Etienne, Godin Christophe, Vernoux Teva. 2013. Journal of Theoretical Biology, 338 : 94-110.

Protocol for foliage modeling and light partitioning in Coffea arabica. Rakocevic Miroslava, Takeshi Matsunaga Fabio, Costes Evelyne, Barbosa Tosti Jonas, Guédon Yann, De Cassia Santin Leticia, Luiz Johann André. 2013. In : Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM2013), Saariselkä, Finland, 9-14 June 2013. Eds. Risto Sievänen, Eero Nikinmaa, Christophe Godin, Anna Lintunen, Pekka Nygren. Vantaa : Finnish Society of Forest Science, 284-286. ISBN 978-951-651-408-9 International Conference on Functional-Structural Plant Models. 7, Saariselkä, Finlande, 9 Juin 2013/14 Juin 2013.

Systematic analysis of branching patterns of three almond cultivars with different tree architectures. Negron Claudia, Contador Loreto, Lampinen Bruce D., Metcalf Samuel G., Dejong Thedore M., Guédon Yann, Costes Evelyne. 2013. Journal of the American Society for Horticultural Science, 138 (6) : 407-415.

Towards identifying the dynamic cellular patterns underlying early Arabidopsis floral development. Legrand Jonathan, Mirabet Vincent, Boudon Frédéric, Guignard Léo, Cellier Coralie, Godin Christophe, Traas Jan, Boudaoud Arezki, Guédon Yann, Das Pradeep. 2013. In : Workshop on Molecular Mechanisms Controlling Flower Development, Presqu'île de Giens, France, 8th-12th June 2013. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Workshop on Molecular Mechanisms Controlling Flower Development, Presqu'île de Giens, France, 8 Juin 2013/12 Juin 2013.

A unifying framework for specifying generalized linear models for categorical data. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2013. In : Proceedings of the 28th International Workshop on Statistical Modelling (IWSM 2013), 08-12 July 2013, Palermo, Italy. Vol. 1. Eds. V. Muggeo, V. Capursi, G. Boscaino, G. Lovison. Amsterdam : Statistical Modelling Society, 331-335. ISBN 978-88-96251-47-8 International Workshop on Statistical Modelling. 28, Palermo, Italie, 8 Août 2013/12 Août 2013.

Deciphering the ontogeny of a sympodial tree. Costes Evelyne, Guédon Yann. 2012. Trees, 26 (3) : 865-879.

GLM multinomial hiérarchique. Peyhardi Jean, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2012. In : 44e Journées de Statistique, Bruxelles, Belgique, 21 au 25 mai 2012. Société Française de Statistique (SFdS). s.l. : s.n., 6 p. Journées de statistiques. 44, Bruxelles, Belgique, 21 Mai 2012/25 Mai 2012.

Incertitude sur la segmentation pour les modèles de détection de ruptures multiples. Guédon Yann. 2012. In : 44e Journées de Statistique, Bruxelles, Belgique, 21 au 25 mai 2012. Société Française de Statistique (SFdS). s.l. : s.n., 6 p. Journées de statistiques. 44, Bruxelles, Belgique, 21 Mai 2012/25 Mai 2012.

Segmentation uncertainty in multiple change-point models. Guédon Yann. 2012. In : Séminaire de probabilitités et statistique, 10 décembre 2012, Montpellier, France. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Séminaire de probabilités et statistique, Montpellier, France, 10 Décembre 2012.

Using concepts of shoot growth and architecture to understand and predict responses of peach trees to pruning. Dejong Thedore M., Negron Claudia, Favreau Romeo, Day K.R., Costes Evelyne, Lopez G., Guédon Yann. 2012. In : Proceedings of the Seventh International peach symposium, Lleida, Spain, June 8-11, 2009. Girona Joan (ed.), Marsal Jordi (ed.). ISHS-Working Group on Peach Culture. Louvain : ISHS [Belgique], 225-232. (Acta Horticulturae, 962) ISBN 978-90-6605-615-2 International peach symposium. 7, Lleida, Espagne, 8 Juin 2009/11 Juin 2009.

Combinaisons markoviennes et semi-markoviennes de modèles linéaire mixtes : Application à l'identification des composantes de la croissance d'arbres forestiers. Guédon Yann, Chaubert-Pereira Florence, Lavergne Christian, Trottier Catherine. 2011. In : Modèles de Markov cachés et extensions en traitement du signal et des images : journées du GdR ISIS, 30-31 mars 2011. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Journées du GdR ISIS, Paris, France, 30 Mars 2011/31 Mars 2011.

Deciphering the developmental plasticity of walnut saplings in relation to climatic factors and light environment. Taugourdeau Olivier, Chaubert-Pereira Florence, Sabatier Sylvie-Annabel, Guédon Yann. 2011. Journal of Experimental Botany, 62 (15) : 5283-5296.

Effects of pruning on the apple tree: from tree architecture to modelling. Fumey Damien, Lauri Pierre-Eric, Guédon Yann, Godin Christophe, Costes Evelyne. 2011. In : Proceedings of the Ninth International Symposium on Integrating canopy, rootstock and environmental physiology in orchard systems, Geneva, New York, USA, August 4-8, 2008. Robinson Terence L. (ed.). ISHS. Louvain : ISHS [Belgique], 597-602. (Acta Horticulturae, 903) ISBN 978-90-6605-297-0 International Symposium on Integrating canopy, rootstock and environmental physiology in orchard systems. 9, Geneva, États-Unis, 4 Août 2008/8 Août 2008.

How young trees cope with removal of whole or parts of shoots: an analysis of local and distant responses to pruning in 1-year-old apple (Malus X domestica; Rosaceae) trees. Fumey Damien, Lauri Pierre-Eric, Guédon Yann, Godin Christophe, Costes Evelyne. 2011. American Journal of Botany, 98 (11) : 1737-1751.

Identifying and characterizing permutation patterns in spiral phyllotaxis. Guédon Yann. 2011. In : Séminaire Agropolis sur la modélisation des plantes = Agropolis Plant Modelling Seminar, 17-18 mars 2011, Montpellier, France. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Séminaire Agropolis sur la modélisation des plantes, Montpellier, France, 17 Mars 2011/18 Mars 2011.

The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex. Vernoux Teva, Brunoud Géraldine, Farcot Etienne, Morin Valérie, Van Den Daele Hilde, Legrand Jonathan, Oliva Marina, Das Pradeep, Larrieu Antoine, Wells Darren, Guédon Yann, Armitage Lynne, Picard Franck, Guyomarc'h Soizic, Cellier Coralie, Parry Geraint, Koumproglou Rachil, Doonan John H., Estelle Mark, Godin Christophe, Kepinski Stefan, Bennett Malcolm J., De Veylder Lieven, Traas Jan. 2011. Molecular Systems Biology (7):508, 15 p.

A combinatorial model of phyllotaxis perturbations in Arabidopsis thaliana. Refahi Yassin, Farcot Etienne, Guédon Yann, Besnard Fabrice, Vernoux Teva, Godin Christophe. 2011. In : Combinatorial pattern matching : 22nd Annual Symposium, CPM 2011, Palermo, Italy, June 27-29, 2011. by Giancarlo, Raffaele and Manzini, Giovanni (Eds.). Heidelberg : Springer, 323-335. (Lecture notes in computer science, vol. 6661) ISBN 978-3-642-21457-8 CPM 2011. 21, Palerme, Italie, 27 Juin 2011/29 Juin 2011.

Analysis of the flowering time in apple and pear and bud break in vine, in relation to global warming in France. Atauri I.G.C., Brisson Nadine, Baculat B., Calléja M., Farrera Isabelle, Legave Jean Michel, Guédon Yann. 2010. In : Proceedings of the Eight International Symposium on Temperate zone fruits in the tropics and subtropics, Florianopolis, Brazil, October 21-25, 2007. Herter Flavio Gilberto (ed.), Leite Gabriel Berenhauser (ed.), Raseira M. do C.B. (ed.). ISHS. Louvain : ISHS [Belgique], 61-68. (Acta Horticulturae, 872) ISBN 978-90-6605-533-9 International Symposium on Temperate Zone Fruits in the Tropics and Subtropics. 8, Florianopolis, Brésil, 21 Octobre 2007/25 Octobre 2007.

Analyzing perturbations in phyllotaxis of Arabidopsis thaliana. Refahi Yassin, Guédon Yann, Besnard Fabrice, Farcot Etienne, Godin Christophe, Vernoux Teva. 2010. In : Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, FSPM 2010, September 12-17, 2010, University of California, Davis (USA). Dejong Thedore M. (ed.), Da Silva David (ed.). University of California-Department of Plant Sciences. Davis : University of California, 185-187. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 6, Davis, États-Unis, 12 Septembre 2010/17 Septembre 2010.

Competition-based model of pruning : applications to apple trees. Cokelaer Thomas, Fumey Damien, Guédon Yann, Costes Evelyne, Godin Christophe. 2010. In : Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, FSPM 2010, September 12-17, 2010, University of California, Davis (USA). Dejong Thedore M. (ed.), Da Silva David (ed.). University of California-Department of Plant Sciences. Davis : University of California, 97-99. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 6, Davis, États-Unis, 12 Septembre 2010/17 Septembre 2010.

Intrinsic determinants of mango tree growth and reproduction : Consequences on functional-structural modeling. Dambreville Anaëlle, Normand Frédéric, Guédon Yann, Lauri Pierre-Eric. 2010. In : Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, FSPM 2010, September 12-17, 2010, University of California, Davis (USA). Dejong Thedore M. (ed.), Da Silva David (ed.). University of California-Department of Plant Sciences. Davis : University of California, 279. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 6, Davis, États-Unis, 12 Septembre 2010/17 Septembre 2010.

Markov and semi-markov switching linear mixed models used to identify forest Tree growth components. Chaubert-Pereira Florence, Guédon Yann, Lavergne Christian, Trottier Catherine. 2010. Biometrics, 66 (3) : 753-762.

Modeling complex perennial plant patterns. Guédon Yann, Caraglio Yves, Costes Evelyne. 2010. In : Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, FSPM 2010, September 12-17, 2010, University of California, Davis (USA). Dejong Thedore M. (ed.), Da Silva David (ed.). University of California-Department of Plant Sciences. Davis : University of California, 215-217. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 6, Davis, États-Unis, 12 Septembre 2010/17 Septembre 2010.

Modeling the structure and dynamics of the auxin signaling network in the shoot apical meristem. Farcot Etienne, Guédon Yann, Brunoud Géraldine, Legrand Jonathan, Van Den Daele Hilde, Picard Franck, De Veylder Lieven, Vernoux Teva. 2010. In : Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, FSPM 2010, September 12-17, 2010, University of California, Davis (USA). Dejong Thedore M. (ed.), Da Silva David (ed.). University of California-Department of Plant Sciences. Davis : University of California, 161-163. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 6, Davis, États-Unis, 12 Septembre 2010/17 Septembre 2010.

Phase change-related variations of dome shape in Eucalyptus urophylla X Eucalyptus grandis shoot apical meristems. Mankessi François, Saya Aubin Rachel, Boudon Frédéric, Guédon Yann, Montes Fabienne, Lartaud Marc, Verdeil Jean-Luc, Monteuuis Olivier. 2010. Trees, 24 (4) : 743-752.

Estimation of lifetime reproductive success when reproductive status cannot always be assessed. Rouan Lauriane, Gaillard Jean-Michel, Guédon Yann, Pradel Roger. 2009. In : Modeling demographic processes in marked populations. Thomson David L. (ed.), Cooch Evan G. (ed.), Conroy Michael J. (ed.). New York : Springer [Etats-Unis], 867-879. (Environmental and ecological statistics series, 3) ISBN 978-0-387-78150-1

Identifying ontogenetic, environmental and individual components of forest tree growth. Chaubert-Pereira Florence, Caraglio Yves, Lavergne Christian, Guédon Yann. 2009. Annals of Botany, 104 (5) : 883-896.

Analyzing the time-course variation of apple and pear tree dates of flowering stages in the global warming context. Guédon Yann, Legave Jean Michel. 2008. Ecological Modelling, 219 (1-2) : 189-199.

Exploring the segmentation space for models multiple change-point models. Guédon Yann. 2008. In : Workshop on Change-Point Detection Methods and Applications, Paris, France, 11-12 September 2008. AgroParisTech. s.l. : s.n., Résumé, 2 p. Workshop Change-Point Detection Methods and Applications, Paris, France, 11 Septembre 2008/12 Septembre 2008.

Exploring the segmentation space for multiple change-point models. Guédon Yann. 2008. In : 24th International Biometric Conference, 13-18 July, 2008, Dublin, Irlande. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Biometric Conference. 24, Dublin, Irlande, 13 Juillet 2008/18 Juillet 2008.

Integrating biomechanical and markov chain models into an L-system simulation of architectural development of apple trees. Smith Colin, Godin Christophe, Guédon Yann, Prusinkiewicz Przemyslaw, Costes Evelyne. 2008. In : Proceedings of the Eighth International symposium on modelling in fruit research and orchard management, Einsiedeln/Wädenswil, Switzerland, July 1-5, 2007. Samietz Jörg (ed.). Louvain : ISHS [Belgique], 193-200. (Acta Horticulturae, 803) ISBN 978-90-6605-681-7 International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 8, Einsiedeln, Suisse, 1 Juillet 2007/5 Juillet 2007.

MAppleT : simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models. Costes Evelyne, Smith Colin, Renton Michael, Guédon Yann, Prusinkiewicz Przemyslaw, Godin Christophe. 2008. Functional Plant Biology, 35 (10) : 936-950. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 5, Napier, Nouvelle-Zélande, 4 Novembre 2007/9 Novembre 2007.

Semi-Markov switching linear mixed model for analyzing forest tree development. Chaubert-Pereira Florence, Guédon Yann, Lavergne Christian, Trottier Catherine. 2008. In : 24th International Biometric Conference, 13-18 July, 2008, Dublin, Irlande. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. International Biometric Conference. 24, Dublin, Irlande, 13 Juillet 2008/18 Juillet 2008.

An auxin transport-based model of root branching in Arabidopsis thaliana. Lucas Mikaël, Guédon Yann, Jay Allemand Christian, Godin Christophe, Laplaze Laurent. 2008. PloS One, 3 (11):e3673, 13 p.

Analyzing growth components in trees. Guédon Yann, Caraglio Yves, Heuret Patrick, Lebarbier Emilie, Meredieu Céline. 2007. Journal of Theoretical Biology, 248 : 418-447.

Exploring the state sequence space for hidden Markov and semi-Markov chains. Guédon Yann. 2007. Computational Statistics and Data Analysis, 51 : 2379-2409.

Identifying and characterizing the ontogenetic component in tree development. Guédon Yann, Caraglio Yves, Heuret Patrick, Lebarbier Emilie, Meredieu Céline. 2007. In : Proceedings : Abstracts of papers and posters of the 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, November 4-9, 2007, Napier, New Zealand. Eds by Prusinkiewicz P., Hanan J., Lane B. Napier : HortResearch, 38-42. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 5, Napier, Nouvelle-Zélande, 4 Novembre 2007/9 Novembre 2007.

Linking carbon economy and architectural development of peach trees by integrating markovian models into L-PEACH. Costes Evelyne, Smith Colin, Favreau Romeo, Guédon Yann, Dejong Thedore M.. 2007. In : Proceedings : Abstracts of papers and posters of the 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, November 4-9, 2007, Napier, New Zealand. Eds by Prusinkiewicz P., Hanan J., Lane B. Napier : HortResearch, 39-41. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 5, Napier, Nouvelle-Zélande, 4 Novembre 2007/9 Novembre 2007.

Localizing the latent structure canonical uncertainty: Entropy profiles for hidden Markov models. Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann. 2007. Le Chesnay : INRIA, 40 p. (Rapport de recherche : INRIA. Thème BIO, 7896)

OpenAlea: An open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components. Dufour-Kowalski Samuel, Pradal Christophe, Dones Nicolas, Barbier de Reuille Pierre, Boudon Frédéric, Chopard Jérôme, DaSilva D., Durand Jean-Baptiste, Ferraro Pascal, Fournier Christian, Guédon Yann, Ouangraoua A., Smith C., Stoma Szymon, Théveny Frédéric, Sinoquet Hervé, Godin C.. 2007. In : Proceedings : Abstracts of papers and posters of the 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, November 4-9, 2007, Napier, New Zealand. Eds by Prusinkiewicz P., Hanan J., Lane B. Napier : HortResearch, 36-1. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 5, Napier, Nouvelle-Zélande, 4 Novembre 2007/9 Novembre 2007.

Predicting the vertical location of branches along Atlas cedar stem (Cedrus atlantica Manetti) in relation to annual shoot length. Courbet François, Sabatier Sylvie-Annabel, Guédon Yann. 2007. Annals of Forest Science, 64 (7) : 707-718.

Quantitative analysis of the phenotypic variability of shoot architecture in two grapevine (Vitis vinifera) cultivars. Louarn Gaëtan, Guédon Yann, Lecoeur Jérémie, Lebon Eric. 2007. Annals of Botany, 99 : 425-437.

Simulation of apple tree development using mixed statistical and Biomechanical models. Smith Colin, Godin Christophe, Guédon Yann, Prusinkiewicz Przemyslaw, Costes Evelyne. 2007. In : Proceedings : Abstracts of papers and posters of the 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, November 4-9, 2007, Napier, New Zealand. Eds by Prusinkiewicz P., Hanan J., Lane B. Napier : HortResearch, 31-34. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 5, Napier, Nouvelle-Zélande, 4 Novembre 2007/9 Novembre 2007.

The seed plant Moresnetia : morphology and anatomy of the stem and fertile frond. Prestianni Cyrille, Caraglio Yves, Guédon Yann, Meyer-Berthaud Brigitte, Gerrienne Philippe. 2007. In : Botany and Plant biology 2007 Joint Congress, July 7-11, 2007, Chicago, United States. AFS, ASPB, ASPT, BSA. Columbus : Botanical Society of America, Résumé Botany and Plant Biology 2007 Joint Congress, Chicago, États-Unis, 7 Juillet 2007/11 Juillet 2007.

A statistical model for analyzing jointly growth phases, the influence of environmental factors and inter-individual heterogeneity : Applications to forest trees. Chaubert Florence, Caraglio Yves, Lavergne Christian, Trottier Catherine, Guédon Yann. 2007. In : Proceedings : Abstracts of papers and posters of the 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, November 4-9, 2007, Napier, New Zealand. Eds by Prusinkiewicz P., Hanan J., Lane B. Napier : HortResearch, 43-45. International Workshop on Functional-Structural Plant Models. 5, Napier, Nouvelle-Zélande, 4 Novembre 2007/9 Novembre 2007.

Analysing grouping of nucleotides in DNA sequences using lumped processes constructed from markov chains. Guédon Yann, D'Aubenton-Carafa Yves, Thermes Claude. 2006. Journal of Mathematical Biology, 52 (3) : 343-372.

Co-ordinated growth between aerial and root systems in young apple plants issued from In vitro culture. Costes Evelyne, Garcia-Villanueva E., Jourdan Christophe, Regnard Jean-Luc, Guédon Yann. 2006. Annals of Botany, 97 (1) : 85-96.

Integrating markov chain models and L-systems to simulate the architectural development of apple trees. Renton Michael, Costes Evelyne, Guédon Yann, Godin Christophe. 2006. In : Proceedings of the Seventh International Symposium on Modelling in fruit research and orchard management, Copenhagen, Denmark, June 20-24, 2004. Braun P. (ed.). ISHS. Louvain : ISHS [Belgique], 63-70. (Acta Horticulturae, 707) ISBN 90-6605-460-3 International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 7, Copenhague, Danemark, 20 Juin 2004/24 Juin 2004.

Relative extents of preformation and neoformation in tree shoots : Analysis by a deconvolution method. Guédon Yann, Puntieri Javier G., Sabatier Sylvie-Annabel, Barthélémy Daniel. 2006. Annals of Botany, 98 (4) : 835-844.

Similarities and gradients in growth unit branching patterns during ontogeny in Fuji apple trees : a stochastic approach. Renton Michael, Guédon Yann, Godin Christophe, Costes Evelyne. 2006. Journal of Experimental Botany, 57 (12) : 3131-3143.

Analysis of the plant architecture via tree-structured statistical models : The hidden markov tree models. Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann, Caraglio Yves, Costes Evelyne. 2005. New Phytologist, 166 (3) : 813-825.

Hidden hybrid markov/semi-markov chains. Guédon Yann. 2005. Computational Statistics and Data Analysis, 49 (3) : 663-688.

Méthodes et modèles statistiques pour l'analyse de la croissance et de la structure des plantes. Guédon Yann. 2005. Montpellier : UM2, 174 p. Habilitation à diriger des recherches : Biostatistique : Université Montpellier 2

Analysis of longitudinal data applied to plant architecture study. Véra Carine, Guédon Yann, Lavergne Christian, Caraglio Yves. 2004. In : Proceedings of the 4th International workshop on functional-structural plant models (FSPM), abstracts of papers and posters, 7-11 June 2004, Montpellier, France. Godin Christophe (ed.), Hanan Jim (ed.), Kurth Winfried (ed.), Lacointe André (ed.), Takenaka Akio (ed.), Prusinkiewicz Przemyslaw (ed.), Dejong Thedore M. (ed.), Beveridge Christine (ed.). CIRAD-AMIS-UMR AMAP. Montpellier : CIRAD-AMAP, 65-69. International Workshop on Functional-Structural Plant Models (FSPM). 4, Montpellier, France, 7 Juin 2004/11 Juin 2004.

Analysis of the plant architecture via tree-structured statistical models : The hidden Markov trees. Durand Jean-Baptiste, Guédon Yann, Caraglio Yves, Costes Evelyne. 2004. In : Proceedings of the 4th International workshop on functional-structural plant models (FSPM), abstracts of papers and posters, 7-11 June 2004, Montpellier, France. Godin Christophe (ed.), Hanan Jim (ed.), Kurth Winfried (ed.), Lacointe André (ed.), Takenaka Akio (ed.), Prusinkiewicz Przemyslaw (ed.), Dejong Thedore M. (ed.), Beveridge Christine (ed.). CIRAD-AMIS-UMR AMAP. Montpellier : CIRAD-AMAP, 61-64. International Workshop on Functional-Structural Plant Models (FSPM). 4, Montpellier, France, 7 Juin 2004/11 Juin 2004.

Computational methods for hidden markov tree models : An application to wavelet trees. Durand Jean-Baptiste, Goncalves Paulo, Guédon Yann. 2004. IEEE Transactions on Signal Processing, 52 (9) : 2551-2560.

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Simulating the architectural development of apple trees. Renton Michael, Costes Evelyne, Guédon Yann, Godin Christophe. 2004. In : Proceedings of the 4th International workshop on functional-structural plant models (FSPM), abstracts of papers and posters, 7-11 June 2004, Montpellier, France. Godin Christophe (ed.), Hanan Jim (ed.), Kurth Winfried (ed.), Lacointe André (ed.), Takenaka Akio (ed.), Prusinkiewicz Przemyslaw (ed.), Dejong Thedore M. (ed.), Beveridge Christine (ed.). CIRAD-AMIS-UMR AMAP. Montpellier : CIRAD-AMAP, 266. International Workshop on Functional-Structural Plant Models (FSPM). 4, Montpellier, France, 7 Juin 2004/11 Juin 2004.

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Pattern analysis in branching and axillary flowering sequences. Guédon Yann, Barthélémy Daniel, Caraglio Yves, Costes Evelyne. 2001. Journal of Theoretical Biology, 212 : 481-520.

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Computational methods for discrete hidden semi-markov chains. Guédon Yann. 1999. Applied Stochastic Models in Business and Industry, 15 (3) : 195-224.

Exploration d'une base de données architecturales à l'aide du logiciel AMAPmod : application à une famille d'hybrides de pommiers. Godin Christophe, Guédon Yann, Costes Evelyne. 1999. Agronomie, 19 : 163-184.

A statistical approach for analyzing sequences in fruit tree architecture. Guédon Yann, Costes Evelyne. 1999. In : Proceedings of the fifth international symposium on computer modelling in fruit research and orchard management = [Actes du 5ème symposium international sur la modélisation informatique appliquée à la recherche fruitière et à la gestion des vergers]. Wagen. Wageningen : ISHS, 281-288. (Acta Horticulturae, 499) International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard Management. 5, Wageningen, Pays-Bas, 28 Juillet 1998/31 Juillet 1998.

ATP "Aplication de la modélisation architecturale à la sélection des plantes pérennes". Rapport de mission 16-28 Novembre 1998. UR2PI, Point-Noire, Congo. Godin Christophe, Guédon Yann. 1998. Montpellier : CIRAD-AMIS-AMAP, 56 p.

Analyse de la floraison le long de rameaux fructifères chez les Prunus. Fournier D., Costes Evelyne, Guédon Yann. 1998. In : Architecture et modélisation en arboriculture fruitière. INRA, CTIFL, CIRAD, ENSAM. Montpellier : INRA, 85-89. Colloque sur les recherches fruitières. 11, Montpellier, France, 5 Mars 1998/6 Mars 1998.

Analyse de la répartition des rameaux axillaires chez de jeunes scions de pommiers. Costes Evelyne, Guédon Yann. 1998. In : Architecture et modélisation en arboriculture fruitière. INRA, CTIFL, CIRAD, ENSAM. Montpellier : INRA, 66-74. Colloque sur les recherches fruitières. 11, Montpellier, France, 5 Mars 1998/6 Mars 1998.

Analyse de séquences discrètes par des semi-chaînes de Markov cachées. Guédon Yann. 1998. In : Actes des XXXèmes journées de statistique. Volume II : communications libres = [Proceedings of the 30th statistics days. Volume II : free communications]. Ecole Nationale de la Statistique et de l'Analyse de l'Information. s.l. : s.n., 282-284. Journées de statistique. 30, Bruz, France, Mai 1998.

Analyse du suivi de croissance d'un cultivar de caféier (Coffea canephora Pierre) en Côte d'Ivoire. Cilas Christian, Guédon Yann, Montagnon Christophe, De Reffye Philippe. 1998. In : Architecture et modélisation en arboriculture fruitière. INRA, CTIFL, CIRAD, ENSAM. Montpellier : INRA, 46-55. Colloque sur les recherches fruitières. 11, Montpellier, France, 5 Mars 1998/6 Mars 1998.

Analyse et modélisation de la répartition des rameaux axillaires et des floraisons chez les arbres fruitiers. Costes Evelyne, Guédon Yann. 1998. In : Architecture et modélisation en arboriculture fruitière. INRA, CTIFL, CIRAD, ENSAM. Montpellier : INRA, 56-65. Colloque sur les recherches fruitières. 11, Montpellier, France, 5 Mars 1998/6 Mars 1998.

Analyzing nonstationary discrete sequences using hidden semi-Markov chains. Guédon Yann. 1998. Montpellier : CIRAD-AMIS, 54 p. (Documents de travail du programme modélisation des plantes, n. 5)

Exploration et analyse de l'architecture des arbres fruitiers. Godin Christophe, Guédon Yann, Costes Evelyne. 1998. In : Architecture et modélisation en arboriculture fruitière. INRA, CTIFL, CIRAD, ENSAM. Montpellier : INRA, 33-45. Colloque sur les recherches fruitières. 11, Montpellier, France, 5 Mars 1998/6 Mars 1998.

Hidden semi-Markov chains : a new tool for analyzing nonstationary discrete sequences. Guédon Yann. 1998. In : Proceedings of the 2nd international symposium on semi-markov models : theory and applications = [Actes du 2ème symposium international sur les semi-modèles de Markov : théorie et applications]. Janssen J. (ed.), Limnios N. (ed.). Compiègne : UTC, 1-7. International symposium on semi markov models: theory and applications. 2, Compiègne, France, 9 Décembre 1998/11 Décembre 1998.

Structure de scions d'un an de noyer commun, Juglans regia, variété Lara greffés sur trois porte-greffe (Juglans nigra, J. regia, J. nigra x J. regia). Sabatier Sylvie-Annabel, Ducousso I., Guédon Yann, Barthélémy Daniel, Germain E.. 1998. In : Architecture et modélisation en arboriculture fruitière. INRA, CTIFL, CIRAD, ENSAM. Montpellier : INRA, 75-84. Colloque sur les recherches fruitières. 11, Montpellier, France, 5 Mars 1998/6 Mars 1998.

L'algorithme EM : principe et application aux données de comptage. Guédon Yann. 1997. In : Données comptage. Bar-Hen Avner (ed.). CIRAD-GERDAT-DIRECTION SCIENTIFIQUE. Montpellier : CIRAD, 215-234. (Documents de travail de la délégation biométrie et mathématiques appliquées, 3-97) Séminaire biométrie, Montpellier, France, 8 Septembre 1997/10 Septembre 1997.

Measuring and analysing plants with the AMAPmod software. Godin Christophe, Guédon Yann, Costes Evelyne, Caraglio Yves. 1997. In : Plants to ecosystems: advances in computational life sciences = [Des plantes aux écosystèmes : avancées dans l'informatisation des sciences de la vie]. CSIRO. s.l. : CSIRO, 53-84.

Modelling the Sylleptic branching on one-year-old trunks of apple cultivars. Costes Evelyne, Guédon Yann. 1997. Journal of the American Society for Horticultural Science, 122 (1) : 53-62.

Modélisation de la croissance d'un axe végétatif. Guédon Yann, Costes Evelyne. 1997. In : Modélisation et simulation de l'architecture des végétaux. Bouchon Jean (ed.), De Reffye Philippe (ed.), Barthélémy Daniel (ed.). INRA, CIRAD-GERDAT-AMAP. Paris : INRA, 173-185. (Science update) ISBN 2-7380-0706-6 Colloque sur l'architecture des arbres fruitiers et forestiers, Montpellier, France, 23 Novembre 1993/25 Novembre 1993.

Modélisation de séquence d'évènements décrivant la mise en place d'éléments botaniques. Guédon Yann. 1997. In : Modélisation et simulation de l'architecture des végétaux. Bouchon Jean (ed.), De Reffye Philippe (ed.), Barthélémy Daniel (ed.). INRA, CIRAD-GERDAT-AMAP. Paris : INRA, 187-202. (Science update) ISBN 2-7380-0706-6 Colloque sur l'architecture des arbres fruitiers et forestiers, Montpellier, France, 23 Novembre 1993/25 Novembre 1993.

Vers une représentation formelle des plantes. Rey Hervé, Godin Christophe, Guédon Yann. 1997. In : Modélisation et simulation de l'architecture des végétaux. Bouchon Jean (ed.), De Reffye Philippe (ed.), Barthélémy Daniel (ed.). INRA, CIRAD-GERDAT-AMAP. Paris : INRA, 139-171. (Science update) ISBN 2-7380-0706-6 Colloque sur l'architecture des arbres fruitiers et forestiers, Montpellier, France, 23 Novembre 1993/25 Novembre 1993.

Analyse de données par des processus stochastiques à temps discret et à espace d'états discret dans le logiciel AMAPMOD. Guédon Yann. 1996. In : Recueil des résumés des communications des XXVIIIe journées de statistique. Université Laval. Québec : Université Laval, 393-397. Journées de Statistiques. 28, Québec, Canada, 27 Mai 1996/30 Mai 1996.

Conception d'une méthodologie d'analyse des plantes à échelle macroscopique. Godin Christophe, Guédon Yann. 1996. In : Tendances nouvelles en modélisation pour l'environnement : actes des Journées du programme environnement, vie et sociétés, Paris, 15-17 janvier 1996. CNRS. Paris : CNRS, 17-22. Journées du programme environnement, vie et sociétés, Paris, France, 15 Janvier 1996/17 Janvier 1996.

Modelling the annual shoot structure of the apricot tree (CV Lambertin) in terms of axillary flowering and vegetative growth. Costes Evelyne, Guédon Yann. 1996. In : IV International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Avignon, France. ISHS ; ed. by R. Habib, PH. Blaise. Wageningen : ISHS, 21-29. (Acta Horticulturae, 0567-7572, 416) ISBN 978-90-66057-78-4

Architectural analysis and modelling of the branching process of the young oil-palm root system. Jourdan Christophe, Rey Hervé, Guédon Yann. 1995. Plant and Soil, 177 : 63-72.

Modelling of the branching process of the root system of young oil palm seedlings. A markovian approach. Jourdan Christophe, Rey Hervé, Guédon Yann. 1995. In : Structure and function of roots. Baluska F. (ed.), Ciamporova M. (ed.), Gasparikova O. (ed.), Barlow P.W. (ed.). Dordrecht : Kluwer Academic Publishers, 113-119. (Developments in Plant and Soil Sciences, vol. 58) ISBN 0-7923-2832-9 International Symposium on Structure and Function of Roots. 4, Stara Lesna, Slovaquie, 20 Juin 1993/26 Juin 1993.

Modélisation de la structure résultant de la succession d'entités botaniques dans les plantes. Guédon Yann. 1995. In : L'arbre : résumés = The tree : Abstracts. CNRS. Talence : CNRS, Résumé, 20. Colloque international sur l'arbre. 3, Montpellier, France, 11 Septembre 1995/16 Septembre 1995.

La plastochrone apparent : estimation de sa distribution et évolution au cours de la croissance. Guédon Yann, Costes Evelyne. 1993. In : Le rythme de croissance, base de l'organisation temporelle de l'arbre. GEA. Montpellier : GEA, 137-142. Le rythme de croissance, base de l'organisation temporelle de l'arbre, Angers, France, 25 Mars 1993/26 Mars 1993.

Modelling growth of peach trees using the renewal theory. Costes Evelyne, Lauri Pierre-Eric, Guédon Yann, De Reffye Philippe. 1993. In : V International Symposium on Orchard and Plantation Systems, Tel Aviv, Israel. ISHS ; ed. by A. Erez, J.E. Jackson. Wageningen : ISHS, 253-258. (Acta Horticulturae, 0567-7572, 313) ISBN 978-90-66050-16-7

Modelling of apricot flowers and fruits distribution in relation to shoot organization and tree architecture. Costes Evelyne, Guédon Yann, Jay M., Audubert A., Lichou J.. 1993. In : International symposium of apricot culture = [Symposium international sur la culture d'abricotiers]. Ege University. Izmir : Ege University, 291-295. International Symposium on Apricot Culture. 10, Izmir, Turquie, 20 Septembre 1993/24 Septembre 1993.

Modélisation et simulation de l'architecture et de la croissance des plantes. De Reffye Philippe, Blaise Frédéric, Guédon Yann. 1993. Revue du Palais de la Découverte. Numéro Spécial, 21 (209) : 22-48.

Stochastic modelling of plant growth : application to the renewal theory. Costes Evelyne, Guédon Yann, Lichou J., De Reffye Philippe. 1993. In : Rythmes biologiques : de la cellule à l'homme. Beau J. (ed.), Vibert J.F. (ed.). Paris : Polytechnica, 41-46. Congrès GERB 92, Paris, France, 25 Mai 1992/26 Mai 1992.

Stochastic modelling of apricot growth units and branching. Costes Evelyne, De Reffye Philippe, Lichou J., Guédon Yann, Audubert A., Jay M.. 1992. In : III International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Palmerston North, New Zealand. ISHS ; ed. by J.G. Buwalda, T.A. Atkins. Wageningen : ISHS, 89-98. (Acta Horticulturae, 0567-7572, 313) ISBN 978-90-66052-15-4 International Symposium on Modelling in Fruit Research. 3, Palmerston North, Nouvelle-Zélande, Février 1992.

Modélisation de l'architecture et du mode de floraison des bouts pendants de la vanille (Vanilla planifolia) à l'Ile de la Réunion, décembre 1991. Barthélémy Daniel, Blaise Frédéric, Guédon Yann, De Reffye Philippe. 1991. s.l. : CIRAD, 19 p.