Le pouvoir pathogène chez Ralstonia solanacearum phylotype II : génomique intégrative et paysages transcriptomiques en relation avec l'adaptation à l'hôte

Ailloud Florent. 2015. Le pouvoir pathogène chez Ralstonia solanacearum phylotype II : génomique intégrative et paysages transcriptomiques en relation avec l'adaptation à l'hôte. Saint-Denis : Université de la Réunion, 222 p. Thèse de doctorat : Microbiologie. Phytopathologie : Université de la Réunion

Titre autre : Pathogenicity of Ralstonia solanacearum phylotype II: integrative genomics and transcriptomic landscapes associated with host specificity

Encadrement : Prior, Philippe

Résumé : Ralstonia solanacearum est une bactérie phytopathogène à la gamme d'hôte exceptionnellement large et à la répartition mondiale. Cet organisme présente une biologie à facettes multiples et s'est adapté à quasiment tous les types de sols, à la vie planctonique, et à de nombreux hôtes et plantes réservoirs. Cette capacité d'adaptation est attestée par une très forte hétérogénéité des souches qui unifient ce complexe d'espèces, aussi bien au plan de la diversité génétique, phénotypique, que de la gamme d'hôte. Des approches phylogénétiques ont montré une structuration de la population mondiale en quatre phylotypes qui correspondent globalement à l'origine géographique des souches. Les travaux de thèse portent sur des souches du phylotype II qui ont valeur de modèle expérimental car épidémiologiquement inféodées à un hôte particulier : souches Moko pathogènes du bananier, souches "Brown rot" adaptées à la pomme de terre et souches émergentes NPB, un variant du pouvoir pathogène. La question de recherche centrale porte sur la compréhension des mécanismes d'adaptation à l'hôte. Pour cela, une dizaine de génomes ont été séquencés dans une perspective (i) de revisiter la taxonomie de ce complexe d'espèce, (ii) d'en faire une analyse génomique comparative et (iii) d'analyser les paysages transcriptomiques produits lors de l'infection (in)planta). L'ensemble de ces approches complémentaires permettent ainsi d'intégrer la complexité génétique et phénotypique de l'organisme de manière plus systémique.

Résumé (autre langue) : Ralstonia solanacearum is a plant pathogenic bacterium globally distribute d with a particularly broad host range. This organism is biologically diverse and is adapted to all types of soil, to planktonic lifestyle and to many plant hosts and natural reservoirs. This bacterium is a species complex and its genetic, phenotypic and host range diversity is a direct consequence of adaptation mechanisms. Phylogenetic analyses have divided this species complex into four distinct phylotypes correlating mostly with strains' geographical origin. This thesis focuses on using phylotype II strains as an experimental model due to their adaptation to specific hosts: Moko strains pathogenic to banana, "Brown rot" strains adapted to potatoes and emergent pathological variant NPB strains. Our main research topic is the understanding of host adaptation processes. In order to tackle this problematic we sequenced about ten genomes as a starting point of (i) a taxonomic revision of the species complex (ii) a comparative genomic analysis and (iii) an in planta transcriptomic analysis. Together, these complementary approaches allow a more systemic view of this organism's genetic and phenotypic complexity.

Mots-clés Agrovoc : Ralstonia solanacearum, adaptation, plante hôte, pouvoir pathogène, génie génétique, phylogénie, génétique des populations, épidémiologie, pathotype, écotype, phénotype, distribution géographique, provenance, taxonomie, Transcription génique, séquence nucléotidique, hybridation, PCR, bioinformatique

Mots-clés géographiques Agrovoc : La Réunion, France

Mots-clés complémentaires : Séquencage

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes

Champ stratégique Cirad : Axe 4 (2014-2018) - Santé des animaux et des plantes

Auteurs et affiliations

• Ailloud Florent, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/580802/)

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