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Nouvelle structuration autour des données, codes, logiciels, algorithmes scientifiques au Cirad. Biard Yannick, Auzoux Sandrine, Bazan Samantha, Dufayard Jean François. 2024. . Montpellier : Cirad, 1 p. Love Data Week 2024, 26 Février 2024/1 Mars 2024.

Target enrichment sequencing coupled with GWAS identifies MdPRX10 as a candidate gene in the control of budbreak in apple. Watson Amy E., Guitton Baptiste, Soriano Alexandre, Rivallan Ronan, Vignes Hélène, Farrera Isabelle, Huettel Bruno, Arnaiz Catalina, da Silveira Falavigna Vítor, Coupel-Ledru Aude, Segura Vincent, Sarah Gautier, Dufayard Jean François, Sidibe-Bocs Stéphanie, Costes Evelyne, Andres Fernando. 2024. Frontiers in Plant Science, 15:1352757, 19 p.

Genomicus in 2022: Comparative tools for thousands of genomes and reconstructed ancestors. Nguyen Nga Thi Thuy, Vincens Pierre, Dufayard Jean François, Roest Crollius Hugues, Louis Alexandra. 2022. Nucleic Acids Research, 50 (1) : 1025-1031.

Badnaviruses and banana genomes: A long association sheds light on Musa phylogeny and origin. Chabannes Matthieu, Gabriel Marc, Aksa Abderrahmane, Galzi Serge, Dufayard Jean François, Iskra Caruana Marie-Line, Muller Emmanuelle. 2021. Molecular Plant Pathology, 22 (2) : 216-230.

GreenPhylDB v5: A comparative pangenomic database for plant genomes. Guignon Valentin, Toure Abdel, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Conte Matthieu, Rouard Mathieu. 2021. Nucleic Acids Research, 49 (D1) : D1464-D1471.

RapGreen, an interactive software and web package to explore and analyze phylogenetic trees. Dufayard Jean François, Bocs Stéphanie, Guignon Valentin, Larivière Delphine, Louis Alexandra, Oubda Nicolas, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, De Lamotte Frédéric. 2021. NAR Genomics and Bioinformatics, 3 (3):lqab088, 6 p.

Post-transcriptional regulation of several biological processes involved in latex production in Hevea brasiliensis. Leclercq Julie, Wu Shuangyang, Farinas Benoît, Pointet Stéphanie, Favreau Bénédicte, Vignes Hélène, Kuswanhadi Kuswanhadi, Ortega-Abboud Enrique, Dufayard Jean François, Gao Shenghan, Droc Gaëtan, Hu Songnian, Tang Chaorong, Montoro Pascal. 2020. PeerJ, 8, e8932, 27 p.

The South Green Genome Hubs. Droc Gaëtan, Argout Xavier, Bocs Stéphanie, Comte Aurore, Dereeper Alexis, Dufayard Jean François, Garsmeur Olivier, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Lopez David, Oubda Nicolas, Martin Guillaume, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Summo Marilyne, Thomas Coline, Tranchant-Dubreuil Christine, Rouard Mathieu. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020), Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

South Green bioinformatic resources for tropical and Mediterranean crops. Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Breton Catherine, Comte Aurore, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Lopez David, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2020. . SFBI, IFB, GDR-BIM. Montpellier : SFBI, 1 p. Journées ouvertes de biologie, informatique et mathématique (JOBIM 2020). 20, Montpellier, France, 30 Juin 2020/3 Juillet 2020.

Transcriptional regulation of sorghum stem composition: Key players identified through co-expression gene network and comparative genomics analyses. Hennet Lauriane, Berger Angélique, Trabanco Noemi, Ricciuti Emeline, Dufayard Jean François, Bocs Stéphanie, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Roques Sandrine, Rossini Laura, Luquet Delphine, Terrier Nancy, Pot David. 2020. Frontiers in Plant Science, 11:224, 29 p.

Comprehensive classification of the plant non-specific lipid transfer protein superfamily towards its sequence–structure–function analysis. Fleury Cécile, Gracy Jérôme, Gautier Marie-Françoise, Pons Jean-Luc, Dufayard Jean François, Labesse Gilles, Ruiz Manuel, De Lamotte Frédéric. 2019. PeerJ, 7:e7504, 34 p.

Secondary cell wall molecular determinism in sorghum is not a simple copy paste of arabidopsis story. Hennet Lauriane, Berger Angélique, Trabanco Noemi, Ricciuti Emeline, Dufayard Jean François, Sidibé-Bocs Stéphanie, Rossini Laura, Luquet Delphine, Terrier Nancy, Pot David. 2019. . CAP Partner. Cambridge : CAP Partner, 1 p. International Plant Cell Wall Meeting. 15, Cambridge, Royaume-Uni, 7 Juillet 2019/12 Juillet 2019.

Understanding sorghum cell wall deposition using comparative genomics and gene coexpression network. Hennet Lauriane, Richaud Frédérique, Rios Maelle, Calatayud Caroline, Berger Angélique, Godwin Ian, Dufayard Jean François, Pot David, Luquet Delphine, Terrier Nancy. 2019. . RFP. Roscoff : RFP, Résumé, 1 p. Journées du Réseau français des parois (JRFP 2019). 12, Roscoff, France, 14 Mai 2019/16 Mai 2019.

South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud. Ravel Sébastien, Bocs Stéphanie, Brousseau Louise, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, 418-420. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 Juillet 2018/6 Juillet 2018.

From the territories to the genes: Developing sustainable multi-purpose sorghum value chains. Pot David, Rossini Laura, Luquet Delphine, Le Moigne Nicolas, Gazull Laurent, Trouche Gilles, Vilmus Ingrid, Roques Sandrine, Berger Angélique, Ricciuti Emeline, Desaint Henri, Clément Anne, Soutiras Armelle, Jaffuel Sylvie, Verdeil Jean-Luc, Vaksmann Michel, Rami Jean-François, Gatineau Frédéric, Dufayard Jean François, De Bellis Fabien, Trabanco Noemi, Soccalingame Lata, Corn Stephane, Carrere Hélène, Thomas Hélène Laurence, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Jeanson P., Devaud Quentin, Alcouffe Joël, Fabre Françoise, Navard Patrick, Vo Loan T.T., Chupin Lucie, Thera Korothimi, Témé Niaba, Kouressy Mamoutou, Sartre Pascal, Courty Pierre-Emmanuel, Reymond Matthieu, Höfte Herman. 2017. . Dakar : s.n., 2 p. Conférence Intensification Durable 2017 : Biodiversité et ingénierie écologique pour une intensification durable de l'agriculture, Dakar, Sénégal, 24 Avril 2017/26 Avril 2017.

New insights on leucine-rich repeats receptor-like kinase orthologous relationships in angiosperms. Dufayard Jean François, Bettembourg Mathilde, Fischer Iris, Droc Gaëtan, Guiderdoni Emmanuel, Périn Christophe, Chantret Nathalie, Diévart Anne. 2017. Frontiers in Plant Science, 8:381, 18 p.

The South Green Bioinformatics platform, a comprehensive resource for crop genomics. Ruiz Manuel, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Sarah Gautier, Tranchant-Dubreuil Christine, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, De Lamotte Frédéric, Larmande Pierre, Sabot François, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Pitollat Bertrand, This Dominique, Bocs Stéphanie, Hueber Yann, El Hassouni Nordine, Martin Guillaume, Gkanogiannis Anestis, Ravel Sébastien, Monat Cécile, Tando Ndomassi, Rouard Mathieu. 2017. In : Proceedings X-Meeting 2017. s.l. : s.n., 1 p. International Conference of the AB3. 13, São Pedro, Brésil, 4 Octobre 2017/6 Octobre 2017.

South Green bioinformatics platform : Plateforme collaborative de bioinformatique verte héraultaise. Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ravel Sébastien, Rouard Mathieu, This Patrice, Tranchant-Dubreuil Christine. 2017. . Montpellier : CIRAD, 1 poster Amphithéâtre "Patrimoine Numérique Scientifique", Montpellier, France, 20 Février 2017/20 Février 2017.

Comparative genomics of gene families in relation with metabolic pathway for gene candidates highlighting. This Dominique (ed.), Dufayard Jean François (ed.), Bocs Stéphanie (ed.), Larivière Delphine, Couvin David. 2016. , Résumé, 1 p. Séminaire du Groupe de Travail en Génomique Comparative. 9, Lyon, France, 1 Juillet 2016/1 Juillet 2016.

Evolutionary dynamics of the Leucine-Rich Repeats Receptor-Like Kinase (LRR-RLK) subfamily in angiosperms. Fischer Iris, Diévart Anne, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Chantret Nathalie. 2016. Plant Physiology, 170 (3) : 1595-1610.

The South Green portal: A comprehensive resource for tropical and Mediterranean crop genomics. Guignon Valentin, Hueber Yann, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie, Couvin David, De Lamotte Frédéric, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Gkanogiannis Anestis, Hamelin Chantal, Larivière Delphine, Martin Guillaume, Ortega Enrique, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, Ruiz Manuel, Gautier Sarah, Summo Marilyne, This Dominique, Ravel Sébastien, Larmande Pierre, Monat Cécile, Sabot François, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine, Sempere Guilhem, Dereeper Alexis. 2016. Current Plant Biology, 7-8 : 6-9.

The first step of ABA perception and signal transduction in coffee: evolutionary and expression of PYR/PYL/RCARs, PP2Cs and SNRK2s genes in C. canephora under drought. Cotta Michelle G., Rego Erica C.S., Bocs Stéphanie, Costa Tatiana S., Dufayard Jean François, This Dominique, Marraccini Pierre, Andrade Alan A.. 2016. In : The 26th International Conference on Coffee Science (ASIC): Kunming 2016. ASIC. Kunming : ASIC, Résumé, 187. International Conference on Coffee Science. 26, Kunming, Chine, 13 Novembre 2016/19 Novembre 2016.

Application du système GenFam à la réponse au stress des plantes : intégration de l'identification d'éléments cis spécifiques. Lorenzo Jonathan, Larivière Delphine, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, This Dominique, Bocs Stéphanie. 2015. In : Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques. Leroy Philippe (ed.), Peyret Pierre (ed.). Université d'Auvergne. Clermont-Ferrand : Université d’Auvergne-INRA, Résumé, 95. ISBN 2-7380-1377-5 JOBIM 2015. 16, Clermont-Ferrand, France, 6 Juillet 2015/9 Juillet 2015.

Combining genetic analysis and breeding for multipurpose sorghum: From the development of a “biomass phenotyping tool kit” to the development of dedicated breeding tools and schemes. Pot David, Trouche Gilles, Le Moigne Nicolas, Carrere Hélène, Luquet Delphine, Soccalingame Lata, Vilmus Ingrid, Roques Sandrine, Berger Angélique, Clement Anne, Soutiras Armelle, Jaffuel Sylvie, Verdeil Jean-Luc, Gatineau Frédéric, Bastianelli Denis, Bonnal Laurent, Vaksmann Michel, Rami Jean-François, Jeanson Patrice, Clamens Serge, Ventelon Debout Marjolaine, Alcouffe Joël, Chapus Marion, Fabre Françoise, Navard Patrick, Vo Loan T.T., Chupin Lucie, Thera Korothimi, Témé Niaba, Dufayard Jean François, Barrière Yves, Höfte Herman. 2015. In : Genomics and Phenomics for Model-based Maize and Sorghum Breeding. Montpellier : EUCARPIA, 2 p. EUCARPIA Maize and Sorghum Conference. 23, Montpellier, France, 10 Juin 2015/11 Juin 2015.

Genfam: integrative system for gene family analysis, including a method of evolutionary event identification and evidences for an involvement in environmental stress response. Larivière Delphine, Lorenzo Jonathan, Sidibé-Bocs Stéphanie, Dufayard Jean François, This Dominique. 2015. In : Recent progress in drought tolerance: from genetics to modelling conference handbook. Tardieu F. (ed.), Draye X. (ed.), Charcosset A. (ed.), Hammer G. (ed.), Usadel B. (ed.), Tuberosa R. (ed.), Welker C. (ed.), Boerner A. (ed.), Simic D.(ed.), Boller B. (ed.). Eucarpia, INRA. Montpellier : INRA-Transfert, 146. EUCARPIA Conference "Recent progress in drought tolerance: from genetics to modelling", Montpellier, France, 8 Juin 2015/9 Juin 2015.

In Silico analysis of usher encoding genes in Klebsiella pneumoniae and characterization of their role in adhesion and colonization. Khater Fida, Balestrino Damien, Charbonnel Nicolas, Dufayard Jean-François, Brisse Sylvain, Forestier Christianne. 2015. PloS One, 10 (3):e0116215, 24 p.

Managing banana genetic resources and genomic information with the Triplet Drupal/Tripal/Chado [P0944]. Guignon Valentin, Ruas Max, Droc Gaëtan, Dereeper Alexis, Sardos Julie, Hueber Yann, Dufayard Jean-François, Roux Nicolas, Rouard Mathieu. 2015. In : Plant and Animal Genomes Conference XXIII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 10-14, 2015. s.l. : s.n. Plant and Animal Genome Conference. 23, San Diego, États-Unis, 10 Janvier 2015/14 Janvier 2015.

Molecular mechanisms in the first step of ABA-mediated response to drought in Coffea canephora clones. Cotta Michelle G., Marraccini Pierre, This Dominique, Leroy Thierry, Bocs Stéphanie, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Dereeper Alexis, Lashermes Philippe, Andrade Alan Carvalho. 2015. In : Proceedings of the 25th International Conference on Coffee Science. ASIC. Paris : ASIC, 42-50. ISBN 978-2-900212-24-0 International Conference on Coffee Science. 25, Armenia, Colombie, 8 Septembre 2014/13 Septembre 2014.

Pedigree-based linkage map in two genetic groups of oil palm. Cochard Benoît, Carasco-Lacombe Catherine, Pomies Virginie, Dufayard Jean François, Suryana Edyana, Omoré Alphonse, Durand-Gasselin Tristan, Tisne Sébastien. 2015. Tree Genetics and Genomes, 11 (4):68, 12 p.

SNP identification to breed for biomass production in sorghum: An alternative to non-renewable resources in tropical and temperate regions. Vilmus Ingrid, Berger Angélique, Trouche Gilles, Maleyrat Julien, Vaksmann Michel, Bastianelli Denis, Clerget Benoît, Chantereau Jacques, Rivallan Ronan, Bonnal Laurent, Mournet Pierre, Couvin David, Dufayard Jean François, Barrière Yves, Höfte Herman, Rami Jean-François, Pot David. 2015. In : Genomics and Phenomics for Model-based Maize and Sorghum Breeding. Montpellier : EUCARPIA, 1 poster EUCARPIA Maize and Sorghum Conference. 23, Montpellier, France, 10 Juin 2015/11 Juin 2015.

SNiPlay3: A web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations. Dereeper Alexis, Homa Félix, Andres Gwendoline, Sempere Guilhem, Sarah Gautier, Hueber Yann, Dufayard Jean François, Ruiz Manuel. 2015. Nucleic Acids Research, 43 (W1) : W295-W300.

South Green bioinformatics platform: Update 2015. Armero A., Baurens Franc-Christophe, Bocs Stéphanie, Breil A., De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, El Hassouni Nordine, Farcy Cédric, Garsmeur Olivier, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Hueber Yann, Kougbeadjo Ayite, Larivière Delphine, Larmande Pierre, Lorenzo Jonathan, Martin Guillaume, Monat Cécile, Ndomassi T., Ortega Abboud Enrique, Pitollat Bertrand, Ravel Sébastien, Ranwez Vincent, Rouard Mathieu, Ruiz E., Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, This Dominique, Tranchant-Dubreuil Christine, Vallier Félix. 2015. In : Plant Genomics Congress. Global Engage. Londres : Global Engage, 51. Plant Genomics Congress. 3, Londres, Royaume-Uni, 11 Mai 2015/12 Mai 2015.

The genome sequence of the orchid Phalaenopsis equestris. Cai Jing, Vanneste Kevin, Proost Sebastian, Tsai Wen-Chieh, Liu Ke-Wei, Chen Li-Jun, He Ying, Xu Qing, Bian Chao, Zheng Zhijun, Sun Fengming, Liu Weiqing, Hsiao Yu-Yun, Pan Zhao-Jun, Hsu Chia-Chi, Yang Ya-Ping, Hsu Yi-Chin, Chuang Yu-Chen, Diévart Anne, Dufayard Jean-François, Xu Xun, Wang Juhui, Wang Jung, Xiao Xin-Ju, Zhao Xue-Min, Du Rong, Zhang Guo-Qiang, Wang Meina, Su Yong-Yu, Xie Gao-Chang, Liu Guo-Hui, Li Li-Qiang, Huang Lai-Qiang, Luo Yi-Bo, Chen Hong-Hwa, Van de Peer Yves, Liu Zhong-Jian. 2015. Nature Genetics, 47 (1) : 65-74.

The Banana Genome Hub : [W079]. Droc Gaëtan, Larivière Delphine, Guignon Valentin, Yahiaoui Nabila, This Dominique, Garsmeur Olivier, Dereeper Alexis, Hamelin Chantal, Argout Xavier, Dufayard Jean-François, Lengellé Juliette, Baurens Franc-Christophe, Cenci Alberto, Pitollat Bertrand, D'Hont Angélique, Ruiz Manuel, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Impact of recurrent gene duplication on adaptation of plant genomes. Fischer Iris, Dainat Jacques, Ranwez Vincent, Glemin Sylvain, Dufayard Jean-François, Chantret Nathalie. 2014. BMC Plant Biology, 14 (151), 15 p.

Integrative system for gene family gathering and analysis in a context of crops stress response study : [P1050]. Larivière Delphine, Dufayard Jean-François, Bocs Stéphanie, This Dominique. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Synthèse d'évaluation de la formation: " Analyse bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes " du 10 au 14 février 2014 à Montpellier - France. Dufayard Jean-François, Paulet Florence. 2014. Montpellier : CIRAD, 37 p.

The south green bioinformatics platform : [P988]. Rouard Mathieu, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Sarah Gautier, Dufayard Jean-François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Homa Félix, De Lamotte Frédéric, Larmande Pierre, Larivière Delphine, Sabot François, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Pitollat Bertrand, Pointet Stéphanie, This Dominique, Bocs Stéphanie, Ruiz Manuel. 2014. In : Plant and Animal Genomes Conference XXII Conference, San diego, United States, San Diego, United States, January 11-15, 2014. s.l. : s.n., Résumé Plant and Animal Genome Conference. 22, San Diego, États-Unis, 11 Janvier 2014/15 Janvier 2014.

Banana genome hub. Droc Gaëtan, Larivière Delphine, Guignon Valentin, Yahiaoui Nabila, This Dominique, Garsmeur Olivier, Dereeper Alexis, Hamelin Chantal, Argout Xavier, Dufayard Jean-François, Lengellé Juliette, Baurens Franc-Christophe, Cenci Alberto, Pitollat Bertrand, D'Hont Angélique, Ruiz Manuel, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie. 2013. In : 6th International Biocuration Conference, Cambridge, Royaume-Uni, april 07-10 2013. s.l. : s.n., 1 p. International Biocuration Conference. 6, Cambridge, Royaume-Uni, 7 Avril 2013/10 Avril 2013.

Exploring predicted musa genes using the greenphyl comparative genomics database : W078. Guignon Valentin, Cenci Alberto, Dufayard Jean-François, Droc Gaëtan, Roux Nicolas, Rouard Mathieu. 2013. In : Plant and Animal Genome XXI conference, San Diego, USA, January 12-16 2013,. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Plant and Animal Genome conference. 21, San Diego, États-Unis, 12 Janvier 2013/16 Janvier 2013.

Function prediction in plant genomes from large scale phylogenomics analyses : P0932. Guignon Valentin, Dufayard Jean-François, Briois Sébastien, Conte Matthieu, Rouard Mathieu. 2013. In : Plant and Animal Genome XXI conference, San Diego, USA, January 12-16 2013,. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Plant and Animal Genome conference. 21, San Diego, États-Unis, 12 Janvier 2013/16 Janvier 2013.

Identification of the Hevea brasiliensis AP2/ERF superfamily by RNA sequencing. Duan Cuifang, Argout Xavier, Gebelin Virginie, Summo Marilyne, Dufayard Jean-François, Leclercq Julie, Kuswanhadi, Piyatrakul Piyanuch, Pirrello Julien, Rio Maryannick, Champion Anthony, Montoro Pascal. 2013. BMC Genomics, 14 (30), 22 p.

The banana genome hub. Droc Gaëtan, Larivière Delphine, Guignon Valentin, Yahiaoui Nabila, This Dominique, Garsmeur Olivier, Dereeper Alexis, Hamelin Chantal, Argout Xavier, Dufayard Jean-François, Lengellé Juliette, Baurens Franc-Christophe, Cenci Alberto, Pitollat Bertrand, D'Hont Angélique, Ruiz Manuel, Rouard Mathieu, Bocs Stéphanie. 2013. Database, 2013 (bat035), 14 p.

MS-DMind : multiscale data "minding" for molecular process related to biotic and abiotic stresses: pilot study with the nsLTP superfamily of proteins. Genomique Edition 2008. Ruiz Manuel, Fleury Cécile, De Lamotte Frédéric, Gautier Marie-Françoise, Dufayard Jean-François, Molina Franck. 2012. In : Plant Genomics Seminar, Pont Royal, France, 3-5 avril 2012. s.l. : s.n., 1 p. Plant Genomics Seminar, Pont Royal en Provence, France, 3 Avril 2012/5 Avril 2012.

Role of Galaxy in a bioinformatic plant breeding platform. Maillol Vincent, Bacilieri Roberto, Bocs Stéphanie, Boursiquot Jean-Michel, Carrier Gregory, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Fleury Cécile, Larmande Pierre, Le Cunff Loïc, Péros Jean-Pierre, Pitollat Bertrand, Ruiz Manuel, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, This Patrice, Dufayard Jean-François. 2012. In : Galaxy Community Conference GCC2012, Chicago, Etats-Unis, July 25-27 2012. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Galaxy Community Conference, Chicago, États-Unis, 25 Juillet 2012/27 Juillet 2012.

Some ethylene biosynthesis and AP2/ERF genes reveal a specific pattern of expression during somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis. Piyatrakul Piyanuch, Putranto Riza Arief, Martin Florence, Rio Maryannick, Dessailly Florence, Leclercq Julie, Dufayard Jean-François, Lardet Ludovic, Montoro Pascal. 2012. BMC Plant Biology, 12 (244), 20 p.

Structure-based classification of the plant non-specific lipid transfer protein superfamily towards its functional characterization. Fleury Cécile, Gautier Marie-Françoise, Dufayard Jean-François, Molina Franck, Ruiz Manuel, De Lamotte Frédéric. 2011. In : 10 th European Conference on Computational Biology (ISMB. ECCB 2011), 17-19 july 2011, Vienna, Austria. s.l. : s.n., 1 p. European conference on computational biology. 10, Vienne, Autriche, 17 Juillet 2011/19 Juillet 2011.