Résultats pour Auteur : "Koebnik, Ralf"

Celebrating the 20th anniversary of the first Xanthomonas genome sequences - how genomics revolutionized taxonomy, provided insight into the emergence of pathogenic bacteria, enabled new fundamental discoveries and helped developing novel control measures - a perspective from the French network on Xanthomonads. Koebnik Ralf, Cesbron Sophie, Chen Nicolas W.G., Fischer-Le Saux Marion, Hutin Mathilde, Jacques Marie Agnès, Noel Laurent D., Pérez-Quintero Alvaro L., Portier Perrine, Pruvost Olivier, Rieux Adrien, Szurek Boris. 2024. Peer Community Journal, 4:e19, 22 p.

CRISPRi in Xanthomonas demonstrates functional convergence of transcription activator-like effectors in two divergent pathogens. Zárate-Chaves Carlos Andrés, Audran Corinne, Medina Culma César Augusto, Escalon Aline, Javegny Stéphanie, Gagnevin Lionel, Thomas Emilie, Pimparé Léa-Lou, López Camilo, Jacobs Jonathan M., Noel Laurent D., Koebnik Ralf, Bernal Adriana Jimena, Szurek Boris. 2023. New Phytologist, 238 (4) : 1593-1604.

Crispri as a tool for the functional study of gene families in Xanthomonas. Zárate-Chaves Carlos Andrés, Audran Corinne, Medina Cesar, Escalon Aline, Javegny Stéphanie, Gagnevin Lionel, Thomas Emilie, Pimparé Léa-Lou, López Camilo, Jacobs Jonathan, Noel Laurent D., Koebnik Ralf, Szurek Boris, Bernal Adriana Jimena. 2023. In : 12th International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023): One health for all plants, crops and trees. Book of abstracts. ISPP, SFP. Lyon : ISPP, Résumé, 575-576. International Conference on Plant Pathology (ICPP 2023). 12, Lyon, France, 20 Août 2023/25 Août 2023.

A minisatellite-based MLVA for deciphering the global epidemiology of the bacterial cassava pathogen Xanthomonas phaseoli pv. manihotis. Rache Leidy, Blondin Laurence, Diaz Tatis Paula, Flores Carolina, Camargo Andrea, Kanté Moussa, Wonni Issa, López Camilo, Szurek Boris, Dupas Stéphane, Pruvost Olivier, Koebnik Ralf, Restrepo Silvia, Bernal Adriana Jimena, Vernière Christian. 2023. PloS One, 18 (5):e0285491, 16 p.

Molecular epidemiology of Xanthomonas euvesicatoria strains from the Balkan Peninsula revealed by a new multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis scheme. Vancheva Taca, Bogatzevska Nevena, Moncheva Penka, Mitrev Sasa, Vernière Christian, Koebnik Ralf. 2021. Microorganisms, 9 (3):536, 19 p.

Trends in molecular diagnosis and diversity studies for phytosanitary regulated Xanthomonas. Catara Vittoria, Cubero Jaime, Pothier Joël F., Bosis Eran, Bragard Claude, Dermic̓ Edyta, Holeva Maria C., Jacques Marie Agnès, Petter Françoise, Pruvost Olivier, Robene Isabelle, Studholme David J., Tavares Fernando, Vicente Joana G., Koebnik Ralf, Costa Joana. 2021. Microorganisms, 9 (4), n.spéc. Integrating Science on Xanthomonas and Xylella for Integrated Plant Disease Management:862, 30 p.

An atypical class of non-coding small RNAs is produced in rice leaves upon bacterial infection. Reshetnyak Ganna, Jacobs Jonathan M., Auguy Florence, Sciallano Coline, Claude Lisa, Medina Clemence, Pérez-Quintero Alvaro L., Comte Aurore, Thomas Emilie, Bogdanove Adam J., Koebnik Ralf, Szurek Boris, Diévart Anne, Brugidou Christophe, Lacombe Séverine, Cunnac Sébastien. 2021. Scientific Reports, 11 (1):24141, 20 p.

Genome resources of three west African strains of Pantoea ananatis causing bacterial blight and grain discoloration of rice. Kini Kossi, Lefeuvre Pierre, Poulin Lucie, Silué Drissa, Koebnik Ralf. 2020. Phytopathology, 110 (9) : 1500-1502.

Repeated gain and loss of a single gene modulates the evolution of vascular plant pathogen lifestyles. Gluck-Thaler E., Cerutti Aude, Pérez-Quintero Alvaro L., Butchacas Jules, Roman-Reyna Verónica, Madhavan Vishnu Narayanan, Shantharaj Deepak, Merfa Marcus V., Pesce Céline, Jauneau Alain, Vancheva T., Lang Jillian M., Allen Caitilyn, Verdier Valérie, Gagnevin Lionel, Szurek Boris, Beckham Gregg T., De La Fuente Leonardo, Patel Hitendra Kumar, Sonti Ramesh V., Bragard Claude, Leach Jan E., Noel Laurent D., Slot J., Koebnik Ralf, Jacobs Jonathan M.. 2020. Science Advances, 6 (46), 10 p.

CRISPR elements provide a new framework for the genealogy of the citrus canker pathogen Xanthomonas citri pv. citri. Jeong Kwanho, Muñoz-Bodnar Alejandra, Arias Rojas Nathalia, Poulin Lucie, Rodríguez-R Luis Miguel, Gagnevin Lionel, Vernière Christian, Pruvost Olivier, Koebnik Ralf. 2019. BMC Genomics, 20:917, 19 p.

Ebb and flow of vascular pathogenesis through repeated gain. Gluck-Thaler E., Cerutti Aude, Perez Quintero A.L., Pesce C., Jauneau Alain, Vancheva T., Lang Jillian M., Allen Caitilyn, Verdier-Michel V., Gagnevin Lionel, Szurek Boris, Cunnac Sébastien, Bragard Claude, Leach Jan E., Noel Laurent D., Slot J., Koebnik Ralf, Jacobs J.M.. 2019. Molecular Plant-Microbe Interactions, 32 (10S), suppl., p. S1.22 IS-MPMI Congress. 18, Glasgow, Royaume-Uni, 14 Juillet 2019/18 Juillet 2019.

An optimized microsatellite scheme for assessing populations of Xanthomonas phaseoli pv. manihotis. Rache Leidy, Blondin Laurence, Flores Carolina, Trujillo Cesar, Szurek Boris, Restrepo Silvia, Koebnik Ralf, Bernal Adriana Jimena, Vernière Christian. 2019. Phytopathology, 109 (5) : 859-869.

Horizontal gene transfer plays a major role in the pathological convergence of Xanthomonas lineages on common bean. Chen Nicolas W.G., Serres-Giardi Laurana, Ruh Mylène, Briand Martial, Bonneau Sophie, Darrasse Armelle, Barbe Valérie, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Jacques Marie Agnès. 2018. BMC Genomics, 19:606, 20 p.

Diversity analysis of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam) in Mali. Session 2. Poster 46. Kanté M., Dagno Karim, Flores Carolina, Blondin Laurence, Wonni Issa, Koebnik Ralf, Verdier Valérie, Koita Ousmane, Vernière Christian, Szurek Boris. 2017. In : Deepen Knowledge in Plant Pathology for Innovative Agro-Ecology. Book of Abstracts of the 12th European Fondation for Plant Pathology (EFPP) and the 10th French Society for Plant Pathology (SFP). EFPP, SFP. Dunkerque : EFPP-FSP, Résumé, 1 p. European Foundation for Plant Pathology Conference. 12, Dunkerque, France, 29 Mai 2017/2 Juin 2017.

Targeted promoter editing for rice resistance to Xanthomonas oryzae pv. oryzae reveals differential activities for SWEET14-inducing TAL effectors. Blanvillain-Baufumé Servane, Reschke Maik, Solé Montserrat, Auguy Florence, Doucoure Hinda, Szurek Boris, Meynard Donaldo, Portefaix Murielle, Cunnac Sébastien, Guiderdoni Emmanuel, Boch Jen, Koebnik Ralf. 2017. Plant Biotechnology Journal, 15 (3) : 306-317.

The biological and evolutionary basis of systemic plant pathogenesis in Xanthomonas. Session 4. Oral 35. Jacobs Jonathan M., Pesce Céline, Vancheva Taca, Lang Jillian M., Pérez-Quintero Alvaro L., Allen Caitilyn, Leach Jan E., Gagnevin Lionel, Szurek Boris, Cunnac Sébastien, Bragard Claude, Koebnik Ralf. 2017. In : Deepen Knowledge in Plant Pathology for Innovative Agro-Ecology. Book of Abstracts of the 12th European Fondation for Plant Pathology (EFPP) and the 10th French Society for Plant Pathology (SFP). EFPP, SFP. Dunkerque : EFPP-FSP, Résumé, 1 p. European Foundation for Plant Pathology Conference. 12, Dunkerque, France, 29 Mai 2017/2 Juin 2017.

High-quality draft genome sequences of two Xanthomonas pathotype strains infecting aroid plants. Robène Isabelle, Bolot Stéphanie, Pruvost Olivier, Arlat Mathieu, Noel Laurent D., Carrère Sébastien, Jacques Marie Agnès, Koebnik Ralf, Gagnevin Lionel. 2016. Genome Announcements, 4 (5):e00902-16, 2 p.

Surveillance and control of cassava diseases in Africa - International meeting results in Pan-African cassava disease network. [SP5-01]. Lett Jean-Michel, Roux Cuvelier Michel, Hamza Abdou Azali, Atta Diallo H., Beach Larry, Brouchoud Henri, Brugidou Christophe, Cuellar W., Delatte Hélène, Dintinger Jacques, Djikeng Apollinaire, Duval Marie-France, Ethel Malika, Gowda Maruthi, Jouen Emmanuel, Koebnik Ralf, Koita Ousmane, Koné Daouda, Kouassi K. Nazaire, Kpemoua Kossi, Kulakow Peter, Lava Kumar P., Legg James, Offei Kouame, Okogbenin Emmanuel, Onyeka Joseph, Poussier Stéphane, Quain D. Marian, Rakotoarisoa Jacqueline, Robène Isabelle, Rwomushanalvan, Sagnia B. Sankung, Sangare Abdourahamane, Sseruwagi Peter, Tiendrebeogo Fidèle, Vernier Philippe, Vernière Christian, Winter Stephan, Zacarias Anabela, Zinga Innocent, Verdier Valérie, Reynaud Bernard, Fauquet Claude. 2016. In : Electronic Proceedings of World Congress on Root and Tuber Crops. Nanning : WCRTC, Résumé, 1 p. World Congress on Root and Tuber Crops. 1, Nanning, Chine, 18 Janvier 2016/22 Janvier 2016.

Using ecology, physiology, and genomics to understand host specificity in Xanthomonas. Jacques Marie Agnès, Arlat Mathieu, Boulanger Alice, Boureau Tristan, Carrère Sébastien, Cesbron Sophie, Chen Nicolas W.G., Cociancich Stéphane, Darrasse Armelle, Denancé Nicolas, Fischer-Le-Caux Marion, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Lauber Emmanuelle, Noel Laurent D., Pieretti Isabelle, Portier Perrine, Pruvost Olivier, Rieux Adrien, Robène Isabelle, Royer Monique, Szurek Boris, Verdier Valérie, Vernière Christian. 2016. Annual Review of Phytopathology, 54 : 163-187.

Whole-genome sequences of Xanthomonas euvesicatoria strains clarify taxonomy and reveal a stepwise erosion of type 3 effectors. Barak Jeri D., Vancheva Taca, Lefeuvre Pierre, Jones Jeffrey B., Timilsina Sujan, Minsavage Gerald V., Vallad Gary E., Koebnik Ralf. 2016. Frontiers in Plant Science, 7 (1805), 12 p.

Comparative genomics of a cannabis pathogen reveals insight into the evolution of pathogenicity in Xanthomonas. Jacobs Jonathan M., Pesce Céline, Lefeuvre Pierre, Koebnik Ralf. 2015. Frontiers in Plant Science, 6 (431), 13 p.

Draft Genome Sequence of Xanthomonas translucens pv. graminis Pathotype Strain CFBP 2053. Pesce Céline, Bolot Stéphanie, Berthelot Edwige, Bragard Claude, Cunnac Sébastien, Fischer-Le Saux Marion, Portier Perrine, Arlat Mathieu, Gagnevin Lionel, Jacques Marie Agnès, Noel Laurent D., Carrère Sébastien, Koebnik Ralf. 2015. Genome Announcements, 3 (5):ee01174, 15 p.

Draft genome sequences of two Xanthomonas euvesicatoria strains from the Balkan Peninsula. Vancheva Taca, Lefeuvre Pierre, Bogatzevska Nevena, Moncheva Penka, Koebnik Ralf. 2015. Genome Announcements, 3 (1):e01528, 2 p.

Draft genome sequences of two Xanthomonas vesicatoria strains from the Balkan peninsula. Vancheva Taca, Bogatzevska Nevena, Moncheva Penka, Lefeuvre Pierre, Koebnik Ralf. 2015. Genome Announcements, 3 (1):e01558-14, 2 p.

Genomics and transcriptomics of Xanthomonas campestris species challenge the concept of core type III effectome. Roux Brice, Bolot Stéphanie, Guy Endrick, Denancé Nicolas, Lautier Martine, Jardinaud Marie-Françoise, Fischer-Le-Caux Marion, Portier Perrine, Jacques Marie Agnès, Gagnevin Lionel, Pruvost Olivier, Lauber Emmanuelle, Arlat Mathieu, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Noel Laurent D.. 2015. BMC Genomics, 16 (975), 19 p.

High-Quality Draft Genome Sequence of the Xanthomonas translucens pv. cerealis Pathotype Strain CFBP 2541. Pesce Céline, Bolot Stéphanie, Cunnac Sébastien, Portier Perrine, Fischer-Le-Caux Marion, Jacques Marie Agnès, Gagnevin Lionel, Arlat Mathieu, Noel Laurent D., Carrère Sébastien, Bragard Claude, Koebnik Ralf. 2015. Genome Announcements, 3 (1):e0157414, 2 p.

New multilocus variable-number tandem-repeat analysis tool for surveillance and local epidemiology of bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice caused by Xanthomonas oryzae. Poulin Lucie, Grygiel Pierre, Magne Maxime, Gagnevin Lionel, Rodríguez-R Luis Miguel, Forero Serna Natalia, Zhao Shuai, El Rafil M., Dao S., Tekete C., Wonni Issa, Kolta O., Pruvost Olivier, Verdier Valérie, Vernière Christian, Koebnik Ralf. 2015. Applied and Environmental Microbiology, 81 (2) : 688-698.

Spots on pot: Comparative genomics of two cannabis pathogens reveals insight into the evolution of Xanthomonas pathogenicity. Jacobs Jonathan M., Pesce Céline, Lefeuvre Pierre, Koebnik Ralf. 2015. Phytopathology, 105 (11S), Résumé : S4.64. 2015 APS Annual Meeting, Pasadena, États-Unis, 1 Août 2015/5 Août 2015.

Tandem repeats as genotyping tools for understanding the genetic structure and epidemiology of Xanthomonas citri pv. citri. Leduc Alice, Traoré Yaya Nadia, Boyer Karine, Magne Maxime, Grygiel Pierre, Gordon Jonathan, Boyer Claudine, Guérin Fabien, Wonni Issa, Ouédraogo Léonard, Koebnik Ralf, Verdier Valérie, Gagnevin Lionel, Vernière Christian, Ravigné Virginie, Pruvost Olivier. 2015. In : Xanthomonas Genomics Conference 2015 Book of Abstracts. Universidad de los Andes. Bogota : Universidad de los Andes, Résumé, 22. Xanthomonas Genomics Conference 2015, Bogota, Colombie, 8 Juillet 2015/11 Juillet 2015.

Comparative genomics and transcriptomics of Xanthomonas campestris : Session 3- Physiologie, génétique et génomique des bactéries. Bolot Stéphanie, Roux Brice, Guy Endrick, Denancé Nicolas, Lautier Martine, Lauber Emmanuelle, Jardinaud Marie-Françoise, Koebnik Ralf, Gagnevin Lionel, Poussier Stéphane, Carrère Sébastien, Arlat Mathieu, Noel Laurent D.. 2014. In : 11èmes Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, France, 3-7 février 2014. SFP ; INRA ; CNRS ; IRD ; CIRAD. Paris : SFP, Résumé, 40. Rencontres plantes-bactéries. 11, Aussois, France, 3 Février 2014/7 Février 2014.

Confirmation of Bacterial Leaf Streak Caused by Xanthomonas oryzae pv. Oryzicola on Rice in Madagascar. Poulin Lucie, Raveloson Harinjaka, Sester Mathilde, Raboin Louis-Marie, Silué Drissa, Koebnik Ralf, Szurek Boris. 2014. Plant Disease, 98 (10) : 1423.

Draft genome sequence of Xanthomonas axonopodis pv. allii strain CFBP 6369. Gagnevin Lionel, Bolot Stéphanie, Gordon Jonathan, Pruvost Olivier, Vernière Christian, Robène Isabelle, Arlat Mathieu, Noel Laurent D., Carrère Sébastien, Jacques Marie Agnès, Koebnik Ralf. 2014. Genome Announcements, 2 (4):e00727, 2 p.

Draft genome sequence of the flagellated Xanthomonas fuscans subsp. fuscans strain CFBP 4884. Indiana Arnaud, Briand Martial, Arlat Mathieu, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Noel Laurent D., Portier Perrine, Darrasse Armelle, Jacques Marie Agnès. 2014. Genome Announcements, 2 (5):e00966, 2 p.

A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen Xanthomonas citri pv. citri suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. [S4-O6]. Pruvost Olivier, Magne Maxime, Boyer Karine, Leduc Alice, Tourterel Christophe, Drevet Christine, Ravigné Virginie, Gagnevin Lionel, Guérin Fabien, Chiroleu Frédéric, Koebnik Ralf, Verdier Véronique, Vernière Christian. 2014. In : The 13th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria. Programme and abstracts. SCPBD. Shanghai : SCPBD, Résumé, 94-95. 13th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria, Shanghai, Chine, 8 Juin 2014/13 Juin 2014.

A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen Xanthomonas citri pv. citri suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. Pruvost Olivier, Magne Maxime, Boyer Karine, Leduc Alice, Tourterel Christophe, Drevet Christine, Ravigné Virginie, Gagnevin Lionel, Guérin Fabien, Chiroleu Frédéric, Koebnik Ralf, Verdier Valérie, Vernière Christian. 2014. PloS One, 9 (6):e98129, 11 p.

Recherche de déterminants de la spécificité d'hôte chez X. axonopodis pv. Phaseoli : Session 2- Evolution et plasticité des génomes bactériens. Serres-Giardi Laurana, Chen Nicolas W.G., Briand Martial, Darrasse Armelle, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Noel Laurent D., Jacques Marie Agnès. 2014. In : 11èmes Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, France, 3-7 février 2014. SFP ; INRA ; CNRS ; IRD ; CIRAD. Paris : SFP, Résumé, 29. Rencontres plantes-bactéries. 11, Aussois, France, 3 Février 2014/7 Février 2014.

Surveillance and control of cassava diseases in Africa. Lett Jean-Michel, Roux Cuvelier Michel, Hamza Abdou Azali, Atta Diallo H., Beach Larry, Brouchoud Henri, Brugidou Christophe, Cuellar W., Delatte Hélène, Dintinger Jacques, Djikeng Apollinaire, Duval Marie-France, Ethel Malika, Gowda Maruthi, Jouen Emmanuel, Koebnik Ralf, Koita Ousmane, Koné Daouda, Kouassi K. Nazaire, Kpemoua Kossi, Kulakow Peter, Lava Kumar P., Legg James, Offei Kouame, Okogbenin Emmanuel, Onyeka Joseph, Poussier Stéphane, Quain D. Marian, Rakotoarisoa Jacqueline, Robène Isabelle, Rwomushanalvan, Sagnia B. Sankung, Sangare Abdourahamane, Sseruwagi Peter, Tiendrebeogo Fidèle, Vernier Philippe, Vernière Christian, Winter Stephan, Zacarias Anabela, Zinga Innocent, Verdier Valérie, Reynaud Bernard, Fauquet Claude. 2014. In : International workshop : Surveillance and control of cassava diseases in Africa, Saint Pierre, Réunion, 10-13 June 2014. CIRAD, IRD, GCP21. Saint Pierre : CIRAD-IRD, 1 poster International Workshop "Surveillance and control of cassava diseases in Africa", Saint Pierre, Réunion, 10 Juin 2014/13 Juin 2014.

A VNTR tool for diagnostic and epidemiological surveillance of the plant pathogen Xanthomonas oryzae and its application to the newly reported Malagasy BLS epidemics : Session 5- Dynamique, épidémiologie et génétique des populations bactériennes. Poulin Lucie, Grygiel Pierre, Magne Maxime, Gagnevin Lionel, Vernière Christian, Rodríguez-R Luis Miguel, Forero Serna Natalia, Zhao Shuai, Rafii M., Verdier Valérie, Koebnik Ralf. 2014. In : 11èmes Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, France, 3-7 février 2014. SFP ; INRA ; CNRS ; IRD ; CIRAD. Paris : SFP, Résumé, 61. Rencontres plantes-bactéries. 11, Aussois, France, 3 Février 2014/7 Février 2014.

CRISPR systems in plant pathogens: A new tool for epidemiological surveillance. Jeong Kwanho, Munoz Bodnar Alejandra, Poulin Lucie, Arias Rojas Nathalia, Rodríguez-R Luis Miguel, Gagnevin Lionel, Pruvost Olivier, Koebnik Ralf. 2013. Phytopathology, 103 (6), suppl. S2 : S2.67-S2.68. APS-MSA Conference, Austin, États-Unis, 10 Août 2013/14 Août 2013.

Draft genome sequence of the Xanthomonas cassavae type strain CFBP 4642. Bolot Stéphanie, Munoz Bodnar Alejandra, Cunnac Sébastien, Ortiz Erika, Szurek Boris, Noel Laurent D., Arlat Mathieu, Jacques Marie Agnès, Gagnevin Lionel, Portier Perrine, Fischer-Le Saux Marion, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf. 2013. Genome Announcements, 1 (4):e00679, 13 p.

Genome and transcriptome analysis to reveal adaptation to new environments and hosts. Gagnevin Lionel, Roux Bernard, Bolot Stéphanie, Carrère Sébastien, Charbit E., Cunnac Sébastien, Jacques Marie Agnès, Noel Laurent D., Arlat Mathieu, Koebnik Ralf. 2013. Phytopathology, 103 (6), suppl. S2 : S2.170-S2.171. APS-MSA Conference, Austin, États-Unis, 10 Août 2013/14 Août 2013.

Genome mining reveals a novel and promising NRPS gene cluster in Xanthomonas albilineans, Xanthomonas oryzae and Xanthomonas translucens. Royer Monique, Koebnik Ralf, Marguerettaz Mélanie, Barbe Valérie, Robin Guillaume P., Brin Christelle, Carrère Sébastien, Gomez Camila, Hügelland Manuela, Völler Ginka H., Noëll Julie, Pieretti Isabelle, Rausch Saskia, Verdier Valérie, Poussier Stéphane, Rott Philippe, Süssmuth Roderich, Cociancich Stéphane. 2013. In : Resumos do 59° Congresso Brasileiro de Genética,16 a 19 de Setembro de 2013, Águas de Lindóia, Brasil. SBG. s.l. : s.n., Résumé, 30. ISBN 978-85-89109-06-2 Congresso Brasileiro de Genética. 59, Aguas de Lindoia, Brésil, 16 Septembre 2013/19 Septembre 2013.

Genome mining reveals the genus Xanthomonas to be a promising reservoir for new bioactive non-ribosomally synthesized peptides. Royer Monique, Koebnik Ralf, Marguerettaz Mélanie, Barbe Valérie, Robin Guillaume P., Brin Christelle, Carrère Sébastien, Gomez Camila, Hügelland Manuela, Völler Ginka H., Noëll Julie, Pieretti Isabelle, Rausch Saskia, Verdier Valérie, Poussier Stéphane, Rott Philippe, Süssmuth Roderich, Cociancich Stéphane. 2013. BMC Genomics, 14 (658), 19 p.

Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans strain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads. Darrasse Armelle, Carrère Sébastien, Barbe Valérie, Boureau Tristan, Arrieta-Ortiz Mario L., Bonneau Sophie, Briand Martial, Brin Christelle, Cociancich Stéphane, Durand Karine, Fouteau Stéphanie, Gagnevin Lionel, Guérin Fabien, Guy Endrick, Indiana Arnaud, Koebnik Ralf, Lauber Emmanuelle, Munoz Alejandra, Noel Laurent D., Pieretti Isabelle, Poussier Stéphane, Pruvost Olivier, Robène-Soustrade Isabelle, Rott Philippe, Royer Monique, Serres-Giardi Laurana, Szurek Boris, Van Sluys Marie-Anne, Verdier Valérie, Vernière Christian, Arlat Mathieu, Manceau Charles, Jacques Marie Agnès. 2013. BMC Genomics, 14 (761), 30 p.

Genomic survey of pathogenicity determinants and VNTR markers in the cassava bacterial pathogen Xanthomonas axonopodis pv. manihotis strain CIO151. Arrieta-Ortiz Mario L., Rodríguez-R Luis Miguel, Pérez-Quintero Alvaro L., Poulin Lucie, Díaz Ana C., Arias Rojas Nathalia, Trujillo Cesar, Restrepo Benavides Mariana, Bart Rebecca, Boch Jen, Boureau Tristan, Darrasse Armelle, David Perrine, Dugé de Bernonville Thomas, Fontanilla Paula, Gagnevin Lionel, Guérin Fabien, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Lefeuvre Pierre, Medina Cesar, Medina Edgar, Montenegro Nathaly, Munoz Alejandra, Noel Laurent D., Ortiz Quiñoes Juan F., Osorio Daniela, Pardo Carolina, Patil Prabhu B., Poussier Stéphane, Pruvost Olivier, Robène-Soustrade Isabelle, Ryan Robert P., Tabima Javier, Urrego Morales Osacar G., Vernière Christian, Carrère Sébastien, Verdier Valérie, Szurek Boris, Restrepo Silvia, López Camilo, Koebnik Ralf, Bernal Adriana Jimena. 2013. PloS One, 8 (11):e79704, 18 p.

High-Quality Draft Genome Sequences of Two Xanthomonas citri pv. malvacearum Strains. Cunnac Sébastien, Bolot Stéphanie, Forero Serna Natalia, Ortiz Erika, Szurek Boris, Noel Laurent D., Arlat Mathieu, Jacques Marie Agnès, Gagnevin Lionel, Carrère Sébastien, Nicole Michel, Koebnik Ralf. 2013. Genome Announcements, 1 (4):e00674, 2 p.

High-quality draft genome sequence of Xanthomonas alfalfae subsp. alfalfae strain CFBP 3836. Jacques Marie Agnès, Bolot Stéphanie, Charbit E., Darrasse Armelle, Briand Martial, Arlat Mathieu, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Noel Laurent D., Portier Perrine, Carrère Sébastien, Boureau Tristan. 2013. Genome Announcements, 1 (6):e01035, 2 p.

High-quality draft genome sequences of Xanthomonas axonopodis pv. glycines strains CFBP 2526 and CFBP 7119. Darrasse Armelle, Bolot Stéphanie, Serres-Giardi Laurana, Charbit E., Boureau Tristan, Fisher-Le Saux Marion, Briand Martial, Arlat Mathieu, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Noel Laurent D., Carrère Sébastien, Jacques Marie Agnès. 2013. Genome Announcements, 1 (6):e01036, 2 p.

New rice resistance genes via targeted genome editing. Baufumé Servane, Meynard Donaldo, Reschke Maik, Solé Montserrat, Cunnac Sébastien, Szurek Boris, Guiderdoni Emmanuel, Boch Jen, Koebnik Ralf. 2013. Phytopathology, 103 (6), suppl. S2 : S2.13. APS-MSA Conference, Austin, États-Unis, 10 Août 2013/14 Août 2013.

4th Xanthomonas genomics conference, Angers, France, july 9-12, 2012 : Book of abstracts. Manceau Charles (ed.), Jacques Marie Agnès (ed.), Arlat Mathieu (ed.), Lauber Emmanuelle (ed.), Noel Laurent D. (ed.), Gagnevin Lionel (ed.), Pruvost Olivier (ed.), Rott Philippe (ed.), Royer Monique (ed.), Koebnik Ralf (ed.), Verdier Valérie (ed.). 2012. Paris : INRA, 85 p. Xanthomonas genomics conference 2012. 4, Angers, France, 9 Juillet 2012/12 Juillet 2012.

Genome mining indicates that the genus Xanthomonas is a promising reservoir for new bioactive non-ribosomally synthesized peptides. Royer Monique, Koebnik Ralf, Marguerettaz Mélanie, Barbe Valérie, Robin Guillaume P., Brin Christelle, Carrère Sébastien, Gomez Camila, Hügelland Manuela, Völler Ginka H., Noëll Julie, Pieretti Isabelle, Rausch Saskia, Verdier Valérie, Poussier Stéphane, Rott Philippe, Süssmuth Roderich, Cociancich Stéphane. 2012. In : COST Action CM0804 Chemistry and Target Identification of Natural Products Workshop, Bucharest, Romania, 22-24 May 2012. s.l. : s.n., 42-43. COST Action CM0804 Chemistry and Target Identification of Natural Products Workshop, Bucarest, Roumanie, 22 Mai 2012/24 Mai 2012.

Genome mining indicates that the genus Xanthomonas is a promising reservoir for new bioactive non-ribosomally synthesized peptides. Royer Monique, Koebnik Ralf, Marguerettaz Mélanie, Barbe Valérie, Robin G., Brind C., Carrère Sébastien, Gomez Camila, Hügelland Manuela, Völler Ginka H., Noëll Julie, Pieretti Isabelle, Rausch Saskia, Verdier Valérie, Poussier Stéphane, Rott Philippe, Süssmuth Roderich, Cociancich Stéphane. 2012. In : 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés. Attard Agnès (ed.), Barny Marie-Anne (ed.), Brisset Marie-Noelle (ed.), Cilas Christian (ed.), Dellagi Alia (ed.), Desprez-Loustau Marie-Laure (ed.), Expert Dominique (ed.), Fabre Frédéric (ed.), Fagard Mathilde (ed.), Fudal Isabelle (ed.), Genin Stéphane. SFP, INRA, CNRS. Paris : SFP, Résumé, 44. Congrès de la Société française de phytopathologie. 8, Paris, France, 5 Juin 2012/8 Juin 2012.

Genome mining indicates that the genus Xanthomonas is a promising reservoir for new bioactive non-ribosomally synthesized peptides. Royer Monique, Koebnik Ralf, Marguerettaz Mélanie, Barbe Valérie, Robin P. Guillaume, Brin Christelle, Carrère Sébastien, Gomez Camila, Hügelland Manuela, Völler Ginka H., Noëll Julie, Pieretti Isabelle, Rausch Saskia, Verdier Valérie, Poussier Stéphane, Rott Philippe, Süssmuth Roderich, Cociancich Stéphane. 2012. In : 4th Xanthomonas genomics conference, Angers, France, july 9-12, 2012 : Book of abstracts. Manceau Charles (ed.), Jacques Marie Agnès (ed.), Arlat Mathieu (ed.), Lauber Emmanuelle (ed.), Noel Laurent D. (ed.), Gagnevin Lionel (ed.), Pruvost Olivier (ed.), Rott Philippe (ed.), Royer Monique (ed.), Koebnik Ralf (ed.), Verdier Valérie (ed.). INRA, INRA-LIPM, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT, IRD. Paris : INRA, Résumé, 20. Xanthomonas genomics conference 2012. 4, Angers, France, 9 Juillet 2012/12 Juillet 2012.

Genome sequencing of Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli CFBP4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads. Darrasse Armelle, Carrère Sébastien, Barbe Valérie, Bourreau Tristan, Bernal Adriana Jimena, Bonneau Sophie, Brin Christelle, Cociancich Stéphane, Durand Karine, Fouteau Stéphanie, Gagnevin Lionel, Gouzy Jérôme, Guérin Fabien, Guy Endrick, Indiana Arnaud, Koebnik Ralf, Lauber Emmanuelle, Munoz Alejandra, Noel Laurent D., Pieretti Isabelle, Poussier Stéphane, Pruvost Olivier, Robène-Soustrade Isabelle, Rott Philippe, Royer Monique, Szurek Boris, Van Sluys Marie-Anne, Verdier Valérie, Vernière Christian, Arlat Mathieu, Manceau Charles, Jacques Marie Agnès. 2012. In : 4th Xanthomonas genomics conference, Angers, France, july 9-12, 2012 : Book of abstracts. Manceau Charles (ed.), Jacques Marie Agnès (ed.), Arlat Mathieu (ed.), Lauber Emmanuelle (ed.), Noel Laurent D. (ed.), Gagnevin Lionel (ed.), Pruvost Olivier (ed.), Rott Philippe (ed.), Royer Monique (ed.), Koebnik Ralf (ed.), Verdier Valérie (ed.). INRA, INRA-LIPM, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT, IRD. Paris : INRA, Résumé, 13. Xanthomonas genomics conference 2012. 4, Angers, France, 9 Juillet 2012/12 Juillet 2012.

Genomic insights into strategies used by Xanthomonas albilineans with its reduced artillery to spread within sugarcane xylem vessels. Pieretti Isabelle, Royer Monique, Barbe Valérie, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Couloux Arnaud, Darrasse Armelle, Gouzy Jérôme, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Manceau Charles, Mangenot Sophie, Poussier Stéphane, Segurens Béatrice, Szurek Boris, Verdier Valérie, Arlat Mathieu, Gabriel Dean W., Rott Philippe, Cociancich Stéphane. 2012. BMC Genomics, 13 (658), 23 p.

Two new complete genome sequences offer Insight into host and tissue specificity of plant Pathogenic Xanthomonas spp. Bogdanove Adam J., Koebnik Ralf, Lu Hong, Furutani Ayako, Angiuoli Samuel V., Patil Prabhu B., Van Sluys Marie-Anne, Ryan Robert P., Meyer Damien, Han Sang-Wook, Aparna Gudlur, Rajaram Misha, Delcher Arthur L., Phillippy Adam M., Puiu Daniela, Schatz Michael C., Shumway Martin, Sommer Daniel D., Trapnell Cole, Benahmed Faiza, Dimitrov George, Madupu Ramana, Radune Diana, Sullivan Steven, Jha Gopaljee, Ishihara Hiromichi, Lee Sang-Won, Pandey Alok, Sharma Vikas, Sriariyanun Malinee, Szurek Boris, Vera-Cruz Casiana M., Dorman Karin S., Ronald Pamela C., Verdier Valérie, Dow J. Maxwell, Sonti Ramesh V., Tsuge Seiji, Brendel Volker P., Rabinowicz Pablo D., Leach Jan E., White Frank F., Salzberg Steven L.. 2011. Journal of Bacteriology, 193 (19) : 5450-5464.

The complete genome sequence of Xanthomonas albilineans provides insights into pathogenicity of this sugarcane pathogen and allows further assessments of the large diversity within this species. Pieretti Isabelle, Cociancich Stéphane, Barbe Valérie, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Champoiseau Patrice, Couloux Arnaud, Darrasse Armelle, Gouzy Jérôme, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Manceau Charles, Mangenot Sophie, Marguerettaz Mélanie, Poussier Stéphane, Segurens Béatrice, Szurek Boris, Verdier Valérie, Arlat Mathieu, Gabriel Dean W., Rott Philippe, Royer Monique. 2011. In : 5th European Conference on Prokaryotic and Fungal Genomics ProkaGENOMICS 2011, Göttingen, Germany, September 18-21, 2011. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. European Conference on Prokaryotic and Fungal Genomics. 5, Göttingen, Allemagne, 18 Septembre 2011/21 Septembre 2011.

Functional analysis of new NRPS gene clusters in Xanthomonas albilineans and Xanthomonas oryzae pv. oryzae : [P3-35]. Marguerettaz Mélanie, Robin G., Darroussat Marie-Josée, Dubois Cécile, Duplan Sandrine, Girard Jean-Claude, Muller Marc, Verdier Véronique, Rott Philippe, Koebnik Ralf, Royer Monique. 2010. In : Proceedings of the 12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria : programme, abstracts, list of participants. INRA, Université de la Réunion, IRD. s.l. : s.n., Résumé, 87. International Conference on Plant Pathogenic Bacteria. 12, Saint-Denis, Réunion, 7 Juin 2010/11 Juin 2010.

A novel molecular typing system for plant-pathogenic xanthomonas : [N° 43]. Munoz Bodnar Alejandra, Durand Karine, Vernière Christian, Pruvost Olivier, Jacques Marie Agnès, Verdier Valérie, Koebnik Ralf. 2010. In : Neuvièmes Rencontres plantes-bactéries, 18-22 janvier 2010, Aussois (France) : résumés. SFP, IRD. Paris : SFP, Résumé, 109. Rencontres plantes-bactéries. 9, Aussois, France, 18 Janvier 2010/22 Janvier 2010.

La séquence complète du génome de Xanthomonas albilineans apporte un éclairage nouveau sur l'évolution des Xanthomonadaceae dont l'habitat est limité au xylème. Pieretti Isabelle, Royer Monique, Barbe Valérie, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Cociancich Stéphane, Couloux Arnaud, Darrasse Armelle, Gouzy Jérôme, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Manceau Charles, Mangenot Sophie, Poussier Stéphane, Segurens Béatrice, Szurek Boris, Verdier Valérie, Arlat Mathieu, Rott Philippe. 2009. In : Phytopathologie 2009. 7ème Colloque National de la Société Française de Phytopathologie, 8 au 11 Juin 2009, Lyon, France : livre des résumés. SFP, Université Claude Bernard Lyon 1. Paris : SFP, Résumé, 90. Colloque National de la Société Française de Phytopathologie. 7, Lyon, France, 8 Juin 2009/11 Juin 2009.

The complete genome sequence of Xanthomonas albilineans provides new insights into the reductive genome evolution of the xylem-limited Xanthomonadaceae. Pieretti Isabelle, Royer Monique, Barbe Valérie, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Cociancich Stéphane, Couloux Arnaud, Darrasse Armelle, Szurek Boris, Verdier Véronique, Arlat Mathieu, Rott Philippe. 2009. In : Abstracts of the XIV International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, July 19-23, 2009, Quebec City, Canada. IS-MPMI. Saint-Paul : IS-MPMI, Résumé, 1 p. International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. 14, Québec, Canada, 19 Juillet 2009/23 Juillet 2009.

The complete genome sequence of Xanthomonas albilineans provides new insights into the reductive genome evolution of the xylem-limited Xanthomonadaceae. Pieretti Isabelle, Royer Monique, Barbe Valérie, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Cociancich Stéphane, Couloux Arnaud, Darrasse Armelle, Gouzy Jérôme, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Manceau Charles, Mangenot Sophie, Poussier Stéphane, Segurens Béatrice, Szurek Boris, Verdier Véronique, Arlat Mathieu, Rott Philippe. 2009. BMC Genomics, 10 (616), 15 p.

A novel molecular typing system for pathogenic xanthomonads. Munoz Bodnar Alejandra, Durand Karine, Vernière Christian, Pruvost Olivier, Jacques Marie Agnès, Verdier Valérie, Koebnik Ralf. 2009. In : Xanthomonas Genomics Conference 2009, Pingree Park, USA, July 13-15 2009. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Xanthomonas Genomics Conference 2009, Pingree Park, États-Unis, 13 Juillet 2009/15 Juillet 2009.

La séquence du génome de Xanthomonas albilineans dévoile des particularités surprenantes chez cette bactérie pathogène de la canne à sucre. Pieretti Isabelle, Royer Monique, Barbe Valérie, Carrère Sébastien, Koebnik Ralf, Cociancich Stéphane, Couloux Arnaud, Darrasse Armelle, Gouzy Jérôme, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Manceau Charles, Mangenot Sophie, Poussier Stéphane, Segurens Béatrice, Szurek Boris, Verdier Véronique, Arlat Mathieu, Rott Philippe. 2008. In : 8èmes Rencontres plantes-bactéries,14-18 janvier 2008, Aussois, France. s.l. : s.n., 11. Rencontres plantes-bactéries. 8, Aussois, France, 14 Janvier 2008/18 Janvier 2008.